# TARGET T0404 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0404.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82.5734 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.374 0.110 0.191 0.160 0.047 0.028 0.045 0.013 0.018 0.013 0.001 2 S 0.427 0.089 0.225 0.103 0.023 0.071 0.027 0.006 0.023 0.004 0.002 3 K 0.645 0.085 0.096 0.089 0.035 0.011 0.015 0.005 0.013 0.006 0.001 4 R 0.578 0.052 0.118 0.167 0.009 0.034 0.024 0.004 0.011 0.001 0.002 5 A 0.227 0.194 0.283 0.172 0.040 0.041 0.020 0.006 0.016 0.002 0.001 6 N 0.352 0.154 0.184 0.185 0.051 0.013 0.040 0.007 0.011 0.003 0.001 7 K 0.035 0.606 0.235 0.022 0.060 0.022 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 8 L 0.006 0.550 0.401 0.001 0.004 0.028 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 9 V 0.096 0.731 0.083 0.031 0.023 0.015 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 10 I 0.004 0.825 0.116 0.001 0.039 0.010 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 11 V 0.007 0.833 0.085 0.002 0.011 0.024 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 12 T 0.021 0.645 0.215 0.011 0.034 0.040 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 13 E 0.012 0.239 0.604 0.002 0.028 0.070 0.002 0.001 0.040 0.002 0.001 14 K 0.957 0.004 0.017 0.010 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 V 0.965 0.002 0.004 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.927 0.003 0.005 0.057 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 17 L 0.984 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 K 0.992 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 K 0.985 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 E 0.969 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 A 0.301 0.001 0.016 0.681 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 G 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.183 0.794 0.001 0.009 0.001 29 A 0.003 0.098 0.801 0.005 0.007 0.071 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 30 T 0.145 0.161 0.457 0.169 0.029 0.023 0.006 0.002 0.003 0.002 0.003 31 G 0.014 0.162 0.043 0.024 0.645 0.003 0.013 0.044 0.006 0.045 0.001 32 Y 0.008 0.697 0.159 0.006 0.092 0.013 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 33 T 0.007 0.695 0.195 0.005 0.059 0.028 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 34 V 0.009 0.769 0.140 0.006 0.020 0.029 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 35 V 0.017 0.649 0.179 0.009 0.086 0.022 0.004 0.001 0.031 0.002 0.001 36 D 0.028 0.178 0.456 0.015 0.042 0.177 0.067 0.004 0.028 0.001 0.003 37 T 0.146 0.449 0.160 0.144 0.046 0.026 0.005 0.002 0.020 0.001 0.001 38 G 0.059 0.166 0.157 0.117 0.201 0.007 0.118 0.068 0.023 0.083 0.001 39 G 0.032 0.025 0.142 0.024 0.145 0.005 0.047 0.284 0.002 0.292 0.001 40 K 0.127 0.403 0.195 0.182 0.052 0.013 0.007 0.002 0.017 0.002 0.001 41 G 0.052 0.035 0.116 0.026 0.171 0.006 0.034 0.085 0.004 0.471 0.001 42 S 0.203 0.238 0.298 0.145 0.049 0.032 0.006 0.004 0.015 0.003 0.006 43 R 0.148 0.197 0.227 0.186 0.103 0.016 0.059 0.019 0.021 0.022 0.001 44 N 0.050 0.097 0.175 0.087 0.126 0.048 0.300 0.074 0.025 0.015 0.003 45 V 0.065 0.550 0.279 0.027 0.041 0.023 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 46 R 0.122 0.498 0.215 0.081 0.039 0.023 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 47 S 0.093 0.444 0.258 0.040 0.093 0.036 0.008 0.003 0.022 0.003 0.001 48 T 0.084 0.395 0.174 0.206 0.067 0.013 0.023 0.002 0.034 0.003 0.001 49 G 0.016 0.006 0.037 0.016 0.071 0.002 0.062 0.385 0.001 0.404 0.001 50 K 0.011 0.291 0.595 0.002 0.017 0.014 0.002 0.001 0.067 0.001 0.001 51 P 0.058 0.006 0.873 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 52 N 0.126 0.255 0.234 0.119 0.089 0.095 0.038 0.012 0.030 0.002 0.001 53 T 0.106 0.473 0.166 0.083 0.104 0.026 0.006 0.001 0.031 0.002 0.001 54 S 0.156 0.289 0.215 0.134 0.146 0.027 0.003 0.003 0.018 0.009 0.001 55 D 0.077 0.109 0.220 0.161 0.053 0.223 0.042 0.005 0.110 0.002 0.001 56 T 0.385 0.136 0.113 0.258 0.034 0.035 0.011 0.006 0.017 0.003 0.001 57 D 0.212 0.197 0.267 0.103 0.047 0.029 0.039 0.006 0.091 0.008 0.001 58 S 0.328 0.019 0.533 0.084 0.010 0.005 0.006 0.004 0.001 0.005 0.006 59 N 0.041 0.030 0.059 0.394 0.035 0.015 0.215 0.192 0.014 0.004 0.001 60 V 0.001 0.486 0.470 0.002 0.016 0.013 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 61 K 0.002 0.748 0.223 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 62 F 0.001 0.857 0.109 0.001 0.020 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 63 E 0.001 0.850 0.101 0.001 0.015 0.015 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 64 V 0.002 0.756 0.179 0.001 0.010 0.035 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 65 L 0.007 0.734 0.169 0.005 0.018 0.047 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 66 T 0.007 0.718 0.126 0.006 0.091 0.026 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 67 E 0.098 0.292 0.407 0.075 0.052 0.050 0.004 0.001 0.019 0.002 0.001 68 N 0.017 0.149 0.572 0.010 0.090 0.090 0.006 0.001 0.056 0.009 0.001 69 R 0.975 0.002 0.004 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 E 0.974 0.001 0.004 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 M 0.943 0.001 0.002 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 K 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 I 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 V 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 I 0.989 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 K 0.953 0.002 0.006 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 F 0.467 0.016 0.018 0.471 0.006 0.005 0.005 0.003 0.008 0.001 0.001 84 F 0.275 0.099 0.105 0.203 0.042 0.072 0.147 0.011 0.039 0.008 0.001 85 T 0.120 0.240 0.198 0.280 0.099 0.023 0.007 0.003 0.017 0.012 0.001 86 D 0.066 0.029 0.199 0.228 0.077 0.078 0.188 0.074 0.033 0.027 0.001 87 Y 0.219 0.273 0.231 0.094 0.059 0.042 0.022 0.012 0.042 0.007 0.001 88 A 0.086 0.079 0.253 0.420 0.013 0.029 0.081 0.007 0.027 0.002 0.002 89 G 0.005 0.016 0.097 0.008 0.243 0.001 0.032 0.394 0.001 0.202 0.001 90 I 0.004 0.736 0.195 0.003 0.048 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 91 I 0.002 0.774 0.169 0.001 0.010 0.019 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 92 Y 0.002 0.713 0.212 0.001 0.013 0.044 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 93 I 0.005 0.708 0.178 0.003 0.011 0.053 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 94 C 0.008 0.527 0.176 0.003 0.163 0.038 0.006 0.001 0.076 0.001 0.001 95 E 0.155 0.086 0.531 0.069 0.009 0.116 0.004 0.001 0.012 0.001 0.016 96 A 0.059 0.536 0.180 0.056 0.120 0.019 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 97 E 0.140 0.413 0.231 0.074 0.088 0.024 0.007 0.003 0.015 0.005 0.001 98 V 0.018 0.744 0.104 0.012 0.090 0.011 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 99 L 0.036 0.724 0.125 0.019 0.047 0.025 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 100 Y 0.030 0.562 0.168 0.027 0.097 0.037 0.012 0.002 0.062 0.002 0.001 101 G 0.096 0.222 0.248 0.031 0.293 0.018 0.015 0.021 0.007 0.047 0.001 102 R 0.131 0.417 0.233 0.058 0.059 0.041 0.016 0.002 0.038 0.003 0.002 103 T 0.154 0.330 0.176 0.225 0.080 0.008 0.007 0.002 0.013 0.005 0.001 104 F 0.058 0.063 0.167 0.056 0.194 0.029 0.180 0.170 0.018 0.063 0.002 105 C 0.052 0.395 0.408 0.088 0.028 0.017 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 106 G 0.026 0.055 0.294 0.002 0.168 0.004 0.010 0.016 0.025 0.401 0.001 107 P 0.507 0.007 0.269 0.047 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.147 108 D 0.346 0.054 0.245 0.284 0.015 0.016 0.020 0.005 0.012 0.002 0.001 109 G 0.095 0.016 0.139 0.120 0.059 0.005 0.046 0.423 0.005 0.092 0.001 110 C 0.232 0.092 0.506 0.036 0.046 0.010 0.009 0.018 0.009 0.040 0.001