# TARGET T0405 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0405.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.05259 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.708 0.157 0.091 0.030 0.011 0.003 0.001 2 N 0.676 0.178 0.098 0.035 0.011 0.003 0.001 3 E 0.546 0.222 0.134 0.066 0.025 0.007 0.001 4 T 0.548 0.218 0.140 0.060 0.024 0.010 0.001 5 E 0.435 0.251 0.154 0.105 0.040 0.013 0.002 6 K 0.290 0.253 0.222 0.143 0.063 0.025 0.004 7 L 0.096 0.098 0.132 0.197 0.251 0.193 0.033 8 V 0.084 0.105 0.119 0.195 0.221 0.209 0.067 9 A 0.099 0.130 0.161 0.198 0.194 0.157 0.061 10 A 0.110 0.143 0.165 0.207 0.170 0.150 0.055 11 L 0.109 0.127 0.161 0.185 0.192 0.161 0.065 12 L 0.101 0.080 0.091 0.151 0.217 0.258 0.102 13 E 0.172 0.184 0.203 0.188 0.146 0.087 0.021 14 R 0.208 0.224 0.190 0.195 0.108 0.063 0.013 15 N 0.250 0.215 0.203 0.153 0.109 0.060 0.010 16 F 0.197 0.145 0.161 0.209 0.172 0.099 0.017 17 G 0.348 0.241 0.186 0.131 0.062 0.028 0.004 18 K 0.532 0.237 0.136 0.061 0.023 0.010 0.002 19 N 0.361 0.274 0.186 0.103 0.050 0.022 0.004 20 I 0.144 0.113 0.140 0.205 0.214 0.156 0.029 21 G 0.207 0.222 0.202 0.195 0.113 0.053 0.008 22 T 0.230 0.218 0.200 0.167 0.112 0.062 0.011 23 R 0.173 0.164 0.197 0.207 0.162 0.085 0.012 24 Y 0.167 0.144 0.173 0.213 0.187 0.102 0.015 25 P 0.378 0.245 0.174 0.124 0.056 0.020 0.003 26 G 0.535 0.231 0.130 0.066 0.026 0.010 0.001 27 N 0.522 0.215 0.142 0.072 0.034 0.014 0.002 28 E 0.470 0.265 0.125 0.090 0.036 0.013 0.002 29 A 0.430 0.235 0.178 0.094 0.042 0.018 0.002 30 A 0.184 0.145 0.165 0.224 0.182 0.092 0.008 31 Q 0.225 0.224 0.246 0.164 0.091 0.045 0.006 32 M 0.164 0.133 0.160 0.206 0.198 0.121 0.017 33 R 0.220 0.240 0.232 0.168 0.091 0.041 0.008 34 A 0.169 0.145 0.152 0.201 0.183 0.130 0.021 35 E 0.325 0.257 0.195 0.140 0.056 0.024 0.004 36 E 0.271 0.286 0.215 0.127 0.063 0.033 0.005 37 V 0.097 0.106 0.150 0.223 0.242 0.156 0.025 38 I 0.096 0.123 0.151 0.235 0.202 0.156 0.037 39 G 0.263 0.267 0.218 0.142 0.064 0.036 0.010 40 E 0.134 0.188 0.218 0.195 0.146 0.088 0.031 41 I 0.041 0.057 0.069 0.133 0.221 0.323 0.156 42 A 0.054 0.080 0.102 0.168 0.205 0.245 0.145 43 I 0.064 0.077 0.086 0.131 0.181 0.275 0.185 44 V 0.044 0.066 0.086 0.153 0.208 0.246 0.196 45 I 0.031 0.032 0.035 0.068 0.146 0.355 0.332 46 A 0.048 0.078 0.110 0.198 0.221 0.226 0.118 47 P 0.108 0.169 0.206 0.188 0.145 0.131 0.053 48 L 0.066 0.086 0.139 0.221 0.251 0.189 0.048 49 V 0.105 0.089 0.107 0.178 0.246 0.218 0.058 50 E 0.241 0.255 0.214 0.166 0.082 0.036 0.006 51 K 0.343 0.270 0.215 0.110 0.041 0.018 0.003 52 L 0.145 0.133 0.147 0.241 0.202 0.120 0.012 53 G 0.277 0.301 0.216 0.120 0.059 0.024 0.002 54 I 0.225 0.160 0.175 0.217 0.153 0.064 0.005 55 E 0.373 0.256 0.188 0.122 0.047 0.014 0.001 56 N 0.567 0.244 0.123 0.046 0.015 0.005 0.001 57 K 0.547 0.248 0.114 0.066 0.020 0.005 0.001 58 T 0.410 0.282 0.187 0.077 0.033 0.011 0.001 59 V 0.147 0.137 0.181 0.273 0.198 0.060 0.003 60 K 0.439 0.284 0.163 0.085 0.023 0.006 0.001 61 K 0.410 0.284 0.166 0.088 0.038 0.012 0.001 62 T 0.284 0.242 0.202 0.143 0.084 0.040 0.006 63 I 0.084 0.110 0.159 0.266 0.230 0.129 0.021 64 P 0.228 0.288 0.242 0.142 0.065 0.029 0.005 65 F 0.066 0.103 0.155 0.225 0.244 0.174 0.032 66 L 0.062 0.068 0.094 0.158 0.259 0.288 0.071 67 Y 0.078 0.129 0.185 0.250 0.199 0.134 0.025 68 E 0.147 0.240 0.277 0.188 0.097 0.043 0.008 69 L 0.064 0.078 0.124 0.245 0.264 0.197 0.028 70 Q 0.175 0.230 0.224 0.179 0.119 0.061 0.013 71 K 0.272 0.298 0.188 0.152 0.058 0.027 0.005 72 N 0.270 0.243 0.189 0.169 0.090 0.034 0.005 73 Q 0.200 0.218 0.220 0.181 0.108 0.063 0.011 74 F 0.146 0.129 0.136 0.194 0.207 0.154 0.034 75 C 0.181 0.176 0.171 0.209 0.147 0.094 0.022 76 D 0.328 0.224 0.176 0.129 0.078 0.049 0.015 77 M 0.250 0.162 0.144 0.159 0.136 0.110 0.040 78 S 0.259 0.199 0.162 0.140 0.107 0.094 0.040 79 A 0.192 0.169 0.154 0.158 0.143 0.131 0.054 80 Y 0.131 0.138 0.141 0.190 0.176 0.152 0.071 81 P 0.116 0.144 0.152 0.163 0.161 0.162 0.102 82 Y 0.047 0.059 0.085 0.147 0.209 0.273 0.180 83 P 0.045 0.068 0.095 0.156 0.201 0.246 0.190 84 L 0.024 0.029 0.046 0.080 0.163 0.342 0.315 85 L 0.025 0.029 0.038 0.075 0.139 0.306 0.388 86 L 0.027 0.027 0.037 0.068 0.126 0.338 0.377 87 V 0.051 0.054 0.066 0.135 0.222 0.261 0.211 88 N 0.165 0.168 0.168 0.182 0.138 0.116 0.064 89 G 0.180 0.144 0.153 0.170 0.166 0.138 0.049 90 T 0.268 0.196 0.168 0.149 0.113 0.082 0.023 91 S 0.350 0.229 0.159 0.125 0.082 0.045 0.009 92 T 0.413 0.229 0.148 0.111 0.064 0.030 0.005 93 D 0.292 0.228 0.183 0.142 0.095 0.053 0.008 94 T 0.245 0.167 0.169 0.161 0.134 0.101 0.024 95 E 0.198 0.217 0.188 0.216 0.118 0.053 0.011 96 K 0.170 0.240 0.263 0.179 0.088 0.049 0.011 97 Y 0.054 0.068 0.130 0.235 0.265 0.213 0.036 98 W 0.050 0.064 0.102 0.183 0.283 0.254 0.062 99 R 0.121 0.218 0.233 0.218 0.125 0.069 0.015 100 D 0.164 0.220 0.243 0.185 0.114 0.057 0.017 101 L 0.073 0.087 0.110 0.186 0.224 0.247 0.073 102 P 0.172 0.222 0.205 0.200 0.115 0.068 0.018 103 T 0.199 0.253 0.222 0.163 0.098 0.054 0.012 104 Y 0.096 0.105 0.143 0.213 0.223 0.183 0.037 105 W 0.091 0.103 0.131 0.195 0.236 0.199 0.046 106 T 0.198 0.202 0.191 0.197 0.127 0.070 0.015 107 D 0.336 0.235 0.183 0.134 0.070 0.035 0.008 108 D 0.293 0.228 0.198 0.130 0.084 0.052 0.015 109 A 0.168 0.153 0.157 0.197 0.161 0.127 0.037 110 N 0.210 0.223 0.187 0.176 0.114 0.072 0.017 111 K 0.158 0.196 0.211 0.199 0.133 0.081 0.022 112 I 0.051 0.055 0.079 0.139 0.236 0.320 0.119 113 V 0.058 0.083 0.101 0.151 0.183 0.262 0.162 114 L 0.040 0.059 0.075 0.149 0.208 0.295 0.173 115 P 0.067 0.128 0.181 0.218 0.183 0.136 0.087 116 Y 0.033 0.053 0.082 0.135 0.203 0.309 0.185 117 V 0.031 0.039 0.049 0.100 0.207 0.359 0.215 118 L 0.044 0.057 0.095 0.178 0.241 0.279 0.106 119 E 0.134 0.212 0.242 0.198 0.120 0.073 0.021 120 H 0.091 0.143 0.195 0.230 0.196 0.127 0.018 121 I 0.105 0.091 0.127 0.218 0.266 0.169 0.025 122 K 0.335 0.281 0.204 0.117 0.045 0.017 0.002 123 N 0.454 0.256 0.150 0.088 0.037 0.013 0.001 124 N 0.371 0.241 0.195 0.121 0.051 0.020 0.002 125 K 0.464 0.288 0.163 0.058 0.018 0.008 0.001 126 V 0.107 0.141 0.175 0.254 0.228 0.086 0.008 127 R 0.139 0.180 0.203 0.230 0.148 0.087 0.014 128 Q 0.157 0.180 0.199 0.214 0.157 0.079 0.014 129 K 0.177 0.222 0.231 0.194 0.103 0.056 0.017 130 L 0.074 0.084 0.096 0.157 0.231 0.263 0.095 131 L 0.110 0.117 0.107 0.161 0.178 0.207 0.120 132 A 0.134 0.128 0.120 0.167 0.160 0.173 0.118 133 F 0.128 0.096 0.089 0.125 0.158 0.217 0.187 134 H 0.154 0.123 0.105 0.147 0.152 0.178 0.141 135 A 0.204 0.145 0.116 0.135 0.142 0.152 0.106 136 W 0.165 0.115 0.121 0.138 0.157 0.192 0.112 137 L 0.138 0.096 0.096 0.127 0.169 0.220 0.154 138 L 0.162 0.119 0.112 0.149 0.158 0.184 0.116 139 G 0.259 0.188 0.164 0.149 0.114 0.086 0.041 140 E 0.173 0.176 0.205 0.189 0.132 0.090 0.035 141 V 0.095 0.065 0.083 0.139 0.234 0.297 0.088 142 V 0.121 0.139 0.156 0.205 0.194 0.152 0.032 143 E 0.224 0.263 0.229 0.159 0.077 0.039 0.008 144 M 0.154 0.118 0.154 0.239 0.206 0.112 0.017 145 N 0.288 0.218 0.189 0.166 0.090 0.043 0.006 146 E 0.523 0.236 0.140 0.067 0.024 0.009 0.001 147 A 0.600 0.236 0.109 0.036 0.013 0.005 0.001 148 L 0.197 0.164 0.183 0.232 0.152 0.066 0.006 149 G 0.387 0.298 0.173 0.086 0.036 0.018 0.002 150 A 0.212 0.208 0.180 0.213 0.128 0.052 0.006 151 D 0.325 0.281 0.222 0.109 0.041 0.019 0.004 152 F 0.052 0.085 0.128 0.232 0.291 0.182 0.029 153 R 0.088 0.158 0.227 0.227 0.160 0.106 0.033 154 V 0.026 0.041 0.063 0.144 0.281 0.341 0.105 155 K 0.062 0.147 0.239 0.276 0.161 0.085 0.030 156 L 0.038 0.063 0.079 0.135 0.223 0.342 0.120 157 V 0.057 0.082 0.113 0.178 0.222 0.245 0.102 158 F 0.075 0.082 0.097 0.180 0.229 0.238 0.098 159 E 0.171 0.195 0.189 0.200 0.137 0.081 0.027 160 S 0.269 0.216 0.180 0.146 0.095 0.072 0.022 161 D 0.313 0.213 0.179 0.130 0.085 0.062 0.019 162 M 0.186 0.151 0.129 0.180 0.173 0.141 0.039 163 R 0.230 0.196 0.206 0.159 0.114 0.076 0.020 164 I 0.166 0.130 0.131 0.183 0.181 0.159 0.049 165 R 0.190 0.186 0.189 0.187 0.132 0.093 0.024 166 L 0.154 0.122 0.140 0.178 0.195 0.169 0.042 167 R 0.148 0.185 0.236 0.211 0.130 0.073 0.016 168 V 0.133 0.126 0.138 0.195 0.206 0.172 0.030 169 Y 0.136 0.170 0.192 0.253 0.160 0.078 0.012 170 E 0.352 0.291 0.224 0.085 0.029 0.015 0.004 171 V 0.095 0.106 0.134 0.260 0.235 0.148 0.023 172 E 0.151 0.225 0.219 0.205 0.114 0.073 0.014 173 Q 0.161 0.249 0.231 0.184 0.102 0.059 0.013 174 I 0.060 0.085 0.109 0.200 0.247 0.234 0.064 175 A 0.059 0.110 0.139 0.198 0.207 0.205 0.082 176 I 0.051 0.069 0.083 0.153 0.214 0.281 0.150 177 E 0.089 0.141 0.183 0.228 0.173 0.126 0.062 178 V 0.057 0.070 0.081 0.138 0.212 0.302 0.140 179 H 0.108 0.145 0.155 0.188 0.182 0.156 0.065 180 F 0.165 0.136 0.131 0.168 0.184 0.161 0.055 181 L 0.186 0.127 0.139 0.220 0.199 0.106 0.022 182 D 0.493 0.241 0.148 0.074 0.029 0.013 0.002 183 N 0.536 0.221 0.136 0.062 0.030 0.013 0.002 184 H 0.461 0.212 0.152 0.099 0.054 0.019 0.002 185 D 0.576 0.264 0.083 0.052 0.017 0.006 0.001 186 T 0.489 0.203 0.144 0.092 0.054 0.017 0.001 187 E 0.371 0.209 0.182 0.133 0.069 0.032 0.004 188 Q 0.287 0.215 0.210 0.161 0.086 0.035 0.005 189 Q 0.275 0.231 0.198 0.162 0.087 0.041 0.006 190 H 0.222 0.168 0.183 0.172 0.145 0.092 0.017 191 L 0.169 0.145 0.151 0.206 0.173 0.128 0.029 192 G 0.288 0.240 0.202 0.134 0.078 0.046 0.013 193 Y 0.178 0.168 0.151 0.218 0.155 0.105 0.025 194 D 0.298 0.233 0.208 0.128 0.074 0.046 0.012 195 V 0.156 0.131 0.133 0.204 0.192 0.154 0.031 196 S 0.288 0.228 0.205 0.143 0.085 0.043 0.009 197 L 0.146 0.136 0.154 0.219 0.200 0.129 0.017 198 D 0.319 0.291 0.201 0.119 0.048 0.021 0.002 199 A 0.208 0.197 0.183 0.219 0.137 0.051 0.005 200 D 0.381 0.354 0.160 0.073 0.023 0.008 0.001 201 F 0.108 0.113 0.174 0.305 0.228 0.068 0.004 202 T 0.483 0.288 0.146 0.063 0.015 0.005 0.001 203 E 0.469 0.298 0.137 0.065 0.023 0.007 0.001 204 K 0.231 0.259 0.254 0.160 0.070 0.023 0.003 205 A 0.051 0.085 0.135 0.251 0.271 0.184 0.023 206 R 0.085 0.169 0.245 0.250 0.156 0.081 0.014 207 L 0.066 0.114 0.152 0.199 0.224 0.196 0.049 208 L 0.050 0.077 0.115 0.169 0.223 0.267 0.100 209 L 0.044 0.052 0.067 0.132 0.220 0.314 0.172 210 R 0.096 0.130 0.157 0.217 0.187 0.147 0.067 211 Q 0.153 0.177 0.196 0.180 0.136 0.110 0.048 212 G 0.113 0.146 0.160 0.195 0.177 0.154 0.055 213 I 0.109 0.096 0.106 0.153 0.208 0.234 0.096 214 L 0.136 0.128 0.127 0.191 0.193 0.168 0.056 215 T 0.276 0.210 0.188 0.142 0.091 0.066 0.027 216 E 0.172 0.136 0.132 0.178 0.163 0.157 0.062 217 N 0.236 0.180 0.169 0.143 0.119 0.106 0.049 218 L 0.135 0.122 0.119 0.168 0.186 0.191 0.079 219 G 0.159 0.161 0.159 0.167 0.143 0.136 0.076 220 L 0.080 0.066 0.085 0.133 0.191 0.291 0.154 221 E 0.127 0.173 0.195 0.208 0.147 0.101 0.049 222 A 0.077 0.080 0.106 0.151 0.202 0.247 0.137 223 L 0.051 0.044 0.053 0.103 0.200 0.340 0.209 224 K 0.080 0.144 0.195 0.227 0.160 0.130 0.065 225 A 0.075 0.118 0.143 0.191 0.196 0.194 0.082 226 Y 0.059 0.087 0.119 0.176 0.209 0.235 0.114 227 M 0.067 0.075 0.082 0.144 0.207 0.264 0.162 228 K 0.115 0.165 0.173 0.201 0.163 0.124 0.059 229 S 0.108 0.135 0.161 0.186 0.160 0.159 0.090 230 V 0.079 0.079 0.092 0.139 0.186 0.256 0.169 231 L 0.071 0.084 0.082 0.148 0.200 0.266 0.149 232 P 0.117 0.137 0.159 0.179 0.177 0.158 0.073 233 I 0.073 0.078 0.093 0.153 0.218 0.280 0.105 234 A 0.099 0.115 0.147 0.201 0.211 0.180 0.046 235 H 0.154 0.175 0.190 0.215 0.148 0.098 0.019 236 S 0.230 0.286 0.246 0.131 0.069 0.033 0.005 237 L 0.089 0.098 0.160 0.293 0.245 0.106 0.009 238 K 0.480 0.332 0.118 0.053 0.012 0.004 0.001 239 N 0.304 0.314 0.195 0.118 0.054 0.014 0.001 240 L 0.112 0.093 0.164 0.306 0.239 0.081 0.005 241 E 0.415 0.332 0.168 0.067 0.014 0.004 0.001 242 H 0.312 0.303 0.197 0.119 0.055 0.013 0.001 243 L 0.132 0.113 0.160 0.260 0.217 0.112 0.007 244 T 0.295 0.303 0.236 0.107 0.043 0.015 0.001 245 F 0.256 0.224 0.212 0.183 0.095 0.028 0.002 246 E 0.420 0.265 0.163 0.098 0.038 0.014 0.001 247 E 0.336 0.266 0.198 0.117 0.057 0.024 0.001 248 T 0.273 0.247 0.219 0.159 0.077 0.024 0.001 249 K 0.344 0.302 0.183 0.127 0.035 0.008 0.001 250 K 0.472 0.321 0.136 0.053 0.014 0.003 0.001 251 L 0.083 0.079 0.134 0.327 0.270 0.102 0.004 252 T 0.378 0.248 0.244 0.102 0.022 0.006 0.001 253 K 0.438 0.350 0.163 0.036 0.010 0.003 0.001 254 L 0.116 0.156 0.230 0.288 0.159 0.051 0.002 255 L 0.106 0.146 0.190 0.272 0.210 0.074 0.003 256 T 0.446 0.305 0.169 0.062 0.016 0.003 0.001 257 Q 0.649 0.230 0.082 0.030 0.008 0.001 0.001 258 E 0.583 0.275 0.095 0.035 0.009 0.002 0.001 259 E 0.408 0.253 0.179 0.109 0.040 0.010 0.001 260 P 0.391 0.269 0.184 0.112 0.036 0.008 0.001 261 K 0.301 0.321 0.203 0.120 0.043 0.012 0.001 262 I 0.119 0.130 0.190 0.244 0.217 0.094 0.005 263 M 0.191 0.174 0.199 0.214 0.146 0.070 0.008 264 E 0.323 0.241 0.200 0.142 0.066 0.025 0.004 265 D 0.387 0.233 0.173 0.114 0.063 0.026 0.004 266 T 0.359 0.237 0.169 0.136 0.063 0.031 0.004 267 D 0.464 0.256 0.161 0.069 0.032 0.015 0.002 268 L 0.177 0.152 0.174 0.223 0.172 0.090 0.011 269 T 0.268 0.251 0.187 0.155 0.083 0.049 0.007 270 S 0.320 0.249 0.200 0.133 0.067 0.026 0.004 271 K 0.215 0.268 0.232 0.167 0.079 0.033 0.006 272 A 0.055 0.086 0.120 0.196 0.251 0.240 0.053 273 L 0.029 0.052 0.114 0.228 0.305 0.228 0.044 274 D 0.115 0.288 0.312 0.186 0.066 0.027 0.006 275 F 0.034 0.072 0.146 0.253 0.295 0.173 0.028 276 L 0.029 0.038 0.062 0.139 0.323 0.355 0.054 277 Q 0.095 0.206 0.280 0.247 0.125 0.043 0.004 278 K 0.273 0.405 0.196 0.089 0.028 0.008 0.001 279 A 0.132 0.175 0.230 0.264 0.147 0.051 0.002 280 A 0.271 0.246 0.218 0.176 0.072 0.016 0.001 281 Q 0.649 0.235 0.080 0.029 0.006 0.001 0.001 282 Q 0.844 0.124 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001