# TARGET T0404 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0404.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 46 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 2 S 0.087 0.031 0.006 0.008 0.011 0.024 0.834 3 K 0.114 0.007 0.008 0.011 0.237 0.035 0.588 4 R 0.329 0.018 0.012 0.018 0.118 0.045 0.461 5 A 0.474 0.008 0.013 0.009 0.073 0.015 0.408 6 N 0.692 0.010 0.010 0.006 0.068 0.004 0.211 7 K 0.906 0.004 0.002 0.003 0.007 0.001 0.076 8 L 0.974 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.017 9 V 0.986 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.007 10 I 0.970 0.003 0.001 0.005 0.002 0.001 0.019 11 V 0.953 0.003 0.001 0.005 0.005 0.002 0.031 12 T 0.705 0.007 0.012 0.015 0.045 0.019 0.196 13 E 0.184 0.006 0.043 0.069 0.192 0.036 0.471 14 K 0.046 0.003 0.164 0.368 0.222 0.081 0.117 15 V 0.011 0.007 0.144 0.573 0.070 0.097 0.098 16 L 0.004 0.003 0.045 0.771 0.036 0.079 0.063 17 L 0.002 0.001 0.006 0.901 0.025 0.028 0.037 18 K 0.002 0.001 0.001 0.965 0.009 0.012 0.010 19 K 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.007 0.007 20 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 22 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 25 E 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.007 0.001 26 E 0.001 0.001 0.010 0.938 0.002 0.048 0.001 27 A 0.001 0.001 0.012 0.330 0.008 0.648 0.002 28 G 0.001 0.001 0.004 0.010 0.013 0.960 0.012 29 A 0.032 0.012 0.003 0.002 0.064 0.016 0.871 30 T 0.129 0.015 0.014 0.001 0.179 0.090 0.572 31 G 0.393 0.006 0.016 0.001 0.242 0.123 0.220 32 Y 0.821 0.010 0.002 0.001 0.013 0.003 0.151 33 T 0.947 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.040 34 V 0.938 0.005 0.001 0.001 0.006 0.002 0.048 35 V 0.864 0.009 0.002 0.002 0.016 0.005 0.103 36 D 0.649 0.008 0.004 0.003 0.052 0.019 0.265 37 T 0.352 0.020 0.015 0.007 0.129 0.082 0.395 38 G 0.205 0.018 0.016 0.006 0.304 0.142 0.310 39 G 0.202 0.021 0.020 0.008 0.347 0.098 0.304 40 K 0.236 0.086 0.016 0.010 0.160 0.051 0.442 41 G 0.176 0.064 0.018 0.013 0.168 0.078 0.484 42 S 0.100 0.033 0.027 0.014 0.174 0.132 0.521 43 R 0.050 0.016 0.039 0.018 0.243 0.475 0.158 44 N 0.067 0.015 0.047 0.025 0.258 0.367 0.221 45 V 0.203 0.077 0.039 0.033 0.135 0.073 0.441 46 R 0.281 0.125 0.033 0.047 0.105 0.084 0.324 47 S 0.189 0.040 0.050 0.065 0.135 0.167 0.353 48 T 0.077 0.013 0.055 0.070 0.178 0.427 0.180 49 G 0.075 0.015 0.046 0.055 0.227 0.337 0.245 50 K 0.158 0.040 0.037 0.078 0.185 0.074 0.428 51 P 0.170 0.035 0.037 0.141 0.125 0.129 0.362 52 N 0.168 0.028 0.045 0.160 0.125 0.177 0.297 53 T 0.186 0.021 0.045 0.154 0.126 0.180 0.288 54 S 0.242 0.015 0.042 0.134 0.157 0.156 0.253 55 D 0.353 0.019 0.038 0.135 0.124 0.079 0.252 56 T 0.430 0.023 0.032 0.094 0.088 0.051 0.284 57 D 0.484 0.015 0.047 0.084 0.068 0.067 0.234 58 S 0.469 0.021 0.061 0.064 0.116 0.112 0.156 59 N 0.566 0.008 0.041 0.022 0.088 0.101 0.174 60 V 0.684 0.003 0.005 0.004 0.057 0.013 0.233 61 K 0.878 0.001 0.001 0.001 0.051 0.003 0.064 62 F 0.976 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.018 63 E 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 64 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 65 L 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 66 T 0.878 0.002 0.001 0.001 0.019 0.002 0.098 67 E 0.625 0.019 0.001 0.001 0.072 0.004 0.278 68 N 0.130 0.007 0.002 0.003 0.080 0.005 0.772 69 R 0.014 0.004 0.106 0.407 0.127 0.096 0.246 70 E 0.002 0.002 0.094 0.725 0.072 0.076 0.029 71 M 0.001 0.001 0.073 0.814 0.028 0.056 0.027 72 A 0.001 0.001 0.016 0.911 0.015 0.028 0.029 73 E 0.001 0.001 0.004 0.916 0.024 0.031 0.023 74 K 0.002 0.001 0.002 0.937 0.015 0.025 0.019 75 I 0.001 0.001 0.002 0.950 0.013 0.015 0.019 76 A 0.001 0.001 0.002 0.958 0.008 0.018 0.012 77 D 0.001 0.001 0.002 0.947 0.008 0.033 0.008 78 Q 0.001 0.001 0.003 0.928 0.006 0.052 0.010 79 V 0.001 0.001 0.007 0.904 0.010 0.057 0.021 80 A 0.003 0.001 0.020 0.864 0.016 0.066 0.029 81 I 0.007 0.001 0.053 0.792 0.019 0.094 0.035 82 K 0.008 0.001 0.052 0.700 0.023 0.176 0.039 83 F 0.016 0.005 0.056 0.607 0.048 0.197 0.071 84 F 0.039 0.010 0.150 0.338 0.089 0.137 0.236 85 T 0.025 0.003 0.248 0.168 0.110 0.375 0.071 86 D 0.016 0.001 0.088 0.064 0.100 0.700 0.030 87 Y 0.201 0.013 0.020 0.039 0.188 0.179 0.359 88 A 0.561 0.004 0.002 0.007 0.080 0.016 0.330 89 G 0.934 0.002 0.001 0.003 0.023 0.003 0.034 90 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 91 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 92 Y 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 93 I 0.889 0.002 0.001 0.001 0.015 0.004 0.088 94 C 0.621 0.006 0.006 0.004 0.159 0.020 0.185 95 E 0.434 0.014 0.014 0.007 0.133 0.039 0.359 96 A 0.574 0.009 0.010 0.009 0.081 0.068 0.248 97 E 0.727 0.009 0.006 0.013 0.139 0.023 0.083 98 V 0.862 0.015 0.006 0.008 0.025 0.016 0.068 99 L 0.798 0.019 0.005 0.012 0.030 0.020 0.117 100 Y 0.568 0.015 0.005 0.009 0.053 0.016 0.335 101 G 0.128 0.004 0.137 0.057 0.135 0.323 0.217 102 R 0.078 0.005 0.153 0.041 0.227 0.395 0.100 103 T 0.182 0.042 0.206 0.073 0.168 0.146 0.182 104 F 0.192 0.092 0.042 0.037 0.083 0.043 0.511 105 C 0.157 0.099 0.018 0.024 0.146 0.094 0.463 106 G 0.050 0.021 0.020 0.028 0.230 0.095 0.556 107 P 0.017 0.010 0.031 0.030 0.307 0.286 0.319 108 D 0.013 0.020 0.027 0.037 0.194 0.447 0.262 109 G 0.003 0.008 0.011 0.016 0.012 0.119 0.831 110 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999