# TARGET T0404 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0404.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 46 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.026 0.003 0.003 0.007 0.152 0.808 2 S 0.097 0.027 0.006 0.012 0.143 0.715 3 K 0.157 0.020 0.015 0.014 0.221 0.572 4 R 0.191 0.011 0.059 0.045 0.235 0.460 5 A 0.282 0.005 0.068 0.077 0.211 0.357 6 N 0.585 0.007 0.021 0.079 0.097 0.211 7 K 0.827 0.012 0.005 0.048 0.026 0.083 8 L 0.895 0.002 0.001 0.040 0.007 0.055 9 V 0.948 0.001 0.001 0.035 0.002 0.013 10 I 0.942 0.002 0.001 0.033 0.003 0.019 11 V 0.900 0.004 0.002 0.043 0.006 0.045 12 T 0.581 0.005 0.013 0.078 0.050 0.273 13 E 0.147 0.004 0.033 0.117 0.127 0.573 14 K 0.032 0.002 0.135 0.345 0.215 0.270 15 V 0.013 0.003 0.168 0.462 0.253 0.100 16 L 0.007 0.004 0.092 0.494 0.286 0.117 17 L 0.002 0.002 0.019 0.745 0.132 0.100 18 K 0.001 0.001 0.006 0.720 0.120 0.153 19 K 0.001 0.002 0.004 0.891 0.036 0.067 20 V 0.001 0.001 0.001 0.985 0.006 0.008 21 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 22 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 25 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.005 0.002 26 E 0.001 0.001 0.006 0.972 0.014 0.008 27 A 0.001 0.001 0.013 0.838 0.053 0.096 28 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.082 0.908 29 A 0.021 0.005 0.002 0.001 0.173 0.798 30 T 0.214 0.006 0.006 0.001 0.245 0.528 31 G 0.730 0.010 0.010 0.002 0.126 0.121 32 Y 0.844 0.003 0.005 0.002 0.052 0.094 33 T 0.917 0.010 0.003 0.004 0.026 0.040 34 V 0.857 0.008 0.004 0.009 0.054 0.069 35 V 0.674 0.012 0.011 0.015 0.133 0.156 36 D 0.378 0.026 0.030 0.038 0.279 0.250 37 T 0.195 0.014 0.074 0.044 0.376 0.297 38 G 0.116 0.013 0.013 0.009 0.355 0.495 39 G 0.118 0.031 0.011 0.004 0.343 0.493 40 K 0.216 0.044 0.012 0.005 0.246 0.477 41 G 0.161 0.038 0.033 0.011 0.346 0.411 42 S 0.134 0.030 0.045 0.016 0.570 0.205 43 R 0.167 0.014 0.031 0.017 0.553 0.219 44 N 0.204 0.014 0.024 0.014 0.552 0.191 45 V 0.359 0.060 0.024 0.018 0.353 0.186 46 R 0.372 0.067 0.032 0.032 0.251 0.246 47 S 0.231 0.026 0.064 0.048 0.369 0.261 48 T 0.098 0.012 0.051 0.051 0.464 0.323 49 G 0.079 0.021 0.042 0.050 0.438 0.370 50 K 0.131 0.038 0.058 0.082 0.416 0.274 51 P 0.154 0.026 0.054 0.103 0.334 0.329 52 N 0.216 0.023 0.059 0.090 0.335 0.276 53 T 0.220 0.015 0.050 0.069 0.379 0.267 54 S 0.309 0.014 0.051 0.079 0.301 0.245 55 D 0.416 0.019 0.035 0.060 0.243 0.226 56 T 0.514 0.034 0.032 0.055 0.178 0.187 57 D 0.485 0.021 0.073 0.066 0.245 0.111 58 S 0.327 0.006 0.106 0.090 0.328 0.143 59 N 0.382 0.013 0.095 0.083 0.314 0.113 60 V 0.368 0.015 0.079 0.087 0.305 0.146 61 K 0.463 0.002 0.010 0.018 0.195 0.313 62 F 0.864 0.003 0.001 0.003 0.040 0.089 63 E 0.958 0.003 0.001 0.001 0.010 0.028 64 V 0.973 0.003 0.001 0.001 0.004 0.019 65 L 0.953 0.001 0.001 0.001 0.007 0.038 66 T 0.947 0.002 0.001 0.001 0.008 0.042 67 E 0.859 0.014 0.001 0.001 0.017 0.110 68 N 0.246 0.010 0.001 0.004 0.066 0.673 69 R 0.006 0.001 0.029 0.765 0.096 0.103 70 E 0.001 0.001 0.033 0.823 0.113 0.029 71 M 0.001 0.001 0.036 0.845 0.108 0.010 72 A 0.001 0.001 0.011 0.828 0.111 0.048 73 E 0.001 0.001 0.007 0.907 0.057 0.027 74 K 0.001 0.001 0.009 0.885 0.072 0.032 75 I 0.001 0.001 0.010 0.916 0.043 0.030 76 A 0.002 0.003 0.012 0.911 0.042 0.030 77 D 0.002 0.001 0.009 0.911 0.034 0.044 78 Q 0.001 0.001 0.007 0.924 0.024 0.044 79 V 0.002 0.001 0.006 0.945 0.018 0.029 80 A 0.001 0.001 0.007 0.948 0.020 0.023 81 I 0.001 0.001 0.017 0.920 0.036 0.024 82 K 0.002 0.001 0.042 0.810 0.088 0.058 83 F 0.003 0.004 0.067 0.661 0.152 0.112 84 F 0.007 0.006 0.203 0.350 0.344 0.090 85 T 0.008 0.003 0.263 0.229 0.412 0.085 86 D 0.018 0.002 0.178 0.107 0.486 0.209 87 Y 0.112 0.007 0.027 0.015 0.490 0.350 88 A 0.412 0.006 0.005 0.003 0.170 0.404 89 G 0.925 0.003 0.001 0.001 0.018 0.053 90 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 91 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 92 Y 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 93 I 0.916 0.002 0.001 0.001 0.020 0.061 94 C 0.577 0.004 0.002 0.001 0.148 0.268 95 E 0.463 0.006 0.008 0.002 0.238 0.284 96 A 0.624 0.015 0.028 0.005 0.176 0.152 97 E 0.803 0.007 0.015 0.004 0.093 0.078 98 V 0.864 0.008 0.008 0.004 0.070 0.046 99 L 0.750 0.023 0.004 0.005 0.090 0.128 100 Y 0.425 0.019 0.015 0.012 0.224 0.306 101 G 0.131 0.004 0.269 0.030 0.323 0.244 102 R 0.192 0.012 0.273 0.024 0.274 0.225 103 T 0.246 0.061 0.245 0.023 0.265 0.160 104 F 0.188 0.039 0.035 0.015 0.410 0.314 105 C 0.096 0.033 0.030 0.012 0.462 0.366 106 G 0.025 0.008 0.017 0.008 0.692 0.250 107 P 0.020 0.007 0.040 0.019 0.688 0.225 108 D 0.018 0.020 0.019 0.016 0.495 0.432 109 G 0.015 0.013 0.007 0.016 0.380 0.568 110 C 0.001 0.007 0.001 0.003 0.048 0.941