# TARGET T0404 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0404.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 90.2677 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.050 0.018 0.011 0.060 0.079 0.084 0.069 0.628 2 S 0.100 0.017 0.011 0.034 0.076 0.082 0.168 0.512 3 K 0.102 0.012 0.014 0.039 0.056 0.106 0.099 0.573 4 R 0.063 0.017 0.024 0.047 0.106 0.093 0.071 0.578 5 A 0.013 0.006 0.059 0.032 0.109 0.143 0.030 0.609 6 N 0.004 0.005 0.174 0.134 0.336 0.076 0.051 0.220 7 K 0.001 0.003 0.206 0.178 0.276 0.045 0.073 0.217 8 L 0.001 0.002 0.343 0.232 0.314 0.011 0.056 0.042 9 V 0.001 0.005 0.297 0.271 0.353 0.006 0.037 0.029 10 I 0.002 0.010 0.393 0.334 0.202 0.007 0.017 0.035 11 V 0.003 0.045 0.434 0.200 0.231 0.012 0.027 0.047 12 T 0.029 0.287 0.227 0.110 0.143 0.028 0.061 0.114 13 E 0.070 0.646 0.042 0.025 0.023 0.023 0.082 0.090 14 K 0.070 0.682 0.018 0.006 0.006 0.022 0.074 0.123 15 V 0.035 0.747 0.009 0.004 0.003 0.022 0.073 0.108 16 L 0.012 0.929 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.031 17 L 0.011 0.947 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.014 18 K 0.002 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.010 19 K 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 20 V 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 21 A 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.002 22 K 0.003 0.977 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 23 I 0.103 0.781 0.033 0.001 0.001 0.007 0.055 0.018 24 I 0.196 0.033 0.305 0.004 0.001 0.014 0.397 0.049 25 E 0.626 0.010 0.004 0.001 0.001 0.011 0.014 0.334 26 E 0.046 0.001 0.003 0.001 0.001 0.024 0.008 0.917 27 A 0.001 0.001 0.018 0.003 0.005 0.218 0.013 0.741 28 G 0.024 0.001 0.011 0.003 0.008 0.072 0.014 0.868 29 A 0.056 0.001 0.017 0.012 0.005 0.098 0.032 0.779 30 T 0.015 0.005 0.204 0.020 0.037 0.139 0.053 0.526 31 G 0.016 0.003 0.142 0.023 0.096 0.137 0.057 0.525 32 Y 0.004 0.002 0.387 0.078 0.068 0.060 0.043 0.357 33 T 0.012 0.007 0.510 0.110 0.104 0.035 0.088 0.133 34 V 0.013 0.008 0.246 0.098 0.140 0.070 0.100 0.326 35 V 0.029 0.005 0.284 0.151 0.138 0.069 0.046 0.279 36 D 0.153 0.007 0.092 0.067 0.102 0.105 0.068 0.407 37 T 0.053 0.005 0.031 0.029 0.052 0.133 0.034 0.662 38 G 0.047 0.005 0.033 0.033 0.080 0.136 0.028 0.639 39 G 0.045 0.007 0.024 0.035 0.066 0.123 0.057 0.643 40 K 0.032 0.008 0.042 0.095 0.118 0.131 0.050 0.524 41 G 0.066 0.010 0.031 0.055 0.118 0.094 0.055 0.572 42 S 0.078 0.012 0.032 0.092 0.122 0.099 0.065 0.499 43 R 0.022 0.004 0.036 0.082 0.168 0.089 0.050 0.548 44 N 0.008 0.002 0.037 0.120 0.276 0.071 0.155 0.333 45 V 0.009 0.002 0.055 0.186 0.279 0.076 0.070 0.321 46 R 0.047 0.002 0.058 0.170 0.264 0.067 0.036 0.357 47 S 0.043 0.002 0.030 0.102 0.126 0.070 0.040 0.587 48 T 0.008 0.002 0.043 0.052 0.149 0.125 0.032 0.589 49 G 0.017 0.002 0.027 0.035 0.077 0.122 0.051 0.669 50 K 0.068 0.008 0.029 0.134 0.089 0.107 0.152 0.414 51 P 0.018 0.006 0.029 0.039 0.076 0.097 0.050 0.686 52 N 0.032 0.007 0.042 0.084 0.150 0.104 0.066 0.515 53 T 0.036 0.007 0.042 0.104 0.117 0.083 0.059 0.553 54 S 0.058 0.009 0.023 0.073 0.095 0.107 0.064 0.571 55 D 0.017 0.005 0.031 0.092 0.125 0.113 0.091 0.527 56 T 0.087 0.006 0.016 0.024 0.048 0.091 0.074 0.656 57 D 0.742 0.006 0.007 0.015 0.015 0.028 0.048 0.140 58 S 0.066 0.005 0.011 0.028 0.095 0.098 0.017 0.680 59 N 0.002 0.001 0.044 0.018 0.214 0.113 0.018 0.589 60 V 0.002 0.001 0.095 0.214 0.493 0.052 0.024 0.119 61 K 0.001 0.001 0.080 0.367 0.408 0.020 0.031 0.091 62 F 0.001 0.001 0.119 0.329 0.425 0.012 0.024 0.090 63 E 0.001 0.001 0.186 0.314 0.480 0.002 0.009 0.009 64 V 0.001 0.001 0.167 0.401 0.381 0.004 0.011 0.036 65 L 0.001 0.001 0.266 0.351 0.311 0.008 0.010 0.053 66 T 0.011 0.010 0.143 0.323 0.283 0.038 0.021 0.170 67 E 0.089 0.180 0.057 0.058 0.050 0.090 0.058 0.419 68 N 0.070 0.788 0.003 0.002 0.002 0.013 0.016 0.105 69 R 0.023 0.899 0.002 0.001 0.001 0.006 0.027 0.042 70 E 0.003 0.950 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.020 71 M 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 72 A 0.003 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.002 73 E 0.001 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.004 74 K 0.001 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.004 75 I 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.002 76 A 0.008 0.927 0.002 0.001 0.001 0.002 0.055 0.005 77 D 0.007 0.940 0.002 0.001 0.001 0.003 0.024 0.023 78 Q 0.054 0.732 0.030 0.003 0.002 0.021 0.084 0.074 79 V 0.093 0.407 0.063 0.015 0.009 0.060 0.197 0.156 80 A 0.194 0.098 0.030 0.005 0.008 0.065 0.120 0.480 81 I 0.047 0.027 0.019 0.009 0.010 0.108 0.162 0.619 82 K 0.019 0.015 0.025 0.014 0.020 0.148 0.073 0.686 83 F 0.104 0.011 0.024 0.024 0.036 0.135 0.066 0.600 84 F 0.064 0.006 0.022 0.027 0.032 0.124 0.062 0.664 85 T 0.033 0.004 0.047 0.021 0.045 0.142 0.054 0.654 86 D 0.065 0.003 0.040 0.019 0.031 0.173 0.058 0.612 87 Y 0.082 0.004 0.046 0.026 0.028 0.142 0.059 0.614 88 A 0.010 0.002 0.088 0.025 0.072 0.175 0.046 0.582 89 G 0.003 0.001 0.172 0.071 0.248 0.092 0.060 0.352 90 I 0.002 0.001 0.262 0.299 0.300 0.024 0.048 0.064 91 I 0.001 0.001 0.337 0.202 0.232 0.020 0.039 0.168 92 Y 0.002 0.001 0.317 0.290 0.325 0.010 0.017 0.038 93 I 0.005 0.001 0.345 0.123 0.194 0.049 0.047 0.237 94 C 0.030 0.002 0.319 0.176 0.152 0.090 0.057 0.175 95 E 0.066 0.005 0.087 0.045 0.091 0.133 0.060 0.514 96 A 0.017 0.003 0.062 0.024 0.053 0.143 0.059 0.638 97 E 0.008 0.002 0.243 0.147 0.287 0.080 0.072 0.160 98 V 0.006 0.002 0.159 0.090 0.199 0.064 0.106 0.373 99 L 0.004 0.001 0.363 0.231 0.190 0.037 0.053 0.121 100 Y 0.008 0.001 0.306 0.149 0.250 0.056 0.088 0.141 101 G 0.028 0.002 0.153 0.097 0.158 0.107 0.081 0.374 102 R 0.034 0.002 0.157 0.107 0.174 0.117 0.052 0.357 103 T 0.021 0.002 0.072 0.038 0.081 0.132 0.054 0.600 104 F 0.015 0.004 0.089 0.064 0.112 0.158 0.058 0.500 105 C 0.021 0.004 0.056 0.046 0.060 0.133 0.041 0.639 106 G 0.313 0.018 0.019 0.036 0.035 0.101 0.065 0.413 107 P 0.169 0.018 0.015 0.016 0.024 0.102 0.065 0.591 108 D 0.039 0.012 0.016 0.019 0.045 0.142 0.033 0.694 109 G 0.046 0.014 0.017 0.030 0.066 0.108 0.058 0.660 110 C 0.046 0.016 0.017 0.065 0.074 0.130 0.051 0.599