# TARGET T0404 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0404.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82.5734 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.068 0.147 0.054 0.017 0.127 0.014 0.026 0.270 0.113 0.122 0.042 2 S 0.038 0.155 0.066 0.019 0.097 0.018 0.030 0.289 0.176 0.089 0.023 3 K 0.020 0.064 0.064 0.012 0.046 0.016 0.051 0.506 0.195 0.020 0.006 4 R 0.028 0.031 0.015 0.009 0.031 0.015 0.067 0.349 0.185 0.236 0.034 5 A 0.166 0.206 0.047 0.013 0.275 0.008 0.017 0.069 0.041 0.084 0.074 6 N 0.022 0.022 0.009 0.017 0.043 0.101 0.247 0.342 0.121 0.060 0.016 7 K 0.117 0.246 0.057 0.004 0.482 0.003 0.008 0.036 0.016 0.016 0.014 8 L 0.298 0.045 0.002 0.001 0.621 0.001 0.002 0.006 0.002 0.002 0.020 9 V 0.223 0.042 0.003 0.005 0.624 0.007 0.014 0.035 0.009 0.007 0.030 10 I 0.170 0.153 0.009 0.002 0.599 0.002 0.005 0.020 0.003 0.005 0.031 11 V 0.237 0.125 0.013 0.004 0.323 0.004 0.023 0.064 0.018 0.072 0.117 12 T 0.057 0.370 0.138 0.023 0.153 0.014 0.030 0.099 0.033 0.044 0.040 13 E 0.016 0.532 0.218 0.008 0.072 0.003 0.006 0.076 0.042 0.018 0.010 14 K 0.007 0.026 0.009 0.004 0.012 0.018 0.046 0.580 0.270 0.022 0.008 15 V 0.004 0.051 0.023 0.007 0.012 0.012 0.036 0.613 0.159 0.074 0.009 16 L 0.009 0.013 0.005 0.002 0.005 0.002 0.008 0.663 0.109 0.176 0.008 17 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.911 0.077 0.004 0.001 18 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.956 0.035 0.001 0.001 19 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.970 0.024 0.004 0.001 20 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.042 0.006 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 22 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.986 0.009 0.001 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.981 0.013 0.003 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.037 0.003 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.854 0.132 0.001 0.001 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.094 0.827 0.065 0.008 0.001 27 A 0.001 0.679 0.275 0.002 0.037 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 28 G 0.078 0.003 0.003 0.005 0.006 0.004 0.003 0.005 0.006 0.407 0.480 29 A 0.168 0.308 0.076 0.007 0.335 0.006 0.004 0.009 0.010 0.033 0.043 30 T 0.032 0.078 0.042 0.117 0.086 0.164 0.165 0.134 0.082 0.067 0.034 31 G 0.210 0.107 0.089 0.076 0.231 0.034 0.020 0.016 0.033 0.090 0.094 32 Y 0.172 0.153 0.023 0.005 0.559 0.004 0.004 0.007 0.010 0.016 0.046 33 T 0.161 0.204 0.040 0.002 0.547 0.001 0.002 0.007 0.003 0.008 0.027 34 V 0.410 0.039 0.008 0.006 0.246 0.011 0.024 0.028 0.035 0.056 0.138 35 V 0.061 0.257 0.083 0.080 0.219 0.080 0.068 0.065 0.045 0.026 0.014 36 D 0.341 0.077 0.023 0.004 0.343 0.003 0.009 0.032 0.016 0.040 0.112 37 T 0.232 0.104 0.034 0.032 0.224 0.039 0.042 0.076 0.065 0.080 0.072 38 G 0.046 0.080 0.056 0.191 0.067 0.148 0.124 0.085 0.065 0.101 0.039 39 G 0.035 0.074 0.130 0.261 0.061 0.084 0.032 0.052 0.050 0.176 0.045 40 K 0.073 0.098 0.057 0.060 0.114 0.066 0.144 0.111 0.093 0.126 0.057 41 G 0.035 0.078 0.191 0.197 0.047 0.059 0.027 0.062 0.068 0.172 0.063 42 S 0.076 0.159 0.085 0.041 0.159 0.038 0.066 0.153 0.108 0.082 0.034 43 R 0.041 0.211 0.115 0.049 0.104 0.060 0.097 0.134 0.091 0.068 0.030 44 N 0.108 0.064 0.057 0.038 0.100 0.020 0.019 0.051 0.063 0.297 0.184 45 V 0.201 0.185 0.041 0.005 0.350 0.008 0.018 0.053 0.045 0.051 0.043 46 R 0.146 0.241 0.063 0.011 0.324 0.014 0.029 0.068 0.036 0.027 0.040 47 S 0.163 0.129 0.087 0.036 0.207 0.033 0.060 0.097 0.064 0.071 0.053 48 T 0.054 0.163 0.099 0.127 0.100 0.076 0.121 0.095 0.058 0.072 0.033 49 G 0.030 0.053 0.087 0.195 0.031 0.047 0.015 0.037 0.061 0.368 0.075 50 K 0.024 0.394 0.326 0.026 0.128 0.008 0.013 0.039 0.022 0.014 0.006 51 P 0.101 0.283 0.081 0.013 0.198 0.021 0.056 0.107 0.060 0.038 0.042 52 N 0.147 0.137 0.079 0.024 0.211 0.023 0.046 0.067 0.070 0.110 0.086 53 T 0.159 0.148 0.047 0.011 0.248 0.016 0.028 0.093 0.092 0.104 0.053 54 S 0.079 0.150 0.094 0.037 0.160 0.032 0.038 0.111 0.133 0.127 0.039 55 D 0.202 0.113 0.075 0.015 0.255 0.016 0.039 0.100 0.059 0.073 0.055 56 T 0.055 0.091 0.043 0.026 0.074 0.017 0.042 0.204 0.215 0.191 0.043 57 D 0.112 0.158 0.120 0.054 0.149 0.025 0.032 0.118 0.089 0.079 0.062 58 S 0.019 0.109 0.047 0.013 0.060 0.029 0.081 0.306 0.272 0.055 0.009 59 N 0.187 0.062 0.018 0.005 0.181 0.009 0.059 0.073 0.083 0.211 0.113 60 V 0.184 0.289 0.022 0.001 0.481 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 61 K 0.175 0.128 0.009 0.001 0.672 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 62 F 0.378 0.031 0.001 0.001 0.576 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 63 E 0.157 0.063 0.004 0.004 0.755 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 64 V 0.294 0.051 0.003 0.001 0.625 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 65 L 0.313 0.096 0.010 0.003 0.424 0.003 0.005 0.005 0.002 0.023 0.115 66 T 0.118 0.375 0.094 0.014 0.267 0.010 0.008 0.014 0.006 0.033 0.059 67 E 0.049 0.165 0.092 0.080 0.109 0.099 0.066 0.074 0.055 0.156 0.057 68 N 0.107 0.292 0.203 0.017 0.217 0.004 0.006 0.043 0.029 0.046 0.035 69 R 0.003 0.010 0.006 0.001 0.007 0.002 0.005 0.680 0.252 0.031 0.003 70 E 0.001 0.008 0.003 0.001 0.003 0.002 0.011 0.887 0.073 0.011 0.001 71 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.915 0.048 0.031 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.036 0.003 0.001 73 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.020 0.001 0.001 74 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.012 0.001 0.001 75 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.024 0.003 0.001 76 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.027 0.001 0.001 77 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.010 0.001 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.013 0.001 0.001 79 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.046 0.004 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.838 0.147 0.007 0.001 81 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.041 0.858 0.087 0.004 0.001 82 K 0.004 0.013 0.009 0.004 0.013 0.015 0.140 0.665 0.104 0.033 0.002 83 F 0.078 0.051 0.022 0.006 0.055 0.009 0.083 0.378 0.139 0.137 0.041 84 F 0.087 0.053 0.016 0.020 0.074 0.087 0.128 0.201 0.103 0.153 0.078 85 T 0.036 0.395 0.105 0.073 0.161 0.018 0.024 0.031 0.032 0.093 0.031 86 D 0.057 0.021 0.053 0.064 0.029 0.030 0.020 0.046 0.094 0.460 0.124 87 Y 0.052 0.130 0.115 0.083 0.100 0.065 0.109 0.119 0.084 0.119 0.022 88 A 0.062 0.121 0.126 0.175 0.079 0.056 0.102 0.040 0.037 0.138 0.064 89 G 0.030 0.286 0.213 0.196 0.120 0.079 0.006 0.007 0.006 0.036 0.021 90 I 0.252 0.094 0.011 0.001 0.612 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.018 91 I 0.198 0.115 0.009 0.001 0.657 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 92 Y 0.178 0.115 0.010 0.001 0.672 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 93 I 0.480 0.048 0.027 0.007 0.290 0.004 0.005 0.005 0.004 0.018 0.111 94 C 0.012 0.336 0.363 0.091 0.095 0.041 0.030 0.016 0.007 0.006 0.003 95 E 0.453 0.076 0.014 0.002 0.289 0.001 0.004 0.005 0.004 0.016 0.137 96 A 0.258 0.102 0.024 0.012 0.399 0.014 0.008 0.011 0.038 0.058 0.077 97 E 0.226 0.086 0.016 0.013 0.491 0.035 0.064 0.026 0.015 0.011 0.016 98 V 0.347 0.068 0.005 0.002 0.531 0.002 0.003 0.004 0.002 0.008 0.027 99 L 0.298 0.078 0.008 0.005 0.542 0.007 0.007 0.004 0.001 0.006 0.043 100 Y 0.279 0.093 0.018 0.016 0.404 0.010 0.009 0.010 0.006 0.032 0.122 101 G 0.080 0.289 0.180 0.072 0.203 0.026 0.013 0.050 0.033 0.027 0.027 102 R 0.096 0.073 0.030 0.028 0.129 0.041 0.114 0.172 0.129 0.141 0.048 103 T 0.050 0.364 0.171 0.053 0.188 0.026 0.063 0.032 0.017 0.019 0.016 104 F 0.093 0.056 0.069 0.076 0.083 0.042 0.029 0.060 0.052 0.274 0.166 105 C 0.101 0.191 0.081 0.054 0.158 0.062 0.126 0.084 0.043 0.057 0.043 106 G 0.041 0.145 0.290 0.250 0.071 0.053 0.020 0.027 0.020 0.046 0.037 107 P 0.017 0.151 0.249 0.187 0.058 0.065 0.028 0.096 0.077 0.060 0.011 108 D 0.017 0.078 0.088 0.073 0.030 0.099 0.207 0.184 0.126 0.076 0.021 109 G 0.028 0.053 0.076 0.130 0.032 0.052 0.030 0.067 0.069 0.360 0.103 110 C 0.103 0.198 0.053 0.013 0.208 0.013 0.027 0.107 0.111 0.115 0.051