# TARGET T0403 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0403.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1006 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.028 0.013 0.045 0.049 0.347 0.518 2 G 0.052 0.031 0.094 0.037 0.471 0.315 3 R 0.074 0.034 0.132 0.022 0.502 0.236 4 D 0.078 0.022 0.048 0.007 0.710 0.136 5 L 0.132 0.034 0.016 0.003 0.670 0.145 6 Q 0.168 0.006 0.007 0.003 0.506 0.310 7 V 0.593 0.007 0.003 0.003 0.216 0.177 8 T 0.910 0.015 0.001 0.001 0.029 0.044 9 L 0.966 0.005 0.001 0.001 0.009 0.019 10 Y 0.960 0.001 0.001 0.001 0.014 0.024 11 G 0.958 0.002 0.001 0.001 0.013 0.027 12 T 0.947 0.004 0.001 0.001 0.021 0.027 13 I 0.860 0.005 0.001 0.001 0.048 0.085 14 K 0.719 0.007 0.005 0.003 0.132 0.134 15 A 0.611 0.008 0.026 0.009 0.203 0.143 16 G 0.696 0.004 0.030 0.015 0.163 0.092 17 V 0.789 0.007 0.017 0.016 0.094 0.076 18 E 0.809 0.008 0.010 0.018 0.069 0.086 19 V 0.753 0.019 0.011 0.024 0.084 0.110 20 S 0.609 0.015 0.011 0.027 0.165 0.173 21 R 0.330 0.023 0.017 0.029 0.303 0.298 22 V 0.173 0.026 0.023 0.025 0.444 0.308 23 K 0.154 0.033 0.038 0.031 0.432 0.312 24 D 0.124 0.029 0.050 0.034 0.451 0.312 25 A 0.097 0.035 0.059 0.033 0.485 0.290 26 G 0.084 0.030 0.064 0.041 0.442 0.338 27 T 0.077 0.030 0.067 0.043 0.485 0.297 28 Y 0.084 0.028 0.061 0.041 0.504 0.282 29 K 0.107 0.035 0.053 0.038 0.484 0.283 30 A 0.146 0.041 0.052 0.034 0.486 0.241 31 Q 0.132 0.018 0.043 0.032 0.508 0.267 32 G 0.155 0.015 0.033 0.025 0.473 0.297 33 G 0.248 0.024 0.024 0.022 0.360 0.322 34 K 0.394 0.018 0.022 0.023 0.219 0.322 35 S 0.610 0.020 0.024 0.027 0.128 0.191 36 K 0.731 0.014 0.018 0.021 0.087 0.129 37 T 0.734 0.011 0.017 0.023 0.084 0.131 38 A 0.685 0.014 0.018 0.027 0.106 0.150 39 T 0.569 0.017 0.021 0.034 0.189 0.170 40 Q 0.451 0.017 0.033 0.038 0.274 0.187 41 I 0.322 0.025 0.057 0.037 0.384 0.175 42 A 0.253 0.023 0.062 0.035 0.441 0.187 43 D 0.232 0.021 0.049 0.029 0.455 0.214 44 F 0.253 0.034 0.035 0.020 0.454 0.204 45 G 0.266 0.016 0.054 0.017 0.462 0.185 46 S 0.341 0.011 0.065 0.020 0.354 0.209 47 K 0.525 0.012 0.048 0.016 0.254 0.144 48 I 0.574 0.009 0.031 0.014 0.204 0.168 49 G 0.596 0.007 0.007 0.005 0.148 0.237 50 F 0.767 0.018 0.002 0.002 0.050 0.161 51 K 0.738 0.004 0.001 0.002 0.049 0.205 52 G 0.847 0.011 0.002 0.002 0.039 0.099 53 Q 0.743 0.027 0.003 0.003 0.129 0.095 54 E 0.647 0.022 0.007 0.004 0.188 0.131 55 D 0.385 0.015 0.013 0.003 0.455 0.129 56 L 0.153 0.018 0.025 0.005 0.683 0.116 57 G 0.072 0.012 0.029 0.009 0.758 0.121 58 N 0.039 0.006 0.028 0.008 0.766 0.153 59 G 0.164 0.007 0.007 0.003 0.454 0.364 60 M 0.697 0.020 0.002 0.001 0.100 0.179 61 K 0.962 0.003 0.001 0.001 0.009 0.027 62 A 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 63 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 64 W 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 65 Q 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 66 L 0.961 0.001 0.001 0.001 0.013 0.023 67 E 0.923 0.005 0.003 0.001 0.034 0.033 68 Q 0.633 0.009 0.019 0.008 0.135 0.198 69 K 0.456 0.004 0.004 0.003 0.182 0.350 70 A 0.455 0.050 0.005 0.002 0.117 0.370 71 S 0.476 0.061 0.010 0.004 0.267 0.181 72 I 0.260 0.063 0.046 0.014 0.435 0.183 73 A 0.049 0.011 0.049 0.012 0.678 0.200 74 G 0.040 0.015 0.042 0.016 0.740 0.146 75 T 0.050 0.017 0.028 0.019 0.561 0.325 76 N 0.049 0.027 0.036 0.017 0.575 0.296 77 S 0.075 0.019 0.027 0.017 0.549 0.313 78 G 0.152 0.020 0.033 0.027 0.420 0.348 79 W 0.365 0.027 0.055 0.047 0.314 0.192 80 G 0.459 0.026 0.054 0.043 0.261 0.157 81 N 0.554 0.011 0.036 0.028 0.205 0.166 82 R 0.691 0.008 0.026 0.020 0.122 0.133 83 Q 0.780 0.007 0.017 0.015 0.080 0.101 84 S 0.864 0.006 0.011 0.016 0.046 0.057 85 F 0.917 0.004 0.005 0.010 0.027 0.037 86 I 0.918 0.006 0.004 0.008 0.027 0.038 87 G 0.844 0.006 0.005 0.010 0.069 0.066 88 L 0.602 0.011 0.017 0.020 0.194 0.155 89 K 0.340 0.022 0.022 0.015 0.374 0.227 90 G 0.129 0.010 0.030 0.013 0.619 0.199 91 G 0.108 0.011 0.026 0.011 0.554 0.290 92 F 0.221 0.027 0.025 0.010 0.444 0.272 93 G 0.370 0.008 0.015 0.011 0.326 0.270 94 T 0.792 0.013 0.004 0.005 0.065 0.121 95 V 0.880 0.013 0.003 0.006 0.034 0.065 96 R 0.871 0.009 0.003 0.008 0.062 0.047 97 A 0.788 0.006 0.004 0.012 0.112 0.077 98 G 0.440 0.005 0.007 0.016 0.340 0.192 99 N 0.471 0.022 0.009 0.012 0.320 0.165 100 L 0.540 0.043 0.009 0.023 0.186 0.198 101 N 0.382 0.038 0.012 0.049 0.217 0.302 102 T 0.175 0.021 0.015 0.082 0.311 0.395 103 V 0.130 0.011 0.097 0.322 0.259 0.182 104 L 0.137 0.011 0.151 0.399 0.203 0.100 105 K 0.145 0.008 0.240 0.363 0.174 0.070 106 D 0.183 0.011 0.202 0.326 0.182 0.096 107 S 0.158 0.009 0.108 0.446 0.155 0.124 108 G 0.165 0.017 0.086 0.331 0.201 0.200 109 D 0.179 0.014 0.063 0.228 0.249 0.267 110 N 0.192 0.022 0.038 0.189 0.257 0.302 111 V 0.151 0.048 0.027 0.132 0.260 0.382 112 N 0.074 0.028 0.022 0.056 0.586 0.234 113 A 0.032 0.011 0.110 0.095 0.623 0.129 114 W 0.022 0.009 0.157 0.076 0.649 0.088 115 E 0.040 0.020 0.164 0.069 0.625 0.083 116 S 0.074 0.030 0.109 0.106 0.434 0.247 117 G 0.074 0.031 0.110 0.129 0.401 0.256 118 S 0.089 0.023 0.095 0.122 0.420 0.251 119 N 0.101 0.028 0.085 0.123 0.347 0.316 120 T 0.128 0.031 0.069 0.114 0.326 0.333 121 E 0.131 0.026 0.062 0.139 0.296 0.345 122 D 0.123 0.026 0.049 0.113 0.326 0.363 123 V 0.106 0.020 0.090 0.190 0.354 0.241 124 L 0.098 0.017 0.097 0.200 0.360 0.229 125 G 0.124 0.018 0.121 0.230 0.339 0.169 126 L 0.121 0.017 0.113 0.219 0.340 0.190 127 G 0.111 0.015 0.113 0.196 0.360 0.205 128 T 0.121 0.020 0.094 0.153 0.399 0.213 129 I 0.128 0.018 0.076 0.118 0.396 0.264 130 G 0.124 0.016 0.050 0.077 0.413 0.320 131 R 0.153 0.025 0.048 0.065 0.393 0.316 132 V 0.226 0.020 0.056 0.049 0.370 0.279 133 E 0.352 0.025 0.059 0.037 0.290 0.238 134 S 0.448 0.029 0.043 0.024 0.279 0.176 135 R 0.431 0.022 0.031 0.020 0.330 0.166 136 E 0.254 0.006 0.020 0.012 0.492 0.215 137 I 0.323 0.008 0.019 0.012 0.423 0.214 138 S 0.741 0.009 0.007 0.010 0.113 0.120 139 V 0.919 0.011 0.002 0.004 0.021 0.044 140 R 0.920 0.004 0.001 0.003 0.020 0.052 141 Y 0.882 0.010 0.003 0.003 0.041 0.061 142 D 0.664 0.013 0.004 0.006 0.106 0.206 143 S 0.375 0.009 0.014 0.009 0.384 0.210 144 P 0.243 0.008 0.037 0.014 0.505 0.192 145 V 0.272 0.030 0.062 0.025 0.498 0.114 146 F 0.308 0.024 0.060 0.025 0.518 0.065 147 A 0.162 0.004 0.031 0.019 0.669 0.115 148 G 0.423 0.009 0.019 0.011 0.407 0.131 149 F 0.848 0.008 0.003 0.003 0.074 0.063 150 S 0.957 0.003 0.001 0.002 0.013 0.024 151 G 0.972 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 152 S 0.976 0.002 0.001 0.001 0.007 0.012 153 V 0.968 0.001 0.002 0.001 0.010 0.017 154 Q 0.959 0.002 0.002 0.002 0.012 0.024 155 Y 0.944 0.005 0.002 0.002 0.017 0.030 156 V 0.860 0.016 0.003 0.004 0.073 0.044 157 P 0.641 0.019 0.008 0.006 0.213 0.112 158 R 0.183 0.011 0.016 0.009 0.587 0.195 159 D 0.133 0.036 0.033 0.016 0.605 0.176 160 N 0.139 0.041 0.041 0.026 0.468 0.284 161 A 0.084 0.026 0.062 0.041 0.490 0.298 162 N 0.068 0.027 0.058 0.048 0.476 0.324 163 D 0.061 0.042 0.059 0.068 0.488 0.282 164 V 0.047 0.023 0.061 0.091 0.486 0.291 165 D 0.067 0.034 0.069 0.094 0.504 0.232 166 K 0.082 0.018 0.062 0.078 0.556 0.204 167 Y 0.103 0.015 0.057 0.046 0.592 0.186 168 K 0.157 0.011 0.037 0.018 0.587 0.191 169 H 0.374 0.016 0.020 0.006 0.349 0.234 170 T 0.710 0.011 0.008 0.003 0.116 0.152 171 K 0.876 0.004 0.002 0.002 0.037 0.079 172 S 0.951 0.003 0.001 0.001 0.013 0.031 173 S 0.947 0.002 0.001 0.001 0.015 0.034 174 R 0.951 0.002 0.001 0.002 0.016 0.029 175 E 0.946 0.002 0.003 0.003 0.019 0.027 176 S 0.909 0.005 0.006 0.005 0.042 0.033 177 Y 0.852 0.006 0.018 0.009 0.075 0.040 178 H 0.731 0.013 0.022 0.018 0.151 0.066 179 A 0.479 0.013 0.022 0.035 0.303 0.147 180 G 0.163 0.008 0.009 0.025 0.494 0.302 181 L 0.201 0.006 0.019 0.044 0.416 0.314 182 K 0.591 0.009 0.013 0.042 0.171 0.173 183 Y 0.841 0.009 0.008 0.037 0.043 0.061 184 E 0.933 0.004 0.004 0.021 0.013 0.027 185 N 0.939 0.002 0.004 0.025 0.010 0.019 186 A 0.953 0.002 0.004 0.020 0.008 0.013 187 G 0.923 0.001 0.006 0.033 0.017 0.020 188 F 0.896 0.002 0.009 0.039 0.027 0.028 189 F 0.841 0.006 0.012 0.054 0.044 0.042 190 G 0.762 0.014 0.015 0.059 0.087 0.064 191 Q 0.582 0.015 0.015 0.084 0.165 0.140 192 Y 0.369 0.026 0.018 0.080 0.254 0.253 193 A 0.244 0.019 0.021 0.070 0.362 0.284 194 G 0.159 0.023 0.040 0.104 0.352 0.322 195 S 0.141 0.026 0.053 0.107 0.371 0.302 196 F 0.119 0.019 0.072 0.130 0.390 0.269 197 A 0.124 0.019 0.072 0.137 0.341 0.308 198 K 0.147 0.019 0.104 0.154 0.330 0.247 199 Y 0.159 0.017 0.084 0.119 0.350 0.271 200 A 0.190 0.017 0.077 0.088 0.353 0.274 201 D 0.238 0.026 0.065 0.087 0.336 0.248 202 L 0.251 0.030 0.067 0.086 0.301 0.264 203 N 0.223 0.024 0.061 0.078 0.349 0.265 204 T 0.201 0.026 0.065 0.093 0.340 0.275 205 D 0.185 0.026 0.057 0.085 0.361 0.286 206 A 0.158 0.022 0.070 0.101 0.387 0.262 207 E 0.155 0.023 0.066 0.092 0.380 0.284 208 R 0.155 0.023 0.067 0.095 0.371 0.289 209 V 0.152 0.023 0.060 0.099 0.369 0.297 210 A 0.160 0.026 0.062 0.104 0.366 0.282 211 V 0.168 0.023 0.070 0.132 0.366 0.242 212 N 0.165 0.021 0.074 0.156 0.350 0.235 213 T 0.140 0.018 0.061 0.154 0.360 0.266 214 A 0.134 0.018 0.052 0.138 0.367 0.291 215 N 0.142 0.017 0.049 0.151 0.338 0.302 216 A 0.138 0.023 0.048 0.149 0.345 0.296 217 H 0.150 0.021 0.046 0.145 0.334 0.304 218 P 0.135 0.015 0.040 0.170 0.311 0.330 219 V 0.156 0.011 0.063 0.272 0.291 0.206 220 K 0.202 0.011 0.055 0.320 0.242 0.171 221 D 0.362 0.012 0.056 0.238 0.200 0.131 222 Y 0.515 0.007 0.042 0.177 0.152 0.106 223 Q 0.733 0.008 0.023 0.073 0.085 0.078 224 V 0.866 0.004 0.011 0.033 0.043 0.043 225 H 0.909 0.003 0.005 0.024 0.023 0.036 226 R 0.953 0.002 0.002 0.009 0.012 0.022 227 V 0.942 0.002 0.002 0.010 0.015 0.030 228 V 0.926 0.002 0.003 0.013 0.020 0.037 229 A 0.935 0.002 0.003 0.011 0.019 0.030 230 G 0.920 0.004 0.006 0.014 0.031 0.025 231 Y 0.914 0.002 0.008 0.011 0.037 0.027 232 D 0.880 0.009 0.008 0.017 0.059 0.027 233 A 0.694 0.007 0.016 0.028 0.193 0.061 234 N 0.193 0.004 0.014 0.026 0.597 0.166 235 D 0.298 0.006 0.033 0.032 0.472 0.158 236 L 0.834 0.003 0.004 0.011 0.074 0.073 237 Y 0.958 0.003 0.001 0.007 0.010 0.022 238 V 0.985 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 239 S 0.989 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 240 V 0.985 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 241 A 0.968 0.001 0.002 0.006 0.010 0.014 242 G 0.946 0.002 0.003 0.011 0.017 0.022 243 Q 0.883 0.004 0.006 0.023 0.040 0.045 244 Y 0.834 0.011 0.009 0.025 0.061 0.060 245 E 0.710 0.011 0.013 0.033 0.114 0.120 246 A 0.550 0.021 0.018 0.055 0.181 0.174 247 A 0.432 0.020 0.022 0.063 0.240 0.223 248 K 0.272 0.024 0.027 0.075 0.305 0.297 249 N 0.166 0.021 0.037 0.070 0.389 0.317 250 N 0.120 0.024 0.051 0.082 0.421 0.302 251 E 0.106 0.023 0.068 0.098 0.417 0.287 252 V 0.091 0.020 0.071 0.098 0.435 0.284 253 G 0.081 0.019 0.062 0.084 0.445 0.309 254 S 0.084 0.024 0.073 0.082 0.487 0.250 255 I 0.099 0.019 0.080 0.081 0.503 0.217 256 K 0.100 0.017 0.074 0.069 0.505 0.236 257 G 0.123 0.019 0.054 0.053 0.478 0.273 258 K 0.146 0.021 0.051 0.076 0.383 0.324 259 K 0.211 0.019 0.050 0.070 0.362 0.288 260 H 0.269 0.018 0.059 0.092 0.316 0.246 261 E 0.438 0.033 0.046 0.053 0.253 0.176 262 Q 0.513 0.010 0.034 0.024 0.282 0.137 263 T 0.539 0.009 0.017 0.008 0.258 0.169 264 Q 0.800 0.006 0.005 0.002 0.087 0.099 265 V 0.940 0.002 0.001 0.001 0.019 0.037 266 A 0.977 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 267 A 0.978 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 268 T 0.970 0.002 0.001 0.001 0.009 0.018 269 A 0.957 0.001 0.001 0.001 0.012 0.028 270 A 0.952 0.003 0.002 0.002 0.017 0.024 271 Y 0.927 0.005 0.005 0.003 0.024 0.036 272 R 0.805 0.017 0.006 0.008 0.077 0.087 273 F 0.560 0.027 0.009 0.018 0.150 0.237 274 G 0.172 0.011 0.007 0.019 0.365 0.427 275 N 0.055 0.006 0.077 0.292 0.430 0.139 276 V 0.090 0.004 0.102 0.353 0.380 0.070 277 T 0.173 0.009 0.084 0.401 0.277 0.056 278 P 0.359 0.013 0.043 0.346 0.146 0.093 279 R 0.471 0.012 0.027 0.326 0.088 0.076 280 V 0.679 0.007 0.018 0.203 0.054 0.040 281 S 0.697 0.002 0.013 0.176 0.053 0.059 282 Y 0.764 0.004 0.011 0.140 0.038 0.042 283 A 0.796 0.004 0.011 0.118 0.032 0.039 284 H 0.827 0.004 0.008 0.080 0.039 0.042 285 G 0.814 0.007 0.006 0.056 0.056 0.061 286 F 0.663 0.013 0.008 0.071 0.111 0.133 287 K 0.462 0.016 0.016 0.089 0.223 0.195 288 A 0.301 0.017 0.029 0.086 0.318 0.249 289 K 0.219 0.025 0.039 0.068 0.412 0.236 290 V 0.188 0.023 0.048 0.073 0.436 0.230 291 N 0.146 0.020 0.040 0.060 0.459 0.275 292 G 0.139 0.019 0.049 0.054 0.490 0.248 293 V 0.155 0.023 0.042 0.041 0.456 0.284 294 K 0.152 0.034 0.047 0.027 0.473 0.266 295 D 0.116 0.027 0.047 0.022 0.541 0.246 296 A 0.097 0.025 0.054 0.027 0.487 0.310 297 N 0.100 0.016 0.058 0.031 0.531 0.263 298 Y 0.115 0.012 0.056 0.061 0.443 0.313 299 Q 0.311 0.028 0.028 0.033 0.303 0.296 300 Y 0.566 0.013 0.017 0.011 0.217 0.175 301 D 0.710 0.006 0.008 0.004 0.135 0.137 302 Q 0.938 0.003 0.001 0.001 0.023 0.033 303 V 0.976 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 304 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 305 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 306 G 0.967 0.002 0.001 0.001 0.011 0.019 307 A 0.926 0.001 0.003 0.002 0.028 0.039 308 D 0.918 0.004 0.006 0.003 0.034 0.034 309 Y 0.911 0.006 0.015 0.005 0.036 0.028 310 D 0.880 0.013 0.014 0.005 0.049 0.040 311 F 0.727 0.018 0.038 0.012 0.144 0.060 312 S 0.351 0.010 0.030 0.023 0.519 0.067 313 K 0.143 0.006 0.037 0.110 0.631 0.072 314 R 0.265 0.006 0.015 0.066 0.552 0.096 315 T 0.554 0.012 0.007 0.062 0.259 0.105 316 S 0.790 0.010 0.004 0.039 0.051 0.106 317 A 0.934 0.002 0.002 0.014 0.011 0.037 318 L 0.982 0.002 0.001 0.006 0.002 0.007 319 V 0.989 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 320 S 0.992 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 321 A 0.979 0.001 0.002 0.006 0.004 0.009 322 G 0.970 0.001 0.003 0.009 0.008 0.011 323 W 0.958 0.002 0.005 0.011 0.012 0.012 324 L 0.936 0.004 0.004 0.012 0.024 0.020 325 K 0.839 0.014 0.006 0.019 0.090 0.033 326 Q 0.639 0.012 0.008 0.022 0.218 0.102 327 G 0.179 0.018 0.011 0.021 0.634 0.138 328 K 0.047 0.010 0.024 0.017 0.779 0.122 329 G 0.050 0.016 0.048 0.019 0.744 0.123 330 A 0.071 0.017 0.096 0.027 0.670 0.120 331 G 0.113 0.010 0.046 0.018 0.505 0.308 332 K 0.378 0.038 0.024 0.013 0.257 0.289 333 V 0.483 0.054 0.014 0.014 0.119 0.317 334 E 0.494 0.034 0.013 0.019 0.107 0.333 335 Q 0.414 0.021 0.028 0.028 0.157 0.352 336 T 0.245 0.022 0.054 0.052 0.221 0.405 337 A 0.181 0.028 0.075 0.071 0.208 0.438 338 S 0.100 0.016 0.046 0.069 0.196 0.571 339 M 0.023 0.012 0.029 0.061 0.196 0.679