# TARGET T0406 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0406.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 771 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.052 0.078 0.030 0.016 0.072 0.018 0.037 0.387 0.116 0.154 0.040 2 Y 0.027 0.185 0.063 0.012 0.080 0.013 0.015 0.422 0.104 0.059 0.020 3 Q 0.015 0.055 0.030 0.004 0.036 0.007 0.019 0.669 0.117 0.038 0.011 4 T 0.010 0.028 0.014 0.002 0.012 0.002 0.007 0.825 0.062 0.033 0.006 5 I 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.900 0.073 0.012 0.001 6 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.956 0.034 0.001 0.001 7 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.963 0.027 0.005 0.001 8 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.041 0.007 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.928 0.061 0.003 0.001 10 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.908 0.053 0.005 0.001 11 S 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.002 0.025 0.850 0.068 0.043 0.001 12 W 0.009 0.009 0.002 0.001 0.007 0.001 0.005 0.812 0.115 0.033 0.006 13 T 0.003 0.005 0.001 0.001 0.005 0.006 0.024 0.847 0.096 0.009 0.002 14 Y 0.009 0.024 0.012 0.003 0.015 0.005 0.026 0.771 0.083 0.045 0.007 15 E 0.027 0.018 0.010 0.002 0.029 0.002 0.010 0.710 0.089 0.088 0.014 16 T 0.004 0.019 0.003 0.001 0.009 0.001 0.002 0.865 0.081 0.014 0.002 17 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.896 0.072 0.011 0.002 18 S 0.002 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.005 0.929 0.036 0.013 0.001 19 T 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.887 0.064 0.037 0.001 20 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.897 0.095 0.004 0.001 21 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.939 0.048 0.003 0.001 22 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.860 0.099 0.029 0.001 23 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.671 0.294 0.018 0.001 24 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.044 0.771 0.161 0.013 0.001 25 V 0.003 0.005 0.002 0.001 0.004 0.003 0.028 0.128 0.091 0.727 0.009 26 L 0.090 0.459 0.079 0.002 0.305 0.001 0.003 0.009 0.003 0.020 0.028 27 T 0.005 0.635 0.313 0.002 0.037 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 28 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.618 0.372 0.006 0.001 29 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.900 0.094 0.002 0.001 30 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.811 0.124 0.060 0.001 31 L 0.003 0.003 0.002 0.001 0.008 0.001 0.002 0.826 0.119 0.033 0.001 32 S 0.006 0.017 0.008 0.002 0.014 0.003 0.018 0.520 0.179 0.227 0.006 33 Q 0.009 0.194 0.093 0.004 0.062 0.004 0.037 0.299 0.125 0.166 0.006 34 E 0.077 0.339 0.085 0.003 0.210 0.003 0.020 0.136 0.060 0.044 0.024 35 I 0.103 0.279 0.103 0.019 0.200 0.013 0.040 0.078 0.055 0.062 0.047 36 A 0.010 0.228 0.573 0.076 0.059 0.015 0.006 0.011 0.009 0.008 0.006 37 P 0.003 0.018 0.012 0.032 0.005 0.139 0.495 0.212 0.071 0.009 0.003 38 G 0.012 0.019 0.026 0.028 0.012 0.015 0.012 0.025 0.084 0.668 0.100 39 H 0.118 0.190 0.062 0.017 0.194 0.031 0.044 0.070 0.077 0.135 0.061 40 W 0.043 0.269 0.179 0.054 0.147 0.025 0.021 0.069 0.043 0.104 0.045 41 T 0.012 0.459 0.281 0.014 0.040 0.003 0.004 0.147 0.020 0.017 0.004 42 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.805 0.184 0.007 0.001 43 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.955 0.041 0.001 0.001 44 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.038 0.002 0.001 45 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.039 0.002 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.937 0.057 0.003 0.001 47 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.947 0.043 0.001 0.001 48 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.932 0.054 0.004 0.001 49 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.868 0.105 0.008 0.001 50 V 0.003 0.006 0.001 0.001 0.006 0.005 0.026 0.820 0.119 0.011 0.002 51 T 0.010 0.015 0.004 0.001 0.018 0.003 0.048 0.714 0.125 0.052 0.009 52 A 0.020 0.025 0.010 0.004 0.020 0.004 0.020 0.623 0.175 0.090 0.010 53 I 0.006 0.033 0.008 0.003 0.017 0.004 0.013 0.768 0.137 0.009 0.002 54 P 0.007 0.007 0.001 0.001 0.010 0.004 0.022 0.844 0.096 0.005 0.004 55 V 0.012 0.017 0.005 0.005 0.025 0.008 0.033 0.772 0.089 0.029 0.005 56 I 0.027 0.018 0.004 0.002 0.029 0.005 0.016 0.764 0.098 0.028 0.010 57 L 0.023 0.035 0.009 0.005 0.049 0.007 0.015 0.658 0.149 0.036 0.013 58 S 0.005 0.015 0.010 0.006 0.007 0.018 0.194 0.619 0.111 0.013 0.004 59 G 0.028 0.020 0.017 0.012 0.024 0.017 0.134 0.407 0.136 0.171 0.035 60 T 0.028 0.535 0.148 0.020 0.147 0.011 0.024 0.029 0.019 0.025 0.014 61 G 0.069 0.037 0.044 0.065 0.041 0.035 0.016 0.036 0.054 0.410 0.192 62 L 0.078 0.335 0.131 0.020 0.249 0.012 0.026 0.053 0.038 0.033 0.024 63 K 0.148 0.155 0.073 0.022 0.238 0.027 0.043 0.065 0.048 0.096 0.084 64 F 0.094 0.218 0.143 0.046 0.192 0.030 0.043 0.075 0.054 0.065 0.041 65 E 0.044 0.127 0.149 0.103 0.076 0.072 0.125 0.117 0.079 0.074 0.034 66 G 0.016 0.148 0.266 0.161 0.048 0.048 0.025 0.082 0.082 0.107 0.018 67 E 0.074 0.217 0.093 0.016 0.180 0.019 0.050 0.132 0.093 0.086 0.041 68 T 0.079 0.255 0.117 0.013 0.196 0.011 0.025 0.110 0.086 0.072 0.036 69 K 0.038 0.158 0.095 0.025 0.110 0.038 0.079 0.221 0.149 0.068 0.020 70 D 0.082 0.088 0.068 0.024 0.110 0.019 0.044 0.110 0.119 0.273 0.063 71 Y 0.052 0.334 0.186 0.015 0.204 0.008 0.022 0.079 0.042 0.037 0.022 72 P 0.080 0.197 0.116 0.018 0.176 0.019 0.042 0.102 0.081 0.119 0.048 73 V 0.043 0.407 0.210 0.010 0.196 0.006 0.033 0.048 0.019 0.014 0.016 74 P 0.093 0.312 0.231 0.011 0.171 0.011 0.009 0.037 0.021 0.051 0.053 75 T 0.025 0.472 0.212 0.015 0.178 0.012 0.023 0.029 0.010 0.016 0.010 76 S 0.010 0.685 0.252 0.001 0.038 0.001 0.001 0.010 0.001 0.003 0.001 77 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.860 0.137 0.002 0.001 78 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.023 0.001 0.001 79 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.021 0.003 0.001 80 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.029 0.004 0.001 81 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.038 0.002 0.001 82 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.971 0.021 0.001 0.001 83 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.957 0.030 0.008 0.001 84 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.918 0.068 0.012 0.001 85 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.948 0.047 0.001 0.001 86 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.957 0.029 0.006 0.001 87 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.942 0.037 0.011 0.001 88 N 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.041 0.006 0.001 89 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.969 0.026 0.001 0.001 90 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.976 0.016 0.005 0.001 91 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.035 0.004 0.001 92 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.049 0.001 0.001 93 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.967 0.026 0.001 0.001 94 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.937 0.039 0.007 0.001 95 L 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.008 0.784 0.160 0.037 0.002 96 Q 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.004 0.028 0.632 0.291 0.032 0.002 97 S 0.003 0.318 0.122 0.007 0.042 0.009 0.072 0.312 0.088 0.025 0.003 98 E 0.034 0.013 0.004 0.001 0.015 0.003 0.028 0.059 0.055 0.687 0.101 99 W 0.090 0.447 0.094 0.006 0.292 0.003 0.007 0.009 0.004 0.020 0.027 100 T 0.006 0.632 0.296 0.003 0.052 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.001 101 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.608 0.376 0.007 0.001 102 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.878 0.115 0.003 0.001 103 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.799 0.120 0.074 0.001 104 L 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.723 0.197 0.063 0.003 105 T 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.006 0.036 0.614 0.270 0.061 0.002 106 T 0.022 0.070 0.025 0.002 0.077 0.002 0.027 0.439 0.145 0.182 0.009 107 I 0.105 0.096 0.016 0.005 0.161 0.011 0.046 0.303 0.144 0.079 0.035 108 N 0.052 0.134 0.058 0.046 0.163 0.032 0.037 0.190 0.133 0.122 0.032 109 D 0.149 0.091 0.053 0.013 0.141 0.021 0.086 0.178 0.091 0.105 0.072 110 F 0.058 0.118 0.093 0.054 0.103 0.048 0.063 0.180 0.098 0.147 0.038 111 F 0.034 0.200 0.114 0.129 0.108 0.082 0.135 0.105 0.038 0.035 0.020 112 G 0.019 0.020 0.049 0.135 0.014 0.026 0.011 0.032 0.056 0.556 0.083 113 R 0.009 0.436 0.355 0.018 0.110 0.005 0.011 0.034 0.012 0.007 0.003 114 P 0.167 0.275 0.140 0.005 0.211 0.008 0.015 0.025 0.018 0.059 0.077 115 M 0.010 0.564 0.319 0.010 0.078 0.002 0.006 0.006 0.001 0.001 0.003 116 P 0.003 0.675 0.282 0.001 0.021 0.001 0.001 0.012 0.002 0.002 0.001 117 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.634 0.354 0.006 0.001 118 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.049 0.001 0.001 119 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.051 0.010 0.001 120 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.033 0.003 0.001 121 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.037 0.001 0.001 122 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.972 0.024 0.001 0.001 123 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.970 0.026 0.001 0.001 124 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.956 0.032 0.002 0.001 125 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.024 0.892 0.063 0.010 0.001 126 N 0.007 0.014 0.004 0.002 0.007 0.008 0.041 0.802 0.081 0.028 0.005 127 H 0.017 0.019 0.008 0.005 0.020 0.006 0.022 0.679 0.128 0.081 0.014 128 Q 0.010 0.017 0.004 0.005 0.014 0.009 0.040 0.645 0.206 0.042 0.008 129 N 0.013 0.027 0.010 0.008 0.022 0.021 0.112 0.593 0.137 0.044 0.012 130 H 0.013 0.042 0.034 0.026 0.024 0.029 0.094 0.484 0.128 0.112 0.015 131 H 0.029 0.084 0.053 0.016 0.036 0.013 0.017 0.525 0.094 0.113 0.021 132 R 0.001 0.004 0.003 0.003 0.001 0.011 0.018 0.821 0.132 0.006 0.001 133 G 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.003 0.004 0.901 0.068 0.013 0.001 134 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.055 0.004 0.001 135 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.024 0.001 0.001 136 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 137 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.005 0.001 0.001 138 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.013 0.001 0.001 139 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.965 0.031 0.001 0.001 140 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.894 0.081 0.003 0.001 141 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.104 0.795 0.074 0.016 0.001 142 A 0.002 0.769 0.172 0.003 0.045 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 143 G 0.054 0.005 0.007 0.009 0.008 0.004 0.003 0.008 0.014 0.474 0.414 144 L 0.051 0.453 0.170 0.006 0.234 0.003 0.010 0.027 0.015 0.015 0.015 145 T 0.070 0.355 0.156 0.015 0.252 0.011 0.020 0.034 0.023 0.025 0.038 146 V 0.046 0.440 0.242 0.016 0.175 0.007 0.016 0.023 0.018 0.006 0.012 147 P 0.042 0.224 0.135 0.039 0.097 0.059 0.077 0.115 0.123 0.057 0.033 148 G 0.060 0.096 0.066 0.035 0.107 0.028 0.050 0.091 0.120 0.287 0.060 149 V 0.105 0.122 0.047 0.026 0.176 0.047 0.086 0.119 0.088 0.136 0.048 150 Y 0.067 0.139 0.123 0.106 0.091 0.027 0.051 0.062 0.060 0.210 0.063 151 G 0.011 0.180 0.411 0.180 0.049 0.044 0.017 0.054 0.024 0.023 0.007 152 P 0.099 0.270 0.094 0.009 0.220 0.008 0.036 0.126 0.055 0.041 0.041 153 A 0.038 0.324 0.203 0.016 0.089 0.011 0.024 0.143 0.070 0.054 0.027 154 K 0.020 0.228 0.134 0.023 0.074 0.012 0.015 0.324 0.126 0.033 0.011 155 E 0.018 0.037 0.014 0.004 0.030 0.010 0.033 0.548 0.256 0.041 0.009 156 E 0.018 0.044 0.019 0.007 0.028 0.010 0.039 0.517 0.175 0.127 0.017 157 W 0.038 0.038 0.016 0.007 0.051 0.008 0.025 0.492 0.162 0.136 0.026 158 A 0.022 0.077 0.033 0.010 0.039 0.015 0.049 0.489 0.191 0.058 0.017 159 T 0.025 0.082 0.057 0.013 0.051 0.015 0.072 0.412 0.176 0.079 0.018 160 A 0.019 0.228 0.159 0.036 0.076 0.030 0.065 0.212 0.097 0.061 0.016 161 G 0.043 0.087 0.053 0.030 0.069 0.024 0.051 0.192 0.200 0.184 0.067 162 M 0.036 0.108 0.039 0.009 0.073 0.018 0.089 0.280 0.234 0.089 0.024 163 E 0.046 0.087 0.050 0.014 0.072 0.011 0.051 0.080 0.130 0.379 0.079 164 A 0.065 0.418 0.129 0.007 0.215 0.002 0.006 0.062 0.054 0.015 0.027 165 P 0.012 0.102 0.039 0.006 0.039 0.029 0.097 0.337 0.313 0.018 0.006 166 K 0.034 0.049 0.017 0.005 0.049 0.005 0.050 0.196 0.221 0.338 0.037 167 M 0.145 0.134 0.035 0.007 0.174 0.014 0.039 0.139 0.109 0.128 0.076