# TARGET T0403 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0403.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 539 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.008 0.022 0.025 0.245 0.660 2 G 0.118 0.036 0.051 0.030 0.273 0.493 3 R 0.195 0.049 0.082 0.021 0.307 0.346 4 D 0.221 0.029 0.047 0.012 0.408 0.282 5 L 0.211 0.032 0.022 0.008 0.513 0.213 6 Q 0.166 0.009 0.019 0.013 0.520 0.274 7 V 0.385 0.009 0.012 0.015 0.373 0.205 8 T 0.760 0.030 0.005 0.010 0.108 0.088 9 L 0.902 0.009 0.002 0.008 0.038 0.041 10 Y 0.903 0.002 0.003 0.010 0.043 0.039 11 G 0.915 0.003 0.002 0.007 0.038 0.035 12 T 0.902 0.009 0.001 0.005 0.049 0.034 13 I 0.762 0.011 0.002 0.009 0.104 0.112 14 K 0.523 0.009 0.013 0.017 0.256 0.181 15 A 0.391 0.009 0.046 0.031 0.325 0.198 16 G 0.511 0.007 0.043 0.030 0.257 0.151 17 V 0.713 0.012 0.019 0.024 0.118 0.115 18 E 0.747 0.010 0.013 0.025 0.089 0.115 19 V 0.693 0.023 0.013 0.029 0.101 0.141 20 S 0.533 0.016 0.015 0.031 0.200 0.205 21 R 0.266 0.021 0.019 0.031 0.337 0.325 22 V 0.146 0.034 0.020 0.024 0.489 0.286 23 K 0.120 0.028 0.034 0.029 0.511 0.278 24 D 0.093 0.022 0.047 0.031 0.536 0.272 25 A 0.102 0.035 0.055 0.032 0.500 0.277 26 G 0.120 0.039 0.058 0.039 0.402 0.342 27 T 0.114 0.034 0.058 0.042 0.446 0.306 28 Y 0.122 0.039 0.064 0.048 0.453 0.273 29 K 0.134 0.034 0.059 0.048 0.460 0.265 30 A 0.160 0.025 0.059 0.041 0.486 0.229 31 Q 0.155 0.015 0.049 0.037 0.495 0.248 32 G 0.171 0.014 0.044 0.027 0.503 0.242 33 G 0.227 0.018 0.030 0.018 0.428 0.279 34 K 0.386 0.014 0.020 0.013 0.248 0.318 35 S 0.644 0.019 0.014 0.013 0.110 0.200 36 K 0.779 0.013 0.008 0.010 0.063 0.128 37 T 0.801 0.010 0.009 0.012 0.057 0.111 38 A 0.779 0.011 0.010 0.015 0.070 0.115 39 T 0.686 0.013 0.013 0.021 0.130 0.138 40 Q 0.578 0.012 0.022 0.030 0.198 0.159 41 I 0.429 0.023 0.050 0.038 0.299 0.162 42 A 0.326 0.023 0.057 0.040 0.377 0.177 43 D 0.248 0.019 0.058 0.045 0.431 0.199 44 F 0.216 0.029 0.047 0.041 0.467 0.200 45 G 0.213 0.016 0.069 0.039 0.495 0.168 46 S 0.266 0.013 0.089 0.046 0.397 0.191 47 K 0.393 0.016 0.072 0.041 0.319 0.159 48 I 0.409 0.011 0.057 0.040 0.270 0.212 49 G 0.397 0.009 0.011 0.012 0.211 0.359 50 F 0.584 0.037 0.005 0.005 0.089 0.281 51 K 0.538 0.008 0.002 0.006 0.080 0.366 52 G 0.654 0.021 0.004 0.006 0.092 0.223 53 Q 0.480 0.047 0.007 0.008 0.249 0.209 54 E 0.346 0.025 0.015 0.013 0.343 0.257 55 D 0.195 0.020 0.021 0.006 0.564 0.195 56 L 0.106 0.019 0.025 0.007 0.652 0.191 57 G 0.075 0.016 0.031 0.012 0.684 0.182 58 N 0.041 0.006 0.026 0.010 0.689 0.228 59 G 0.145 0.010 0.011 0.004 0.471 0.360 60 M 0.609 0.021 0.004 0.001 0.147 0.218 61 K 0.943 0.003 0.001 0.001 0.015 0.038 62 A 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 63 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 64 W 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 65 Q 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 66 L 0.950 0.002 0.001 0.001 0.020 0.027 67 E 0.879 0.007 0.006 0.002 0.061 0.046 68 Q 0.474 0.010 0.030 0.015 0.211 0.260 69 K 0.333 0.006 0.004 0.003 0.225 0.429 70 A 0.359 0.053 0.005 0.002 0.126 0.455 71 S 0.420 0.065 0.012 0.004 0.276 0.223 72 I 0.231 0.072 0.066 0.017 0.438 0.176 73 A 0.047 0.011 0.068 0.014 0.686 0.173 74 G 0.041 0.013 0.052 0.018 0.750 0.127 75 T 0.058 0.020 0.032 0.021 0.577 0.292 76 N 0.053 0.029 0.031 0.019 0.568 0.299 77 S 0.084 0.019 0.033 0.020 0.544 0.301 78 G 0.160 0.021 0.046 0.031 0.420 0.323 79 W 0.344 0.034 0.092 0.041 0.319 0.169 80 G 0.379 0.025 0.079 0.033 0.319 0.165 81 N 0.456 0.011 0.036 0.018 0.258 0.222 82 R 0.648 0.012 0.018 0.010 0.139 0.173 83 Q 0.748 0.014 0.012 0.009 0.096 0.121 84 S 0.814 0.010 0.011 0.011 0.071 0.083 85 F 0.845 0.008 0.008 0.010 0.060 0.070 86 I 0.849 0.010 0.007 0.009 0.053 0.071 87 G 0.783 0.008 0.008 0.011 0.099 0.091 88 L 0.532 0.016 0.020 0.020 0.216 0.197 89 K 0.273 0.026 0.021 0.013 0.381 0.287 90 G 0.112 0.014 0.024 0.010 0.585 0.255 91 G 0.092 0.010 0.017 0.007 0.495 0.379 92 F 0.222 0.029 0.020 0.009 0.402 0.318 93 G 0.432 0.009 0.013 0.010 0.277 0.259 94 T 0.835 0.010 0.003 0.005 0.052 0.095 95 V 0.888 0.009 0.003 0.007 0.032 0.062 96 R 0.870 0.009 0.003 0.009 0.059 0.050 97 A 0.774 0.006 0.005 0.013 0.114 0.088 98 G 0.447 0.005 0.007 0.013 0.310 0.218 99 N 0.476 0.022 0.009 0.010 0.300 0.182 100 L 0.558 0.044 0.009 0.019 0.186 0.184 101 N 0.395 0.036 0.013 0.049 0.227 0.280 102 T 0.160 0.020 0.015 0.092 0.373 0.340 103 V 0.092 0.009 0.087 0.406 0.269 0.136 104 L 0.104 0.010 0.122 0.480 0.202 0.082 105 K 0.109 0.007 0.232 0.424 0.175 0.052 106 D 0.127 0.010 0.217 0.392 0.172 0.081 107 S 0.103 0.009 0.128 0.497 0.152 0.111 108 G 0.103 0.015 0.115 0.334 0.226 0.208 109 D 0.119 0.011 0.083 0.191 0.275 0.321 110 N 0.152 0.022 0.045 0.160 0.271 0.350 111 V 0.129 0.056 0.023 0.111 0.241 0.440 112 N 0.076 0.030 0.018 0.050 0.522 0.304 113 A 0.034 0.010 0.128 0.106 0.575 0.147 114 W 0.024 0.009 0.191 0.083 0.603 0.090 115 E 0.043 0.021 0.191 0.068 0.601 0.076 116 S 0.073 0.028 0.117 0.097 0.443 0.241 117 G 0.057 0.025 0.115 0.115 0.436 0.251 118 S 0.070 0.022 0.119 0.109 0.466 0.215 119 N 0.082 0.023 0.107 0.115 0.386 0.287 120 T 0.118 0.029 0.078 0.103 0.357 0.316 121 E 0.149 0.033 0.059 0.108 0.320 0.330 122 D 0.141 0.031 0.037 0.076 0.356 0.359 123 V 0.136 0.023 0.075 0.128 0.392 0.245 124 L 0.115 0.022 0.084 0.132 0.418 0.229 125 G 0.140 0.022 0.103 0.172 0.395 0.167 126 L 0.131 0.021 0.102 0.197 0.361 0.188 127 G 0.119 0.020 0.096 0.169 0.387 0.209 128 T 0.122 0.020 0.082 0.153 0.425 0.197 129 I 0.123 0.023 0.070 0.139 0.398 0.248 130 G 0.108 0.017 0.047 0.091 0.426 0.311 131 R 0.107 0.021 0.056 0.082 0.427 0.308 132 V 0.165 0.019 0.076 0.065 0.392 0.283 133 E 0.292 0.027 0.084 0.052 0.298 0.246 134 S 0.410 0.032 0.056 0.035 0.255 0.212 135 R 0.448 0.035 0.036 0.028 0.272 0.181 136 E 0.283 0.007 0.019 0.016 0.397 0.279 137 I 0.388 0.007 0.016 0.017 0.313 0.260 138 S 0.772 0.011 0.005 0.014 0.087 0.112 139 V 0.925 0.008 0.001 0.005 0.018 0.042 140 R 0.928 0.003 0.001 0.004 0.018 0.047 141 Y 0.897 0.008 0.003 0.004 0.030 0.059 142 D 0.716 0.010 0.003 0.007 0.074 0.189 143 S 0.456 0.006 0.007 0.008 0.245 0.278 144 P 0.369 0.012 0.017 0.012 0.324 0.266 145 V 0.399 0.044 0.034 0.027 0.377 0.119 146 F 0.403 0.018 0.046 0.033 0.430 0.071 147 A 0.212 0.004 0.027 0.022 0.630 0.105 148 G 0.468 0.010 0.016 0.010 0.383 0.112 149 F 0.838 0.009 0.003 0.003 0.075 0.072 150 S 0.953 0.003 0.001 0.001 0.014 0.028 151 G 0.971 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 152 S 0.981 0.002 0.001 0.001 0.005 0.011 153 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 154 Q 0.972 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 155 Y 0.947 0.006 0.001 0.001 0.013 0.033 156 V 0.838 0.015 0.002 0.002 0.089 0.054 157 P 0.502 0.021 0.008 0.005 0.321 0.143 158 R 0.116 0.007 0.014 0.006 0.660 0.197 159 D 0.112 0.045 0.029 0.008 0.635 0.171 160 N 0.119 0.038 0.042 0.023 0.475 0.303 161 A 0.100 0.033 0.077 0.037 0.483 0.271 162 N 0.074 0.024 0.057 0.043 0.480 0.322 163 D 0.075 0.041 0.054 0.054 0.461 0.314 164 V 0.076 0.043 0.044 0.068 0.417 0.353 165 D 0.068 0.027 0.046 0.065 0.524 0.270 166 K 0.064 0.014 0.047 0.054 0.577 0.244 167 Y 0.096 0.015 0.057 0.039 0.600 0.192 168 K 0.183 0.009 0.031 0.013 0.542 0.221 169 H 0.501 0.015 0.014 0.004 0.236 0.230 170 T 0.820 0.012 0.004 0.001 0.064 0.099 171 K 0.912 0.003 0.002 0.001 0.022 0.059 172 S 0.954 0.003 0.001 0.001 0.011 0.030 173 S 0.947 0.002 0.001 0.001 0.014 0.035 174 R 0.953 0.001 0.001 0.001 0.015 0.028 175 E 0.945 0.003 0.002 0.002 0.020 0.029 176 S 0.915 0.005 0.005 0.004 0.038 0.033 177 Y 0.858 0.006 0.015 0.008 0.070 0.043 178 H 0.720 0.013 0.020 0.020 0.147 0.080 179 A 0.433 0.014 0.022 0.050 0.293 0.189 180 G 0.130 0.008 0.009 0.046 0.455 0.352 181 L 0.140 0.007 0.023 0.112 0.413 0.304 182 K 0.376 0.012 0.027 0.172 0.231 0.182 183 Y 0.619 0.013 0.023 0.198 0.074 0.073 184 E 0.792 0.006 0.011 0.131 0.024 0.037 185 N 0.794 0.003 0.011 0.145 0.018 0.030 186 A 0.859 0.003 0.008 0.103 0.012 0.015 187 G 0.806 0.002 0.010 0.138 0.022 0.022 188 F 0.796 0.002 0.012 0.127 0.033 0.029 189 F 0.733 0.008 0.017 0.146 0.051 0.044 190 G 0.659 0.015 0.019 0.138 0.102 0.066 191 Q 0.484 0.018 0.020 0.152 0.192 0.134 192 Y 0.250 0.025 0.021 0.118 0.307 0.278 193 A 0.164 0.020 0.024 0.063 0.444 0.286 194 G 0.119 0.025 0.047 0.087 0.422 0.302 195 S 0.114 0.031 0.065 0.082 0.430 0.277 196 F 0.115 0.028 0.080 0.089 0.434 0.254 197 A 0.119 0.027 0.071 0.095 0.357 0.333 198 K 0.129 0.028 0.078 0.096 0.345 0.323 199 Y 0.123 0.026 0.071 0.094 0.357 0.328 200 A 0.124 0.023 0.067 0.081 0.368 0.337 201 D 0.132 0.024 0.073 0.102 0.387 0.283 202 L 0.134 0.023 0.078 0.111 0.361 0.293 203 N 0.143 0.020 0.075 0.104 0.388 0.270 204 T 0.145 0.023 0.082 0.117 0.371 0.262 205 D 0.154 0.026 0.075 0.104 0.379 0.262 206 A 0.144 0.021 0.087 0.109 0.396 0.243 207 E 0.155 0.024 0.073 0.098 0.373 0.278 208 R 0.183 0.028 0.066 0.097 0.332 0.294 209 V 0.182 0.024 0.052 0.101 0.323 0.318 210 A 0.209 0.032 0.054 0.098 0.330 0.277 211 V 0.227 0.028 0.066 0.118 0.335 0.226 212 N 0.202 0.017 0.079 0.127 0.356 0.218 213 T 0.162 0.015 0.064 0.111 0.396 0.251 214 A 0.164 0.015 0.050 0.083 0.413 0.275 215 N 0.178 0.016 0.041 0.078 0.376 0.311 216 A 0.196 0.032 0.042 0.078 0.363 0.288 217 H 0.222 0.031 0.041 0.070 0.338 0.298 218 P 0.188 0.016 0.034 0.075 0.330 0.357 219 V 0.186 0.011 0.098 0.165 0.364 0.175 220 K 0.221 0.010 0.090 0.171 0.348 0.161 221 D 0.388 0.010 0.083 0.107 0.287 0.125 222 Y 0.588 0.006 0.037 0.067 0.190 0.110 223 Q 0.798 0.006 0.013 0.025 0.077 0.081 224 V 0.928 0.003 0.004 0.009 0.026 0.030 225 H 0.945 0.002 0.002 0.008 0.018 0.025 226 R 0.969 0.002 0.001 0.003 0.009 0.016 227 V 0.954 0.001 0.001 0.004 0.013 0.027 228 V 0.937 0.001 0.001 0.006 0.018 0.036 229 A 0.946 0.002 0.002 0.007 0.016 0.027 230 G 0.932 0.004 0.005 0.010 0.027 0.022 231 Y 0.908 0.003 0.008 0.011 0.040 0.030 232 D 0.862 0.009 0.009 0.017 0.068 0.034 233 A 0.652 0.008 0.015 0.035 0.197 0.093 234 N 0.180 0.005 0.010 0.028 0.521 0.256 235 D 0.272 0.007 0.034 0.055 0.433 0.198 236 L 0.751 0.005 0.008 0.032 0.102 0.102 237 Y 0.905 0.005 0.004 0.032 0.021 0.033 238 V 0.956 0.002 0.002 0.017 0.008 0.015 239 S 0.960 0.002 0.002 0.018 0.007 0.010 240 V 0.960 0.001 0.003 0.017 0.009 0.011 241 A 0.923 0.001 0.004 0.032 0.020 0.020 242 G 0.898 0.003 0.005 0.038 0.028 0.029 243 Q 0.816 0.005 0.008 0.061 0.054 0.056 244 Y 0.774 0.012 0.010 0.053 0.073 0.077 245 E 0.657 0.012 0.015 0.059 0.125 0.133 246 A 0.501 0.018 0.021 0.090 0.189 0.181 247 A 0.437 0.019 0.022 0.082 0.227 0.213 248 K 0.277 0.025 0.023 0.074 0.310 0.292 249 N 0.169 0.019 0.031 0.067 0.409 0.305 250 N 0.131 0.023 0.050 0.075 0.433 0.290 251 E 0.121 0.023 0.071 0.086 0.441 0.258 252 V 0.115 0.021 0.078 0.086 0.444 0.255 253 G 0.113 0.024 0.067 0.076 0.431 0.289 254 S 0.123 0.028 0.079 0.071 0.458 0.240 255 I 0.139 0.021 0.082 0.065 0.467 0.226 256 K 0.140 0.016 0.075 0.054 0.478 0.237 257 G 0.151 0.017 0.047 0.036 0.471 0.278 258 K 0.161 0.016 0.037 0.045 0.399 0.341 259 K 0.258 0.018 0.028 0.035 0.344 0.318 260 H 0.377 0.023 0.028 0.041 0.261 0.271 261 E 0.557 0.029 0.020 0.020 0.209 0.165 262 Q 0.621 0.010 0.017 0.009 0.232 0.112 263 T 0.615 0.008 0.010 0.003 0.229 0.135 264 Q 0.825 0.005 0.005 0.001 0.087 0.078 265 V 0.944 0.002 0.001 0.001 0.020 0.033 266 A 0.980 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 267 A 0.979 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 268 T 0.975 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 269 A 0.970 0.001 0.001 0.001 0.008 0.020 270 A 0.967 0.002 0.001 0.001 0.011 0.017 271 Y 0.942 0.004 0.003 0.002 0.018 0.031 272 R 0.802 0.016 0.004 0.009 0.072 0.097 273 F 0.572 0.023 0.006 0.016 0.132 0.252 274 G 0.177 0.011 0.005 0.016 0.279 0.512 275 N 0.084 0.010 0.056 0.321 0.341 0.188 276 V 0.122 0.004 0.072 0.433 0.285 0.083 277 T 0.189 0.008 0.060 0.482 0.203 0.057 278 P 0.324 0.011 0.037 0.430 0.125 0.072 279 R 0.335 0.010 0.026 0.471 0.091 0.067 280 V 0.514 0.006 0.019 0.349 0.068 0.043 281 S 0.509 0.003 0.015 0.328 0.074 0.071 282 Y 0.613 0.006 0.016 0.263 0.053 0.050 283 A 0.699 0.005 0.015 0.182 0.048 0.051 284 H 0.743 0.005 0.012 0.121 0.059 0.060 285 G 0.748 0.009 0.007 0.067 0.081 0.087 286 F 0.583 0.015 0.009 0.094 0.127 0.172 287 K 0.455 0.015 0.014 0.087 0.207 0.224 288 A 0.308 0.015 0.025 0.088 0.295 0.269 289 K 0.281 0.026 0.029 0.059 0.355 0.250 290 V 0.309 0.025 0.037 0.062 0.368 0.199 291 N 0.211 0.019 0.030 0.045 0.439 0.255 292 G 0.182 0.022 0.035 0.033 0.483 0.245 293 V 0.199 0.036 0.037 0.038 0.426 0.264 294 K 0.140 0.047 0.046 0.032 0.440 0.294 295 D 0.082 0.029 0.052 0.028 0.565 0.244 296 A 0.062 0.022 0.060 0.036 0.485 0.334 297 N 0.077 0.020 0.068 0.042 0.519 0.273 298 Y 0.086 0.014 0.054 0.067 0.461 0.316 299 Q 0.215 0.022 0.024 0.033 0.329 0.377 300 Y 0.482 0.016 0.016 0.015 0.246 0.225 301 D 0.677 0.008 0.009 0.006 0.146 0.154 302 Q 0.936 0.003 0.002 0.002 0.023 0.034 303 V 0.972 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 304 I 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 305 V 0.972 0.002 0.001 0.002 0.008 0.017 306 G 0.929 0.003 0.002 0.003 0.024 0.039 307 A 0.829 0.003 0.010 0.007 0.068 0.083 308 D 0.815 0.008 0.017 0.009 0.080 0.071 309 Y 0.822 0.009 0.031 0.015 0.075 0.047 310 D 0.800 0.020 0.028 0.014 0.082 0.056 311 F 0.598 0.015 0.079 0.030 0.214 0.063 312 S 0.301 0.008 0.064 0.062 0.473 0.092 313 K 0.164 0.007 0.047 0.231 0.448 0.103 314 R 0.242 0.006 0.018 0.202 0.394 0.138 315 T 0.397 0.011 0.009 0.214 0.200 0.169 316 S 0.644 0.014 0.011 0.157 0.065 0.109 317 A 0.824 0.003 0.007 0.078 0.023 0.065 318 L 0.938 0.003 0.004 0.033 0.006 0.015 319 V 0.973 0.001 0.001 0.013 0.002 0.009 320 S 0.984 0.001 0.001 0.009 0.002 0.004 321 A 0.956 0.001 0.005 0.024 0.005 0.009 322 G 0.943 0.001 0.005 0.027 0.010 0.014 323 W 0.923 0.003 0.007 0.033 0.017 0.018 324 L 0.892 0.007 0.007 0.032 0.033 0.030 325 K 0.758 0.016 0.008 0.041 0.137 0.040 326 Q 0.450 0.011 0.013 0.045 0.371 0.109 327 G 0.114 0.010 0.012 0.021 0.743 0.100 328 K 0.053 0.006 0.021 0.012 0.809 0.099 329 G 0.131 0.029 0.023 0.009 0.576 0.232 330 A 0.200 0.038 0.035 0.009 0.542 0.176 331 G 0.158 0.006 0.034 0.011 0.454 0.337 332 K 0.404 0.037 0.032 0.011 0.305 0.211 333 V 0.512 0.034 0.019 0.009 0.179 0.246 334 E 0.655 0.011 0.008 0.009 0.075 0.242 335 Q 0.793 0.011 0.004 0.005 0.039 0.148 336 T 0.709 0.016 0.004 0.008 0.046 0.218 337 A 0.507 0.023 0.005 0.007 0.058 0.401 338 S 0.164 0.017 0.004 0.007 0.069 0.739 339 M 0.005 0.002 0.002 0.004 0.050 0.937