# TARGET T0404 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0404.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 90.2677 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.092 0.039 0.178 0.167 0.013 0.048 0.028 0.008 0.020 0.023 0.042 0.046 0.195 0.011 0.006 0.084 2 S 0.080 0.041 0.132 0.078 0.018 0.321 0.024 0.017 0.003 0.004 0.044 0.063 0.148 0.006 0.013 0.007 3 K 0.009 0.067 0.055 0.077 0.007 0.078 0.007 0.038 0.007 0.005 0.426 0.043 0.152 0.004 0.010 0.017 4 R 0.024 0.332 0.063 0.181 0.004 0.017 0.009 0.004 0.031 0.003 0.020 0.182 0.067 0.005 0.007 0.051 5 A 0.075 0.018 0.298 0.191 0.002 0.164 0.026 0.004 0.006 0.002 0.008 0.015 0.161 0.002 0.010 0.019 6 N 0.005 0.640 0.229 0.094 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.007 7 K 0.007 0.004 0.044 0.936 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 8 L 0.007 0.002 0.703 0.273 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 9 V 0.001 0.008 0.015 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 I 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 V 0.001 0.017 0.024 0.906 0.013 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 12 T 0.001 0.036 0.003 0.892 0.003 0.057 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 E 0.001 0.006 0.001 0.034 0.004 0.917 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 14 K 0.001 0.021 0.001 0.009 0.001 0.040 0.001 0.002 0.001 0.001 0.868 0.034 0.022 0.001 0.001 0.001 15 V 0.001 0.018 0.001 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.878 0.069 0.001 0.001 0.001 16 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.032 0.929 0.001 0.001 0.007 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.017 0.959 0.001 0.001 0.001 18 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.042 0.938 0.001 0.001 0.001 19 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.988 0.001 0.001 0.001 20 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 22 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.002 24 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.002 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 27 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.991 0.001 28 G 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.982 29 A 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 T 0.004 0.365 0.546 0.018 0.001 0.012 0.003 0.018 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.001 0.017 0.002 31 G 0.003 0.018 0.036 0.848 0.001 0.016 0.001 0.003 0.024 0.004 0.020 0.002 0.005 0.001 0.001 0.020 32 Y 0.101 0.017 0.313 0.548 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 33 T 0.003 0.011 0.116 0.778 0.006 0.074 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 34 V 0.001 0.018 0.015 0.470 0.199 0.249 0.004 0.003 0.001 0.001 0.030 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 35 V 0.001 0.295 0.013 0.531 0.015 0.031 0.001 0.071 0.004 0.001 0.015 0.014 0.005 0.001 0.002 0.001 36 D 0.005 0.036 0.031 0.401 0.216 0.072 0.017 0.009 0.094 0.045 0.016 0.016 0.014 0.008 0.001 0.019 37 T 0.037 0.023 0.087 0.099 0.422 0.036 0.092 0.089 0.003 0.003 0.045 0.008 0.017 0.024 0.012 0.003 38 G 0.004 0.106 0.065 0.193 0.018 0.029 0.003 0.386 0.048 0.030 0.014 0.020 0.014 0.002 0.052 0.015 39 G 0.049 0.010 0.014 0.092 0.322 0.034 0.065 0.007 0.121 0.164 0.023 0.012 0.013 0.035 0.001 0.037 40 K 0.137 0.095 0.088 0.130 0.011 0.026 0.004 0.349 0.008 0.004 0.024 0.029 0.016 0.001 0.074 0.004 41 G 0.010 0.019 0.066 0.130 0.030 0.107 0.007 0.016 0.158 0.289 0.046 0.038 0.026 0.003 0.002 0.053 42 S 0.290 0.088 0.047 0.169 0.064 0.077 0.018 0.022 0.009 0.006 0.077 0.079 0.039 0.006 0.006 0.004 43 R 0.013 0.099 0.144 0.307 0.014 0.071 0.009 0.084 0.021 0.011 0.059 0.079 0.052 0.005 0.017 0.014 44 N 0.025 0.092 0.140 0.465 0.005 0.038 0.005 0.014 0.051 0.014 0.015 0.045 0.052 0.001 0.010 0.027 45 V 0.077 0.028 0.152 0.446 0.014 0.081 0.011 0.005 0.010 0.007 0.033 0.020 0.091 0.003 0.002 0.019 46 R 0.028 0.070 0.225 0.455 0.021 0.065 0.006 0.007 0.002 0.002 0.022 0.027 0.058 0.002 0.003 0.006 47 S 0.005 0.011 0.021 0.123 0.512 0.062 0.090 0.004 0.002 0.004 0.015 0.009 0.016 0.119 0.001 0.004 48 T 0.005 0.113 0.043 0.174 0.010 0.024 0.006 0.382 0.005 0.001 0.016 0.009 0.017 0.002 0.187 0.005 49 G 0.007 0.047 0.046 0.238 0.002 0.011 0.002 0.005 0.291 0.132 0.007 0.009 0.013 0.001 0.002 0.186 50 K 0.689 0.011 0.061 0.113 0.012 0.055 0.013 0.001 0.003 0.004 0.008 0.013 0.012 0.001 0.001 0.003 51 P 0.015 0.121 0.327 0.271 0.009 0.104 0.004 0.034 0.002 0.002 0.067 0.015 0.017 0.002 0.005 0.004 52 N 0.005 0.091 0.043 0.637 0.008 0.082 0.002 0.008 0.018 0.007 0.023 0.052 0.014 0.001 0.002 0.006 53 T 0.043 0.063 0.093 0.423 0.044 0.119 0.019 0.007 0.008 0.006 0.063 0.029 0.065 0.005 0.002 0.011 54 S 0.020 0.092 0.160 0.369 0.010 0.086 0.007 0.049 0.005 0.004 0.075 0.052 0.049 0.002 0.010 0.008 55 D 0.019 0.090 0.075 0.232 0.035 0.260 0.017 0.014 0.024 0.015 0.046 0.062 0.069 0.007 0.005 0.029 56 T 0.055 0.102 0.108 0.188 0.017 0.062 0.010 0.055 0.006 0.006 0.221 0.043 0.096 0.003 0.017 0.012 57 D 0.021 0.081 0.107 0.091 0.022 0.285 0.032 0.017 0.028 0.019 0.055 0.099 0.077 0.023 0.012 0.031 58 S 0.060 0.176 0.085 0.196 0.002 0.069 0.009 0.038 0.009 0.002 0.141 0.032 0.099 0.001 0.056 0.023 59 N 0.034 0.313 0.185 0.224 0.001 0.004 0.002 0.001 0.079 0.001 0.001 0.014 0.009 0.001 0.001 0.132 60 V 0.128 0.006 0.395 0.456 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 61 K 0.001 0.009 0.553 0.435 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 F 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 E 0.001 0.001 0.016 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 L 0.001 0.010 0.005 0.963 0.012 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 T 0.001 0.018 0.003 0.779 0.050 0.143 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.001 0.139 0.007 0.278 0.026 0.424 0.001 0.064 0.001 0.008 0.045 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 68 N 0.001 0.014 0.001 0.005 0.001 0.780 0.001 0.010 0.003 0.008 0.141 0.033 0.004 0.001 0.001 0.001 69 R 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.830 0.136 0.017 0.001 0.001 0.001 70 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.897 0.080 0.001 0.002 0.001 71 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.017 0.956 0.001 0.001 0.003 72 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.969 0.001 0.001 0.001 73 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.985 0.001 0.001 0.001 74 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 75 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 76 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 77 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.002 79 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.009 0.003 0.004 80 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.007 0.010 0.013 81 I 0.002 0.001 0.014 0.004 0.001 0.003 0.027 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.833 0.043 0.011 0.059 82 K 0.013 0.015 0.096 0.011 0.001 0.007 0.036 0.004 0.001 0.001 0.015 0.004 0.654 0.023 0.061 0.058 83 F 0.018 0.060 0.098 0.036 0.007 0.026 0.068 0.006 0.007 0.004 0.024 0.025 0.352 0.085 0.022 0.163 84 F 0.061 0.073 0.140 0.067 0.009 0.068 0.058 0.014 0.006 0.003 0.037 0.038 0.319 0.015 0.058 0.035 85 T 0.030 0.133 0.173 0.083 0.010 0.081 0.023 0.021 0.015 0.011 0.071 0.050 0.200 0.008 0.018 0.073 86 D 0.100 0.097 0.112 0.124 0.070 0.089 0.050 0.015 0.016 0.008 0.074 0.066 0.099 0.033 0.010 0.038 87 Y 0.032 0.051 0.228 0.127 0.065 0.052 0.097 0.080 0.008 0.006 0.076 0.032 0.055 0.041 0.035 0.015 88 A 0.014 0.183 0.172 0.335 0.001 0.015 0.004 0.069 0.048 0.011 0.007 0.019 0.027 0.001 0.058 0.037 89 G 0.147 0.022 0.108 0.550 0.001 0.017 0.001 0.001 0.058 0.014 0.006 0.004 0.014 0.001 0.001 0.057 90 I 0.130 0.018 0.324 0.515 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 91 I 0.001 0.003 0.084 0.903 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 Y 0.001 0.003 0.013 0.975 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 I 0.001 0.007 0.005 0.951 0.016 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 C 0.001 0.049 0.010 0.787 0.014 0.121 0.001 0.010 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 E 0.002 0.098 0.012 0.731 0.006 0.091 0.001 0.017 0.007 0.003 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 96 A 0.016 0.081 0.049 0.752 0.003 0.037 0.001 0.007 0.007 0.003 0.026 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 97 E 0.005 0.033 0.104 0.831 0.002 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 98 V 0.007 0.010 0.068 0.857 0.007 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 99 L 0.002 0.059 0.061 0.795 0.031 0.035 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 100 Y 0.001 0.032 0.015 0.881 0.010 0.032 0.001 0.018 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 101 G 0.005 0.029 0.064 0.716 0.048 0.066 0.002 0.007 0.015 0.017 0.014 0.003 0.007 0.001 0.001 0.005 102 R 0.014 0.023 0.015 0.160 0.609 0.071 0.042 0.006 0.002 0.004 0.019 0.008 0.004 0.023 0.001 0.001 103 T 0.002 0.096 0.019 0.177 0.007 0.074 0.001 0.518 0.005 0.002 0.021 0.016 0.007 0.001 0.053 0.001 104 F 0.004 0.040 0.015 0.108 0.051 0.039 0.014 0.006 0.372 0.178 0.059 0.020 0.011 0.008 0.001 0.074 105 C 0.387 0.120 0.084 0.250 0.006 0.008 0.005 0.041 0.005 0.002 0.014 0.042 0.013 0.001 0.017 0.005 106 G 0.008 0.015 0.275 0.138 0.031 0.312 0.012 0.009 0.026 0.076 0.010 0.022 0.039 0.002 0.003 0.022 107 P 0.037 0.059 0.029 0.086 0.246 0.119 0.059 0.017 0.003 0.004 0.257 0.018 0.035 0.026 0.003 0.003 108 D 0.007 0.157 0.025 0.120 0.008 0.043 0.003 0.252 0.022 0.006 0.056 0.210 0.028 0.003 0.057 0.005 109 G 0.018 0.028 0.073 0.105 0.041 0.031 0.036 0.007 0.205 0.085 0.041 0.067 0.082 0.025 0.008 0.149 110 C 0.242 0.041 0.163 0.114 0.022 0.041 0.047 0.036 0.005 0.004 0.042 0.059 0.121 0.009 0.038 0.016