# TARGET T0404 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0404.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82.5178 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.028 0.586 0.004 0.032 0.042 0.001 0.001 0.010 0.142 0.050 0.033 0.067 2 S 0.002 0.012 0.664 0.003 0.037 0.038 0.001 0.001 0.005 0.105 0.047 0.025 0.061 3 K 0.002 0.016 0.263 0.007 0.166 0.094 0.001 0.001 0.005 0.126 0.247 0.022 0.051 4 R 0.003 0.016 0.308 0.017 0.133 0.060 0.001 0.001 0.008 0.127 0.250 0.028 0.050 5 A 0.006 0.010 0.443 0.024 0.128 0.038 0.001 0.001 0.016 0.087 0.123 0.027 0.098 6 N 0.012 0.009 0.383 0.096 0.054 0.025 0.004 0.001 0.059 0.100 0.076 0.062 0.119 7 K 0.068 0.009 0.137 0.092 0.026 0.015 0.042 0.015 0.190 0.061 0.025 0.189 0.131 8 L 0.188 0.003 0.046 0.046 0.002 0.003 0.158 0.134 0.236 0.010 0.004 0.041 0.128 9 V 0.213 0.001 0.015 0.018 0.001 0.001 0.239 0.245 0.171 0.003 0.001 0.068 0.024 10 I 0.194 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.125 0.397 0.246 0.001 0.001 0.016 0.016 11 V 0.130 0.002 0.017 0.006 0.001 0.001 0.191 0.314 0.271 0.002 0.001 0.017 0.048 12 T 0.072 0.006 0.132 0.034 0.001 0.004 0.073 0.105 0.422 0.026 0.004 0.076 0.044 13 E 0.008 0.003 0.607 0.008 0.004 0.015 0.006 0.003 0.132 0.098 0.012 0.027 0.077 14 K 0.003 0.005 0.355 0.011 0.073 0.258 0.001 0.001 0.035 0.139 0.082 0.006 0.031 15 V 0.002 0.006 0.145 0.004 0.098 0.536 0.001 0.001 0.008 0.095 0.085 0.011 0.010 16 L 0.001 0.004 0.095 0.001 0.070 0.745 0.001 0.001 0.003 0.033 0.025 0.002 0.021 17 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.009 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 18 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 19 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 20 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.938 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 0.001 0.001 27 A 0.001 0.001 0.019 0.001 0.013 0.322 0.001 0.001 0.001 0.027 0.612 0.002 0.001 28 G 0.001 0.003 0.097 0.001 0.006 0.024 0.001 0.001 0.002 0.056 0.807 0.002 0.001 29 A 0.001 0.004 0.868 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.006 0.074 0.028 0.003 0.006 30 T 0.001 0.011 0.455 0.020 0.010 0.006 0.001 0.003 0.073 0.321 0.072 0.014 0.013 31 G 0.005 0.012 0.255 0.026 0.031 0.008 0.017 0.047 0.264 0.147 0.117 0.027 0.044 32 Y 0.034 0.005 0.142 0.009 0.003 0.002 0.038 0.255 0.417 0.027 0.003 0.016 0.049 33 T 0.078 0.003 0.036 0.003 0.002 0.001 0.050 0.269 0.446 0.007 0.001 0.075 0.028 34 V 0.039 0.006 0.051 0.013 0.003 0.003 0.119 0.201 0.346 0.006 0.007 0.015 0.190 35 V 0.054 0.010 0.142 0.111 0.008 0.006 0.072 0.083 0.209 0.039 0.014 0.199 0.051 36 D 0.064 0.014 0.196 0.021 0.012 0.011 0.030 0.021 0.164 0.084 0.034 0.080 0.269 37 T 0.053 0.021 0.255 0.020 0.047 0.034 0.015 0.012 0.084 0.113 0.126 0.099 0.120 38 G 0.026 0.027 0.222 0.043 0.040 0.026 0.007 0.004 0.019 0.164 0.288 0.066 0.068 39 G 0.017 0.019 0.223 0.013 0.050 0.016 0.002 0.001 0.008 0.300 0.236 0.057 0.056 40 K 0.013 0.024 0.367 0.010 0.035 0.018 0.003 0.001 0.010 0.188 0.224 0.037 0.069 41 G 0.012 0.064 0.342 0.010 0.035 0.016 0.002 0.002 0.014 0.242 0.169 0.040 0.051 42 S 0.010 0.024 0.528 0.010 0.015 0.011 0.002 0.001 0.011 0.201 0.098 0.050 0.038 43 R 0.007 0.028 0.257 0.017 0.036 0.012 0.001 0.001 0.011 0.328 0.235 0.019 0.047 44 N 0.008 0.018 0.290 0.031 0.028 0.017 0.003 0.001 0.011 0.208 0.296 0.050 0.039 45 V 0.041 0.050 0.361 0.019 0.046 0.021 0.014 0.009 0.047 0.106 0.041 0.046 0.199 46 R 0.089 0.055 0.280 0.015 0.034 0.027 0.018 0.016 0.065 0.068 0.026 0.172 0.136 47 S 0.052 0.040 0.244 0.025 0.045 0.039 0.021 0.017 0.060 0.072 0.088 0.117 0.180 48 T 0.021 0.028 0.309 0.037 0.039 0.030 0.009 0.007 0.028 0.149 0.183 0.081 0.079 49 G 0.010 0.019 0.410 0.017 0.016 0.015 0.002 0.001 0.019 0.265 0.151 0.032 0.043 50 K 0.004 0.014 0.595 0.005 0.014 0.009 0.001 0.001 0.011 0.218 0.036 0.060 0.032 51 P 0.006 0.036 0.413 0.008 0.051 0.035 0.001 0.001 0.011 0.147 0.171 0.016 0.104 52 N 0.011 0.046 0.350 0.019 0.068 0.039 0.003 0.001 0.014 0.129 0.165 0.099 0.056 53 T 0.014 0.039 0.370 0.009 0.075 0.049 0.003 0.001 0.013 0.150 0.119 0.039 0.120 54 S 0.012 0.041 0.336 0.011 0.059 0.047 0.002 0.001 0.012 0.173 0.146 0.061 0.099 55 D 0.005 0.030 0.372 0.007 0.046 0.026 0.001 0.001 0.007 0.204 0.168 0.058 0.077 56 T 0.003 0.028 0.333 0.009 0.052 0.020 0.001 0.001 0.005 0.200 0.277 0.014 0.058 57 D 0.004 0.012 0.470 0.012 0.035 0.006 0.001 0.001 0.006 0.204 0.166 0.050 0.034 58 S 0.004 0.010 0.168 0.044 0.058 0.006 0.001 0.001 0.010 0.197 0.448 0.015 0.039 59 N 0.013 0.010 0.279 0.063 0.021 0.002 0.004 0.001 0.028 0.190 0.260 0.061 0.068 60 V 0.106 0.005 0.295 0.039 0.004 0.001 0.037 0.022 0.178 0.033 0.003 0.053 0.225 61 K 0.143 0.001 0.029 0.026 0.001 0.001 0.125 0.118 0.434 0.005 0.001 0.086 0.033 62 F 0.096 0.001 0.008 0.017 0.001 0.001 0.245 0.314 0.274 0.001 0.001 0.010 0.033 63 E 0.043 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 0.155 0.420 0.355 0.001 0.001 0.007 0.004 64 V 0.039 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.110 0.387 0.447 0.001 0.001 0.004 0.008 65 L 0.031 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.100 0.216 0.606 0.002 0.001 0.005 0.022 66 T 0.014 0.002 0.149 0.005 0.001 0.001 0.016 0.051 0.700 0.021 0.001 0.026 0.015 67 E 0.001 0.005 0.696 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.097 0.130 0.013 0.006 0.042 68 N 0.001 0.003 0.750 0.001 0.013 0.019 0.001 0.001 0.019 0.160 0.025 0.003 0.007 69 R 0.001 0.001 0.074 0.001 0.115 0.656 0.001 0.001 0.001 0.074 0.076 0.001 0.001 70 E 0.001 0.001 0.015 0.001 0.142 0.793 0.001 0.001 0.001 0.016 0.032 0.001 0.001 71 M 0.001 0.001 0.010 0.001 0.046 0.926 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 72 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 73 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 74 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 75 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 76 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 77 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 79 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 81 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 82 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.923 0.001 0.001 0.001 0.003 0.058 0.001 0.002 83 F 0.002 0.003 0.043 0.002 0.019 0.747 0.001 0.001 0.002 0.022 0.144 0.006 0.008 84 F 0.003 0.008 0.260 0.004 0.025 0.336 0.001 0.001 0.006 0.070 0.232 0.025 0.030 85 T 0.003 0.010 0.283 0.005 0.044 0.075 0.001 0.001 0.011 0.101 0.392 0.019 0.056 86 D 0.001 0.005 0.290 0.009 0.018 0.012 0.001 0.001 0.007 0.106 0.513 0.015 0.022 87 Y 0.003 0.009 0.295 0.010 0.034 0.004 0.001 0.001 0.020 0.310 0.264 0.031 0.020 88 A 0.004 0.004 0.268 0.038 0.006 0.001 0.001 0.001 0.020 0.394 0.200 0.015 0.048 89 G 0.011 0.007 0.277 0.112 0.005 0.001 0.010 0.004 0.056 0.315 0.058 0.114 0.031 90 I 0.232 0.002 0.063 0.010 0.001 0.001 0.060 0.129 0.330 0.010 0.002 0.031 0.130 91 I 0.385 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.200 0.210 0.089 0.001 0.001 0.018 0.083 92 Y 0.297 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.187 0.215 0.156 0.001 0.001 0.123 0.011 93 I 0.186 0.001 0.021 0.007 0.001 0.001 0.201 0.088 0.087 0.003 0.001 0.012 0.394 94 C 0.057 0.001 0.132 0.110 0.001 0.001 0.032 0.020 0.258 0.023 0.003 0.333 0.031 95 E 0.030 0.002 0.183 0.019 0.004 0.001 0.012 0.005 0.199 0.072 0.035 0.015 0.422 96 A 0.051 0.005 0.351 0.058 0.016 0.001 0.008 0.004 0.081 0.134 0.038 0.161 0.093 97 E 0.084 0.008 0.213 0.058 0.017 0.003 0.026 0.007 0.113 0.117 0.023 0.191 0.140 98 V 0.226 0.007 0.081 0.030 0.014 0.002 0.058 0.024 0.082 0.022 0.015 0.050 0.387 99 L 0.400 0.005 0.080 0.040 0.003 0.002 0.061 0.048 0.112 0.014 0.005 0.143 0.087 100 Y 0.376 0.003 0.053 0.009 0.002 0.001 0.055 0.057 0.157 0.008 0.002 0.139 0.136 101 G 0.149 0.009 0.137 0.039 0.003 0.004 0.098 0.041 0.133 0.021 0.015 0.044 0.308 102 R 0.044 0.005 0.236 0.075 0.006 0.005 0.024 0.013 0.135 0.056 0.021 0.345 0.034 103 T 0.034 0.013 0.218 0.013 0.021 0.007 0.013 0.006 0.089 0.108 0.069 0.023 0.385 104 F 0.014 0.020 0.354 0.017 0.023 0.012 0.011 0.002 0.043 0.114 0.126 0.197 0.067 105 C 0.018 0.059 0.335 0.011 0.024 0.013 0.009 0.004 0.047 0.156 0.116 0.049 0.158 106 G 0.003 0.031 0.569 0.004 0.010 0.006 0.001 0.001 0.010 0.229 0.041 0.059 0.037 107 P 0.001 0.015 0.491 0.004 0.047 0.018 0.001 0.001 0.004 0.218 0.170 0.010 0.023 108 D 0.001 0.011 0.119 0.004 0.107 0.024 0.001 0.001 0.002 0.183 0.535 0.007 0.006 109 G 0.001 0.027 0.219 0.004 0.079 0.026 0.001 0.001 0.002 0.223 0.399 0.005 0.014 110 C 0.003 0.039 0.604 0.004 0.046 0.026 0.001 0.001 0.006 0.175 0.052 0.019 0.027