# TARGET T0404 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0404.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.691 0.208 0.069 0.026 0.005 0.001 0.001 2 S 0.568 0.200 0.117 0.080 0.030 0.005 0.001 3 K 0.525 0.233 0.111 0.081 0.038 0.011 0.001 4 R 0.662 0.243 0.068 0.020 0.005 0.001 0.001 5 A 0.156 0.237 0.237 0.234 0.111 0.024 0.001 6 N 0.100 0.221 0.240 0.255 0.151 0.032 0.001 7 K 0.053 0.254 0.304 0.242 0.121 0.025 0.001 8 L 0.007 0.008 0.022 0.093 0.258 0.545 0.068 9 V 0.006 0.033 0.088 0.265 0.342 0.232 0.035 10 I 0.003 0.005 0.012 0.033 0.123 0.468 0.356 11 V 0.006 0.013 0.027 0.077 0.198 0.458 0.220 12 T 0.007 0.014 0.031 0.110 0.218 0.435 0.185 13 E 0.015 0.050 0.081 0.165 0.272 0.313 0.105 14 K 0.090 0.203 0.237 0.219 0.152 0.082 0.016 15 V 0.062 0.161 0.224 0.254 0.171 0.106 0.021 16 L 0.020 0.073 0.113 0.230 0.316 0.225 0.022 17 L 0.009 0.051 0.126 0.246 0.326 0.222 0.020 18 K 0.071 0.349 0.357 0.161 0.047 0.013 0.002 19 K 0.017 0.134 0.312 0.303 0.182 0.049 0.003 20 V 0.002 0.006 0.011 0.057 0.319 0.561 0.045 21 A 0.003 0.030 0.139 0.414 0.341 0.072 0.002 22 K 0.054 0.531 0.282 0.101 0.027 0.005 0.001 23 I 0.003 0.030 0.209 0.518 0.212 0.027 0.001 24 I 0.009 0.020 0.035 0.173 0.508 0.250 0.006 25 E 0.168 0.449 0.277 0.093 0.012 0.001 0.001 26 E 0.541 0.379 0.064 0.014 0.002 0.001 0.001 27 A 0.042 0.217 0.354 0.283 0.090 0.013 0.001 28 G 0.154 0.453 0.260 0.103 0.026 0.003 0.001 29 A 0.023 0.034 0.082 0.218 0.373 0.247 0.024 30 T 0.037 0.164 0.244 0.328 0.176 0.047 0.004 31 G 0.010 0.037 0.086 0.180 0.314 0.310 0.062 32 Y 0.005 0.016 0.042 0.115 0.233 0.390 0.199 33 T 0.009 0.037 0.076 0.182 0.265 0.298 0.132 34 V 0.012 0.023 0.050 0.109 0.233 0.369 0.204 35 V 0.053 0.113 0.141 0.217 0.224 0.200 0.052 36 D 0.096 0.198 0.251 0.225 0.147 0.069 0.015 37 T 0.060 0.092 0.130 0.235 0.281 0.168 0.033 38 G 0.189 0.266 0.217 0.173 0.097 0.049 0.009 39 G 0.221 0.180 0.173 0.195 0.139 0.073 0.019 40 K 0.318 0.328 0.178 0.097 0.049 0.023 0.007 41 G 0.244 0.202 0.183 0.173 0.119 0.064 0.016 42 S 0.259 0.199 0.164 0.154 0.124 0.081 0.019 43 R 0.225 0.222 0.195 0.181 0.107 0.057 0.013 44 N 0.217 0.180 0.159 0.178 0.150 0.091 0.026 45 V 0.174 0.192 0.194 0.180 0.148 0.089 0.023 46 R 0.131 0.142 0.170 0.248 0.194 0.094 0.021 47 S 0.267 0.264 0.195 0.138 0.079 0.043 0.013 48 T 0.412 0.238 0.141 0.104 0.062 0.034 0.009 49 G 0.282 0.253 0.187 0.139 0.084 0.044 0.011 50 K 0.152 0.132 0.172 0.218 0.198 0.107 0.020 51 P 0.381 0.258 0.164 0.108 0.056 0.027 0.006 52 N 0.267 0.184 0.167 0.167 0.130 0.071 0.014 53 T 0.317 0.243 0.174 0.143 0.081 0.035 0.007 54 S 0.349 0.232 0.165 0.126 0.077 0.041 0.010 55 D 0.343 0.198 0.139 0.142 0.101 0.059 0.018 56 T 0.381 0.213 0.140 0.119 0.083 0.047 0.016 57 D 0.305 0.183 0.150 0.153 0.114 0.070 0.026 58 S 0.460 0.195 0.120 0.103 0.068 0.040 0.013 59 N 0.380 0.208 0.130 0.115 0.082 0.061 0.024 60 V 0.145 0.115 0.126 0.174 0.210 0.174 0.056 61 K 0.080 0.126 0.161 0.215 0.191 0.169 0.058 62 F 0.055 0.064 0.083 0.145 0.231 0.309 0.113 63 E 0.034 0.051 0.086 0.163 0.243 0.298 0.125 64 V 0.025 0.025 0.041 0.087 0.181 0.418 0.223 65 L 0.013 0.011 0.023 0.062 0.155 0.437 0.299 66 T 0.020 0.022 0.036 0.084 0.183 0.456 0.199 67 E 0.026 0.045 0.072 0.156 0.278 0.323 0.100 68 N 0.058 0.122 0.160 0.251 0.248 0.133 0.027 69 R 0.175 0.299 0.245 0.181 0.072 0.025 0.004 70 E 0.557 0.294 0.096 0.037 0.012 0.004 0.001 71 M 0.252 0.322 0.235 0.126 0.049 0.014 0.002 72 A 0.047 0.080 0.142 0.271 0.310 0.143 0.007 73 E 0.058 0.212 0.308 0.252 0.130 0.038 0.003 74 K 0.295 0.438 0.183 0.061 0.018 0.005 0.001 75 I 0.025 0.096 0.231 0.324 0.244 0.075 0.005 76 A 0.010 0.015 0.033 0.126 0.345 0.424 0.047 77 D 0.047 0.181 0.295 0.298 0.142 0.035 0.003 78 Q 0.133 0.352 0.285 0.153 0.060 0.015 0.001 79 V 0.016 0.035 0.074 0.204 0.358 0.278 0.035 80 A 0.014 0.028 0.066 0.201 0.344 0.303 0.044 81 I 0.151 0.358 0.251 0.161 0.060 0.017 0.003 82 K 0.165 0.294 0.244 0.183 0.087 0.025 0.002 83 F 0.025 0.047 0.075 0.187 0.352 0.289 0.026 84 F 0.051 0.114 0.196 0.295 0.248 0.090 0.006 85 T 0.188 0.402 0.228 0.132 0.041 0.009 0.001 86 D 0.035 0.190 0.296 0.305 0.139 0.032 0.002 87 Y 0.002 0.016 0.055 0.196 0.400 0.297 0.032 88 A 0.001 0.004 0.013 0.054 0.187 0.493 0.248 89 G 0.001 0.002 0.004 0.018 0.068 0.351 0.556 90 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 0.223 0.744 91 I 0.001 0.001 0.004 0.012 0.039 0.222 0.722 92 Y 0.001 0.003 0.008 0.027 0.071 0.290 0.601 93 I 0.001 0.005 0.014 0.048 0.156 0.391 0.384 94 C 0.006 0.028 0.079 0.178 0.312 0.284 0.113 95 E 0.021 0.088 0.175 0.222 0.232 0.201 0.061 96 A 0.012 0.026 0.053 0.149 0.278 0.356 0.126 97 E 0.038 0.105 0.164 0.222 0.234 0.195 0.043 98 V 0.043 0.068 0.101 0.176 0.249 0.292 0.071 99 L 0.090 0.084 0.095 0.166 0.239 0.261 0.065 100 Y 0.163 0.194 0.161 0.199 0.162 0.100 0.020 101 G 0.360 0.200 0.172 0.134 0.085 0.041 0.008 102 R 0.202 0.229 0.206 0.189 0.116 0.049 0.008 103 T 0.217 0.252 0.219 0.177 0.094 0.036 0.006 104 F 0.156 0.110 0.140 0.191 0.239 0.139 0.025 105 C 0.248 0.283 0.222 0.138 0.073 0.031 0.005 106 G 0.231 0.204 0.202 0.202 0.107 0.044 0.009 107 P 0.375 0.216 0.127 0.115 0.102 0.055 0.010 108 D 0.344 0.235 0.161 0.136 0.079 0.036 0.009 109 G 0.419 0.227 0.135 0.110 0.063 0.034 0.011 110 C 0.336 0.166 0.120 0.136 0.120 0.091 0.032