# TARGET T0404 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0404.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82.5178 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.204 0.110 0.115 0.145 0.155 0.122 0.067 0.041 0.025 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 2 S 0.341 0.202 0.186 0.106 0.065 0.047 0.030 0.009 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 3 K 0.318 0.207 0.150 0.131 0.086 0.057 0.028 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 4 R 0.128 0.197 0.182 0.176 0.130 0.107 0.038 0.019 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 5 A 0.026 0.037 0.050 0.114 0.178 0.168 0.170 0.140 0.055 0.026 0.023 0.007 0.004 0.002 6 N 0.069 0.123 0.111 0.180 0.164 0.134 0.088 0.063 0.038 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 7 K 0.032 0.038 0.058 0.116 0.153 0.139 0.142 0.141 0.074 0.055 0.022 0.016 0.008 0.004 8 L 0.004 0.004 0.006 0.016 0.041 0.091 0.144 0.145 0.183 0.133 0.110 0.069 0.036 0.016 9 V 0.013 0.018 0.036 0.056 0.096 0.128 0.159 0.153 0.133 0.108 0.046 0.027 0.016 0.010 10 I 0.035 0.025 0.024 0.038 0.062 0.070 0.129 0.124 0.115 0.122 0.130 0.067 0.037 0.020 11 V 0.011 0.014 0.016 0.036 0.058 0.115 0.108 0.154 0.156 0.108 0.078 0.074 0.051 0.021 12 T 0.007 0.011 0.013 0.032 0.069 0.106 0.204 0.191 0.143 0.098 0.072 0.028 0.017 0.009 13 E 0.036 0.076 0.093 0.151 0.190 0.169 0.123 0.078 0.051 0.018 0.011 0.002 0.001 0.001 14 K 0.167 0.160 0.202 0.156 0.113 0.097 0.043 0.026 0.023 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 15 V 0.195 0.161 0.134 0.189 0.155 0.084 0.046 0.023 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.089 0.090 0.121 0.164 0.186 0.167 0.099 0.039 0.037 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.055 0.087 0.125 0.201 0.258 0.140 0.073 0.035 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 18 K 0.687 0.235 0.054 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 K 0.158 0.261 0.275 0.160 0.077 0.051 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.006 0.008 0.013 0.062 0.139 0.212 0.282 0.180 0.078 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 21 A 0.057 0.180 0.258 0.248 0.155 0.070 0.019 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 K 0.689 0.226 0.067 0.011 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.015 0.040 0.070 0.245 0.271 0.201 0.099 0.039 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.011 0.024 0.043 0.129 0.228 0.214 0.186 0.107 0.046 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 25 E 0.488 0.282 0.147 0.043 0.018 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 E 0.452 0.209 0.179 0.076 0.038 0.030 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 A 0.026 0.039 0.064 0.155 0.244 0.224 0.152 0.061 0.022 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 28 G 0.138 0.137 0.165 0.173 0.152 0.114 0.064 0.030 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 29 A 0.140 0.064 0.045 0.097 0.139 0.136 0.135 0.116 0.058 0.034 0.019 0.010 0.006 0.002 30 T 0.051 0.050 0.062 0.095 0.138 0.153 0.136 0.116 0.084 0.048 0.042 0.017 0.005 0.005 31 G 0.032 0.023 0.041 0.056 0.101 0.103 0.124 0.130 0.114 0.116 0.071 0.049 0.026 0.014 32 Y 0.023 0.018 0.017 0.028 0.048 0.074 0.095 0.113 0.159 0.135 0.140 0.077 0.051 0.022 33 T 0.015 0.013 0.021 0.031 0.057 0.076 0.112 0.142 0.136 0.153 0.112 0.078 0.035 0.020 34 V 0.010 0.012 0.015 0.027 0.051 0.069 0.105 0.135 0.155 0.132 0.147 0.070 0.040 0.033 35 V 0.016 0.015 0.021 0.032 0.047 0.077 0.085 0.111 0.157 0.173 0.121 0.083 0.048 0.015 36 D 0.047 0.072 0.084 0.128 0.140 0.132 0.130 0.113 0.065 0.039 0.031 0.010 0.004 0.006 37 T 0.023 0.022 0.032 0.053 0.087 0.127 0.113 0.139 0.140 0.111 0.072 0.051 0.024 0.007 38 G 0.083 0.103 0.127 0.153 0.150 0.132 0.097 0.073 0.045 0.021 0.012 0.003 0.001 0.001 39 G 0.096 0.077 0.093 0.131 0.150 0.138 0.106 0.085 0.055 0.033 0.020 0.011 0.003 0.002 40 K 0.195 0.142 0.205 0.123 0.103 0.078 0.060 0.040 0.031 0.011 0.009 0.001 0.001 0.001 41 G 0.160 0.116 0.141 0.164 0.134 0.103 0.071 0.048 0.030 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 42 S 0.178 0.143 0.150 0.150 0.121 0.088 0.070 0.047 0.029 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 43 R 0.199 0.156 0.151 0.162 0.114 0.082 0.051 0.043 0.020 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 44 N 0.217 0.168 0.119 0.156 0.115 0.086 0.056 0.040 0.019 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 45 V 0.116 0.095 0.089 0.139 0.153 0.131 0.095 0.082 0.043 0.030 0.013 0.008 0.004 0.002 46 R 0.164 0.112 0.119 0.132 0.130 0.102 0.082 0.067 0.041 0.029 0.014 0.006 0.002 0.002 47 S 0.179 0.118 0.115 0.133 0.125 0.099 0.079 0.063 0.036 0.028 0.015 0.006 0.003 0.002 48 T 0.121 0.109 0.111 0.137 0.137 0.113 0.087 0.073 0.046 0.033 0.017 0.009 0.004 0.002 49 G 0.157 0.124 0.127 0.144 0.118 0.099 0.078 0.063 0.037 0.029 0.013 0.006 0.003 0.002 50 K 0.241 0.153 0.135 0.131 0.096 0.079 0.065 0.043 0.024 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 51 P 0.187 0.140 0.119 0.137 0.123 0.102 0.070 0.047 0.032 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 52 N 0.099 0.085 0.094 0.133 0.147 0.137 0.104 0.090 0.048 0.035 0.015 0.008 0.004 0.002 53 T 0.127 0.103 0.114 0.146 0.153 0.115 0.088 0.066 0.042 0.026 0.013 0.005 0.002 0.001 54 S 0.169 0.112 0.116 0.135 0.128 0.104 0.073 0.066 0.043 0.027 0.015 0.007 0.003 0.001 55 D 0.205 0.167 0.150 0.159 0.128 0.073 0.050 0.034 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 56 T 0.144 0.130 0.127 0.159 0.147 0.113 0.074 0.048 0.031 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 57 D 0.167 0.161 0.144 0.170 0.133 0.090 0.070 0.030 0.019 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 58 S 0.221 0.199 0.151 0.131 0.090 0.089 0.056 0.023 0.021 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 59 N 0.026 0.075 0.098 0.171 0.200 0.173 0.096 0.077 0.046 0.020 0.010 0.004 0.002 0.002 60 V 0.003 0.007 0.011 0.027 0.055 0.089 0.137 0.176 0.164 0.132 0.101 0.054 0.031 0.012 61 K 0.003 0.006 0.010 0.025 0.055 0.076 0.125 0.182 0.165 0.140 0.097 0.061 0.027 0.029 62 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.018 0.032 0.121 0.178 0.238 0.226 0.118 0.057 63 E 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.015 0.033 0.068 0.136 0.202 0.220 0.145 0.094 0.075 64 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.024 0.045 0.104 0.189 0.263 0.179 0.111 0.070 65 L 0.001 0.002 0.002 0.006 0.011 0.031 0.046 0.102 0.174 0.183 0.147 0.146 0.099 0.048 66 T 0.002 0.006 0.007 0.022 0.042 0.075 0.140 0.171 0.165 0.147 0.105 0.062 0.034 0.022 67 E 0.014 0.062 0.075 0.159 0.166 0.168 0.124 0.116 0.061 0.025 0.018 0.006 0.002 0.003 68 N 0.114 0.124 0.255 0.123 0.111 0.110 0.063 0.028 0.052 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 69 R 0.227 0.177 0.303 0.132 0.069 0.041 0.028 0.009 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 70 E 0.591 0.207 0.117 0.045 0.020 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 M 0.125 0.188 0.173 0.173 0.139 0.107 0.057 0.019 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.018 0.033 0.044 0.145 0.244 0.228 0.138 0.090 0.047 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 73 E 0.383 0.348 0.174 0.053 0.018 0.018 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 K 0.230 0.260 0.252 0.145 0.067 0.033 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 I 0.007 0.016 0.023 0.085 0.140 0.217 0.245 0.170 0.072 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 76 A 0.009 0.027 0.040 0.153 0.221 0.250 0.162 0.096 0.030 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 77 D 0.487 0.294 0.161 0.035 0.011 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.070 0.101 0.161 0.263 0.217 0.112 0.044 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 V 0.012 0.015 0.025 0.072 0.122 0.216 0.256 0.178 0.064 0.017 0.015 0.004 0.003 0.001 80 A 0.057 0.100 0.123 0.202 0.227 0.151 0.085 0.037 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 81 I 0.475 0.226 0.130 0.073 0.044 0.030 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 K 0.110 0.110 0.132 0.225 0.193 0.140 0.051 0.024 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 83 F 0.063 0.054 0.080 0.146 0.204 0.179 0.135 0.089 0.031 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 84 F 0.166 0.180 0.135 0.179 0.180 0.083 0.045 0.021 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 85 T 0.432 0.208 0.140 0.096 0.059 0.039 0.014 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 D 0.349 0.240 0.159 0.100 0.058 0.056 0.024 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 87 Y 0.129 0.130 0.197 0.194 0.152 0.105 0.056 0.019 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 88 A 0.195 0.193 0.201 0.138 0.107 0.071 0.048 0.021 0.017 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 89 G 0.023 0.034 0.046 0.106 0.146 0.166 0.156 0.142 0.083 0.048 0.026 0.014 0.007 0.003 90 I 0.012 0.015 0.021 0.053 0.106 0.124 0.180 0.175 0.122 0.090 0.045 0.036 0.014 0.008 91 I 0.004 0.004 0.007 0.011 0.025 0.042 0.074 0.103 0.168 0.168 0.164 0.126 0.069 0.033 92 Y 0.003 0.002 0.003 0.006 0.013 0.027 0.048 0.087 0.144 0.186 0.167 0.185 0.089 0.039 93 I 0.002 0.002 0.003 0.005 0.013 0.024 0.054 0.077 0.140 0.155 0.202 0.143 0.098 0.081 94 C 0.001 0.002 0.002 0.004 0.008 0.021 0.040 0.070 0.148 0.205 0.238 0.137 0.086 0.038 95 E 0.005 0.014 0.018 0.052 0.084 0.103 0.152 0.188 0.113 0.102 0.072 0.039 0.023 0.035 96 A 0.001 0.003 0.004 0.009 0.017 0.041 0.059 0.092 0.175 0.187 0.159 0.146 0.080 0.028 97 E 0.007 0.019 0.030 0.066 0.115 0.142 0.170 0.180 0.113 0.083 0.036 0.021 0.009 0.009 98 V 0.005 0.007 0.012 0.020 0.044 0.066 0.105 0.127 0.169 0.149 0.138 0.097 0.038 0.024 99 L 0.008 0.011 0.014 0.021 0.044 0.077 0.100 0.123 0.168 0.160 0.141 0.067 0.047 0.020 100 Y 0.022 0.031 0.048 0.067 0.091 0.098 0.116 0.134 0.112 0.104 0.077 0.058 0.022 0.020 101 G 0.010 0.011 0.013 0.023 0.043 0.067 0.085 0.115 0.184 0.168 0.119 0.092 0.050 0.022 102 R 0.027 0.033 0.047 0.070 0.094 0.113 0.132 0.141 0.120 0.101 0.062 0.033 0.017 0.010 103 T 0.085 0.078 0.086 0.111 0.129 0.116 0.122 0.096 0.065 0.047 0.040 0.013 0.005 0.005 104 F 0.073 0.070 0.072 0.104 0.137 0.138 0.107 0.102 0.080 0.055 0.029 0.017 0.011 0.005 105 C 0.114 0.099 0.093 0.133 0.152 0.121 0.111 0.082 0.043 0.029 0.012 0.007 0.003 0.002 106 G 0.206 0.149 0.129 0.135 0.117 0.091 0.076 0.045 0.024 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 107 P 0.388 0.174 0.128 0.095 0.071 0.050 0.048 0.019 0.011 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 108 D 0.428 0.168 0.115 0.102 0.067 0.048 0.037 0.014 0.008 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 109 G 0.276 0.167 0.143 0.132 0.109 0.079 0.041 0.024 0.014 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 110 C 0.176 0.089 0.080 0.114 0.144 0.120 0.101 0.072 0.044 0.034 0.014 0.008 0.003 0.001