# TARGET T0404 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0404.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82.5734 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.225 0.092 0.054 0.092 0.071 0.080 0.093 0.083 0.084 0.070 0.054 2 S 0.220 0.195 0.089 0.163 0.108 0.074 0.073 0.037 0.023 0.012 0.007 3 K 0.329 0.158 0.116 0.138 0.094 0.066 0.051 0.023 0.014 0.007 0.004 4 R 0.313 0.212 0.078 0.182 0.093 0.054 0.039 0.015 0.008 0.004 0.002 5 A 0.077 0.041 0.036 0.074 0.087 0.094 0.140 0.117 0.132 0.108 0.094 6 N 0.076 0.107 0.121 0.241 0.161 0.114 0.108 0.042 0.019 0.008 0.003 7 K 0.018 0.056 0.107 0.226 0.221 0.200 0.118 0.034 0.014 0.005 0.002 8 L 0.002 0.002 0.006 0.007 0.007 0.011 0.060 0.143 0.236 0.280 0.246 9 V 0.006 0.027 0.052 0.253 0.272 0.183 0.116 0.050 0.025 0.011 0.005 10 I 0.004 0.016 0.042 0.030 0.034 0.050 0.152 0.169 0.231 0.173 0.098 11 V 0.007 0.010 0.030 0.070 0.077 0.094 0.192 0.170 0.155 0.118 0.076 12 T 0.004 0.015 0.016 0.025 0.044 0.061 0.209 0.175 0.208 0.148 0.093 13 E 0.069 0.155 0.136 0.273 0.162 0.089 0.067 0.026 0.014 0.006 0.002 14 K 0.349 0.164 0.135 0.176 0.091 0.046 0.028 0.007 0.003 0.001 0.001 15 V 0.467 0.142 0.129 0.110 0.059 0.035 0.033 0.013 0.007 0.003 0.002 16 L 0.006 0.041 0.057 0.090 0.081 0.159 0.251 0.135 0.091 0.060 0.030 17 L 0.003 0.013 0.052 0.052 0.094 0.182 0.322 0.147 0.080 0.037 0.017 18 K 0.230 0.110 0.506 0.110 0.030 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 19 K 0.011 0.042 0.162 0.327 0.264 0.129 0.052 0.010 0.003 0.001 0.001 20 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.004 0.038 0.086 0.242 0.314 0.309 21 A 0.001 0.001 0.020 0.061 0.193 0.361 0.279 0.058 0.020 0.006 0.002 22 K 0.006 0.024 0.869 0.080 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.001 0.001 0.005 0.013 0.041 0.166 0.449 0.188 0.085 0.038 0.015 24 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.019 0.067 0.206 0.329 0.372 25 E 0.004 0.016 0.374 0.237 0.222 0.097 0.038 0.008 0.002 0.001 0.001 26 E 0.013 0.045 0.710 0.145 0.058 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 27 A 0.004 0.004 0.003 0.010 0.024 0.086 0.290 0.210 0.165 0.131 0.074 28 G 0.515 0.237 0.045 0.091 0.040 0.028 0.023 0.009 0.006 0.003 0.003 29 A 0.006 0.007 0.011 0.013 0.019 0.028 0.065 0.102 0.184 0.234 0.332 30 T 0.174 0.310 0.094 0.206 0.104 0.057 0.035 0.011 0.005 0.003 0.002 31 G 0.109 0.072 0.025 0.101 0.113 0.133 0.169 0.100 0.078 0.056 0.045 32 Y 0.008 0.012 0.007 0.031 0.049 0.078 0.131 0.132 0.178 0.179 0.195 33 T 0.022 0.048 0.028 0.096 0.099 0.099 0.138 0.116 0.133 0.110 0.113 34 V 0.019 0.023 0.014 0.065 0.076 0.092 0.145 0.142 0.150 0.143 0.131 35 V 0.022 0.031 0.018 0.075 0.110 0.127 0.194 0.157 0.127 0.080 0.058 36 D 0.200 0.210 0.083 0.251 0.127 0.061 0.037 0.015 0.009 0.004 0.003 37 T 0.011 0.010 0.006 0.024 0.033 0.050 0.107 0.126 0.193 0.225 0.215 38 G 0.080 0.181 0.065 0.232 0.171 0.098 0.083 0.042 0.027 0.013 0.009 39 G 0.080 0.043 0.019 0.052 0.059 0.078 0.153 0.131 0.146 0.133 0.106 40 K 0.155 0.226 0.086 0.232 0.128 0.069 0.054 0.023 0.014 0.009 0.004 41 G 0.147 0.077 0.019 0.074 0.083 0.089 0.127 0.110 0.115 0.092 0.068 42 S 0.153 0.180 0.069 0.167 0.122 0.093 0.082 0.049 0.038 0.029 0.019 43 R 0.183 0.133 0.047 0.139 0.129 0.105 0.112 0.061 0.045 0.030 0.017 44 N 0.353 0.190 0.062 0.131 0.092 0.059 0.050 0.026 0.018 0.011 0.007 45 V 0.073 0.061 0.027 0.086 0.091 0.096 0.144 0.123 0.109 0.104 0.086 46 R 0.075 0.109 0.063 0.184 0.166 0.123 0.113 0.064 0.048 0.033 0.023 47 S 0.148 0.112 0.070 0.121 0.104 0.092 0.117 0.080 0.067 0.053 0.035 48 T 0.071 0.075 0.049 0.142 0.129 0.106 0.165 0.097 0.072 0.056 0.039 49 G 0.328 0.137 0.053 0.104 0.080 0.069 0.074 0.048 0.045 0.036 0.025 50 K 0.149 0.179 0.082 0.193 0.132 0.093 0.079 0.038 0.027 0.017 0.010 51 P 0.325 0.125 0.065 0.120 0.082 0.068 0.072 0.046 0.041 0.033 0.023 52 N 0.201 0.160 0.061 0.147 0.116 0.087 0.095 0.053 0.041 0.025 0.014 53 T 0.140 0.117 0.061 0.137 0.107 0.093 0.114 0.079 0.071 0.050 0.030 54 S 0.148 0.105 0.052 0.137 0.109 0.102 0.107 0.076 0.071 0.053 0.039 55 D 0.250 0.166 0.068 0.145 0.100 0.080 0.076 0.046 0.037 0.022 0.012 56 T 0.259 0.087 0.037 0.093 0.076 0.081 0.106 0.080 0.074 0.060 0.047 57 D 0.204 0.129 0.046 0.117 0.099 0.091 0.108 0.071 0.064 0.046 0.025 58 S 0.279 0.156 0.080 0.179 0.100 0.071 0.057 0.030 0.024 0.015 0.009 59 N 0.050 0.082 0.055 0.195 0.178 0.131 0.128 0.076 0.051 0.033 0.021 60 V 0.008 0.011 0.012 0.045 0.068 0.107 0.222 0.219 0.168 0.101 0.041 61 K 0.003 0.017 0.027 0.169 0.252 0.223 0.177 0.074 0.035 0.016 0.008 62 F 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.008 0.042 0.128 0.249 0.305 0.255 63 E 0.005 0.017 0.023 0.131 0.224 0.196 0.226 0.097 0.056 0.017 0.007 64 V 0.005 0.009 0.009 0.017 0.016 0.024 0.103 0.164 0.270 0.256 0.127 65 L 0.004 0.006 0.005 0.041 0.067 0.093 0.222 0.183 0.197 0.116 0.065 66 T 0.014 0.036 0.034 0.051 0.061 0.089 0.269 0.202 0.139 0.074 0.031 67 E 0.160 0.262 0.064 0.205 0.158 0.078 0.043 0.017 0.007 0.004 0.001 68 N 0.171 0.343 0.122 0.181 0.082 0.055 0.028 0.011 0.005 0.002 0.001 69 R 0.583 0.164 0.071 0.097 0.054 0.018 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 70 E 0.686 0.134 0.108 0.051 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 71 M 0.023 0.057 0.096 0.160 0.145 0.208 0.193 0.070 0.029 0.014 0.005 72 A 0.004 0.006 0.086 0.030 0.053 0.157 0.356 0.167 0.087 0.040 0.013 73 E 0.008 0.032 0.603 0.219 0.081 0.036 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 74 K 0.011 0.032 0.437 0.293 0.142 0.058 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 75 I 0.001 0.001 0.056 0.009 0.009 0.017 0.098 0.135 0.242 0.261 0.172 76 A 0.001 0.001 0.071 0.015 0.037 0.108 0.468 0.167 0.083 0.037 0.014 77 D 0.001 0.007 0.807 0.136 0.038 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.001 0.008 0.091 0.075 0.176 0.312 0.266 0.051 0.015 0.005 0.001 79 V 0.001 0.001 0.020 0.003 0.002 0.002 0.024 0.066 0.251 0.328 0.304 80 A 0.001 0.001 0.018 0.032 0.099 0.203 0.417 0.140 0.058 0.023 0.008 81 I 0.003 0.018 0.714 0.187 0.056 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 82 K 0.014 0.033 0.066 0.060 0.122 0.224 0.319 0.095 0.044 0.017 0.006 83 F 0.007 0.008 0.010 0.017 0.016 0.032 0.126 0.176 0.228 0.207 0.174 84 F 0.034 0.092 0.113 0.123 0.139 0.126 0.157 0.083 0.061 0.043 0.028 85 T 0.141 0.176 0.180 0.200 0.104 0.078 0.058 0.029 0.019 0.010 0.006 86 D 0.625 0.145 0.069 0.073 0.039 0.022 0.015 0.006 0.004 0.002 0.002 87 Y 0.087 0.106 0.045 0.155 0.134 0.145 0.150 0.073 0.053 0.033 0.019 88 A 0.231 0.236 0.070 0.176 0.119 0.070 0.046 0.022 0.015 0.009 0.006 89 G 0.011 0.013 0.006 0.037 0.057 0.088 0.187 0.181 0.186 0.142 0.091 90 I 0.003 0.029 0.023 0.161 0.225 0.234 0.194 0.071 0.032 0.017 0.010 91 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.015 0.053 0.129 0.244 0.286 0.258 92 Y 0.002 0.005 0.003 0.047 0.091 0.124 0.238 0.198 0.147 0.091 0.053 93 I 0.001 0.005 0.003 0.024 0.028 0.035 0.088 0.156 0.232 0.217 0.210 94 C 0.003 0.004 0.002 0.024 0.048 0.079 0.202 0.227 0.230 0.122 0.060 95 E 0.094 0.208 0.062 0.322 0.169 0.079 0.044 0.013 0.005 0.002 0.001 96 A 0.002 0.003 0.002 0.009 0.009 0.013 0.046 0.106 0.225 0.310 0.275 97 E 0.052 0.120 0.048 0.266 0.209 0.140 0.095 0.039 0.021 0.007 0.004 98 V 0.016 0.037 0.016 0.054 0.056 0.074 0.188 0.200 0.187 0.117 0.055 99 L 0.010 0.011 0.007 0.042 0.052 0.086 0.126 0.157 0.200 0.179 0.130 100 Y 0.017 0.045 0.016 0.113 0.159 0.156 0.186 0.131 0.097 0.051 0.028 101 G 0.048 0.038 0.021 0.068 0.076 0.077 0.142 0.162 0.168 0.124 0.075 102 R 0.065 0.068 0.039 0.142 0.149 0.151 0.160 0.094 0.067 0.041 0.024 103 T 0.072 0.131 0.047 0.152 0.131 0.112 0.125 0.083 0.067 0.053 0.028 104 F 0.087 0.068 0.034 0.104 0.115 0.114 0.142 0.115 0.102 0.075 0.044 105 C 0.065 0.059 0.024 0.075 0.091 0.093 0.164 0.129 0.115 0.104 0.081 106 G 0.083 0.189 0.073 0.174 0.133 0.094 0.101 0.061 0.044 0.029 0.019 107 P 0.289 0.131 0.057 0.153 0.126 0.092 0.070 0.035 0.023 0.014 0.009 108 D 0.544 0.191 0.067 0.108 0.046 0.021 0.012 0.005 0.003 0.002 0.001 109 G 0.393 0.204 0.067 0.131 0.077 0.047 0.039 0.017 0.013 0.007 0.003 110 C 0.137 0.048 0.020 0.049 0.049 0.063 0.116 0.110 0.138 0.134 0.136