# TARGET T0403 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0403.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1046 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.048 0.015 0.064 0.063 0.335 0.475 2 G 0.042 0.019 0.092 0.053 0.358 0.435 3 R 0.043 0.022 0.131 0.071 0.324 0.409 4 D 0.034 0.018 0.082 0.040 0.420 0.406 5 L 0.061 0.009 0.059 0.029 0.441 0.400 6 Q 0.184 0.011 0.025 0.019 0.342 0.419 7 V 0.587 0.019 0.019 0.024 0.150 0.201 8 T 0.836 0.020 0.006 0.011 0.036 0.092 9 L 0.855 0.006 0.008 0.020 0.033 0.077 10 Y 0.751 0.006 0.013 0.052 0.053 0.126 11 G 0.757 0.002 0.016 0.038 0.066 0.121 12 T 0.852 0.004 0.014 0.031 0.032 0.066 13 I 0.881 0.004 0.011 0.030 0.030 0.044 14 K 0.818 0.002 0.009 0.030 0.058 0.083 15 A 0.848 0.001 0.006 0.044 0.049 0.051 16 G 0.870 0.001 0.003 0.032 0.045 0.049 17 V 0.934 0.001 0.002 0.036 0.014 0.012 18 E 0.952 0.001 0.001 0.028 0.009 0.010 19 V 0.901 0.002 0.001 0.029 0.019 0.048 20 S 0.702 0.009 0.003 0.032 0.064 0.190 21 R 0.385 0.010 0.008 0.021 0.195 0.381 22 V 0.210 0.011 0.035 0.056 0.420 0.267 23 K 0.254 0.013 0.086 0.047 0.393 0.207 24 D 0.311 0.015 0.094 0.057 0.382 0.142 25 A 0.249 0.020 0.057 0.066 0.390 0.219 26 G 0.249 0.025 0.048 0.040 0.331 0.306 27 T 0.235 0.040 0.052 0.042 0.333 0.298 28 Y 0.198 0.041 0.111 0.056 0.327 0.268 29 K 0.163 0.035 0.120 0.053 0.430 0.200 30 A 0.119 0.021 0.192 0.054 0.504 0.110 31 Q 0.091 0.014 0.081 0.041 0.607 0.166 32 G 0.089 0.011 0.037 0.029 0.622 0.213 33 G 0.137 0.016 0.018 0.026 0.422 0.381 34 K 0.314 0.031 0.018 0.063 0.220 0.355 35 S 0.448 0.022 0.023 0.094 0.194 0.220 36 K 0.624 0.011 0.019 0.071 0.118 0.158 37 T 0.760 0.011 0.016 0.065 0.059 0.088 38 A 0.711 0.013 0.020 0.087 0.073 0.095 39 T 0.550 0.017 0.023 0.110 0.124 0.177 40 Q 0.362 0.016 0.040 0.133 0.204 0.244 41 I 0.245 0.023 0.089 0.156 0.285 0.201 42 A 0.227 0.032 0.135 0.142 0.294 0.169 43 D 0.158 0.024 0.195 0.151 0.353 0.118 44 F 0.110 0.020 0.137 0.147 0.436 0.150 45 G 0.105 0.014 0.102 0.046 0.528 0.204 46 S 0.171 0.026 0.098 0.037 0.486 0.182 47 K 0.289 0.044 0.091 0.025 0.374 0.178 48 I 0.323 0.014 0.077 0.014 0.376 0.195 49 G 0.533 0.009 0.045 0.010 0.182 0.221 50 F 0.632 0.020 0.024 0.019 0.092 0.213 51 K 0.534 0.017 0.007 0.020 0.098 0.324 52 G 0.594 0.009 0.007 0.022 0.087 0.281 53 Q 0.700 0.023 0.016 0.046 0.063 0.153 54 E 0.757 0.019 0.028 0.071 0.057 0.068 55 D 0.547 0.033 0.066 0.088 0.165 0.101 56 L 0.225 0.023 0.111 0.069 0.406 0.167 57 G 0.069 0.009 0.081 0.036 0.670 0.135 58 N 0.034 0.004 0.068 0.017 0.725 0.153 59 G 0.045 0.007 0.027 0.005 0.591 0.325 60 M 0.268 0.018 0.006 0.003 0.259 0.446 61 K 0.832 0.005 0.001 0.001 0.035 0.125 62 A 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 63 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 W 0.994 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 65 Q 0.980 0.001 0.001 0.004 0.004 0.012 66 L 0.935 0.001 0.001 0.008 0.011 0.044 67 E 0.786 0.005 0.009 0.029 0.086 0.085 68 Q 0.483 0.007 0.044 0.069 0.235 0.162 69 K 0.261 0.004 0.054 0.042 0.313 0.328 70 A 0.368 0.043 0.025 0.055 0.180 0.330 71 S 0.291 0.038 0.007 0.027 0.194 0.443 72 I 0.141 0.027 0.040 0.116 0.438 0.238 73 A 0.068 0.018 0.045 0.077 0.614 0.177 74 G 0.051 0.018 0.073 0.059 0.705 0.095 75 T 0.043 0.023 0.095 0.051 0.636 0.151 76 N 0.052 0.037 0.131 0.054 0.525 0.201 77 S 0.035 0.031 0.104 0.045 0.608 0.177 78 G 0.034 0.013 0.068 0.019 0.620 0.246 79 W 0.052 0.019 0.063 0.025 0.557 0.285 80 G 0.091 0.018 0.053 0.022 0.499 0.316 81 N 0.136 0.024 0.040 0.013 0.378 0.409 82 R 0.302 0.021 0.053 0.022 0.323 0.279 83 Q 0.571 0.005 0.020 0.008 0.181 0.216 84 S 0.934 0.004 0.004 0.003 0.025 0.030 85 F 0.983 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 86 I 0.986 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 87 G 0.958 0.002 0.001 0.003 0.012 0.025 88 L 0.847 0.005 0.002 0.003 0.055 0.088 89 K 0.540 0.010 0.007 0.003 0.216 0.224 90 G 0.197 0.010 0.039 0.003 0.503 0.248 91 G 0.167 0.009 0.054 0.004 0.583 0.183 92 F 0.195 0.007 0.037 0.004 0.534 0.223 93 G 0.404 0.010 0.011 0.003 0.307 0.265 94 T 0.809 0.010 0.003 0.002 0.061 0.114 95 V 0.887 0.014 0.002 0.003 0.023 0.070 96 R 0.846 0.016 0.002 0.004 0.040 0.093 97 A 0.717 0.013 0.007 0.006 0.105 0.152 98 G 0.475 0.010 0.021 0.009 0.264 0.220 99 N 0.360 0.012 0.042 0.020 0.341 0.224 100 L 0.301 0.024 0.040 0.061 0.320 0.254 101 N 0.245 0.030 0.023 0.096 0.251 0.353 102 T 0.179 0.020 0.028 0.129 0.310 0.334 103 V 0.144 0.024 0.060 0.290 0.265 0.217 104 L 0.136 0.035 0.114 0.340 0.232 0.142 105 K 0.135 0.014 0.132 0.396 0.218 0.106 106 D 0.098 0.014 0.117 0.294 0.313 0.164 107 S 0.066 0.028 0.087 0.245 0.337 0.237 108 G 0.070 0.019 0.085 0.080 0.442 0.305 109 D 0.082 0.013 0.092 0.071 0.481 0.261 110 N 0.082 0.037 0.080 0.078 0.437 0.286 111 V 0.101 0.141 0.033 0.086 0.292 0.347 112 N 0.044 0.028 0.015 0.079 0.426 0.409 113 A 0.007 0.002 0.218 0.471 0.250 0.052 114 W 0.017 0.006 0.301 0.374 0.257 0.044 115 E 0.028 0.022 0.269 0.334 0.308 0.038 116 S 0.032 0.030 0.081 0.250 0.401 0.206 117 G 0.028 0.025 0.068 0.149 0.459 0.270 118 S 0.031 0.016 0.099 0.134 0.473 0.248 119 N 0.054 0.024 0.099 0.082 0.469 0.272 120 T 0.053 0.031 0.111 0.101 0.463 0.241 121 E 0.066 0.026 0.118 0.111 0.401 0.277 122 D 0.077 0.031 0.105 0.097 0.449 0.242 123 V 0.044 0.025 0.248 0.148 0.394 0.140 124 L 0.055 0.037 0.200 0.128 0.395 0.186 125 G 0.048 0.030 0.143 0.078 0.498 0.204 126 L 0.031 0.027 0.140 0.095 0.532 0.175 127 G 0.044 0.019 0.111 0.053 0.579 0.194 128 T 0.039 0.015 0.170 0.059 0.588 0.129 129 I 0.056 0.031 0.114 0.065 0.546 0.190 130 G 0.077 0.028 0.088 0.061 0.485 0.261 131 R 0.097 0.022 0.072 0.069 0.461 0.278 132 V 0.177 0.027 0.065 0.066 0.385 0.280 133 E 0.268 0.051 0.060 0.058 0.272 0.290 134 S 0.287 0.037 0.061 0.026 0.402 0.186 135 R 0.235 0.011 0.114 0.028 0.447 0.165 136 E 0.294 0.008 0.094 0.034 0.388 0.182 137 I 0.530 0.012 0.034 0.016 0.268 0.139 138 S 0.736 0.008 0.006 0.007 0.079 0.164 139 V 0.924 0.008 0.003 0.005 0.019 0.041 140 R 0.949 0.006 0.002 0.006 0.015 0.022 141 Y 0.913 0.006 0.003 0.006 0.034 0.038 142 D 0.694 0.012 0.008 0.010 0.145 0.130 143 S 0.322 0.019 0.016 0.009 0.423 0.211 144 P 0.234 0.012 0.046 0.010 0.542 0.156 145 V 0.301 0.024 0.081 0.013 0.404 0.177 146 F 0.411 0.033 0.066 0.013 0.395 0.081 147 A 0.411 0.016 0.021 0.008 0.395 0.150 148 G 0.500 0.007 0.016 0.004 0.276 0.198 149 F 0.815 0.007 0.006 0.002 0.086 0.084 150 S 0.909 0.003 0.002 0.001 0.025 0.061 151 G 0.967 0.001 0.001 0.001 0.009 0.021 152 S 0.973 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 153 V 0.974 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 154 Q 0.950 0.002 0.001 0.001 0.013 0.033 155 Y 0.890 0.006 0.001 0.001 0.023 0.079 156 V 0.608 0.016 0.003 0.001 0.100 0.272 157 P 0.298 0.018 0.007 0.002 0.343 0.332 158 R 0.115 0.016 0.018 0.003 0.573 0.276 159 D 0.076 0.025 0.037 0.008 0.635 0.220 160 N 0.082 0.018 0.045 0.009 0.682 0.165 161 A 0.094 0.022 0.081 0.030 0.470 0.302 162 N 0.114 0.045 0.073 0.042 0.417 0.310 163 D 0.087 0.042 0.047 0.053 0.413 0.358 164 V 0.066 0.028 0.038 0.045 0.363 0.459 165 D 0.098 0.022 0.049 0.049 0.395 0.387 166 K 0.138 0.017 0.093 0.110 0.420 0.223 167 Y 0.159 0.021 0.079 0.105 0.409 0.227 168 K 0.193 0.024 0.058 0.091 0.383 0.251 169 H 0.294 0.028 0.052 0.084 0.303 0.238 170 T 0.291 0.032 0.049 0.094 0.298 0.237 171 K 0.253 0.031 0.059 0.086 0.343 0.229 172 S 0.190 0.022 0.079 0.082 0.382 0.245 173 S 0.151 0.022 0.070 0.048 0.460 0.248 174 R 0.165 0.011 0.058 0.017 0.502 0.247 175 E 0.347 0.007 0.060 0.013 0.336 0.237 176 S 0.772 0.008 0.019 0.002 0.094 0.105 177 Y 0.924 0.003 0.003 0.001 0.028 0.042 178 H 0.967 0.001 0.001 0.001 0.007 0.024 179 A 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 180 G 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 181 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 182 K 0.978 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 183 Y 0.903 0.004 0.002 0.003 0.072 0.015 184 E 0.493 0.006 0.005 0.004 0.427 0.065 185 N 0.076 0.005 0.014 0.007 0.826 0.072 186 A 0.115 0.015 0.007 0.005 0.744 0.114 187 G 0.161 0.021 0.015 0.028 0.321 0.453 188 F 0.415 0.041 0.032 0.103 0.208 0.202 189 F 0.546 0.011 0.036 0.202 0.089 0.116 190 G 0.521 0.005 0.039 0.351 0.036 0.047 191 Q 0.515 0.004 0.035 0.389 0.026 0.030 192 Y 0.380 0.004 0.045 0.500 0.036 0.035 193 A 0.274 0.005 0.044 0.572 0.057 0.048 194 G 0.216 0.005 0.094 0.520 0.111 0.053 195 S 0.120 0.006 0.098 0.598 0.123 0.056 196 F 0.065 0.005 0.081 0.635 0.137 0.077 197 A 0.041 0.011 0.072 0.539 0.180 0.157 198 K 0.025 0.008 0.056 0.479 0.199 0.232 199 Y 0.026 0.010 0.046 0.210 0.384 0.324 200 A 0.026 0.010 0.054 0.150 0.414 0.345 201 D 0.045 0.019 0.059 0.103 0.462 0.312 202 L 0.044 0.019 0.076 0.164 0.438 0.259 203 N 0.052 0.019 0.048 0.122 0.395 0.364 204 T 0.056 0.020 0.036 0.113 0.339 0.437 205 D 0.064 0.016 0.040 0.158 0.293 0.430 206 A 0.087 0.013 0.074 0.388 0.250 0.187 207 E 0.157 0.015 0.081 0.323 0.253 0.171 208 R 0.221 0.013 0.078 0.353 0.196 0.139 209 V 0.291 0.023 0.060 0.345 0.144 0.137 210 A 0.268 0.023 0.051 0.294 0.187 0.177 211 V 0.185 0.034 0.037 0.239 0.224 0.281 212 N 0.100 0.025 0.040 0.118 0.335 0.382 213 T 0.088 0.027 0.053 0.079 0.417 0.336 214 A 0.074 0.029 0.061 0.047 0.524 0.264 215 N 0.076 0.024 0.047 0.028 0.578 0.248 216 A 0.079 0.030 0.031 0.026 0.510 0.325 217 H 0.093 0.040 0.019 0.022 0.411 0.415 218 P 0.066 0.030 0.022 0.026 0.422 0.433 219 V 0.027 0.019 0.252 0.081 0.486 0.135 220 K 0.037 0.008 0.247 0.060 0.509 0.139 221 D 0.040 0.007 0.363 0.087 0.400 0.103 222 Y 0.168 0.018 0.079 0.072 0.448 0.215 223 Q 0.456 0.010 0.032 0.031 0.215 0.256 224 V 0.877 0.009 0.009 0.014 0.041 0.049 225 H 0.963 0.002 0.002 0.006 0.013 0.015 226 R 0.972 0.001 0.002 0.006 0.007 0.013 227 V 0.961 0.001 0.001 0.010 0.008 0.018 228 V 0.929 0.001 0.001 0.015 0.015 0.038 229 A 0.945 0.001 0.001 0.013 0.012 0.028 230 G 0.931 0.001 0.001 0.009 0.016 0.042 231 Y 0.851 0.006 0.002 0.026 0.026 0.090 232 D 0.693 0.010 0.005 0.016 0.111 0.165 233 A 0.342 0.014 0.027 0.031 0.339 0.247 234 N 0.166 0.006 0.045 0.014 0.583 0.186 235 D 0.269 0.005 0.038 0.010 0.516 0.161 236 L 0.686 0.006 0.013 0.008 0.168 0.118 237 Y 0.932 0.002 0.002 0.005 0.027 0.032 238 V 0.985 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 239 S 0.984 0.001 0.001 0.008 0.003 0.005 240 V 0.977 0.001 0.001 0.010 0.003 0.009 241 A 0.940 0.001 0.001 0.026 0.008 0.025 242 G 0.905 0.001 0.002 0.018 0.022 0.053 243 Q 0.771 0.004 0.005 0.039 0.061 0.120 244 Y 0.553 0.009 0.026 0.074 0.156 0.182 245 E 0.373 0.013 0.063 0.147 0.232 0.171 246 A 0.222 0.012 0.103 0.168 0.297 0.198 247 A 0.129 0.016 0.084 0.189 0.365 0.217 248 K 0.086 0.016 0.050 0.157 0.351 0.340 249 N 0.061 0.013 0.027 0.063 0.404 0.432 250 N 0.060 0.011 0.065 0.094 0.427 0.344 251 E 0.103 0.022 0.097 0.104 0.414 0.260 252 V 0.116 0.035 0.107 0.130 0.406 0.206 253 G 0.122 0.029 0.081 0.083 0.397 0.287 254 S 0.144 0.042 0.102 0.084 0.382 0.246 255 I 0.123 0.041 0.109 0.081 0.443 0.204 256 K 0.079 0.023 0.076 0.075 0.500 0.247 257 G 0.056 0.013 0.039 0.038 0.515 0.339 258 K 0.084 0.017 0.072 0.084 0.448 0.296 259 K 0.118 0.038 0.093 0.117 0.379 0.255 260 H 0.107 0.027 0.128 0.108 0.420 0.210 261 E 0.141 0.021 0.174 0.112 0.321 0.231 262 Q 0.226 0.015 0.189 0.104 0.301 0.165 263 T 0.333 0.010 0.115 0.073 0.291 0.179 264 Q 0.627 0.004 0.027 0.016 0.145 0.180 265 V 0.922 0.003 0.002 0.003 0.026 0.043 266 A 0.973 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 267 A 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 268 T 0.977 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 269 A 0.970 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 270 A 0.971 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 271 Y 0.962 0.004 0.001 0.002 0.006 0.026 272 R 0.859 0.008 0.001 0.003 0.079 0.050 273 F 0.343 0.011 0.006 0.007 0.524 0.110 274 G 0.045 0.003 0.011 0.005 0.848 0.088 275 N 0.034 0.008 0.017 0.009 0.810 0.122 276 V 0.075 0.035 0.007 0.014 0.313 0.555 277 T 0.139 0.030 0.005 0.016 0.162 0.648 278 P 0.254 0.013 0.020 0.102 0.208 0.404 279 R 0.635 0.010 0.018 0.119 0.094 0.124 280 V 0.817 0.003 0.016 0.105 0.037 0.023 281 S 0.849 0.002 0.010 0.102 0.020 0.017 282 Y 0.803 0.002 0.011 0.133 0.025 0.025 283 A 0.715 0.002 0.016 0.147 0.053 0.068 284 H 0.594 0.003 0.021 0.172 0.082 0.127 285 G 0.449 0.006 0.030 0.191 0.124 0.200 286 F 0.487 0.010 0.030 0.230 0.108 0.136 287 K 0.502 0.010 0.018 0.142 0.114 0.213 288 A 0.366 0.022 0.025 0.136 0.147 0.305 289 K 0.315 0.024 0.025 0.075 0.285 0.276 290 V 0.140 0.015 0.040 0.085 0.485 0.235 291 N 0.061 0.011 0.032 0.062 0.590 0.244 292 G 0.068 0.013 0.020 0.021 0.619 0.258 293 V 0.092 0.032 0.045 0.044 0.484 0.301 294 K 0.126 0.053 0.050 0.050 0.402 0.318 295 D 0.095 0.027 0.089 0.052 0.552 0.184 296 A 0.074 0.015 0.074 0.056 0.529 0.251 297 N 0.057 0.013 0.050 0.034 0.596 0.251 298 Y 0.043 0.013 0.070 0.040 0.560 0.274 299 Q 0.094 0.026 0.048 0.021 0.373 0.438 300 Y 0.138 0.016 0.119 0.029 0.476 0.221 301 D 0.300 0.005 0.047 0.011 0.318 0.319 302 Q 0.920 0.006 0.009 0.005 0.025 0.035 303 V 0.982 0.001 0.001 0.002 0.005 0.009 304 I 0.989 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 305 V 0.968 0.001 0.001 0.007 0.007 0.015 306 G 0.800 0.002 0.003 0.017 0.046 0.132 307 A 0.653 0.005 0.005 0.011 0.086 0.240 308 D 0.600 0.013 0.013 0.012 0.097 0.264 309 Y 0.546 0.021 0.028 0.048 0.143 0.214 310 D 0.366 0.029 0.057 0.064 0.242 0.242 311 F 0.248 0.028 0.113 0.077 0.337 0.197 312 S 0.146 0.043 0.079 0.075 0.459 0.197 313 K 0.094 0.012 0.129 0.114 0.543 0.108 314 R 0.075 0.009 0.119 0.225 0.408 0.164 315 T 0.085 0.012 0.066 0.250 0.372 0.215 316 S 0.172 0.009 0.033 0.316 0.217 0.254 317 A 0.397 0.009 0.009 0.491 0.043 0.050 318 L 0.381 0.003 0.005 0.579 0.019 0.014 319 V 0.348 0.002 0.003 0.632 0.006 0.008 320 S 0.229 0.001 0.003 0.749 0.007 0.011 321 A 0.088 0.001 0.006 0.871 0.012 0.023 322 G 0.052 0.001 0.015 0.889 0.018 0.025 323 W 0.041 0.002 0.035 0.869 0.030 0.022 324 L 0.031 0.003 0.040 0.872 0.036 0.019 325 K 0.046 0.009 0.044 0.684 0.125 0.092 326 Q 0.023 0.011 0.039 0.457 0.227 0.243 327 G 0.008 0.008 0.018 0.035 0.590 0.341 328 K 0.003 0.004 0.083 0.033 0.665 0.213 329 G 0.006 0.005 0.054 0.013 0.712 0.210 330 A 0.014 0.010 0.067 0.026 0.669 0.213 331 G 0.041 0.013 0.039 0.057 0.406 0.445 332 K 0.147 0.035 0.048 0.092 0.321 0.357 333 V 0.257 0.053 0.044 0.099 0.241 0.306 334 E 0.296 0.060 0.038 0.196 0.155 0.255 335 Q 0.228 0.017 0.061 0.206 0.209 0.279 336 T 0.163 0.021 0.068 0.161 0.229 0.358 337 A 0.104 0.025 0.050 0.202 0.175 0.445 338 S 0.054 0.019 0.014 0.094 0.124 0.697 339 M 0.012 0.002 0.001 0.005 0.038 0.942