# TARGET T0406 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0406.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 771 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.346 0.051 0.126 0.158 0.052 0.016 0.099 0.076 0.011 0.065 0.001 2 Y 0.614 0.073 0.169 0.062 0.026 0.018 0.011 0.005 0.010 0.012 0.001 3 Q 0.731 0.024 0.093 0.075 0.010 0.031 0.018 0.006 0.007 0.004 0.001 4 T 0.765 0.039 0.064 0.075 0.009 0.024 0.005 0.002 0.012 0.003 0.001 5 I 0.933 0.012 0.019 0.028 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 E 0.971 0.003 0.008 0.010 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 7 G 0.984 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 8 F 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 S 0.941 0.001 0.001 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 W 0.874 0.011 0.032 0.068 0.001 0.005 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 13 T 0.930 0.008 0.012 0.041 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 14 Y 0.862 0.017 0.023 0.068 0.008 0.004 0.007 0.007 0.002 0.002 0.001 15 E 0.705 0.037 0.065 0.103 0.009 0.041 0.009 0.001 0.027 0.002 0.001 16 T 0.956 0.006 0.011 0.018 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 E 0.973 0.001 0.004 0.017 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 18 S 0.976 0.002 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 T 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 Q 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 K 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 M 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.894 0.002 0.004 0.099 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 D 0.947 0.002 0.023 0.025 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 25 V 0.190 0.003 0.005 0.780 0.001 0.002 0.006 0.011 0.002 0.001 0.001 26 L 0.004 0.078 0.827 0.009 0.004 0.051 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 27 T 0.003 0.077 0.848 0.001 0.023 0.034 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 28 D 0.984 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 29 E 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 S 0.904 0.001 0.002 0.092 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.874 0.005 0.024 0.082 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 32 S 0.742 0.025 0.042 0.152 0.009 0.007 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 33 Q 0.344 0.260 0.186 0.114 0.040 0.009 0.010 0.002 0.033 0.001 0.001 34 E 0.142 0.092 0.679 0.013 0.003 0.047 0.005 0.001 0.015 0.001 0.002 35 I 0.211 0.161 0.511 0.043 0.006 0.042 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 36 A 0.108 0.102 0.602 0.005 0.037 0.020 0.015 0.003 0.087 0.019 0.002 37 P 0.349 0.003 0.521 0.054 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.057 38 G 0.079 0.014 0.050 0.080 0.059 0.004 0.079 0.561 0.003 0.070 0.001 39 H 0.216 0.141 0.258 0.151 0.086 0.035 0.047 0.020 0.011 0.034 0.001 40 W 0.167 0.167 0.320 0.098 0.089 0.078 0.035 0.011 0.027 0.008 0.001 41 T 0.761 0.049 0.104 0.024 0.022 0.026 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 42 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 G 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 R 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 V 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 W 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 H 0.983 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 I 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 V 0.979 0.002 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 T 0.921 0.004 0.003 0.064 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 52 A 0.873 0.011 0.011 0.094 0.002 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 53 I 0.805 0.067 0.075 0.005 0.004 0.011 0.009 0.001 0.022 0.001 0.001 54 P 0.952 0.001 0.040 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 V 0.963 0.009 0.007 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 I 0.957 0.015 0.006 0.014 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 57 L 0.845 0.049 0.021 0.070 0.003 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 58 S 0.688 0.042 0.050 0.178 0.016 0.007 0.011 0.003 0.004 0.002 0.001 59 G 0.384 0.041 0.076 0.095 0.054 0.015 0.214 0.091 0.016 0.015 0.001 60 T 0.343 0.085 0.133 0.408 0.012 0.008 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 61 G 0.078 0.020 0.089 0.057 0.097 0.010 0.117 0.336 0.008 0.188 0.001 62 L 0.132 0.206 0.473 0.073 0.034 0.037 0.011 0.002 0.024 0.006 0.001 63 K 0.176 0.148 0.482 0.099 0.014 0.044 0.012 0.003 0.018 0.002 0.002 64 F 0.119 0.259 0.370 0.061 0.063 0.047 0.025 0.006 0.041 0.007 0.001 65 E 0.167 0.134 0.466 0.130 0.019 0.041 0.013 0.003 0.021 0.002 0.004 66 G 0.073 0.045 0.159 0.024 0.221 0.006 0.027 0.197 0.007 0.240 0.001 67 E 0.278 0.174 0.391 0.085 0.034 0.018 0.003 0.002 0.011 0.002 0.003 68 T 0.179 0.174 0.382 0.124 0.036 0.057 0.011 0.005 0.025 0.004 0.002 69 K 0.280 0.234 0.257 0.136 0.043 0.020 0.008 0.002 0.016 0.004 0.001 70 D 0.153 0.064 0.182 0.358 0.020 0.095 0.064 0.012 0.046 0.002 0.002 71 Y 0.047 0.322 0.460 0.021 0.028 0.027 0.012 0.001 0.080 0.001 0.001 72 P 0.115 0.020 0.734 0.038 0.001 0.057 0.003 0.001 0.004 0.001 0.028 73 V 0.031 0.324 0.471 0.005 0.034 0.019 0.008 0.002 0.105 0.002 0.001 74 P 0.096 0.016 0.818 0.007 0.001 0.029 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 75 T 0.248 0.115 0.400 0.118 0.062 0.029 0.008 0.007 0.008 0.004 0.001 76 S 0.039 0.107 0.597 0.011 0.129 0.066 0.003 0.001 0.033 0.014 0.001 77 A 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 K 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 T 0.985 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 I 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 D 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 G 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 Y 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 K 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 V 0.981 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 N 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 T 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 A 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 L 0.985 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 Q 0.849 0.001 0.008 0.137 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 97 S 0.712 0.013 0.063 0.171 0.010 0.005 0.015 0.009 0.002 0.001 0.001 98 E 0.353 0.017 0.044 0.506 0.006 0.022 0.039 0.004 0.008 0.001 0.001 99 W 0.020 0.252 0.475 0.082 0.035 0.088 0.007 0.001 0.040 0.001 0.001 100 T 0.004 0.144 0.568 0.006 0.087 0.139 0.004 0.001 0.039 0.008 0.001 101 D 0.950 0.002 0.005 0.033 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 102 K 0.972 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 D 0.768 0.001 0.004 0.222 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 104 L 0.748 0.013 0.070 0.136 0.003 0.015 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 105 T 0.766 0.022 0.030 0.165 0.006 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 106 T 0.315 0.314 0.157 0.090 0.091 0.007 0.006 0.002 0.016 0.002 0.001 107 I 0.322 0.245 0.289 0.071 0.009 0.034 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 108 N 0.221 0.338 0.168 0.097 0.052 0.048 0.014 0.002 0.054 0.005 0.001 109 D 0.267 0.110 0.259 0.189 0.023 0.071 0.033 0.007 0.035 0.004 0.002 110 F 0.348 0.146 0.154 0.230 0.028 0.033 0.012 0.012 0.030 0.005 0.001 111 F 0.117 0.110 0.229 0.316 0.029 0.017 0.136 0.009 0.025 0.013 0.001 112 G 0.023 0.005 0.052 0.023 0.037 0.003 0.108 0.505 0.001 0.242 0.001 113 R 0.042 0.321 0.541 0.005 0.043 0.012 0.004 0.001 0.029 0.003 0.001 114 P 0.080 0.012 0.793 0.020 0.001 0.056 0.002 0.001 0.002 0.001 0.033 115 M 0.040 0.335 0.455 0.003 0.028 0.030 0.007 0.001 0.101 0.001 0.001 116 P 0.303 0.007 0.588 0.010 0.001 0.058 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 117 N 0.805 0.022 0.032 0.085 0.010 0.011 0.017 0.009 0.006 0.002 0.001 118 S 0.878 0.027 0.028 0.043 0.008 0.005 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 119 I 0.868 0.046 0.029 0.035 0.006 0.008 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 120 F 0.901 0.050 0.025 0.009 0.005 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 121 L 0.963 0.018 0.006 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 M 0.984 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 T 0.969 0.014 0.003 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 L 0.972 0.007 0.004 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 I 0.912 0.023 0.010 0.046 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 126 N 0.769 0.017 0.022 0.150 0.008 0.010 0.014 0.003 0.006 0.002 0.001 127 H 0.688 0.016 0.028 0.204 0.008 0.016 0.023 0.007 0.008 0.002 0.001 128 Q 0.852 0.009 0.011 0.105 0.003 0.005 0.009 0.003 0.002 0.002 0.001 129 N 0.794 0.026 0.021 0.119 0.011 0.009 0.010 0.003 0.004 0.003 0.001 130 H 0.653 0.031 0.040 0.184 0.011 0.023 0.042 0.004 0.010 0.002 0.001 131 H 0.829 0.022 0.031 0.068 0.005 0.019 0.011 0.003 0.009 0.002 0.001 132 R 0.971 0.003 0.004 0.017 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 133 G 0.992 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 134 Q 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 R 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 Q 0.964 0.001 0.002 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 A 0.187 0.002 0.016 0.793 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 G 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.398 0.580 0.001 0.007 0.001 144 L 0.011 0.178 0.719 0.017 0.011 0.050 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 145 T 0.022 0.208 0.625 0.023 0.016 0.076 0.008 0.001 0.018 0.001 0.001 146 V 0.017 0.359 0.452 0.002 0.022 0.024 0.003 0.001 0.118 0.001 0.001 147 P 0.085 0.014 0.828 0.008 0.001 0.033 0.001 0.001 0.004 0.001 0.026 148 G 0.136 0.063 0.255 0.066 0.181 0.018 0.019 0.169 0.005 0.086 0.001 149 V 0.253 0.307 0.224 0.100 0.060 0.026 0.006 0.003 0.017 0.004 0.001 150 Y 0.165 0.135 0.265 0.291 0.026 0.052 0.025 0.004 0.034 0.002 0.001 151 G 0.113 0.038 0.205 0.012 0.193 0.005 0.038 0.070 0.015 0.311 0.001 152 P 0.358 0.018 0.446 0.060 0.005 0.028 0.002 0.001 0.002 0.001 0.080 153 A 0.253 0.168 0.353 0.073 0.060 0.032 0.017 0.012 0.021 0.008 0.002 154 K 0.493 0.092 0.286 0.041 0.030 0.020 0.009 0.005 0.013 0.009 0.001 155 E 0.784 0.022 0.106 0.047 0.009 0.013 0.006 0.005 0.003 0.003 0.001 156 E 0.737 0.053 0.060 0.116 0.013 0.009 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 157 W 0.640 0.040 0.121 0.118 0.015 0.024 0.017 0.005 0.017 0.003 0.001 158 A 0.687 0.044 0.156 0.053 0.016 0.018 0.008 0.004 0.007 0.006 0.001 159 T 0.666 0.063 0.131 0.077 0.022 0.013 0.010 0.003 0.010 0.003 0.001 160 A 0.605 0.022 0.165 0.177 0.006 0.008 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 161 G 0.268 0.014 0.056 0.102 0.034 0.004 0.087 0.366 0.004 0.065 0.001 162 M 0.404 0.074 0.254 0.142 0.022 0.042 0.037 0.006 0.013 0.005 0.001 163 E 0.337 0.141 0.219 0.195 0.022 0.036 0.024 0.006 0.016 0.002 0.001 164 A 0.201 0.137 0.483 0.015 0.038 0.016 0.016 0.002 0.079 0.011 0.001 165 P 0.511 0.006 0.412 0.019 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 166 K 0.373 0.130 0.160 0.212 0.037 0.025 0.020 0.014 0.027 0.003 0.001 167 M 0.177 0.175 0.442 0.093 0.030 0.041 0.012 0.004 0.021 0.004 0.001