# TARGET T0405 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0405.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.99991 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.629 0.201 0.092 0.052 0.021 0.004 0.001 2 N 0.675 0.231 0.062 0.023 0.007 0.001 0.001 3 E 0.441 0.258 0.163 0.099 0.031 0.008 0.001 4 T 0.405 0.257 0.175 0.110 0.041 0.012 0.001 5 E 0.463 0.268 0.148 0.081 0.030 0.008 0.001 6 K 0.277 0.317 0.225 0.126 0.042 0.013 0.001 7 L 0.082 0.075 0.125 0.236 0.266 0.181 0.035 8 V 0.057 0.094 0.130 0.218 0.244 0.212 0.045 9 A 0.085 0.144 0.185 0.223 0.202 0.133 0.027 10 A 0.072 0.142 0.192 0.236 0.208 0.125 0.024 11 L 0.052 0.098 0.147 0.224 0.241 0.194 0.044 12 L 0.049 0.066 0.105 0.195 0.290 0.237 0.058 13 E 0.180 0.259 0.210 0.167 0.118 0.056 0.009 14 R 0.172 0.227 0.233 0.206 0.111 0.045 0.005 15 N 0.202 0.230 0.220 0.189 0.109 0.045 0.005 16 F 0.133 0.123 0.147 0.223 0.228 0.129 0.016 17 G 0.318 0.258 0.177 0.126 0.082 0.035 0.005 18 K 0.278 0.257 0.235 0.158 0.050 0.020 0.003 19 N 0.290 0.261 0.204 0.144 0.068 0.028 0.005 20 I 0.122 0.090 0.106 0.197 0.259 0.192 0.034 21 G 0.195 0.212 0.185 0.176 0.139 0.080 0.012 22 T 0.211 0.239 0.199 0.172 0.109 0.061 0.008 23 R 0.172 0.230 0.215 0.200 0.122 0.054 0.006 24 Y 0.157 0.138 0.183 0.227 0.196 0.091 0.009 25 P 0.486 0.273 0.136 0.067 0.028 0.009 0.001 26 G 0.589 0.251 0.091 0.046 0.016 0.006 0.001 27 N 0.386 0.228 0.175 0.131 0.058 0.020 0.002 28 E 0.394 0.258 0.157 0.111 0.057 0.020 0.002 29 A 0.422 0.307 0.150 0.076 0.032 0.013 0.002 30 A 0.197 0.169 0.184 0.213 0.161 0.069 0.007 31 Q 0.187 0.265 0.239 0.163 0.098 0.043 0.005 32 M 0.115 0.109 0.173 0.255 0.219 0.114 0.016 33 R 0.185 0.241 0.239 0.172 0.109 0.047 0.006 34 A 0.139 0.152 0.168 0.226 0.187 0.112 0.017 35 E 0.337 0.312 0.169 0.105 0.056 0.019 0.002 36 E 0.277 0.332 0.173 0.133 0.062 0.021 0.002 37 V 0.059 0.085 0.144 0.232 0.259 0.183 0.038 38 I 0.077 0.081 0.139 0.254 0.235 0.175 0.039 39 G 0.191 0.277 0.254 0.159 0.074 0.037 0.008 40 E 0.076 0.128 0.205 0.274 0.181 0.102 0.035 41 I 0.024 0.031 0.045 0.108 0.215 0.383 0.193 42 A 0.030 0.053 0.084 0.195 0.241 0.276 0.122 43 I 0.036 0.048 0.073 0.146 0.201 0.296 0.200 44 V 0.026 0.035 0.064 0.153 0.186 0.288 0.249 45 I 0.016 0.024 0.037 0.077 0.138 0.348 0.361 46 A 0.052 0.091 0.134 0.206 0.223 0.196 0.098 47 P 0.132 0.213 0.187 0.191 0.142 0.101 0.034 48 L 0.045 0.062 0.097 0.212 0.249 0.262 0.072 49 V 0.069 0.078 0.121 0.214 0.246 0.212 0.061 50 E 0.149 0.205 0.177 0.183 0.170 0.098 0.018 51 K 0.203 0.256 0.214 0.169 0.102 0.048 0.008 52 L 0.153 0.136 0.166 0.229 0.192 0.110 0.013 53 G 0.327 0.300 0.171 0.114 0.061 0.025 0.002 54 I 0.149 0.120 0.182 0.252 0.196 0.092 0.010 55 E 0.369 0.288 0.159 0.106 0.059 0.019 0.001 56 N 0.541 0.287 0.105 0.046 0.016 0.004 0.001 57 K 0.551 0.269 0.109 0.052 0.015 0.003 0.001 58 T 0.407 0.317 0.153 0.082 0.032 0.008 0.001 59 V 0.119 0.107 0.192 0.289 0.214 0.074 0.006 60 K 0.367 0.319 0.188 0.085 0.032 0.008 0.001 61 K 0.415 0.323 0.147 0.079 0.027 0.008 0.001 62 T 0.185 0.217 0.209 0.203 0.125 0.053 0.008 63 I 0.055 0.076 0.130 0.233 0.291 0.190 0.025 64 P 0.160 0.252 0.239 0.171 0.115 0.053 0.009 65 F 0.042 0.079 0.126 0.205 0.253 0.234 0.062 66 L 0.035 0.054 0.093 0.163 0.264 0.308 0.083 67 Y 0.045 0.102 0.169 0.226 0.245 0.182 0.031 68 E 0.120 0.275 0.241 0.192 0.121 0.046 0.006 69 L 0.038 0.054 0.111 0.270 0.309 0.198 0.022 70 Q 0.206 0.261 0.215 0.167 0.114 0.035 0.002 71 K 0.406 0.343 0.147 0.072 0.023 0.008 0.001 72 N 0.301 0.238 0.217 0.166 0.060 0.017 0.002 73 Q 0.228 0.276 0.211 0.168 0.080 0.034 0.003 74 F 0.119 0.109 0.146 0.214 0.229 0.153 0.029 75 C 0.140 0.130 0.159 0.205 0.207 0.131 0.028 76 D 0.205 0.235 0.205 0.170 0.103 0.065 0.018 77 M 0.150 0.117 0.128 0.174 0.194 0.169 0.069 78 S 0.231 0.230 0.151 0.146 0.117 0.091 0.035 79 A 0.121 0.123 0.134 0.179 0.191 0.175 0.079 80 Y 0.100 0.105 0.130 0.184 0.196 0.194 0.091 81 P 0.123 0.160 0.161 0.180 0.153 0.142 0.082 82 Y 0.031 0.040 0.069 0.125 0.212 0.296 0.227 83 P 0.040 0.071 0.098 0.157 0.205 0.253 0.176 84 L 0.013 0.018 0.027 0.059 0.142 0.371 0.370 85 L 0.012 0.018 0.029 0.074 0.140 0.339 0.388 86 L 0.012 0.017 0.027 0.066 0.125 0.341 0.412 87 V 0.019 0.033 0.054 0.123 0.207 0.340 0.224 88 N 0.059 0.130 0.189 0.226 0.200 0.152 0.044 89 G 0.088 0.122 0.150 0.224 0.213 0.168 0.036 90 T 0.169 0.186 0.184 0.184 0.161 0.097 0.018 91 S 0.255 0.207 0.179 0.168 0.112 0.068 0.012 92 T 0.398 0.246 0.161 0.107 0.056 0.027 0.005 93 D 0.361 0.247 0.167 0.122 0.064 0.033 0.006 94 T 0.266 0.195 0.148 0.156 0.133 0.081 0.020 95 E 0.203 0.181 0.177 0.186 0.154 0.084 0.014 96 K 0.231 0.278 0.216 0.148 0.079 0.040 0.008 97 Y 0.089 0.106 0.141 0.209 0.228 0.180 0.047 98 W 0.077 0.090 0.111 0.173 0.240 0.242 0.066 99 R 0.121 0.171 0.208 0.215 0.164 0.099 0.021 100 D 0.161 0.204 0.195 0.190 0.140 0.087 0.023 101 L 0.069 0.075 0.099 0.178 0.244 0.256 0.079 102 P 0.146 0.184 0.178 0.191 0.175 0.105 0.022 103 T 0.185 0.268 0.217 0.171 0.099 0.052 0.009 104 Y 0.089 0.112 0.164 0.228 0.235 0.146 0.026 105 W 0.077 0.098 0.133 0.199 0.251 0.206 0.037 106 T 0.133 0.184 0.224 0.229 0.150 0.069 0.010 107 D 0.337 0.285 0.189 0.117 0.054 0.016 0.002 108 D 0.330 0.340 0.177 0.101 0.037 0.013 0.002 109 A 0.121 0.146 0.178 0.243 0.199 0.097 0.015 110 N 0.101 0.181 0.231 0.248 0.159 0.072 0.007 111 K 0.099 0.222 0.267 0.228 0.115 0.061 0.009 112 I 0.034 0.037 0.071 0.169 0.264 0.314 0.110 113 V 0.020 0.034 0.058 0.126 0.199 0.355 0.209 114 L 0.013 0.030 0.060 0.120 0.219 0.361 0.196 115 P 0.051 0.133 0.177 0.216 0.208 0.155 0.060 116 Y 0.012 0.032 0.064 0.133 0.265 0.338 0.155 117 V 0.008 0.019 0.035 0.082 0.194 0.416 0.247 118 L 0.017 0.040 0.083 0.170 0.276 0.309 0.106 119 E 0.085 0.233 0.233 0.201 0.151 0.084 0.013 120 H 0.037 0.099 0.172 0.260 0.268 0.149 0.014 121 I 0.048 0.064 0.135 0.253 0.297 0.185 0.018 122 K 0.280 0.328 0.215 0.117 0.047 0.012 0.001 123 N 0.450 0.296 0.147 0.075 0.023 0.008 0.001 124 N 0.376 0.250 0.184 0.128 0.050 0.011 0.001 125 K 0.436 0.363 0.126 0.053 0.016 0.005 0.001 126 V 0.117 0.121 0.164 0.243 0.246 0.098 0.011 127 R 0.121 0.215 0.236 0.231 0.139 0.053 0.004 128 Q 0.195 0.239 0.234 0.187 0.100 0.041 0.005 129 K 0.113 0.203 0.272 0.243 0.116 0.045 0.008 130 L 0.065 0.067 0.089 0.184 0.257 0.265 0.073 131 L 0.070 0.083 0.125 0.208 0.231 0.209 0.074 132 A 0.142 0.184 0.184 0.199 0.130 0.111 0.050 133 F 0.071 0.063 0.090 0.169 0.203 0.248 0.156 134 H 0.073 0.099 0.117 0.173 0.187 0.217 0.134 135 A 0.078 0.087 0.110 0.175 0.204 0.220 0.126 136 W 0.090 0.093 0.109 0.189 0.197 0.196 0.125 137 L 0.059 0.064 0.081 0.146 0.190 0.278 0.181 138 L 0.052 0.059 0.083 0.161 0.199 0.275 0.170 139 G 0.128 0.165 0.161 0.185 0.171 0.134 0.056 140 E 0.098 0.145 0.151 0.191 0.206 0.158 0.052 141 V 0.060 0.077 0.092 0.164 0.243 0.278 0.086 142 V 0.077 0.103 0.152 0.222 0.248 0.168 0.030 143 E 0.198 0.270 0.231 0.167 0.087 0.041 0.006 144 M 0.094 0.104 0.149 0.236 0.251 0.148 0.017 145 N 0.258 0.226 0.223 0.175 0.088 0.028 0.002 146 E 0.536 0.301 0.096 0.046 0.017 0.005 0.001 147 A 0.514 0.305 0.114 0.048 0.015 0.004 0.001 148 L 0.149 0.136 0.215 0.286 0.159 0.051 0.004 149 G 0.322 0.307 0.203 0.102 0.047 0.017 0.002 150 A 0.199 0.202 0.234 0.221 0.102 0.037 0.004 151 D 0.271 0.375 0.205 0.093 0.041 0.013 0.002 152 F 0.032 0.055 0.093 0.217 0.308 0.248 0.047 153 R 0.025 0.103 0.202 0.296 0.218 0.130 0.025 154 V 0.012 0.028 0.046 0.122 0.235 0.429 0.126 155 K 0.022 0.090 0.192 0.307 0.240 0.127 0.021 156 L 0.011 0.025 0.042 0.105 0.239 0.442 0.135 157 V 0.018 0.042 0.097 0.209 0.237 0.282 0.115 158 F 0.032 0.055 0.092 0.186 0.267 0.277 0.091 159 E 0.135 0.206 0.211 0.203 0.146 0.081 0.019 160 S 0.312 0.275 0.150 0.122 0.085 0.048 0.009 161 D 0.238 0.232 0.195 0.170 0.092 0.057 0.016 162 M 0.162 0.125 0.139 0.191 0.206 0.142 0.035 163 R 0.189 0.217 0.215 0.173 0.112 0.071 0.024 164 I 0.091 0.079 0.098 0.168 0.222 0.245 0.095 165 R 0.107 0.174 0.191 0.206 0.167 0.121 0.034 166 L 0.068 0.067 0.096 0.175 0.223 0.269 0.102 167 R 0.075 0.156 0.188 0.214 0.199 0.132 0.037 168 V 0.050 0.069 0.095 0.187 0.231 0.279 0.089 169 Y 0.071 0.106 0.170 0.236 0.238 0.147 0.031 170 E 0.196 0.305 0.208 0.151 0.082 0.048 0.011 171 V 0.056 0.058 0.106 0.234 0.260 0.217 0.069 172 E 0.128 0.194 0.181 0.197 0.177 0.105 0.019 173 Q 0.139 0.204 0.209 0.203 0.136 0.086 0.022 174 I 0.055 0.061 0.092 0.174 0.253 0.261 0.103 175 A 0.071 0.092 0.115 0.190 0.198 0.225 0.107 176 I 0.042 0.044 0.065 0.123 0.203 0.306 0.216 177 E 0.078 0.122 0.138 0.173 0.175 0.190 0.124 178 V 0.042 0.042 0.056 0.112 0.190 0.330 0.227 179 H 0.076 0.102 0.117 0.170 0.196 0.216 0.124 180 F 0.064 0.074 0.088 0.149 0.217 0.283 0.125 181 L 0.093 0.097 0.123 0.196 0.219 0.199 0.073 182 D 0.201 0.225 0.200 0.173 0.115 0.071 0.014 183 N 0.300 0.233 0.174 0.152 0.088 0.044 0.008 184 H 0.389 0.206 0.145 0.126 0.086 0.041 0.007 185 D 0.483 0.248 0.129 0.081 0.039 0.018 0.002 186 T 0.462 0.214 0.129 0.105 0.059 0.027 0.004 187 E 0.422 0.231 0.135 0.106 0.070 0.031 0.005 188 Q 0.423 0.253 0.156 0.095 0.049 0.020 0.003 189 Q 0.316 0.229 0.174 0.150 0.086 0.039 0.006 190 H 0.245 0.187 0.183 0.174 0.125 0.072 0.014 191 L 0.157 0.131 0.165 0.214 0.181 0.125 0.027 192 G 0.342 0.280 0.170 0.110 0.057 0.032 0.009 193 Y 0.099 0.101 0.139 0.216 0.232 0.174 0.039 194 D 0.192 0.261 0.210 0.163 0.102 0.059 0.013 195 V 0.061 0.067 0.105 0.218 0.267 0.234 0.048 196 S 0.174 0.253 0.222 0.173 0.113 0.056 0.010 197 L 0.055 0.084 0.136 0.251 0.278 0.175 0.021 198 D 0.184 0.297 0.249 0.156 0.081 0.030 0.003 199 A 0.148 0.180 0.223 0.260 0.143 0.043 0.002 200 D 0.442 0.376 0.114 0.045 0.019 0.005 0.001 201 F 0.093 0.102 0.195 0.317 0.210 0.077 0.005 202 T 0.448 0.319 0.141 0.061 0.025 0.006 0.001 203 E 0.507 0.310 0.113 0.051 0.015 0.004 0.001 204 K 0.202 0.263 0.257 0.183 0.070 0.021 0.003 205 A 0.063 0.095 0.137 0.238 0.281 0.166 0.021 206 R 0.058 0.153 0.234 0.285 0.173 0.087 0.010 207 L 0.051 0.083 0.127 0.198 0.254 0.240 0.048 208 L 0.040 0.061 0.108 0.202 0.232 0.258 0.099 209 L 0.041 0.050 0.074 0.170 0.232 0.279 0.153 210 R 0.064 0.122 0.173 0.204 0.209 0.164 0.063 211 Q 0.108 0.163 0.187 0.218 0.161 0.123 0.040 212 G 0.149 0.166 0.147 0.183 0.163 0.139 0.053 213 I 0.083 0.079 0.094 0.165 0.211 0.249 0.118 214 L 0.091 0.078 0.094 0.153 0.215 0.248 0.121 215 T 0.147 0.162 0.157 0.174 0.149 0.139 0.071 216 E 0.106 0.132 0.132 0.177 0.202 0.184 0.068 217 N 0.161 0.185 0.181 0.193 0.147 0.098 0.034 218 L 0.113 0.114 0.154 0.215 0.208 0.150 0.046 219 G 0.198 0.236 0.177 0.160 0.102 0.089 0.038 220 L 0.062 0.059 0.116 0.217 0.253 0.226 0.067 221 E 0.162 0.290 0.256 0.168 0.079 0.037 0.008 222 A 0.053 0.081 0.122 0.207 0.232 0.225 0.080 223 L 0.033 0.042 0.058 0.140 0.259 0.342 0.127 224 K 0.071 0.171 0.217 0.251 0.170 0.103 0.017 225 A 0.072 0.113 0.146 0.202 0.236 0.177 0.055 226 Y 0.030 0.055 0.087 0.172 0.216 0.301 0.138 227 M 0.031 0.046 0.082 0.165 0.266 0.292 0.117 228 K 0.128 0.224 0.248 0.201 0.112 0.066 0.020 229 S 0.116 0.139 0.140 0.191 0.190 0.165 0.059 230 V 0.041 0.042 0.061 0.142 0.202 0.321 0.192 231 L 0.049 0.060 0.078 0.142 0.240 0.297 0.135 232 P 0.109 0.149 0.165 0.177 0.169 0.149 0.083 233 I 0.052 0.060 0.074 0.137 0.197 0.303 0.176 234 A 0.077 0.092 0.117 0.175 0.207 0.232 0.100 235 H 0.090 0.123 0.162 0.202 0.199 0.169 0.055 236 S 0.132 0.197 0.176 0.183 0.161 0.120 0.031 237 L 0.081 0.093 0.152 0.252 0.238 0.158 0.026 238 K 0.380 0.308 0.163 0.090 0.044 0.015 0.001 239 N 0.305 0.345 0.185 0.106 0.040 0.016 0.002 240 L 0.094 0.076 0.144 0.279 0.258 0.132 0.016 241 E 0.277 0.315 0.184 0.126 0.074 0.023 0.001 242 H 0.309 0.364 0.189 0.088 0.037 0.012 0.001 243 L 0.097 0.093 0.173 0.298 0.234 0.096 0.008 244 T 0.243 0.292 0.215 0.136 0.089 0.024 0.001 245 F 0.243 0.262 0.228 0.169 0.079 0.018 0.001 246 E 0.519 0.308 0.101 0.047 0.021 0.003 0.001 247 E 0.454 0.328 0.125 0.068 0.021 0.005 0.001 248 T 0.359 0.255 0.212 0.119 0.045 0.009 0.001 249 K 0.469 0.281 0.159 0.071 0.017 0.003 0.001 250 K 0.384 0.360 0.168 0.066 0.019 0.004 0.001 251 L 0.102 0.096 0.149 0.277 0.261 0.109 0.007 252 T 0.222 0.301 0.246 0.152 0.063 0.014 0.001 253 K 0.354 0.382 0.174 0.069 0.016 0.004 0.001 254 L 0.119 0.151 0.244 0.280 0.158 0.045 0.002 255 L 0.116 0.116 0.187 0.271 0.223 0.082 0.004 256 T 0.364 0.312 0.188 0.088 0.039 0.009 0.001 257 Q 0.598 0.294 0.067 0.029 0.010 0.002 0.001 258 E 0.517 0.304 0.094 0.054 0.025 0.006 0.001 259 E 0.358 0.264 0.167 0.132 0.062 0.017 0.001 260 P 0.468 0.270 0.148 0.075 0.031 0.008 0.001 261 K 0.320 0.283 0.218 0.125 0.042 0.012 0.001 262 I 0.125 0.107 0.165 0.229 0.241 0.121 0.012 263 M 0.169 0.159 0.191 0.211 0.170 0.088 0.011 264 E 0.286 0.275 0.189 0.138 0.076 0.033 0.004 265 D 0.371 0.264 0.174 0.118 0.050 0.021 0.003 266 T 0.434 0.232 0.153 0.114 0.048 0.017 0.002 267 D 0.517 0.291 0.108 0.053 0.022 0.008 0.001 268 L 0.161 0.109 0.162 0.237 0.210 0.104 0.017 269 T 0.213 0.264 0.192 0.155 0.115 0.055 0.007 270 S 0.235 0.250 0.228 0.161 0.087 0.034 0.004 271 K 0.168 0.250 0.256 0.199 0.090 0.032 0.005 272 A 0.079 0.108 0.133 0.197 0.225 0.210 0.047 273 L 0.049 0.068 0.128 0.240 0.281 0.201 0.033 274 D 0.210 0.349 0.225 0.128 0.059 0.025 0.003 275 F 0.039 0.068 0.131 0.252 0.275 0.199 0.035 276 L 0.052 0.065 0.092 0.187 0.298 0.266 0.040 277 Q 0.139 0.245 0.266 0.206 0.109 0.033 0.002 278 K 0.319 0.362 0.191 0.090 0.030 0.008 0.001 279 A 0.223 0.193 0.215 0.230 0.105 0.033 0.001 280 A 0.393 0.210 0.178 0.137 0.064 0.017 0.001 281 Q 0.732 0.189 0.052 0.019 0.006 0.001 0.001 282 Q 0.816 0.150 0.024 0.008 0.002 0.001 0.001