# TARGET T0404 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0404.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.333 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.393 0.136 0.164 0.174 0.031 0.033 0.039 0.006 0.019 0.004 0.001 2 S 0.306 0.198 0.225 0.135 0.053 0.040 0.015 0.006 0.016 0.004 0.001 3 K 0.217 0.383 0.183 0.039 0.066 0.022 0.012 0.001 0.073 0.003 0.001 4 R 0.352 0.082 0.457 0.036 0.004 0.049 0.004 0.001 0.008 0.001 0.005 5 A 0.256 0.221 0.269 0.125 0.043 0.038 0.021 0.005 0.019 0.003 0.001 6 N 0.307 0.181 0.169 0.171 0.055 0.018 0.073 0.010 0.013 0.003 0.001 7 K 0.079 0.551 0.220 0.036 0.047 0.033 0.014 0.001 0.017 0.001 0.001 8 L 0.026 0.590 0.342 0.002 0.007 0.021 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 9 V 0.104 0.691 0.135 0.005 0.012 0.025 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 10 I 0.150 0.397 0.337 0.002 0.006 0.088 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 11 V 0.309 0.460 0.087 0.019 0.011 0.070 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 12 T 0.362 0.275 0.130 0.040 0.041 0.088 0.004 0.001 0.057 0.003 0.001 13 E 0.877 0.030 0.037 0.020 0.009 0.017 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 14 K 0.972 0.003 0.004 0.010 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 15 V 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 K 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 K 0.985 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 E 0.983 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 A 0.336 0.001 0.007 0.656 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 G 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.151 0.834 0.001 0.004 0.001 29 A 0.002 0.065 0.863 0.004 0.004 0.054 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 30 T 0.085 0.232 0.465 0.135 0.051 0.020 0.005 0.002 0.002 0.002 0.002 31 G 0.009 0.136 0.039 0.022 0.664 0.002 0.013 0.055 0.005 0.054 0.001 32 Y 0.007 0.659 0.202 0.005 0.068 0.019 0.002 0.001 0.038 0.001 0.001 33 T 0.008 0.572 0.321 0.003 0.031 0.049 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 34 V 0.014 0.658 0.216 0.012 0.010 0.049 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 35 V 0.015 0.508 0.295 0.008 0.080 0.044 0.006 0.001 0.042 0.002 0.001 36 D 0.033 0.163 0.531 0.022 0.024 0.166 0.021 0.002 0.034 0.002 0.003 37 T 0.214 0.252 0.163 0.228 0.070 0.024 0.015 0.007 0.021 0.005 0.001 38 G 0.063 0.066 0.154 0.141 0.165 0.007 0.125 0.146 0.013 0.120 0.001 39 G 0.024 0.014 0.139 0.018 0.115 0.004 0.034 0.301 0.002 0.348 0.002 40 K 0.151 0.247 0.282 0.209 0.051 0.022 0.012 0.004 0.016 0.004 0.002 41 G 0.044 0.021 0.096 0.019 0.136 0.003 0.028 0.104 0.003 0.546 0.001 42 S 0.375 0.089 0.237 0.187 0.042 0.027 0.007 0.009 0.007 0.009 0.012 43 R 0.186 0.117 0.137 0.362 0.066 0.010 0.077 0.018 0.013 0.013 0.001 44 N 0.045 0.034 0.114 0.086 0.112 0.027 0.358 0.182 0.013 0.026 0.002 45 V 0.131 0.544 0.223 0.043 0.024 0.023 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 46 R 0.111 0.440 0.236 0.094 0.041 0.039 0.006 0.001 0.029 0.002 0.001 47 S 0.129 0.361 0.265 0.076 0.099 0.032 0.011 0.006 0.018 0.003 0.001 48 T 0.128 0.249 0.204 0.225 0.115 0.009 0.037 0.006 0.016 0.011 0.001 49 G 0.033 0.013 0.068 0.046 0.068 0.004 0.091 0.445 0.003 0.229 0.001 50 K 0.011 0.329 0.532 0.002 0.015 0.014 0.003 0.001 0.093 0.001 0.001 51 P 0.068 0.007 0.872 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 52 N 0.164 0.229 0.228 0.139 0.078 0.084 0.034 0.014 0.025 0.003 0.001 53 T 0.172 0.366 0.146 0.155 0.112 0.016 0.007 0.003 0.018 0.003 0.001 54 S 0.144 0.193 0.204 0.138 0.208 0.026 0.017 0.019 0.022 0.027 0.001 55 D 0.248 0.165 0.229 0.180 0.059 0.057 0.018 0.005 0.034 0.003 0.001 56 T 0.342 0.215 0.140 0.189 0.065 0.018 0.006 0.004 0.012 0.007 0.001 57 D 0.212 0.142 0.184 0.190 0.048 0.079 0.050 0.009 0.079 0.005 0.001 58 S 0.388 0.123 0.175 0.207 0.047 0.013 0.022 0.010 0.007 0.008 0.001 59 N 0.143 0.076 0.086 0.300 0.034 0.044 0.241 0.034 0.037 0.003 0.001 60 V 0.036 0.515 0.301 0.053 0.059 0.016 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 61 K 0.024 0.577 0.260 0.028 0.035 0.039 0.014 0.001 0.021 0.001 0.001 62 F 0.005 0.684 0.202 0.005 0.082 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 63 E 0.005 0.789 0.158 0.001 0.018 0.014 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 64 V 0.006 0.647 0.278 0.001 0.007 0.038 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 65 L 0.039 0.555 0.287 0.012 0.011 0.067 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 66 T 0.025 0.675 0.121 0.009 0.130 0.021 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 67 E 0.152 0.405 0.276 0.062 0.041 0.039 0.004 0.001 0.017 0.002 0.001 68 N 0.056 0.211 0.431 0.016 0.101 0.089 0.008 0.002 0.077 0.009 0.001 69 R 0.968 0.006 0.009 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 E 0.986 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 M 0.980 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.988 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 E 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 K 0.980 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 I 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 A 0.990 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 D 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 V 0.985 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.983 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 81 I 0.968 0.006 0.006 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 K 0.974 0.003 0.009 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 F 0.737 0.009 0.008 0.234 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 84 F 0.589 0.058 0.087 0.094 0.013 0.046 0.048 0.004 0.057 0.002 0.001 85 T 0.801 0.020 0.054 0.085 0.011 0.011 0.007 0.002 0.002 0.006 0.001 86 D 0.317 0.030 0.031 0.506 0.022 0.022 0.047 0.010 0.014 0.001 0.001 87 Y 0.093 0.320 0.218 0.162 0.093 0.030 0.030 0.007 0.043 0.002 0.001 88 A 0.052 0.384 0.387 0.039 0.093 0.014 0.010 0.006 0.009 0.003 0.001 89 G 0.016 0.419 0.100 0.014 0.422 0.005 0.004 0.004 0.004 0.011 0.001 90 I 0.004 0.853 0.069 0.003 0.057 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 91 I 0.005 0.871 0.064 0.002 0.025 0.013 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 92 Y 0.003 0.768 0.147 0.001 0.020 0.039 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 93 I 0.014 0.647 0.227 0.006 0.012 0.057 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 94 C 0.048 0.518 0.183 0.015 0.179 0.021 0.006 0.001 0.024 0.004 0.001 95 E 0.278 0.157 0.162 0.249 0.057 0.047 0.026 0.004 0.013 0.002 0.004 96 A 0.009 0.743 0.073 0.010 0.146 0.004 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 97 E 0.014 0.640 0.263 0.005 0.019 0.035 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 98 V 0.011 0.754 0.153 0.003 0.018 0.029 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 99 L 0.072 0.616 0.168 0.037 0.021 0.056 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 100 Y 0.021 0.321 0.198 0.035 0.162 0.034 0.078 0.005 0.135 0.010 0.001 101 G 0.100 0.022 0.218 0.033 0.124 0.011 0.068 0.160 0.003 0.244 0.017 102 R 0.145 0.333 0.266 0.078 0.093 0.028 0.023 0.007 0.019 0.007 0.002 103 T 0.120 0.409 0.259 0.118 0.036 0.027 0.008 0.002 0.020 0.002 0.001 104 F 0.053 0.261 0.288 0.082 0.156 0.064 0.041 0.017 0.026 0.010 0.001 105 C 0.043 0.490 0.207 0.114 0.062 0.037 0.010 0.001 0.035 0.001 0.001 106 G 0.012 0.031 0.243 0.003 0.301 0.004 0.008 0.012 0.013 0.374 0.001 107 P 0.618 0.009 0.226 0.061 0.005 0.009 0.001 0.002 0.001 0.003 0.065 108 D 0.301 0.042 0.261 0.293 0.026 0.012 0.030 0.018 0.008 0.009 0.001 109 G 0.051 0.006 0.044 0.044 0.047 0.001 0.043 0.585 0.002 0.177 0.001 110 C 0.239 0.092 0.476 0.078 0.042 0.021 0.012 0.009 0.010 0.018 0.002