# TARGET T0404 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0404.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.333 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.191 0.103 0.059 0.119 0.092 0.094 0.109 0.077 0.073 0.050 0.033 2 S 0.169 0.081 0.048 0.091 0.070 0.079 0.121 0.099 0.098 0.078 0.065 3 K 0.164 0.129 0.105 0.154 0.130 0.113 0.102 0.047 0.031 0.017 0.008 4 R 0.151 0.146 0.125 0.235 0.127 0.090 0.072 0.028 0.016 0.008 0.003 5 A 0.053 0.034 0.050 0.079 0.093 0.099 0.142 0.115 0.131 0.110 0.095 6 N 0.081 0.087 0.128 0.253 0.163 0.108 0.106 0.043 0.020 0.008 0.003 7 K 0.014 0.042 0.094 0.176 0.218 0.220 0.145 0.053 0.025 0.010 0.003 8 L 0.001 0.002 0.005 0.005 0.005 0.009 0.056 0.142 0.245 0.296 0.235 9 V 0.002 0.019 0.040 0.193 0.256 0.207 0.155 0.071 0.034 0.016 0.007 10 I 0.004 0.009 0.028 0.014 0.015 0.023 0.105 0.142 0.270 0.225 0.167 11 V 0.010 0.016 0.044 0.129 0.121 0.120 0.190 0.141 0.115 0.072 0.043 12 T 0.001 0.005 0.006 0.011 0.014 0.023 0.118 0.157 0.253 0.227 0.186 13 E 0.006 0.010 0.049 0.097 0.117 0.144 0.228 0.142 0.116 0.058 0.034 14 K 0.085 0.092 0.298 0.237 0.144 0.078 0.049 0.010 0.004 0.001 0.001 15 V 0.014 0.018 0.117 0.139 0.123 0.137 0.219 0.117 0.069 0.032 0.016 16 L 0.001 0.001 0.011 0.008 0.008 0.024 0.094 0.122 0.212 0.279 0.241 17 L 0.001 0.003 0.066 0.040 0.073 0.146 0.373 0.168 0.083 0.033 0.014 18 K 0.029 0.044 0.588 0.226 0.076 0.027 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 19 K 0.003 0.010 0.031 0.062 0.135 0.238 0.342 0.108 0.045 0.019 0.008 20 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.024 0.067 0.224 0.311 0.367 21 A 0.001 0.001 0.016 0.037 0.149 0.340 0.337 0.076 0.028 0.012 0.005 22 K 0.010 0.026 0.795 0.129 0.031 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.001 0.001 0.002 0.006 0.023 0.102 0.420 0.229 0.127 0.063 0.028 24 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.050 0.176 0.324 0.433 25 E 0.003 0.013 0.291 0.253 0.269 0.114 0.046 0.009 0.002 0.001 0.001 26 E 0.011 0.046 0.667 0.168 0.066 0.032 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 27 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.067 0.265 0.234 0.183 0.147 0.079 28 G 0.487 0.278 0.047 0.104 0.037 0.021 0.014 0.005 0.003 0.002 0.002 29 A 0.002 0.002 0.004 0.005 0.008 0.015 0.050 0.094 0.200 0.255 0.366 30 T 0.187 0.314 0.109 0.236 0.093 0.039 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 31 G 0.054 0.063 0.022 0.100 0.120 0.153 0.196 0.113 0.082 0.056 0.043 32 Y 0.004 0.008 0.005 0.025 0.040 0.070 0.120 0.128 0.182 0.181 0.236 33 T 0.016 0.036 0.022 0.070 0.082 0.094 0.162 0.124 0.144 0.118 0.133 34 V 0.006 0.007 0.005 0.021 0.026 0.037 0.094 0.131 0.189 0.223 0.262 35 V 0.011 0.022 0.013 0.067 0.106 0.131 0.196 0.150 0.125 0.089 0.090 36 D 0.212 0.183 0.075 0.219 0.122 0.071 0.054 0.027 0.018 0.011 0.008 37 T 0.024 0.017 0.010 0.042 0.062 0.093 0.158 0.141 0.158 0.157 0.137 38 G 0.161 0.230 0.070 0.194 0.122 0.069 0.062 0.034 0.025 0.017 0.015 39 G 0.066 0.040 0.018 0.056 0.074 0.102 0.158 0.123 0.129 0.126 0.107 40 K 0.173 0.275 0.092 0.213 0.109 0.054 0.041 0.017 0.011 0.008 0.006 41 G 0.070 0.031 0.012 0.050 0.069 0.086 0.141 0.129 0.148 0.138 0.126 42 S 0.136 0.166 0.074 0.164 0.120 0.097 0.091 0.049 0.041 0.033 0.030 43 R 0.119 0.118 0.061 0.173 0.150 0.118 0.116 0.055 0.044 0.030 0.016 44 N 0.206 0.100 0.042 0.098 0.090 0.087 0.109 0.078 0.074 0.064 0.054 45 V 0.048 0.066 0.039 0.111 0.111 0.106 0.157 0.106 0.098 0.086 0.073 46 R 0.018 0.031 0.027 0.093 0.121 0.142 0.191 0.126 0.106 0.083 0.063 47 S 0.109 0.127 0.094 0.162 0.142 0.105 0.105 0.059 0.045 0.032 0.021 48 T 0.183 0.121 0.084 0.161 0.129 0.095 0.109 0.050 0.033 0.023 0.012 49 G 0.380 0.139 0.049 0.109 0.085 0.063 0.064 0.037 0.031 0.026 0.017 50 K 0.084 0.142 0.059 0.155 0.131 0.113 0.128 0.071 0.052 0.040 0.024 51 P 0.270 0.159 0.076 0.147 0.103 0.071 0.074 0.037 0.028 0.021 0.013 52 N 0.213 0.114 0.056 0.131 0.114 0.103 0.110 0.060 0.048 0.033 0.019 53 T 0.203 0.169 0.067 0.157 0.112 0.078 0.080 0.049 0.039 0.029 0.017 54 S 0.274 0.139 0.066 0.138 0.103 0.077 0.079 0.044 0.037 0.026 0.017 55 D 0.275 0.145 0.064 0.123 0.089 0.077 0.084 0.051 0.041 0.032 0.020 56 T 0.217 0.171 0.066 0.153 0.103 0.079 0.077 0.046 0.040 0.030 0.018 57 D 0.243 0.125 0.067 0.154 0.108 0.090 0.086 0.048 0.041 0.025 0.014 58 S 0.258 0.121 0.093 0.152 0.093 0.073 0.081 0.045 0.040 0.027 0.018 59 N 0.131 0.119 0.087 0.182 0.130 0.107 0.106 0.055 0.044 0.025 0.014 60 V 0.035 0.035 0.030 0.091 0.098 0.122 0.169 0.145 0.129 0.091 0.054 61 K 0.018 0.046 0.053 0.152 0.183 0.168 0.166 0.095 0.063 0.035 0.020 62 F 0.009 0.011 0.025 0.042 0.057 0.082 0.181 0.201 0.203 0.130 0.059 63 E 0.010 0.021 0.030 0.100 0.143 0.175 0.220 0.131 0.094 0.048 0.028 64 V 0.003 0.004 0.007 0.011 0.010 0.015 0.060 0.132 0.233 0.302 0.223 65 L 0.004 0.009 0.013 0.051 0.077 0.109 0.215 0.184 0.174 0.104 0.059 66 T 0.006 0.008 0.019 0.014 0.013 0.022 0.092 0.142 0.245 0.241 0.197 67 E 0.032 0.059 0.040 0.141 0.182 0.169 0.171 0.098 0.055 0.035 0.018 68 N 0.036 0.227 0.075 0.146 0.115 0.108 0.122 0.075 0.051 0.031 0.014 69 R 0.280 0.137 0.131 0.183 0.136 0.074 0.041 0.011 0.005 0.002 0.001 70 E 0.710 0.111 0.100 0.050 0.014 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 71 M 0.043 0.037 0.106 0.164 0.134 0.170 0.191 0.078 0.044 0.022 0.010 72 A 0.006 0.006 0.078 0.026 0.029 0.080 0.259 0.198 0.161 0.109 0.046 73 E 0.004 0.013 0.578 0.178 0.102 0.071 0.041 0.010 0.003 0.001 0.001 74 K 0.015 0.028 0.740 0.136 0.051 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 75 I 0.006 0.011 0.101 0.051 0.076 0.165 0.288 0.127 0.093 0.056 0.025 76 A 0.002 0.005 0.181 0.021 0.023 0.047 0.240 0.173 0.168 0.101 0.041 77 D 0.004 0.017 0.615 0.165 0.114 0.050 0.026 0.006 0.002 0.001 0.001 78 Q 0.017 0.036 0.707 0.125 0.067 0.031 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 79 V 0.005 0.008 0.108 0.029 0.038 0.074 0.242 0.144 0.165 0.117 0.069 80 A 0.002 0.003 0.042 0.021 0.031 0.066 0.290 0.199 0.173 0.117 0.057 81 I 0.002 0.015 0.396 0.210 0.184 0.105 0.055 0.019 0.009 0.004 0.001 82 K 0.050 0.080 0.492 0.156 0.104 0.068 0.037 0.008 0.003 0.001 0.001 83 F 0.003 0.004 0.021 0.018 0.024 0.046 0.186 0.173 0.231 0.183 0.112 84 F 0.005 0.008 0.023 0.031 0.044 0.070 0.218 0.175 0.175 0.145 0.106 85 T 0.036 0.074 0.388 0.237 0.150 0.064 0.032 0.010 0.005 0.002 0.001 86 D 0.041 0.074 0.207 0.167 0.160 0.155 0.136 0.035 0.016 0.007 0.002 87 Y 0.005 0.007 0.010 0.026 0.035 0.058 0.185 0.194 0.220 0.173 0.086 88 A 0.005 0.007 0.011 0.024 0.035 0.073 0.199 0.179 0.185 0.162 0.121 89 G 0.006 0.009 0.033 0.037 0.043 0.069 0.184 0.176 0.197 0.154 0.091 90 I 0.005 0.009 0.028 0.034 0.026 0.042 0.124 0.163 0.191 0.210 0.168 91 I 0.002 0.003 0.010 0.013 0.013 0.019 0.071 0.143 0.239 0.279 0.208 92 Y 0.005 0.012 0.027 0.057 0.061 0.066 0.155 0.163 0.195 0.159 0.100 93 I 0.003 0.012 0.035 0.062 0.060 0.064 0.122 0.144 0.204 0.167 0.129 94 C 0.011 0.016 0.024 0.079 0.113 0.149 0.282 0.163 0.107 0.042 0.014 95 E 0.081 0.200 0.126 0.285 0.159 0.086 0.046 0.011 0.004 0.001 0.001 96 A 0.002 0.002 0.003 0.006 0.006 0.009 0.036 0.085 0.238 0.318 0.294 97 E 0.064 0.145 0.060 0.312 0.225 0.117 0.054 0.014 0.006 0.002 0.001 98 V 0.007 0.018 0.009 0.028 0.030 0.041 0.128 0.182 0.253 0.192 0.114 99 L 0.016 0.026 0.017 0.111 0.137 0.166 0.182 0.137 0.114 0.061 0.034 100 Y 0.026 0.061 0.025 0.137 0.154 0.156 0.194 0.114 0.078 0.037 0.017 101 G 0.097 0.067 0.048 0.155 0.141 0.110 0.126 0.102 0.082 0.050 0.023 102 R 0.234 0.205 0.056 0.195 0.130 0.084 0.052 0.023 0.013 0.006 0.002 103 T 0.059 0.112 0.042 0.169 0.166 0.132 0.137 0.084 0.056 0.030 0.012 104 F 0.013 0.017 0.008 0.028 0.038 0.056 0.117 0.161 0.211 0.197 0.155 105 C 0.068 0.135 0.057 0.203 0.183 0.115 0.117 0.058 0.034 0.019 0.012 106 G 0.076 0.063 0.023 0.097 0.105 0.098 0.151 0.144 0.123 0.078 0.042 107 P 0.222 0.133 0.054 0.151 0.122 0.105 0.092 0.051 0.034 0.022 0.013 108 D 0.353 0.243 0.077 0.155 0.073 0.039 0.030 0.013 0.009 0.005 0.003 109 G 0.250 0.128 0.042 0.122 0.101 0.093 0.096 0.061 0.051 0.035 0.022 110 C 0.163 0.121 0.044 0.093 0.076 0.068 0.104 0.085 0.091 0.078 0.076