# TARGET T0404 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0404.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82.5734 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.013 0.773 0.002 0.011 0.023 0.001 0.001 0.001 0.105 0.047 0.013 0.011 2 S 0.001 0.007 0.831 0.001 0.015 0.015 0.001 0.001 0.001 0.077 0.035 0.004 0.014 3 K 0.001 0.003 0.321 0.003 0.112 0.066 0.001 0.001 0.001 0.264 0.214 0.011 0.006 4 R 0.001 0.005 0.230 0.009 0.137 0.045 0.001 0.001 0.001 0.137 0.407 0.005 0.021 5 A 0.007 0.017 0.401 0.017 0.101 0.033 0.004 0.001 0.017 0.150 0.152 0.035 0.065 6 N 0.067 0.008 0.390 0.053 0.014 0.008 0.021 0.004 0.061 0.149 0.021 0.112 0.091 7 K 0.207 0.004 0.080 0.020 0.004 0.005 0.101 0.059 0.182 0.029 0.003 0.073 0.231 8 L 0.335 0.001 0.025 0.008 0.001 0.005 0.178 0.207 0.111 0.003 0.001 0.077 0.049 9 V 0.380 0.001 0.003 0.003 0.001 0.004 0.215 0.305 0.041 0.001 0.001 0.023 0.023 10 I 0.368 0.001 0.007 0.002 0.001 0.005 0.259 0.247 0.055 0.001 0.001 0.026 0.030 11 V 0.382 0.001 0.049 0.006 0.001 0.011 0.176 0.147 0.133 0.005 0.004 0.039 0.043 12 T 0.168 0.006 0.363 0.010 0.003 0.012 0.043 0.015 0.107 0.057 0.009 0.040 0.168 13 E 0.007 0.004 0.635 0.004 0.012 0.096 0.001 0.003 0.050 0.091 0.026 0.034 0.036 14 K 0.001 0.001 0.046 0.001 0.138 0.696 0.001 0.001 0.003 0.025 0.083 0.001 0.005 15 V 0.001 0.002 0.023 0.001 0.169 0.719 0.001 0.001 0.001 0.022 0.061 0.001 0.001 16 L 0.001 0.003 0.025 0.001 0.132 0.753 0.001 0.001 0.001 0.009 0.074 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.020 0.001 0.013 0.942 0.001 0.001 0.001 0.008 0.016 0.001 0.001 18 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 19 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 20 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 27 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.599 0.001 0.001 0.001 0.003 0.394 0.001 0.001 28 G 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.022 0.946 0.001 0.001 29 A 0.001 0.003 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.002 0.001 0.001 30 T 0.001 0.023 0.497 0.029 0.008 0.001 0.001 0.011 0.066 0.283 0.067 0.007 0.007 31 G 0.012 0.018 0.215 0.094 0.022 0.001 0.029 0.077 0.161 0.151 0.124 0.046 0.052 32 Y 0.023 0.010 0.302 0.029 0.004 0.001 0.060 0.246 0.195 0.020 0.002 0.041 0.068 33 T 0.054 0.006 0.078 0.021 0.002 0.001 0.092 0.253 0.333 0.009 0.002 0.110 0.039 34 V 0.056 0.006 0.063 0.008 0.002 0.001 0.061 0.227 0.386 0.004 0.002 0.017 0.166 35 V 0.062 0.011 0.160 0.060 0.012 0.005 0.032 0.092 0.297 0.045 0.026 0.154 0.043 36 D 0.040 0.015 0.218 0.063 0.030 0.007 0.013 0.018 0.137 0.158 0.087 0.031 0.183 37 T 0.044 0.014 0.213 0.014 0.041 0.015 0.009 0.011 0.049 0.122 0.235 0.101 0.132 38 G 0.063 0.019 0.104 0.009 0.024 0.012 0.006 0.007 0.014 0.158 0.421 0.092 0.071 39 G 0.070 0.016 0.203 0.011 0.014 0.007 0.006 0.003 0.009 0.304 0.186 0.079 0.090 40 K 0.089 0.033 0.241 0.009 0.016 0.006 0.007 0.002 0.005 0.156 0.147 0.133 0.156 41 G 0.078 0.050 0.267 0.015 0.018 0.006 0.007 0.001 0.003 0.129 0.177 0.045 0.204 42 S 0.040 0.026 0.328 0.014 0.039 0.017 0.004 0.001 0.004 0.150 0.214 0.092 0.071 43 R 0.021 0.019 0.187 0.021 0.048 0.022 0.003 0.001 0.005 0.162 0.372 0.062 0.077 44 N 0.024 0.012 0.282 0.029 0.032 0.015 0.003 0.001 0.006 0.196 0.236 0.071 0.093 45 V 0.055 0.070 0.309 0.012 0.012 0.011 0.012 0.001 0.016 0.083 0.024 0.127 0.267 46 R 0.052 0.069 0.301 0.010 0.011 0.013 0.014 0.002 0.026 0.047 0.017 0.178 0.260 47 S 0.042 0.060 0.303 0.027 0.019 0.025 0.019 0.004 0.033 0.049 0.059 0.117 0.243 48 T 0.014 0.036 0.246 0.028 0.037 0.034 0.008 0.003 0.014 0.085 0.332 0.067 0.096 49 G 0.007 0.012 0.319 0.022 0.012 0.008 0.002 0.001 0.003 0.319 0.225 0.033 0.038 50 K 0.003 0.015 0.632 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.005 0.208 0.021 0.060 0.044 51 P 0.006 0.035 0.339 0.009 0.069 0.025 0.002 0.001 0.004 0.176 0.194 0.018 0.124 52 N 0.025 0.034 0.347 0.019 0.088 0.023 0.004 0.001 0.006 0.121 0.174 0.110 0.047 53 T 0.042 0.050 0.318 0.007 0.097 0.022 0.005 0.001 0.006 0.124 0.065 0.055 0.209 54 S 0.033 0.031 0.342 0.031 0.089 0.019 0.004 0.001 0.005 0.114 0.107 0.104 0.122 55 D 0.013 0.016 0.393 0.010 0.089 0.012 0.002 0.001 0.003 0.141 0.161 0.051 0.109 56 T 0.011 0.029 0.250 0.012 0.107 0.012 0.001 0.001 0.002 0.156 0.282 0.026 0.111 57 D 0.004 0.013 0.318 0.022 0.095 0.012 0.001 0.001 0.001 0.235 0.226 0.045 0.028 58 S 0.002 0.003 0.173 0.030 0.062 0.004 0.001 0.001 0.001 0.327 0.373 0.011 0.014 59 N 0.032 0.004 0.359 0.020 0.036 0.002 0.006 0.001 0.010 0.120 0.234 0.038 0.140 60 V 0.296 0.008 0.119 0.007 0.001 0.001 0.086 0.006 0.037 0.050 0.002 0.161 0.227 61 K 0.418 0.002 0.024 0.006 0.001 0.001 0.141 0.024 0.063 0.004 0.001 0.220 0.096 62 F 0.561 0.001 0.010 0.008 0.001 0.001 0.204 0.029 0.029 0.001 0.001 0.034 0.124 63 E 0.544 0.001 0.006 0.036 0.001 0.001 0.245 0.030 0.028 0.001 0.001 0.087 0.021 64 V 0.416 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.282 0.042 0.063 0.002 0.001 0.059 0.119 65 L 0.256 0.003 0.109 0.019 0.001 0.001 0.182 0.038 0.156 0.012 0.003 0.043 0.177 66 T 0.027 0.014 0.490 0.011 0.001 0.001 0.020 0.008 0.126 0.093 0.007 0.147 0.055 67 E 0.001 0.009 0.678 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.027 0.217 0.019 0.006 0.035 68 N 0.001 0.007 0.535 0.001 0.031 0.112 0.001 0.001 0.006 0.186 0.116 0.001 0.004 69 R 0.001 0.001 0.029 0.001 0.072 0.791 0.001 0.001 0.001 0.030 0.077 0.001 0.001 70 E 0.001 0.001 0.016 0.001 0.041 0.906 0.001 0.001 0.001 0.013 0.023 0.001 0.001 71 M 0.001 0.001 0.010 0.001 0.020 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 72 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 73 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 79 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 81 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.948 0.001 0.001 0.001 0.005 0.036 0.001 0.001 82 K 0.001 0.001 0.015 0.001 0.013 0.841 0.001 0.001 0.001 0.011 0.116 0.001 0.002 83 F 0.004 0.008 0.079 0.001 0.035 0.642 0.001 0.001 0.003 0.043 0.168 0.006 0.011 84 F 0.006 0.027 0.213 0.004 0.028 0.329 0.001 0.001 0.004 0.111 0.217 0.023 0.035 85 T 0.011 0.053 0.365 0.010 0.012 0.093 0.002 0.001 0.005 0.173 0.169 0.050 0.057 86 D 0.003 0.011 0.424 0.005 0.021 0.018 0.001 0.001 0.002 0.135 0.352 0.005 0.024 87 Y 0.003 0.014 0.220 0.003 0.032 0.007 0.001 0.001 0.004 0.238 0.430 0.028 0.019 88 A 0.001 0.005 0.129 0.021 0.026 0.002 0.001 0.001 0.003 0.212 0.579 0.008 0.012 89 G 0.010 0.002 0.235 0.024 0.007 0.001 0.002 0.001 0.006 0.526 0.130 0.038 0.018 90 I 0.151 0.009 0.324 0.008 0.002 0.001 0.042 0.010 0.040 0.069 0.006 0.131 0.210 91 I 0.403 0.007 0.017 0.004 0.001 0.001 0.235 0.038 0.031 0.003 0.001 0.047 0.215 92 Y 0.448 0.001 0.012 0.033 0.001 0.001 0.241 0.035 0.026 0.001 0.001 0.180 0.024 93 I 0.419 0.001 0.018 0.002 0.001 0.001 0.183 0.012 0.025 0.001 0.001 0.028 0.310 94 C 0.128 0.002 0.098 0.177 0.001 0.001 0.039 0.004 0.053 0.016 0.003 0.427 0.052 95 E 0.063 0.003 0.188 0.057 0.003 0.001 0.016 0.001 0.064 0.108 0.022 0.043 0.432 96 A 0.094 0.006 0.292 0.068 0.013 0.001 0.016 0.003 0.039 0.108 0.051 0.138 0.171 97 E 0.149 0.011 0.183 0.035 0.010 0.002 0.045 0.006 0.070 0.114 0.020 0.206 0.148 98 V 0.191 0.008 0.109 0.013 0.007 0.002 0.063 0.021 0.064 0.024 0.007 0.089 0.404 99 L 0.392 0.007 0.080 0.034 0.002 0.001 0.109 0.017 0.033 0.014 0.006 0.172 0.133 100 Y 0.331 0.011 0.055 0.009 0.002 0.002 0.085 0.015 0.059 0.019 0.005 0.164 0.242 101 G 0.216 0.011 0.199 0.019 0.005 0.004 0.050 0.009 0.041 0.025 0.021 0.160 0.240 102 R 0.129 0.016 0.295 0.019 0.010 0.005 0.022 0.005 0.034 0.105 0.062 0.118 0.179 103 T 0.055 0.020 0.299 0.025 0.017 0.007 0.013 0.003 0.023 0.160 0.104 0.100 0.174 104 F 0.013 0.018 0.332 0.008 0.018 0.005 0.003 0.001 0.012 0.340 0.133 0.066 0.050 105 C 0.006 0.070 0.363 0.005 0.023 0.007 0.003 0.001 0.006 0.335 0.088 0.017 0.076 106 G 0.002 0.040 0.495 0.004 0.024 0.009 0.001 0.001 0.002 0.268 0.094 0.039 0.020 107 P 0.001 0.013 0.436 0.004 0.073 0.016 0.001 0.001 0.001 0.162 0.274 0.003 0.018 108 D 0.001 0.019 0.214 0.002 0.073 0.019 0.001 0.001 0.001 0.171 0.489 0.008 0.004 109 G 0.001 0.013 0.449 0.002 0.047 0.012 0.001 0.001 0.001 0.102 0.358 0.003 0.013 110 C 0.001 0.013 0.884 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.069 0.012 0.008 0.005