# TARGET T0404 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0404.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82.5178 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.095 0.037 0.011 0.025 0.031 0.085 0.043 0.673 2 S 0.165 0.033 0.012 0.033 0.035 0.089 0.071 0.561 3 K 0.119 0.013 0.009 0.020 0.035 0.086 0.042 0.676 4 R 0.040 0.018 0.024 0.033 0.065 0.122 0.054 0.643 5 A 0.009 0.009 0.017 0.043 0.071 0.146 0.030 0.675 6 N 0.006 0.029 0.124 0.172 0.306 0.095 0.093 0.175 7 K 0.004 0.010 0.132 0.126 0.323 0.082 0.078 0.243 8 L 0.001 0.008 0.347 0.264 0.208 0.025 0.091 0.056 9 V 0.001 0.010 0.550 0.206 0.152 0.009 0.050 0.023 10 I 0.001 0.012 0.356 0.376 0.126 0.018 0.037 0.074 11 V 0.006 0.017 0.342 0.204 0.204 0.033 0.043 0.151 12 T 0.091 0.116 0.175 0.106 0.083 0.069 0.131 0.230 13 E 0.124 0.469 0.025 0.023 0.020 0.043 0.069 0.228 14 K 0.198 0.284 0.014 0.008 0.009 0.049 0.082 0.357 15 V 0.034 0.370 0.019 0.011 0.008 0.041 0.117 0.400 16 L 0.079 0.678 0.008 0.001 0.003 0.019 0.054 0.158 17 L 0.068 0.851 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.044 18 K 0.011 0.824 0.003 0.001 0.001 0.008 0.075 0.079 19 K 0.008 0.879 0.001 0.001 0.001 0.004 0.066 0.042 20 V 0.003 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.005 21 A 0.001 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.009 22 K 0.009 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.014 23 I 0.012 0.796 0.017 0.001 0.001 0.006 0.134 0.033 24 I 0.032 0.035 0.251 0.004 0.001 0.019 0.622 0.035 25 E 0.720 0.020 0.004 0.001 0.001 0.011 0.070 0.174 26 E 0.023 0.002 0.018 0.001 0.001 0.093 0.025 0.839 27 A 0.007 0.004 0.081 0.002 0.003 0.156 0.021 0.726 28 G 0.035 0.004 0.025 0.002 0.002 0.160 0.024 0.748 29 A 0.017 0.003 0.057 0.006 0.005 0.143 0.029 0.740 30 T 0.007 0.007 0.371 0.023 0.056 0.106 0.073 0.357 31 G 0.004 0.004 0.412 0.022 0.043 0.092 0.038 0.385 32 Y 0.002 0.003 0.445 0.079 0.104 0.063 0.038 0.264 33 T 0.004 0.003 0.547 0.107 0.194 0.025 0.054 0.065 34 V 0.005 0.003 0.328 0.153 0.140 0.063 0.068 0.241 35 V 0.016 0.005 0.247 0.106 0.166 0.076 0.057 0.327 36 D 0.122 0.017 0.140 0.119 0.204 0.076 0.101 0.221 37 T 0.041 0.007 0.050 0.044 0.065 0.125 0.053 0.616 38 G 0.025 0.009 0.060 0.057 0.106 0.121 0.051 0.571 39 G 0.049 0.010 0.052 0.059 0.128 0.111 0.062 0.530 40 K 0.017 0.004 0.051 0.083 0.091 0.132 0.073 0.548 41 G 0.047 0.007 0.020 0.036 0.056 0.116 0.032 0.686 42 S 0.213 0.030 0.013 0.039 0.077 0.087 0.061 0.480 43 R 0.026 0.016 0.013 0.038 0.060 0.090 0.037 0.719 44 N 0.023 0.011 0.031 0.103 0.243 0.081 0.153 0.355 45 V 0.017 0.005 0.057 0.248 0.166 0.089 0.109 0.309 46 R 0.202 0.008 0.049 0.098 0.178 0.049 0.056 0.361 47 S 0.147 0.002 0.010 0.027 0.042 0.083 0.027 0.661 48 T 0.011 0.002 0.037 0.029 0.084 0.166 0.041 0.629 49 G 0.007 0.001 0.009 0.023 0.031 0.139 0.024 0.767 50 K 0.088 0.017 0.024 0.118 0.081 0.117 0.180 0.376 51 P 0.027 0.007 0.025 0.044 0.052 0.139 0.042 0.664 52 N 0.021 0.007 0.032 0.039 0.061 0.149 0.065 0.627 53 T 0.052 0.024 0.044 0.073 0.075 0.140 0.117 0.475 54 S 0.102 0.011 0.023 0.026 0.039 0.114 0.073 0.612 55 D 0.022 0.015 0.022 0.045 0.041 0.161 0.097 0.597 56 T 0.058 0.012 0.016 0.018 0.031 0.129 0.041 0.696 57 D 0.214 0.021 0.013 0.043 0.050 0.092 0.086 0.482 58 S 0.009 0.008 0.044 0.032 0.073 0.135 0.057 0.642 59 N 0.004 0.006 0.091 0.117 0.240 0.103 0.075 0.364 60 V 0.003 0.004 0.122 0.190 0.350 0.065 0.050 0.216 61 K 0.001 0.001 0.359 0.213 0.288 0.034 0.038 0.066 62 F 0.002 0.001 0.187 0.197 0.249 0.052 0.053 0.259 63 E 0.001 0.001 0.704 0.108 0.117 0.013 0.026 0.031 64 V 0.003 0.003 0.376 0.208 0.107 0.044 0.036 0.223 65 L 0.002 0.002 0.422 0.152 0.197 0.033 0.023 0.168 66 T 0.023 0.010 0.273 0.105 0.113 0.106 0.049 0.320 67 E 0.047 0.060 0.146 0.037 0.041 0.100 0.085 0.485 68 N 0.205 0.590 0.005 0.002 0.003 0.021 0.057 0.116 69 R 0.094 0.723 0.002 0.002 0.001 0.016 0.048 0.113 70 E 0.019 0.803 0.005 0.001 0.002 0.013 0.042 0.116 71 M 0.025 0.890 0.002 0.001 0.001 0.005 0.039 0.038 72 A 0.011 0.948 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.008 73 E 0.004 0.928 0.001 0.001 0.001 0.002 0.050 0.013 74 K 0.005 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.015 75 I 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 76 A 0.007 0.931 0.002 0.001 0.001 0.002 0.050 0.008 77 D 0.005 0.921 0.002 0.001 0.001 0.002 0.058 0.012 78 Q 0.017 0.848 0.010 0.002 0.003 0.008 0.073 0.040 79 V 0.039 0.727 0.040 0.006 0.006 0.015 0.125 0.042 80 A 0.091 0.472 0.039 0.008 0.013 0.043 0.127 0.207 81 I 0.115 0.133 0.049 0.018 0.023 0.076 0.249 0.337 82 K 0.028 0.050 0.091 0.031 0.037 0.115 0.144 0.504 83 F 0.046 0.014 0.096 0.024 0.040 0.095 0.073 0.612 84 F 0.098 0.006 0.044 0.031 0.029 0.111 0.063 0.617 85 T 0.048 0.001 0.034 0.010 0.014 0.107 0.034 0.752 86 D 0.140 0.001 0.015 0.008 0.014 0.094 0.023 0.707 87 Y 0.091 0.001 0.015 0.005 0.014 0.120 0.019 0.736 88 A 0.001 0.001 0.016 0.013 0.025 0.184 0.012 0.748 89 G 0.001 0.001 0.070 0.110 0.300 0.118 0.050 0.350 90 I 0.001 0.001 0.223 0.302 0.371 0.020 0.034 0.048 91 I 0.001 0.001 0.304 0.363 0.182 0.019 0.014 0.117 92 Y 0.001 0.001 0.477 0.209 0.247 0.010 0.028 0.028 93 I 0.006 0.001 0.325 0.175 0.233 0.035 0.039 0.187 94 C 0.040 0.001 0.282 0.123 0.191 0.066 0.046 0.250 95 E 0.046 0.004 0.074 0.076 0.111 0.139 0.057 0.493 96 A 0.006 0.001 0.035 0.055 0.090 0.096 0.025 0.692 97 E 0.014 0.007 0.183 0.182 0.331 0.049 0.100 0.135 98 V 0.013 0.002 0.099 0.123 0.236 0.066 0.033 0.429 99 L 0.007 0.001 0.164 0.192 0.242 0.072 0.048 0.274 100 Y 0.012 0.001 0.046 0.177 0.223 0.093 0.051 0.397 101 G 0.032 0.002 0.061 0.094 0.178 0.085 0.035 0.514 102 R 0.066 0.007 0.053 0.104 0.133 0.104 0.079 0.454 103 T 0.017 0.002 0.032 0.066 0.098 0.104 0.030 0.651 104 F 0.010 0.002 0.053 0.106 0.207 0.104 0.032 0.484 105 C 0.016 0.002 0.058 0.112 0.122 0.099 0.040 0.550 106 G 0.162 0.009 0.020 0.053 0.052 0.085 0.048 0.571 107 P 0.327 0.012 0.008 0.015 0.022 0.075 0.048 0.493 108 D 0.048 0.014 0.016 0.024 0.046 0.109 0.031 0.713 109 G 0.038 0.011 0.012 0.028 0.071 0.110 0.033 0.697 110 C 0.053 0.017 0.023 0.112 0.140 0.111 0.058 0.486