# TARGET T0404 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0404.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.9567 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.229 0.144 0.067 0.122 0.110 0.080 0.113 0.067 0.037 0.020 0.011 2 S 0.183 0.102 0.060 0.098 0.095 0.088 0.137 0.085 0.072 0.050 0.030 3 K 0.277 0.196 0.136 0.174 0.098 0.044 0.038 0.019 0.010 0.005 0.002 4 R 0.147 0.188 0.131 0.228 0.126 0.070 0.060 0.028 0.013 0.006 0.003 5 A 0.032 0.024 0.042 0.080 0.104 0.128 0.187 0.147 0.113 0.087 0.057 6 N 0.031 0.090 0.236 0.207 0.141 0.112 0.100 0.045 0.021 0.011 0.004 7 K 0.009 0.032 0.145 0.209 0.190 0.127 0.130 0.076 0.044 0.025 0.012 8 L 0.002 0.002 0.008 0.006 0.010 0.024 0.083 0.110 0.231 0.316 0.209 9 V 0.006 0.044 0.093 0.207 0.201 0.166 0.136 0.067 0.047 0.023 0.011 10 I 0.004 0.003 0.023 0.014 0.028 0.030 0.086 0.184 0.175 0.212 0.242 11 V 0.003 0.006 0.019 0.036 0.082 0.104 0.189 0.178 0.163 0.130 0.089 12 T 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.008 0.032 0.069 0.222 0.292 0.362 13 E 0.003 0.006 0.024 0.057 0.134 0.171 0.268 0.149 0.103 0.058 0.028 14 K 0.072 0.067 0.351 0.196 0.110 0.076 0.077 0.024 0.015 0.007 0.003 15 V 0.025 0.020 0.064 0.094 0.141 0.160 0.259 0.130 0.053 0.033 0.021 16 L 0.005 0.024 0.033 0.046 0.058 0.080 0.178 0.160 0.178 0.176 0.063 17 L 0.003 0.009 0.035 0.048 0.083 0.210 0.336 0.119 0.084 0.057 0.016 18 K 0.036 0.042 0.760 0.123 0.028 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 19 K 0.017 0.039 0.107 0.168 0.186 0.202 0.201 0.059 0.013 0.006 0.002 20 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.016 0.049 0.176 0.285 0.465 21 A 0.002 0.003 0.019 0.036 0.126 0.239 0.336 0.125 0.062 0.039 0.013 22 K 0.003 0.012 0.895 0.074 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.001 0.003 0.013 0.025 0.060 0.212 0.425 0.142 0.069 0.035 0.015 24 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.021 0.145 0.282 0.543 25 E 0.008 0.019 0.134 0.169 0.284 0.148 0.156 0.056 0.016 0.008 0.003 26 E 0.004 0.030 0.656 0.169 0.075 0.039 0.016 0.006 0.003 0.002 0.001 27 A 0.003 0.003 0.005 0.007 0.014 0.131 0.250 0.141 0.199 0.162 0.083 28 G 0.292 0.160 0.030 0.146 0.086 0.056 0.095 0.062 0.040 0.020 0.012 29 A 0.004 0.003 0.008 0.008 0.012 0.023 0.054 0.071 0.184 0.237 0.395 30 T 0.053 0.179 0.136 0.261 0.227 0.068 0.040 0.018 0.009 0.004 0.004 31 G 0.037 0.033 0.027 0.063 0.072 0.095 0.163 0.166 0.145 0.118 0.082 32 Y 0.012 0.012 0.009 0.038 0.064 0.116 0.144 0.158 0.154 0.149 0.144 33 T 0.011 0.023 0.014 0.053 0.065 0.081 0.144 0.160 0.184 0.163 0.102 34 V 0.004 0.006 0.009 0.024 0.042 0.055 0.077 0.097 0.188 0.227 0.271 35 V 0.013 0.010 0.010 0.030 0.054 0.067 0.165 0.181 0.198 0.162 0.109 36 D 0.103 0.183 0.082 0.294 0.147 0.071 0.056 0.026 0.020 0.011 0.007 37 T 0.007 0.005 0.004 0.008 0.015 0.020 0.050 0.082 0.170 0.197 0.442 38 G 0.175 0.247 0.048 0.217 0.150 0.061 0.044 0.027 0.015 0.010 0.006 39 G 0.152 0.088 0.036 0.092 0.080 0.098 0.138 0.095 0.100 0.072 0.050 40 K 0.379 0.253 0.038 0.152 0.080 0.040 0.027 0.015 0.008 0.005 0.004 41 G 0.098 0.056 0.016 0.054 0.054 0.059 0.098 0.108 0.163 0.151 0.144 42 S 0.114 0.146 0.042 0.173 0.157 0.110 0.095 0.068 0.044 0.031 0.019 43 R 0.074 0.085 0.044 0.145 0.128 0.159 0.147 0.087 0.069 0.042 0.019 44 N 0.232 0.108 0.047 0.144 0.109 0.093 0.103 0.068 0.047 0.029 0.019 45 V 0.040 0.037 0.026 0.082 0.086 0.102 0.152 0.127 0.149 0.119 0.080 46 R 0.030 0.034 0.025 0.081 0.097 0.125 0.179 0.134 0.133 0.104 0.059 47 S 0.078 0.163 0.095 0.178 0.131 0.104 0.096 0.059 0.046 0.032 0.017 48 T 0.203 0.155 0.067 0.174 0.126 0.082 0.081 0.053 0.030 0.018 0.011 49 G 0.480 0.158 0.039 0.105 0.060 0.038 0.043 0.032 0.021 0.015 0.008 50 K 0.102 0.076 0.033 0.103 0.105 0.126 0.147 0.108 0.095 0.065 0.039 51 P 0.176 0.160 0.072 0.176 0.134 0.091 0.083 0.053 0.029 0.018 0.009 52 N 0.085 0.081 0.047 0.091 0.086 0.125 0.161 0.106 0.102 0.076 0.040 53 T 0.151 0.146 0.067 0.161 0.128 0.095 0.109 0.066 0.041 0.024 0.013 54 S 0.357 0.181 0.071 0.157 0.083 0.046 0.044 0.029 0.017 0.011 0.005 55 D 0.164 0.114 0.049 0.126 0.109 0.112 0.121 0.082 0.058 0.041 0.023 56 T 0.209 0.232 0.066 0.161 0.107 0.067 0.065 0.045 0.025 0.016 0.008 57 D 0.175 0.097 0.049 0.127 0.122 0.118 0.126 0.086 0.050 0.033 0.017 58 S 0.312 0.183 0.088 0.151 0.090 0.056 0.055 0.032 0.017 0.010 0.005 59 N 0.098 0.076 0.049 0.129 0.119 0.111 0.147 0.102 0.081 0.053 0.035 60 V 0.064 0.058 0.046 0.102 0.116 0.110 0.143 0.122 0.105 0.079 0.055 61 K 0.070 0.110 0.098 0.195 0.160 0.106 0.112 0.070 0.042 0.025 0.012 62 F 0.027 0.029 0.040 0.088 0.106 0.129 0.173 0.146 0.121 0.088 0.053 63 E 0.075 0.064 0.060 0.135 0.134 0.121 0.161 0.111 0.073 0.043 0.023 64 V 0.039 0.049 0.063 0.129 0.127 0.111 0.168 0.126 0.092 0.061 0.034 65 L 0.013 0.014 0.021 0.033 0.050 0.084 0.160 0.138 0.191 0.167 0.129 66 T 0.149 0.141 0.137 0.184 0.144 0.070 0.078 0.043 0.029 0.016 0.009 67 E 0.179 0.129 0.106 0.169 0.134 0.085 0.098 0.052 0.027 0.014 0.007 68 N 0.090 0.213 0.089 0.135 0.100 0.095 0.129 0.067 0.045 0.027 0.011 69 R 0.221 0.116 0.092 0.165 0.132 0.102 0.105 0.040 0.017 0.006 0.003 70 E 0.534 0.109 0.200 0.098 0.034 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 71 M 0.015 0.042 0.093 0.125 0.137 0.182 0.211 0.096 0.057 0.031 0.010 72 A 0.006 0.013 0.032 0.041 0.065 0.091 0.227 0.201 0.158 0.126 0.039 73 E 0.016 0.032 0.473 0.189 0.111 0.089 0.057 0.020 0.008 0.004 0.001 74 K 0.011 0.039 0.700 0.166 0.056 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 75 I 0.003 0.005 0.021 0.021 0.043 0.077 0.192 0.211 0.183 0.152 0.092 76 A 0.005 0.007 0.019 0.024 0.053 0.087 0.218 0.194 0.184 0.142 0.066 77 D 0.022 0.036 0.628 0.162 0.076 0.035 0.025 0.009 0.004 0.002 0.001 78 Q 0.020 0.028 0.303 0.164 0.147 0.135 0.135 0.041 0.015 0.007 0.003 79 V 0.005 0.007 0.015 0.014 0.023 0.051 0.139 0.148 0.236 0.216 0.145 80 A 0.011 0.021 0.044 0.083 0.115 0.125 0.223 0.159 0.112 0.079 0.029 81 I 0.018 0.029 0.243 0.136 0.114 0.154 0.144 0.066 0.050 0.035 0.012 82 K 0.055 0.095 0.293 0.219 0.132 0.087 0.070 0.027 0.012 0.006 0.003 83 F 0.011 0.012 0.019 0.026 0.038 0.086 0.177 0.163 0.188 0.176 0.104 84 F 0.012 0.018 0.020 0.043 0.060 0.099 0.176 0.145 0.170 0.154 0.103 85 T 0.077 0.106 0.213 0.214 0.139 0.092 0.081 0.038 0.022 0.012 0.006 86 D 0.067 0.067 0.144 0.171 0.145 0.133 0.152 0.062 0.032 0.017 0.010 87 Y 0.008 0.013 0.024 0.037 0.048 0.084 0.189 0.151 0.187 0.154 0.105 88 A 0.004 0.009 0.014 0.030 0.044 0.071 0.136 0.145 0.215 0.183 0.148 89 G 0.004 0.008 0.017 0.026 0.040 0.058 0.118 0.130 0.208 0.206 0.186 90 I 0.001 0.003 0.007 0.014 0.029 0.031 0.087 0.155 0.208 0.238 0.227 91 I 0.001 0.002 0.006 0.011 0.026 0.025 0.059 0.148 0.193 0.270 0.258 92 Y 0.002 0.003 0.007 0.015 0.037 0.045 0.105 0.176 0.214 0.216 0.182 93 I 0.002 0.005 0.015 0.029 0.056 0.061 0.120 0.146 0.201 0.203 0.161 94 C 0.003 0.007 0.015 0.030 0.056 0.103 0.219 0.167 0.193 0.136 0.071 95 E 0.091 0.147 0.130 0.259 0.135 0.080 0.081 0.032 0.024 0.013 0.007 96 A 0.008 0.007 0.011 0.017 0.023 0.045 0.108 0.116 0.210 0.223 0.233 97 E 0.042 0.117 0.070 0.234 0.207 0.128 0.102 0.050 0.027 0.013 0.010 98 V 0.007 0.006 0.016 0.016 0.026 0.029 0.062 0.093 0.166 0.197 0.381 99 L 0.017 0.031 0.043 0.076 0.119 0.131 0.148 0.114 0.117 0.101 0.104 100 Y 0.040 0.074 0.053 0.135 0.127 0.119 0.171 0.102 0.093 0.058 0.027 101 G 0.225 0.089 0.060 0.144 0.096 0.081 0.096 0.068 0.065 0.046 0.032 102 R 0.142 0.134 0.073 0.162 0.101 0.096 0.114 0.067 0.055 0.037 0.019 103 T 0.047 0.078 0.050 0.159 0.145 0.135 0.136 0.104 0.070 0.048 0.027 104 F 0.059 0.049 0.033 0.055 0.062 0.098 0.134 0.129 0.145 0.142 0.094 105 C 0.067 0.100 0.048 0.133 0.119 0.133 0.151 0.100 0.076 0.047 0.025 106 G 0.249 0.150 0.055 0.114 0.079 0.055 0.084 0.072 0.065 0.046 0.030 107 P 0.369 0.155 0.040 0.118 0.081 0.063 0.071 0.042 0.031 0.019 0.011 108 D 0.484 0.217 0.042 0.105 0.055 0.031 0.028 0.017 0.011 0.006 0.003 109 G 0.331 0.184 0.033 0.109 0.085 0.061 0.074 0.053 0.034 0.021 0.014 110 C 0.175 0.112 0.034 0.109 0.106 0.093 0.121 0.096 0.074 0.047 0.033