# TARGET T0404 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0404.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82.5734 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.001 0.016 0.004 0.005 0.970 2 S 0.020 0.017 0.008 0.048 0.009 0.022 0.876 3 K 0.042 0.010 0.115 0.139 0.175 0.210 0.309 4 R 0.047 0.003 0.149 0.028 0.127 0.237 0.409 5 A 0.136 0.009 0.092 0.013 0.068 0.055 0.627 6 N 0.262 0.008 0.024 0.007 0.287 0.074 0.338 7 K 0.857 0.005 0.004 0.003 0.015 0.010 0.107 8 L 0.901 0.002 0.001 0.006 0.003 0.001 0.087 9 V 0.991 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 10 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 11 V 0.965 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.026 12 T 0.791 0.008 0.001 0.003 0.024 0.002 0.171 13 E 0.149 0.004 0.001 0.006 0.066 0.006 0.768 14 K 0.017 0.001 0.099 0.658 0.085 0.045 0.094 15 V 0.005 0.003 0.174 0.672 0.034 0.073 0.039 16 L 0.001 0.001 0.116 0.792 0.009 0.058 0.024 17 L 0.001 0.001 0.015 0.960 0.004 0.012 0.007 18 K 0.001 0.001 0.006 0.984 0.001 0.007 0.002 19 K 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.005 0.001 20 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.003 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 22 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.008 0.001 26 E 0.001 0.001 0.004 0.941 0.001 0.053 0.001 27 A 0.001 0.001 0.008 0.386 0.004 0.599 0.003 28 G 0.001 0.001 0.002 0.016 0.010 0.953 0.019 29 A 0.011 0.008 0.003 0.002 0.044 0.012 0.921 30 T 0.129 0.020 0.013 0.003 0.274 0.061 0.499 31 G 0.404 0.009 0.018 0.003 0.191 0.113 0.262 32 Y 0.718 0.006 0.006 0.002 0.039 0.006 0.223 33 T 0.920 0.008 0.002 0.002 0.008 0.002 0.058 34 V 0.927 0.006 0.004 0.004 0.006 0.002 0.051 35 V 0.866 0.009 0.005 0.005 0.018 0.006 0.090 36 D 0.674 0.008 0.009 0.006 0.045 0.021 0.237 37 T 0.387 0.038 0.029 0.010 0.120 0.097 0.318 38 G 0.267 0.023 0.024 0.009 0.226 0.153 0.298 39 G 0.231 0.031 0.024 0.006 0.291 0.124 0.292 40 K 0.165 0.077 0.024 0.006 0.225 0.113 0.391 41 G 0.089 0.021 0.026 0.005 0.287 0.174 0.397 42 S 0.059 0.020 0.033 0.008 0.289 0.227 0.364 43 R 0.052 0.015 0.059 0.016 0.297 0.393 0.168 44 N 0.093 0.014 0.050 0.017 0.281 0.279 0.267 45 V 0.315 0.075 0.033 0.017 0.120 0.040 0.400 46 R 0.508 0.069 0.019 0.013 0.058 0.029 0.306 47 S 0.460 0.045 0.028 0.015 0.076 0.062 0.315 48 T 0.297 0.022 0.022 0.013 0.125 0.229 0.292 49 G 0.129 0.013 0.011 0.008 0.303 0.160 0.376 50 K 0.126 0.012 0.008 0.007 0.141 0.028 0.677 51 P 0.155 0.028 0.055 0.027 0.086 0.090 0.558 52 N 0.284 0.052 0.081 0.028 0.127 0.111 0.318 53 T 0.344 0.028 0.063 0.021 0.104 0.061 0.380 54 S 0.342 0.033 0.050 0.030 0.141 0.100 0.305 55 D 0.324 0.019 0.049 0.009 0.135 0.124 0.341 56 T 0.201 0.022 0.066 0.011 0.230 0.166 0.305 57 D 0.144 0.008 0.111 0.007 0.288 0.122 0.320 58 S 0.057 0.004 0.105 0.004 0.305 0.410 0.114 59 N 0.236 0.007 0.047 0.001 0.098 0.361 0.251 60 V 0.671 0.021 0.001 0.001 0.026 0.005 0.276 61 K 0.945 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.050 62 F 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 63 E 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 64 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 65 L 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.030 66 T 0.694 0.004 0.001 0.001 0.033 0.010 0.258 67 E 0.126 0.015 0.001 0.001 0.282 0.034 0.540 68 N 0.026 0.007 0.004 0.017 0.266 0.044 0.636 69 R 0.001 0.001 0.032 0.871 0.022 0.049 0.024 70 E 0.001 0.001 0.024 0.955 0.003 0.014 0.004 71 M 0.001 0.001 0.019 0.970 0.001 0.008 0.003 72 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 73 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 74 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 75 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 76 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 77 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 79 V 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.014 0.001 80 A 0.001 0.001 0.005 0.967 0.001 0.023 0.003 81 I 0.001 0.001 0.013 0.927 0.004 0.048 0.006 82 K 0.002 0.001 0.017 0.839 0.010 0.112 0.018 83 F 0.012 0.006 0.028 0.604 0.049 0.192 0.110 84 F 0.070 0.023 0.031 0.268 0.137 0.197 0.275 85 T 0.073 0.022 0.031 0.069 0.178 0.291 0.335 86 D 0.033 0.003 0.029 0.013 0.220 0.512 0.189 87 Y 0.054 0.009 0.039 0.005 0.259 0.434 0.199 88 A 0.117 0.008 0.028 0.001 0.252 0.275 0.319 89 G 0.405 0.006 0.008 0.001 0.212 0.080 0.288 90 I 0.888 0.007 0.001 0.001 0.011 0.002 0.092 91 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 92 Y 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 93 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 94 C 0.915 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.071 95 E 0.641 0.002 0.004 0.001 0.116 0.039 0.198 96 A 0.530 0.003 0.010 0.001 0.118 0.046 0.292 97 E 0.665 0.004 0.008 0.001 0.113 0.016 0.192 98 V 0.899 0.004 0.003 0.001 0.010 0.005 0.078 99 L 0.960 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.029 100 Y 0.954 0.008 0.001 0.003 0.003 0.004 0.028 101 G 0.776 0.007 0.002 0.004 0.016 0.031 0.164 102 R 0.412 0.006 0.006 0.003 0.099 0.186 0.288 103 T 0.370 0.023 0.009 0.004 0.156 0.242 0.195 104 F 0.253 0.022 0.008 0.003 0.322 0.140 0.252 105 C 0.163 0.061 0.012 0.003 0.274 0.090 0.396 106 G 0.066 0.042 0.014 0.005 0.226 0.069 0.579 107 P 0.018 0.011 0.061 0.008 0.120 0.165 0.617 108 D 0.010 0.013 0.115 0.014 0.103 0.557 0.188 109 G 0.017 0.025 0.142 0.021 0.125 0.331 0.339 110 C 0.014 0.010 0.029 0.015 0.103 0.029 0.800