# TARGET T0405 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0405.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.05259 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.554 0.197 0.118 0.079 0.040 0.011 0.001 2 N 0.626 0.242 0.082 0.034 0.012 0.003 0.001 3 E 0.366 0.235 0.182 0.134 0.059 0.021 0.002 4 T 0.361 0.248 0.183 0.126 0.056 0.022 0.003 5 E 0.401 0.244 0.170 0.113 0.052 0.018 0.002 6 K 0.242 0.289 0.244 0.148 0.053 0.021 0.003 7 L 0.089 0.065 0.104 0.218 0.255 0.213 0.055 8 V 0.064 0.095 0.128 0.212 0.230 0.215 0.056 9 A 0.110 0.151 0.172 0.199 0.191 0.140 0.037 10 A 0.093 0.158 0.189 0.222 0.185 0.123 0.030 11 L 0.074 0.113 0.148 0.213 0.218 0.182 0.051 12 L 0.069 0.078 0.115 0.191 0.261 0.221 0.067 13 E 0.217 0.241 0.190 0.161 0.116 0.062 0.014 14 R 0.207 0.219 0.213 0.189 0.111 0.053 0.008 15 N 0.256 0.238 0.196 0.163 0.096 0.044 0.006 16 F 0.170 0.137 0.153 0.214 0.194 0.114 0.018 17 G 0.379 0.239 0.156 0.113 0.073 0.034 0.006 18 K 0.356 0.255 0.198 0.125 0.044 0.019 0.003 19 N 0.360 0.264 0.176 0.116 0.054 0.024 0.006 20 I 0.146 0.098 0.113 0.199 0.229 0.174 0.042 21 G 0.204 0.195 0.165 0.168 0.141 0.102 0.024 22 T 0.193 0.179 0.161 0.174 0.146 0.118 0.028 23 R 0.187 0.207 0.183 0.181 0.138 0.084 0.019 24 Y 0.170 0.140 0.152 0.187 0.193 0.130 0.028 25 P 0.357 0.233 0.168 0.124 0.071 0.038 0.009 26 G 0.480 0.247 0.130 0.082 0.039 0.019 0.004 27 N 0.387 0.221 0.159 0.126 0.066 0.033 0.008 28 E 0.373 0.219 0.154 0.127 0.081 0.039 0.007 29 A 0.428 0.280 0.151 0.082 0.037 0.018 0.004 30 A 0.234 0.165 0.169 0.194 0.149 0.077 0.012 31 Q 0.230 0.270 0.215 0.147 0.087 0.043 0.007 32 M 0.130 0.104 0.154 0.238 0.217 0.133 0.024 33 R 0.221 0.246 0.217 0.156 0.100 0.051 0.009 34 A 0.154 0.150 0.164 0.217 0.180 0.113 0.023 35 E 0.370 0.298 0.156 0.097 0.054 0.021 0.003 36 E 0.287 0.292 0.173 0.139 0.074 0.030 0.005 37 V 0.085 0.095 0.138 0.217 0.228 0.181 0.055 38 I 0.099 0.086 0.140 0.242 0.213 0.167 0.052 39 G 0.205 0.260 0.241 0.156 0.079 0.045 0.014 40 E 0.092 0.133 0.188 0.239 0.180 0.117 0.051 41 I 0.036 0.040 0.057 0.133 0.208 0.326 0.200 42 A 0.042 0.063 0.090 0.191 0.228 0.255 0.132 43 I 0.049 0.052 0.075 0.154 0.194 0.273 0.203 44 V 0.032 0.040 0.064 0.152 0.168 0.275 0.269 45 I 0.020 0.031 0.046 0.095 0.148 0.325 0.334 46 A 0.057 0.100 0.136 0.205 0.224 0.187 0.092 47 P 0.110 0.197 0.184 0.200 0.157 0.113 0.039 48 L 0.047 0.063 0.099 0.234 0.247 0.246 0.065 49 V 0.078 0.088 0.132 0.231 0.240 0.184 0.047 50 E 0.186 0.225 0.190 0.176 0.141 0.071 0.012 51 K 0.279 0.295 0.199 0.132 0.063 0.027 0.005 52 L 0.162 0.140 0.174 0.238 0.181 0.094 0.011 53 G 0.344 0.302 0.162 0.105 0.060 0.025 0.002 54 I 0.160 0.124 0.185 0.242 0.185 0.091 0.011 55 E 0.362 0.274 0.165 0.114 0.064 0.020 0.002 56 N 0.565 0.277 0.098 0.041 0.015 0.004 0.001 57 K 0.513 0.261 0.127 0.070 0.023 0.005 0.001 58 T 0.420 0.311 0.146 0.078 0.034 0.010 0.001 59 V 0.132 0.109 0.182 0.278 0.206 0.083 0.009 60 K 0.385 0.307 0.180 0.083 0.034 0.010 0.001 61 K 0.396 0.299 0.158 0.094 0.038 0.014 0.002 62 T 0.198 0.208 0.199 0.194 0.128 0.061 0.012 63 I 0.068 0.082 0.135 0.226 0.266 0.191 0.033 64 P 0.183 0.243 0.222 0.162 0.117 0.060 0.014 65 F 0.049 0.081 0.123 0.196 0.234 0.239 0.077 66 L 0.044 0.058 0.096 0.174 0.254 0.286 0.088 67 Y 0.055 0.118 0.177 0.222 0.227 0.169 0.031 68 E 0.121 0.251 0.228 0.195 0.139 0.058 0.009 69 L 0.045 0.059 0.112 0.260 0.293 0.202 0.029 70 Q 0.204 0.253 0.215 0.172 0.114 0.039 0.004 71 K 0.420 0.328 0.147 0.071 0.024 0.009 0.001 72 N 0.313 0.234 0.206 0.162 0.063 0.019 0.002 73 Q 0.247 0.277 0.199 0.157 0.080 0.036 0.004 74 F 0.126 0.105 0.143 0.211 0.222 0.158 0.035 75 C 0.163 0.141 0.172 0.198 0.187 0.113 0.026 76 D 0.247 0.253 0.191 0.144 0.091 0.056 0.017 77 M 0.174 0.126 0.133 0.176 0.177 0.148 0.066 78 S 0.238 0.213 0.145 0.142 0.120 0.100 0.042 79 A 0.147 0.129 0.136 0.171 0.174 0.162 0.082 80 Y 0.113 0.104 0.124 0.174 0.184 0.198 0.104 81 P 0.136 0.159 0.157 0.173 0.145 0.140 0.091 82 Y 0.035 0.039 0.063 0.117 0.194 0.293 0.259 83 P 0.043 0.072 0.099 0.153 0.196 0.245 0.191 84 L 0.016 0.020 0.030 0.067 0.145 0.352 0.368 85 L 0.016 0.026 0.040 0.099 0.161 0.326 0.332 86 L 0.015 0.021 0.031 0.077 0.136 0.341 0.380 87 V 0.024 0.039 0.060 0.136 0.209 0.316 0.215 88 N 0.069 0.142 0.185 0.216 0.190 0.148 0.049 89 G 0.105 0.134 0.147 0.211 0.198 0.164 0.042 90 T 0.190 0.190 0.175 0.174 0.146 0.100 0.025 91 S 0.258 0.189 0.169 0.168 0.118 0.080 0.019 92 T 0.406 0.238 0.156 0.106 0.056 0.030 0.008 93 D 0.375 0.235 0.156 0.119 0.067 0.039 0.010 94 T 0.264 0.189 0.143 0.154 0.133 0.090 0.027 95 E 0.205 0.168 0.168 0.185 0.158 0.096 0.021 96 K 0.250 0.274 0.205 0.139 0.079 0.043 0.010 97 Y 0.092 0.109 0.141 0.208 0.223 0.178 0.051 98 W 0.075 0.086 0.109 0.177 0.239 0.242 0.073 99 R 0.123 0.163 0.198 0.210 0.168 0.111 0.028 100 D 0.176 0.213 0.189 0.177 0.133 0.086 0.027 101 L 0.067 0.074 0.098 0.176 0.236 0.254 0.095 102 P 0.128 0.157 0.173 0.194 0.185 0.127 0.035 103 T 0.181 0.237 0.206 0.179 0.111 0.069 0.017 104 Y 0.094 0.100 0.133 0.206 0.238 0.182 0.048 105 W 0.075 0.079 0.097 0.154 0.234 0.279 0.082 106 T 0.129 0.170 0.196 0.217 0.162 0.099 0.026 107 D 0.275 0.258 0.198 0.145 0.080 0.037 0.007 108 D 0.220 0.256 0.209 0.170 0.087 0.046 0.011 109 A 0.116 0.127 0.158 0.212 0.210 0.139 0.039 110 N 0.119 0.176 0.211 0.222 0.163 0.093 0.017 111 K 0.095 0.188 0.240 0.227 0.141 0.088 0.020 112 I 0.032 0.032 0.054 0.140 0.221 0.350 0.171 113 V 0.020 0.034 0.059 0.134 0.195 0.332 0.227 114 L 0.014 0.029 0.055 0.110 0.211 0.357 0.225 115 P 0.046 0.117 0.151 0.197 0.221 0.184 0.085 116 Y 0.013 0.033 0.061 0.126 0.235 0.339 0.192 117 V 0.011 0.023 0.040 0.092 0.194 0.383 0.257 118 L 0.022 0.045 0.083 0.163 0.266 0.298 0.124 119 E 0.083 0.194 0.201 0.198 0.177 0.121 0.026 120 H 0.045 0.109 0.165 0.239 0.257 0.163 0.022 121 I 0.063 0.080 0.148 0.250 0.270 0.167 0.022 122 K 0.250 0.290 0.235 0.141 0.062 0.020 0.002 123 N 0.438 0.272 0.155 0.091 0.032 0.012 0.002 124 N 0.394 0.237 0.172 0.127 0.053 0.015 0.001 125 K 0.451 0.339 0.127 0.057 0.018 0.006 0.001 126 V 0.123 0.108 0.141 0.229 0.250 0.128 0.021 127 R 0.137 0.211 0.222 0.221 0.139 0.062 0.008 128 Q 0.204 0.224 0.220 0.180 0.109 0.053 0.009 129 K 0.120 0.195 0.261 0.234 0.120 0.055 0.014 130 L 0.087 0.071 0.090 0.182 0.231 0.247 0.092 131 L 0.091 0.087 0.112 0.184 0.204 0.215 0.108 132 A 0.137 0.142 0.148 0.186 0.145 0.148 0.094 133 F 0.093 0.076 0.094 0.161 0.171 0.224 0.181 134 H 0.092 0.110 0.123 0.176 0.170 0.189 0.139 135 A 0.110 0.099 0.112 0.175 0.185 0.194 0.125 136 W 0.116 0.099 0.106 0.192 0.180 0.182 0.124 137 L 0.083 0.074 0.088 0.167 0.181 0.243 0.164 138 L 0.081 0.078 0.097 0.178 0.193 0.233 0.139 139 G 0.168 0.188 0.158 0.172 0.148 0.115 0.050 140 E 0.131 0.162 0.154 0.185 0.174 0.139 0.055 141 V 0.092 0.089 0.098 0.168 0.213 0.243 0.097 142 V 0.116 0.114 0.140 0.202 0.224 0.163 0.041 143 E 0.237 0.249 0.199 0.151 0.094 0.056 0.013 144 M 0.120 0.114 0.150 0.222 0.225 0.144 0.025 145 N 0.284 0.225 0.191 0.160 0.093 0.041 0.006 146 E 0.463 0.260 0.128 0.086 0.045 0.016 0.002 147 A 0.579 0.282 0.088 0.035 0.012 0.004 0.001 148 L 0.181 0.138 0.204 0.257 0.151 0.061 0.007 149 G 0.350 0.291 0.184 0.100 0.050 0.022 0.003 150 A 0.170 0.164 0.214 0.239 0.137 0.066 0.010 151 D 0.258 0.336 0.216 0.113 0.053 0.021 0.004 152 F 0.037 0.056 0.091 0.208 0.286 0.260 0.062 153 R 0.032 0.110 0.197 0.279 0.209 0.136 0.037 154 V 0.013 0.026 0.044 0.120 0.231 0.419 0.147 155 K 0.023 0.093 0.184 0.288 0.244 0.139 0.028 156 L 0.012 0.025 0.043 0.110 0.225 0.432 0.153 157 V 0.018 0.043 0.092 0.207 0.238 0.280 0.121 158 F 0.031 0.053 0.088 0.175 0.261 0.289 0.104 159 E 0.125 0.196 0.199 0.202 0.158 0.094 0.027 160 S 0.290 0.273 0.156 0.128 0.088 0.053 0.012 161 D 0.243 0.228 0.189 0.167 0.092 0.061 0.020 162 M 0.155 0.115 0.137 0.189 0.209 0.152 0.042 163 R 0.222 0.228 0.205 0.158 0.098 0.065 0.024 164 I 0.116 0.093 0.111 0.180 0.211 0.210 0.079 165 R 0.147 0.203 0.188 0.188 0.141 0.102 0.031 166 L 0.096 0.080 0.109 0.191 0.215 0.223 0.085 167 R 0.103 0.175 0.186 0.200 0.177 0.121 0.037 168 V 0.076 0.087 0.112 0.199 0.219 0.230 0.078 169 Y 0.101 0.124 0.166 0.221 0.210 0.140 0.037 170 E 0.212 0.278 0.195 0.151 0.090 0.058 0.016 171 V 0.077 0.068 0.108 0.222 0.233 0.207 0.084 172 E 0.152 0.194 0.176 0.186 0.162 0.104 0.026 173 Q 0.168 0.207 0.199 0.184 0.128 0.086 0.029 174 I 0.064 0.068 0.097 0.178 0.241 0.245 0.107 175 A 0.079 0.099 0.120 0.187 0.192 0.214 0.107 176 I 0.045 0.045 0.067 0.125 0.198 0.301 0.218 177 E 0.079 0.118 0.135 0.168 0.174 0.191 0.135 178 V 0.043 0.040 0.055 0.109 0.182 0.327 0.245 179 H 0.075 0.101 0.117 0.166 0.195 0.217 0.129 180 F 0.064 0.077 0.090 0.151 0.216 0.277 0.125 181 L 0.091 0.097 0.121 0.190 0.220 0.205 0.076 182 D 0.198 0.223 0.198 0.175 0.116 0.074 0.016 183 N 0.317 0.234 0.167 0.142 0.086 0.045 0.009 184 H 0.392 0.201 0.150 0.129 0.081 0.040 0.008 185 D 0.526 0.235 0.117 0.070 0.034 0.016 0.003 186 T 0.483 0.205 0.125 0.099 0.055 0.027 0.005 187 E 0.433 0.217 0.134 0.107 0.071 0.033 0.006 188 Q 0.463 0.250 0.142 0.081 0.041 0.018 0.004 189 Q 0.334 0.229 0.167 0.140 0.083 0.039 0.007 190 H 0.257 0.190 0.180 0.169 0.120 0.069 0.016 191 L 0.165 0.133 0.164 0.209 0.175 0.125 0.029 192 G 0.342 0.276 0.170 0.109 0.059 0.034 0.010 193 Y 0.102 0.102 0.141 0.217 0.229 0.169 0.039 194 D 0.197 0.257 0.204 0.164 0.102 0.061 0.015 195 V 0.064 0.065 0.103 0.219 0.266 0.234 0.050 196 S 0.190 0.262 0.215 0.162 0.106 0.054 0.010 197 L 0.062 0.091 0.150 0.257 0.268 0.154 0.019 198 D 0.211 0.307 0.230 0.144 0.076 0.029 0.003 199 A 0.161 0.178 0.222 0.253 0.140 0.043 0.003 200 D 0.505 0.348 0.094 0.034 0.014 0.004 0.001 201 F 0.119 0.113 0.203 0.304 0.188 0.068 0.005 202 T 0.491 0.302 0.125 0.054 0.021 0.006 0.001 203 E 0.519 0.297 0.109 0.052 0.017 0.005 0.001 204 K 0.231 0.269 0.243 0.167 0.065 0.022 0.004 205 A 0.079 0.101 0.147 0.237 0.261 0.152 0.023 206 R 0.086 0.185 0.245 0.253 0.146 0.075 0.011 207 L 0.065 0.091 0.134 0.203 0.244 0.217 0.047 208 L 0.052 0.075 0.121 0.217 0.227 0.227 0.080 209 L 0.055 0.062 0.089 0.182 0.226 0.255 0.130 210 R 0.088 0.141 0.174 0.196 0.194 0.148 0.059 211 Q 0.158 0.196 0.190 0.194 0.135 0.096 0.031 212 G 0.189 0.189 0.150 0.172 0.145 0.115 0.041 213 I 0.112 0.099 0.110 0.177 0.195 0.212 0.095 214 L 0.130 0.091 0.112 0.170 0.215 0.203 0.079 215 T 0.240 0.236 0.184 0.149 0.096 0.069 0.027 216 E 0.153 0.151 0.138 0.178 0.184 0.149 0.047 217 N 0.202 0.186 0.168 0.172 0.137 0.100 0.036 218 L 0.178 0.137 0.159 0.195 0.166 0.124 0.040 219 G 0.293 0.248 0.161 0.126 0.078 0.065 0.030 220 L 0.107 0.071 0.112 0.199 0.218 0.212 0.082 221 E 0.237 0.271 0.192 0.134 0.091 0.058 0.017 222 A 0.093 0.112 0.134 0.190 0.194 0.186 0.091 223 L 0.066 0.062 0.083 0.164 0.230 0.264 0.131 224 K 0.115 0.179 0.194 0.203 0.161 0.116 0.032 225 A 0.115 0.121 0.132 0.171 0.200 0.180 0.082 226 Y 0.058 0.083 0.102 0.175 0.192 0.244 0.147 227 M 0.048 0.051 0.077 0.150 0.221 0.286 0.167 228 K 0.130 0.164 0.187 0.190 0.160 0.116 0.053 229 S 0.126 0.130 0.130 0.167 0.175 0.180 0.091 230 V 0.059 0.056 0.072 0.149 0.182 0.272 0.209 231 L 0.058 0.065 0.077 0.133 0.229 0.283 0.156 232 P 0.123 0.147 0.150 0.168 0.168 0.157 0.088 233 I 0.059 0.074 0.091 0.160 0.217 0.272 0.127 234 A 0.098 0.116 0.132 0.191 0.195 0.194 0.074 235 H 0.092 0.130 0.182 0.224 0.202 0.137 0.033 236 S 0.173 0.265 0.216 0.170 0.103 0.060 0.012 237 L 0.102 0.102 0.181 0.283 0.214 0.105 0.014 238 K 0.473 0.329 0.118 0.052 0.021 0.006 0.001 239 N 0.256 0.301 0.212 0.152 0.055 0.022 0.003 240 L 0.092 0.079 0.153 0.278 0.267 0.120 0.012 241 E 0.366 0.375 0.149 0.070 0.030 0.009 0.001 242 H 0.287 0.336 0.201 0.109 0.049 0.015 0.002 243 L 0.087 0.083 0.144 0.264 0.266 0.141 0.016 244 T 0.209 0.272 0.228 0.156 0.102 0.032 0.002 245 F 0.231 0.258 0.219 0.165 0.096 0.028 0.002 246 E 0.420 0.320 0.137 0.075 0.039 0.009 0.001 247 E 0.320 0.315 0.173 0.119 0.056 0.016 0.001 248 T 0.234 0.234 0.251 0.174 0.084 0.021 0.002 249 K 0.390 0.270 0.197 0.103 0.034 0.006 0.001 250 K 0.352 0.369 0.180 0.072 0.021 0.005 0.001 251 L 0.076 0.082 0.137 0.281 0.281 0.133 0.011 252 T 0.189 0.290 0.255 0.169 0.077 0.019 0.001 253 K 0.248 0.395 0.229 0.096 0.025 0.006 0.001 254 L 0.061 0.087 0.185 0.316 0.250 0.094 0.005 255 L 0.076 0.107 0.209 0.294 0.233 0.078 0.004 256 T 0.312 0.334 0.217 0.097 0.034 0.006 0.001 257 Q 0.627 0.294 0.052 0.019 0.006 0.001 0.001 258 E 0.585 0.296 0.071 0.034 0.012 0.002 0.001 259 E 0.459 0.283 0.140 0.081 0.031 0.006 0.001 260 P 0.482 0.285 0.148 0.062 0.020 0.004 0.001 261 K 0.305 0.303 0.229 0.119 0.035 0.008 0.001 262 I 0.110 0.109 0.179 0.242 0.243 0.108 0.009 263 M 0.146 0.150 0.204 0.222 0.176 0.091 0.011 264 E 0.269 0.277 0.205 0.138 0.076 0.032 0.004 265 D 0.353 0.270 0.180 0.121 0.052 0.021 0.003 266 T 0.382 0.230 0.171 0.130 0.061 0.022 0.003 267 D 0.487 0.295 0.120 0.061 0.026 0.010 0.002 268 L 0.154 0.103 0.156 0.228 0.220 0.118 0.022 269 T 0.209 0.265 0.192 0.156 0.113 0.057 0.009 270 S 0.242 0.248 0.218 0.157 0.090 0.040 0.006 271 K 0.155 0.237 0.257 0.207 0.099 0.038 0.007 272 A 0.073 0.104 0.128 0.191 0.232 0.218 0.055 273 L 0.043 0.061 0.118 0.229 0.286 0.223 0.042 274 D 0.177 0.327 0.243 0.147 0.072 0.032 0.004 275 F 0.034 0.063 0.128 0.248 0.280 0.206 0.040 276 L 0.040 0.053 0.076 0.168 0.299 0.308 0.057 277 Q 0.121 0.229 0.263 0.223 0.122 0.039 0.003 278 K 0.325 0.376 0.177 0.083 0.030 0.009 0.001 279 A 0.203 0.204 0.224 0.225 0.109 0.034 0.002 280 A 0.324 0.193 0.200 0.171 0.085 0.025 0.002 281 Q 0.717 0.194 0.060 0.021 0.007 0.002 0.001 282 Q 0.812 0.149 0.027 0.009 0.002 0.001 0.001