# TARGET T0404 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0404.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.9567 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.237 0.141 0.153 0.171 0.137 0.085 0.039 0.019 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 2 S 0.198 0.113 0.132 0.154 0.154 0.116 0.072 0.032 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 3 K 0.307 0.218 0.153 0.131 0.086 0.052 0.030 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 4 R 0.303 0.237 0.159 0.109 0.082 0.049 0.029 0.015 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 5 A 0.051 0.044 0.074 0.157 0.202 0.190 0.116 0.086 0.042 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 6 N 0.037 0.058 0.081 0.142 0.171 0.157 0.134 0.101 0.058 0.034 0.017 0.007 0.003 0.001 7 K 0.030 0.033 0.049 0.100 0.159 0.161 0.139 0.147 0.095 0.044 0.024 0.009 0.006 0.003 8 L 0.005 0.004 0.006 0.010 0.020 0.047 0.106 0.132 0.201 0.187 0.157 0.073 0.038 0.013 9 V 0.010 0.010 0.017 0.051 0.099 0.108 0.152 0.156 0.169 0.099 0.067 0.037 0.014 0.010 10 I 0.015 0.009 0.009 0.010 0.017 0.030 0.054 0.068 0.122 0.191 0.191 0.164 0.074 0.045 11 V 0.011 0.013 0.016 0.021 0.036 0.073 0.126 0.168 0.162 0.144 0.110 0.062 0.042 0.016 12 T 0.005 0.007 0.010 0.030 0.062 0.106 0.160 0.229 0.210 0.104 0.046 0.019 0.008 0.005 13 E 0.022 0.052 0.068 0.128 0.193 0.165 0.145 0.100 0.069 0.036 0.013 0.006 0.002 0.002 14 K 0.097 0.189 0.230 0.192 0.127 0.080 0.048 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 15 V 0.047 0.048 0.096 0.161 0.201 0.195 0.108 0.080 0.047 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 16 L 0.022 0.038 0.076 0.142 0.198 0.212 0.158 0.086 0.051 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 17 L 0.071 0.128 0.170 0.240 0.180 0.128 0.053 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 18 K 0.574 0.293 0.099 0.021 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 K 0.116 0.228 0.241 0.180 0.133 0.062 0.028 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.013 0.009 0.016 0.043 0.146 0.227 0.241 0.214 0.073 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 21 A 0.055 0.118 0.149 0.223 0.222 0.129 0.065 0.025 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 22 K 0.611 0.259 0.096 0.023 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.022 0.039 0.109 0.251 0.294 0.173 0.072 0.028 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.025 0.019 0.043 0.090 0.208 0.227 0.193 0.130 0.049 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 25 E 0.336 0.384 0.154 0.074 0.031 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 E 0.379 0.287 0.167 0.087 0.040 0.021 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 A 0.034 0.026 0.056 0.135 0.219 0.203 0.178 0.082 0.039 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 28 G 0.081 0.123 0.166 0.178 0.167 0.115 0.078 0.048 0.024 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 29 A 0.095 0.063 0.067 0.091 0.128 0.148 0.115 0.120 0.076 0.045 0.025 0.015 0.008 0.003 30 T 0.045 0.056 0.078 0.131 0.129 0.132 0.123 0.104 0.088 0.053 0.033 0.016 0.008 0.005 31 G 0.026 0.017 0.027 0.053 0.080 0.113 0.136 0.135 0.142 0.104 0.079 0.049 0.023 0.017 32 Y 0.012 0.012 0.017 0.023 0.039 0.067 0.099 0.113 0.139 0.148 0.142 0.111 0.049 0.030 33 T 0.012 0.012 0.019 0.029 0.044 0.068 0.098 0.127 0.134 0.151 0.133 0.100 0.048 0.026 34 V 0.006 0.007 0.011 0.016 0.029 0.044 0.064 0.107 0.158 0.177 0.169 0.115 0.060 0.036 35 V 0.019 0.023 0.029 0.036 0.055 0.077 0.104 0.124 0.136 0.134 0.114 0.078 0.047 0.025 36 D 0.037 0.052 0.070 0.108 0.118 0.117 0.120 0.117 0.102 0.067 0.044 0.024 0.016 0.009 37 T 0.016 0.017 0.031 0.042 0.079 0.102 0.130 0.147 0.139 0.132 0.080 0.048 0.024 0.013 38 G 0.078 0.108 0.119 0.161 0.130 0.122 0.087 0.073 0.058 0.032 0.018 0.008 0.004 0.003 39 G 0.070 0.051 0.079 0.100 0.137 0.143 0.125 0.104 0.081 0.054 0.029 0.016 0.007 0.004 40 K 0.120 0.127 0.121 0.144 0.130 0.112 0.091 0.062 0.048 0.024 0.013 0.005 0.002 0.002 41 G 0.130 0.091 0.109 0.114 0.129 0.121 0.097 0.079 0.056 0.033 0.020 0.013 0.006 0.003 42 S 0.130 0.099 0.104 0.130 0.131 0.124 0.109 0.073 0.048 0.026 0.016 0.007 0.003 0.002 43 R 0.159 0.102 0.111 0.116 0.124 0.107 0.087 0.074 0.051 0.033 0.019 0.010 0.005 0.002 44 N 0.170 0.124 0.113 0.140 0.135 0.101 0.075 0.058 0.043 0.021 0.012 0.004 0.002 0.001 45 V 0.085 0.063 0.094 0.123 0.139 0.145 0.113 0.094 0.062 0.042 0.022 0.011 0.005 0.002 46 R 0.107 0.091 0.114 0.145 0.148 0.140 0.105 0.071 0.037 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 47 S 0.191 0.138 0.137 0.134 0.121 0.096 0.072 0.049 0.032 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 48 T 0.289 0.178 0.133 0.134 0.098 0.066 0.043 0.025 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 49 G 0.354 0.175 0.124 0.112 0.084 0.058 0.048 0.020 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 50 K 0.217 0.126 0.147 0.151 0.132 0.097 0.064 0.033 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 51 P 0.361 0.189 0.129 0.115 0.088 0.050 0.032 0.017 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 52 N 0.247 0.141 0.141 0.142 0.123 0.089 0.054 0.030 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 53 T 0.257 0.150 0.142 0.142 0.117 0.084 0.056 0.025 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 54 S 0.350 0.196 0.144 0.108 0.084 0.052 0.035 0.015 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 55 D 0.298 0.185 0.147 0.126 0.105 0.065 0.039 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 56 T 0.318 0.191 0.136 0.116 0.098 0.060 0.044 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 57 D 0.252 0.172 0.148 0.143 0.116 0.073 0.048 0.024 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 58 S 0.320 0.197 0.130 0.121 0.092 0.056 0.039 0.020 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 59 N 0.102 0.082 0.107 0.141 0.156 0.145 0.112 0.072 0.043 0.020 0.011 0.005 0.003 0.001 60 V 0.042 0.045 0.068 0.108 0.141 0.150 0.141 0.119 0.079 0.050 0.031 0.016 0.007 0.003 61 K 0.053 0.052 0.067 0.101 0.138 0.129 0.119 0.119 0.090 0.058 0.038 0.020 0.010 0.006 62 F 0.025 0.020 0.027 0.037 0.064 0.091 0.103 0.127 0.142 0.136 0.111 0.068 0.035 0.015 63 E 0.038 0.034 0.044 0.069 0.097 0.103 0.114 0.137 0.127 0.101 0.071 0.038 0.019 0.009 64 V 0.033 0.026 0.034 0.054 0.081 0.089 0.095 0.117 0.136 0.133 0.102 0.059 0.026 0.014 65 L 0.031 0.035 0.046 0.065 0.110 0.122 0.125 0.129 0.113 0.096 0.067 0.036 0.017 0.008 66 T 0.087 0.087 0.109 0.127 0.142 0.125 0.107 0.080 0.060 0.038 0.020 0.009 0.004 0.002 67 E 0.138 0.156 0.151 0.167 0.141 0.089 0.060 0.038 0.034 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 68 N 0.238 0.171 0.126 0.133 0.122 0.087 0.063 0.026 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 69 R 0.202 0.212 0.200 0.159 0.109 0.063 0.033 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 70 E 0.584 0.232 0.094 0.042 0.025 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 M 0.150 0.171 0.183 0.209 0.155 0.074 0.030 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.068 0.046 0.065 0.131 0.206 0.196 0.146 0.079 0.043 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 73 E 0.220 0.278 0.219 0.160 0.065 0.037 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 K 0.496 0.320 0.121 0.035 0.014 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 I 0.023 0.029 0.071 0.156 0.273 0.214 0.117 0.075 0.031 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 76 A 0.053 0.043 0.062 0.123 0.220 0.198 0.144 0.094 0.043 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 77 D 0.484 0.280 0.119 0.055 0.027 0.015 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.240 0.224 0.190 0.145 0.095 0.051 0.025 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 79 V 0.043 0.027 0.046 0.090 0.197 0.194 0.178 0.122 0.062 0.023 0.010 0.007 0.002 0.001 80 A 0.092 0.087 0.110 0.177 0.210 0.139 0.085 0.056 0.026 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 81 I 0.308 0.165 0.127 0.138 0.109 0.068 0.039 0.023 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 82 K 0.273 0.203 0.173 0.148 0.094 0.052 0.033 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 83 F 0.049 0.041 0.088 0.163 0.200 0.192 0.119 0.079 0.039 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 84 F 0.070 0.079 0.105 0.159 0.190 0.172 0.105 0.069 0.030 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 85 T 0.171 0.218 0.180 0.163 0.099 0.073 0.047 0.024 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 86 D 0.060 0.105 0.140 0.173 0.155 0.131 0.094 0.062 0.044 0.019 0.009 0.004 0.003 0.001 87 Y 0.009 0.010 0.025 0.048 0.099 0.152 0.199 0.164 0.129 0.072 0.043 0.028 0.013 0.006 88 A 0.004 0.005 0.008 0.014 0.030 0.055 0.102 0.138 0.178 0.190 0.136 0.071 0.043 0.025 89 G 0.002 0.003 0.004 0.008 0.015 0.027 0.055 0.091 0.166 0.208 0.174 0.124 0.067 0.056 90 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.009 0.020 0.033 0.090 0.164 0.197 0.217 0.143 0.115 91 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.024 0.038 0.100 0.156 0.203 0.242 0.140 0.081 92 Y 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.018 0.041 0.085 0.142 0.187 0.188 0.162 0.089 0.073 93 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.021 0.044 0.079 0.136 0.173 0.215 0.165 0.077 0.071 94 C 0.001 0.005 0.010 0.020 0.035 0.056 0.098 0.145 0.165 0.152 0.133 0.098 0.055 0.027 95 E 0.003 0.009 0.026 0.078 0.145 0.135 0.135 0.152 0.151 0.076 0.047 0.022 0.012 0.009 96 A 0.003 0.005 0.011 0.015 0.029 0.062 0.140 0.150 0.188 0.162 0.122 0.063 0.035 0.015 97 E 0.020 0.028 0.054 0.101 0.148 0.155 0.135 0.145 0.112 0.052 0.028 0.012 0.006 0.003 98 V 0.018 0.013 0.023 0.039 0.066 0.094 0.121 0.147 0.145 0.137 0.103 0.063 0.021 0.011 99 L 0.022 0.033 0.045 0.056 0.094 0.120 0.124 0.143 0.119 0.113 0.068 0.034 0.019 0.010 100 Y 0.050 0.068 0.093 0.138 0.137 0.135 0.116 0.106 0.067 0.042 0.024 0.015 0.006 0.003 101 G 0.070 0.067 0.076 0.109 0.139 0.129 0.126 0.097 0.078 0.054 0.029 0.015 0.007 0.005 102 R 0.114 0.108 0.120 0.146 0.141 0.112 0.085 0.069 0.048 0.027 0.016 0.009 0.004 0.003 103 T 0.106 0.082 0.102 0.138 0.142 0.125 0.093 0.077 0.062 0.036 0.020 0.010 0.005 0.002 104 F 0.069 0.048 0.076 0.089 0.114 0.146 0.143 0.118 0.086 0.056 0.031 0.014 0.007 0.003 105 C 0.125 0.092 0.114 0.134 0.142 0.121 0.091 0.072 0.048 0.030 0.017 0.008 0.004 0.002 106 G 0.147 0.112 0.113 0.131 0.132 0.115 0.087 0.063 0.044 0.027 0.016 0.008 0.004 0.002 107 P 0.179 0.111 0.122 0.115 0.126 0.114 0.091 0.058 0.037 0.022 0.013 0.007 0.003 0.002 108 D 0.340 0.204 0.128 0.098 0.083 0.051 0.037 0.023 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 109 G 0.298 0.154 0.118 0.114 0.104 0.076 0.052 0.034 0.027 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 110 C 0.175 0.092 0.110 0.129 0.153 0.124 0.097 0.056 0.030 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001