# TARGET T0404 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0404.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82.5734 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.697 0.205 0.066 0.025 0.007 0.001 0.001 2 S 0.741 0.163 0.061 0.027 0.008 0.001 0.001 3 K 0.694 0.223 0.062 0.018 0.003 0.001 0.001 4 R 0.476 0.326 0.140 0.049 0.009 0.001 0.001 5 A 0.080 0.176 0.280 0.305 0.138 0.020 0.001 6 N 0.053 0.246 0.327 0.247 0.104 0.021 0.002 7 K 0.027 0.115 0.252 0.348 0.205 0.050 0.004 8 L 0.004 0.010 0.025 0.089 0.288 0.507 0.078 9 V 0.005 0.054 0.189 0.368 0.273 0.103 0.008 10 I 0.007 0.014 0.031 0.104 0.267 0.490 0.086 11 V 0.005 0.032 0.074 0.186 0.308 0.339 0.055 12 T 0.009 0.029 0.072 0.200 0.318 0.327 0.045 13 E 0.049 0.216 0.305 0.246 0.126 0.049 0.008 14 K 0.325 0.363 0.196 0.084 0.025 0.005 0.001 15 V 0.272 0.391 0.209 0.088 0.032 0.007 0.001 16 L 0.046 0.158 0.255 0.310 0.192 0.039 0.001 17 L 0.031 0.096 0.194 0.351 0.270 0.057 0.002 18 K 0.357 0.480 0.132 0.027 0.004 0.001 0.001 19 K 0.041 0.289 0.419 0.208 0.039 0.004 0.001 20 V 0.001 0.003 0.012 0.092 0.449 0.424 0.019 21 A 0.003 0.057 0.280 0.466 0.173 0.021 0.001 22 K 0.068 0.653 0.226 0.047 0.006 0.001 0.001 23 I 0.002 0.018 0.151 0.491 0.300 0.038 0.001 24 I 0.002 0.005 0.019 0.165 0.498 0.295 0.016 25 E 0.081 0.475 0.328 0.100 0.015 0.001 0.001 26 E 0.233 0.522 0.180 0.054 0.010 0.002 0.001 27 A 0.024 0.101 0.258 0.339 0.212 0.062 0.005 28 G 0.111 0.322 0.311 0.183 0.057 0.014 0.002 29 A 0.054 0.075 0.116 0.221 0.320 0.188 0.025 30 T 0.067 0.148 0.209 0.253 0.205 0.099 0.019 31 G 0.028 0.052 0.088 0.161 0.231 0.329 0.110 32 Y 0.020 0.034 0.045 0.081 0.179 0.336 0.305 33 T 0.006 0.020 0.045 0.110 0.205 0.338 0.276 34 V 0.005 0.014 0.031 0.088 0.196 0.358 0.310 35 V 0.011 0.034 0.056 0.121 0.228 0.357 0.193 36 D 0.033 0.144 0.243 0.268 0.175 0.100 0.036 37 T 0.010 0.028 0.062 0.163 0.298 0.331 0.106 38 G 0.055 0.155 0.219 0.236 0.180 0.117 0.038 39 G 0.097 0.147 0.161 0.196 0.199 0.155 0.045 40 K 0.116 0.224 0.251 0.221 0.119 0.057 0.013 41 G 0.114 0.152 0.205 0.250 0.188 0.078 0.013 42 S 0.278 0.315 0.215 0.121 0.049 0.018 0.004 43 R 0.401 0.264 0.165 0.104 0.048 0.015 0.002 44 N 0.449 0.271 0.144 0.081 0.038 0.014 0.003 45 V 0.203 0.182 0.212 0.217 0.133 0.048 0.005 46 R 0.258 0.283 0.219 0.144 0.066 0.026 0.003 47 S 0.349 0.253 0.170 0.128 0.070 0.026 0.005 48 T 0.311 0.233 0.188 0.143 0.085 0.035 0.006 49 G 0.309 0.206 0.177 0.163 0.097 0.043 0.005 50 K 0.356 0.249 0.174 0.127 0.065 0.026 0.004 51 P 0.396 0.248 0.161 0.111 0.060 0.021 0.002 52 N 0.288 0.215 0.187 0.169 0.100 0.037 0.004 53 T 0.243 0.211 0.186 0.178 0.115 0.059 0.007 54 S 0.274 0.210 0.190 0.174 0.107 0.041 0.006 55 D 0.370 0.262 0.161 0.119 0.060 0.024 0.005 56 T 0.239 0.200 0.185 0.185 0.126 0.057 0.008 57 D 0.223 0.233 0.207 0.177 0.111 0.042 0.006 58 S 0.263 0.337 0.216 0.116 0.048 0.016 0.004 59 N 0.042 0.145 0.237 0.266 0.195 0.097 0.018 60 V 0.004 0.016 0.049 0.162 0.341 0.369 0.060 61 K 0.005 0.034 0.130 0.259 0.288 0.218 0.066 62 F 0.002 0.007 0.017 0.056 0.182 0.553 0.182 63 E 0.003 0.015 0.048 0.145 0.314 0.380 0.095 64 V 0.002 0.005 0.012 0.042 0.166 0.544 0.229 65 L 0.007 0.034 0.073 0.165 0.274 0.358 0.091 66 T 0.014 0.061 0.143 0.292 0.320 0.159 0.012 67 E 0.104 0.353 0.330 0.163 0.041 0.007 0.001 68 N 0.557 0.288 0.098 0.041 0.013 0.003 0.001 69 R 0.750 0.184 0.051 0.012 0.003 0.001 0.001 70 E 0.569 0.309 0.090 0.024 0.007 0.001 0.001 71 M 0.141 0.268 0.297 0.212 0.071 0.010 0.001 72 A 0.034 0.092 0.207 0.379 0.241 0.046 0.001 73 E 0.171 0.422 0.273 0.109 0.023 0.003 0.001 74 K 0.043 0.214 0.406 0.261 0.069 0.007 0.001 75 I 0.002 0.004 0.013 0.067 0.355 0.531 0.027 76 A 0.001 0.015 0.067 0.290 0.424 0.194 0.009 77 D 0.032 0.340 0.361 0.196 0.057 0.013 0.001 78 Q 0.004 0.035 0.206 0.433 0.278 0.042 0.001 79 V 0.002 0.003 0.004 0.026 0.187 0.649 0.129 80 A 0.005 0.044 0.160 0.399 0.307 0.080 0.004 81 I 0.046 0.438 0.321 0.141 0.043 0.010 0.001 82 K 0.008 0.057 0.195 0.427 0.255 0.055 0.004 83 F 0.006 0.021 0.055 0.220 0.395 0.276 0.027 84 F 0.099 0.303 0.281 0.208 0.088 0.019 0.001 85 T 0.339 0.375 0.173 0.081 0.026 0.005 0.001 86 D 0.219 0.349 0.255 0.132 0.038 0.006 0.001 87 Y 0.116 0.252 0.316 0.228 0.074 0.012 0.001 88 A 0.155 0.339 0.249 0.150 0.075 0.027 0.006 89 G 0.008 0.024 0.085 0.249 0.398 0.213 0.022 90 I 0.004 0.013 0.042 0.110 0.254 0.445 0.131 91 I 0.001 0.003 0.005 0.016 0.075 0.409 0.491 92 Y 0.001 0.004 0.012 0.056 0.164 0.376 0.387 93 I 0.001 0.003 0.009 0.029 0.103 0.361 0.494 94 C 0.002 0.008 0.023 0.079 0.182 0.406 0.300 95 E 0.021 0.093 0.198 0.289 0.218 0.135 0.046 96 A 0.008 0.021 0.045 0.131 0.285 0.364 0.146 97 E 0.112 0.166 0.180 0.211 0.156 0.126 0.049 98 V 0.066 0.109 0.141 0.169 0.181 0.229 0.104 99 L 0.045 0.059 0.078 0.147 0.209 0.285 0.178 100 Y 0.042 0.086 0.123 0.181 0.216 0.232 0.119 101 G 0.075 0.098 0.105 0.165 0.198 0.245 0.113 102 R 0.072 0.116 0.152 0.204 0.210 0.174 0.072 103 T 0.154 0.204 0.202 0.184 0.133 0.090 0.032 104 F 0.177 0.227 0.181 0.177 0.126 0.083 0.029 105 C 0.150 0.185 0.200 0.214 0.160 0.075 0.016 106 G 0.289 0.307 0.226 0.119 0.045 0.012 0.002 107 P 0.598 0.243 0.102 0.043 0.012 0.003 0.001 108 D 0.778 0.152 0.044 0.018 0.006 0.001 0.001 109 G 0.688 0.207 0.072 0.025 0.007 0.001 0.001 110 C 0.358 0.196 0.178 0.167 0.079 0.021 0.002