# TARGET T0404 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0404.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 2 S 0.101 0.031 0.006 0.007 0.011 0.025 0.819 3 K 0.133 0.007 0.008 0.010 0.228 0.033 0.581 4 R 0.369 0.017 0.010 0.014 0.109 0.037 0.443 5 A 0.511 0.007 0.010 0.007 0.066 0.012 0.385 6 N 0.722 0.009 0.008 0.005 0.062 0.003 0.190 7 K 0.915 0.004 0.002 0.003 0.006 0.001 0.069 8 L 0.976 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.016 9 V 0.987 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.007 10 I 0.972 0.003 0.001 0.004 0.002 0.001 0.019 11 V 0.955 0.003 0.001 0.004 0.005 0.002 0.030 12 T 0.710 0.007 0.011 0.014 0.044 0.019 0.194 13 E 0.188 0.006 0.039 0.062 0.193 0.035 0.477 14 K 0.046 0.003 0.164 0.360 0.223 0.085 0.119 15 V 0.011 0.007 0.146 0.566 0.072 0.099 0.099 16 L 0.004 0.003 0.046 0.769 0.035 0.080 0.064 17 L 0.003 0.001 0.006 0.903 0.025 0.027 0.036 18 K 0.002 0.001 0.001 0.966 0.009 0.012 0.010 19 K 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.007 0.007 20 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 22 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 25 E 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.008 0.001 26 E 0.001 0.001 0.010 0.940 0.002 0.047 0.001 27 A 0.001 0.001 0.012 0.347 0.008 0.630 0.002 28 G 0.001 0.001 0.004 0.011 0.014 0.956 0.013 29 A 0.031 0.013 0.003 0.002 0.069 0.017 0.866 30 T 0.122 0.014 0.014 0.001 0.180 0.085 0.583 31 G 0.396 0.006 0.015 0.001 0.247 0.116 0.220 32 Y 0.829 0.009 0.002 0.001 0.013 0.003 0.143 33 T 0.949 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.038 34 V 0.939 0.004 0.001 0.001 0.006 0.002 0.048 35 V 0.861 0.009 0.002 0.002 0.017 0.005 0.105 36 D 0.632 0.009 0.004 0.003 0.053 0.018 0.280 37 T 0.342 0.021 0.017 0.007 0.131 0.090 0.393 38 G 0.199 0.018 0.018 0.006 0.304 0.161 0.294 39 G 0.194 0.021 0.022 0.008 0.355 0.107 0.292 40 K 0.234 0.085 0.017 0.010 0.160 0.054 0.440 41 G 0.180 0.067 0.018 0.013 0.165 0.082 0.474 42 S 0.106 0.034 0.028 0.015 0.175 0.138 0.504 43 R 0.053 0.016 0.040 0.018 0.237 0.481 0.154 44 N 0.073 0.016 0.047 0.025 0.252 0.370 0.218 45 V 0.218 0.075 0.038 0.033 0.130 0.073 0.432 46 R 0.300 0.122 0.033 0.045 0.102 0.083 0.315 47 S 0.204 0.040 0.051 0.063 0.136 0.168 0.338 48 T 0.086 0.013 0.055 0.065 0.183 0.415 0.183 49 G 0.087 0.015 0.047 0.053 0.225 0.322 0.250 50 K 0.186 0.041 0.037 0.075 0.173 0.074 0.414 51 P 0.211 0.039 0.034 0.127 0.116 0.111 0.362 52 N 0.204 0.032 0.041 0.141 0.124 0.155 0.303 53 T 0.205 0.023 0.042 0.134 0.138 0.173 0.285 54 S 0.233 0.018 0.041 0.119 0.168 0.155 0.266 55 D 0.295 0.019 0.037 0.130 0.138 0.100 0.281 56 T 0.338 0.022 0.033 0.099 0.106 0.075 0.326 57 D 0.355 0.015 0.062 0.104 0.100 0.095 0.268 58 S 0.359 0.020 0.074 0.080 0.155 0.139 0.173 59 N 0.493 0.010 0.049 0.026 0.100 0.118 0.204 60 V 0.650 0.003 0.005 0.005 0.056 0.012 0.270 61 K 0.884 0.001 0.001 0.001 0.051 0.003 0.059 62 F 0.979 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 63 E 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 64 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 65 L 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.033 66 T 0.855 0.003 0.001 0.001 0.024 0.003 0.115 67 E 0.598 0.021 0.002 0.002 0.081 0.005 0.291 68 N 0.121 0.008 0.001 0.003 0.079 0.005 0.781 69 R 0.014 0.004 0.093 0.417 0.122 0.097 0.252 70 E 0.002 0.002 0.079 0.756 0.064 0.071 0.026 71 M 0.001 0.001 0.059 0.842 0.024 0.051 0.023 72 A 0.001 0.001 0.012 0.928 0.013 0.023 0.023 73 E 0.001 0.001 0.003 0.932 0.020 0.025 0.018 74 K 0.001 0.001 0.002 0.950 0.012 0.020 0.014 75 I 0.001 0.001 0.002 0.961 0.010 0.013 0.014 76 A 0.001 0.001 0.002 0.966 0.007 0.015 0.009 77 D 0.001 0.001 0.002 0.954 0.007 0.030 0.006 78 Q 0.001 0.001 0.003 0.932 0.005 0.051 0.008 79 V 0.001 0.001 0.006 0.906 0.009 0.057 0.020 80 A 0.003 0.001 0.020 0.866 0.016 0.067 0.027 81 I 0.006 0.001 0.053 0.792 0.019 0.094 0.035 82 K 0.008 0.001 0.053 0.705 0.023 0.171 0.040 83 F 0.015 0.005 0.058 0.614 0.048 0.191 0.071 84 F 0.037 0.009 0.161 0.343 0.084 0.137 0.227 85 T 0.023 0.003 0.257 0.165 0.103 0.386 0.065 86 D 0.014 0.001 0.088 0.060 0.093 0.715 0.027 87 Y 0.187 0.012 0.020 0.035 0.197 0.183 0.366 88 A 0.549 0.004 0.002 0.006 0.084 0.016 0.339 89 G 0.935 0.002 0.001 0.002 0.023 0.003 0.034 90 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 91 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 92 Y 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 93 I 0.891 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 0.087 94 C 0.623 0.005 0.005 0.003 0.156 0.018 0.189 95 E 0.438 0.015 0.013 0.006 0.127 0.033 0.367 96 A 0.578 0.010 0.011 0.010 0.081 0.071 0.240 97 E 0.733 0.010 0.006 0.014 0.130 0.024 0.082 98 V 0.847 0.016 0.007 0.010 0.026 0.018 0.076 99 L 0.755 0.020 0.006 0.017 0.036 0.027 0.139 100 Y 0.510 0.016 0.006 0.012 0.066 0.021 0.368 101 G 0.095 0.003 0.161 0.064 0.135 0.352 0.190 102 R 0.061 0.005 0.183 0.047 0.197 0.421 0.086 103 T 0.132 0.042 0.244 0.084 0.159 0.166 0.172 104 F 0.146 0.088 0.045 0.040 0.101 0.054 0.526 105 C 0.113 0.089 0.018 0.023 0.162 0.117 0.477 106 G 0.040 0.022 0.021 0.030 0.252 0.098 0.536 107 P 0.016 0.010 0.032 0.032 0.310 0.263 0.336 108 D 0.013 0.020 0.029 0.039 0.187 0.446 0.268 109 G 0.003 0.008 0.012 0.017 0.011 0.121 0.828 110 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999