This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA G A 3 3 NATAA R A 4 4 NATAA D A 5 5 NATAA L A 6 6 NATAA Q A 7 7 NATAA V A 8 8 NATAA T A 9 9 NATAA L A 10 10 NATAA Y A 11 11 NATAA G A 12 12 NATAA T A 13 13 NATAA I A 14 14 NATAA K A 15 15 NATAA A A 16 16 NATAA G A 17 17 NATAA V A 18 18 NATAA E A 19 19 NATAA V A 20 20 NATAA S A 21 21 NATAA R A 22 22 NATAA V A 23 23 NATAA K A 24 24 NATAA D A 25 25 NATAA A A 26 26 NATAA G A 27 27 NATAA T A 28 28 NATAA Y A 29 29 NATAA K A 30 30 NATAA A A 31 31 NATAA Q A 32 32 NATAA G A 33 33 NATAA G A 34 34 NATAA K A 35 35 NATAA S A 36 36 NATAA K A 37 37 NATAA T A 38 38 NATAA A A 39 39 NATAA T A 40 40 NATAA Q A 41 41 NATAA I A 42 42 NATAA A A 43 43 NATAA D A 44 44 NATAA F A 45 45 NATAA G A 46 46 NATAA S A 47 47 NATAA K A 48 48 NATAA I A 49 49 NATAA G A 50 50 NATAA F A 51 51 NATAA K A 52 52 NATAA G A 53 53 NATAA Q A 54 54 NATAA E A 55 55 NATAA D A 56 56 NATAA L A 57 57 NATAA G A 58 58 NATAA N A 59 59 NATAA G A 60 60 NATAA M A 61 61 NATAA K A 62 62 NATAA A A 63 63 NATAA I A 64 64 NATAA W A 65 65 NATAA Q A 66 66 NATAA L A 67 67 NATAA E A 68 68 NATAA Q A 69 69 NATAA K A 70 70 NATAA A A 71 71 NATAA S A 72 72 NATAA I A 73 73 NATAA A A 74 74 NATAA G A 75 75 NATAA T A 76 76 NATAA N A 77 77 NATAA S A 78 78 NATAA G A 79 79 NATAA W A 80 80 NATAA G A 81 81 NATAA N A 82 82 NATAA R A 83 83 NATAA Q A 84 84 NATAA S A 85 85 NATAA F A 86 86 NATAA I A 87 87 NATAA G A 88 88 NATAA L A 89 89 NATAA K A 90 90 NATAA G A 91 91 NATAA G A 92 92 NATAA F A 93 93 NATAA G A 94 94 NATAA T A 95 95 NATAA V A 96 96 NATAA R A 97 97 NATAA A A 98 98 NATAA G A 99 99 NATAA N A 100 100 NATAA L A 101 101 NATAA N A 102 102 NATAA T A 103 103 NATAA V A 104 104 NATAA L A 105 105 NATAA K A 106 106 NATAA D A 107 107 NATAA S A 108 108 NATAA G A 109 109 NATAA D A 110 110 NATAA N A 111 111 NATAA V A 112 112 NATAA N A 113 113 NATAA A A 114 114 NATAA W A 115 115 NATAA E A 116 116 NATAA S A 117 117 NATAA G A 118 118 NATAA S A 119 119 NATAA N A 120 120 NATAA T A 121 121 NATAA E A 122 122 NATAA D A 123 123 NATAA V A 124 124 NATAA L A 125 125 NATAA G A 126 126 NATAA L A 127 127 NATAA G A 128 128 NATAA T A 129 129 NATAA I A 130 130 NATAA G A 131 131 NATAA R A 132 132 NATAA V A 133 133 NATAA E A 134 134 NATAA S A 135 135 NATAA R A 136 136 NATAA E A 137 137 NATAA I A 138 138 NATAA S A 139 139 NATAA V A 140 140 NATAA R A 141 141 NATAA Y A 142 142 NATAA D A 143 143 NATAA S A 144 144 NATRO P A 145 145 NATAA V A 146 146 NATAA F A 147 147 NATAA A A 148 148 NATAA G A 149 149 NATAA F A 150 150 NATAA S A 151 151 NATAA G A 152 152 NATAA S A 153 153 NATAA V A 154 154 NATAA Q A 155 155 NATAA Y A 156 156 NATAA V A 157 157 NATRO P A 158 158 NATAA R A 159 159 NATAA D A 160 160 NATAA N A 161 161 NATAA A A 162 162 NATAA N A 163 163 NATAA D A 164 164 NATAA V A 165 165 NATAA D A 166 166 NATAA K A 167 167 NATAA Y A 168 168 NATAA K A 169 169 NATAA H A 170 170 NATAA T A 171 171 NATAA K A 172 172 NATAA S A 173 173 NATAA S A 174 174 NATAA R A 175 175 NATAA E A 176 176 NATAA S A 177 177 NATAA Y A 178 178 NATAA H A 179 179 NATAA A A 180 180 NATAA G A 181 181 NATAA L A 182 182 NATAA K A 183 183 NATAA Y A 184 184 NATAA E A 185 185 NATAA N A 186 186 NATAA A A 187 187 NATAA G A 188 188 NATAA F A 189 189 NATAA F A 190 190 NATAA G A 191 191 NATAA Q A 192 192 NATAA Y A 193 193 NATAA A A 194 194 NATAA G A 195 195 NATAA S A 196 196 NATAA F A 197 197 NATAA A A 198 198 NATAA K A 199 199 NATAA Y A 200 200 NATAA A A 201 201 NATAA D A 202 202 NATAA L A 203 203 NATAA N A 204 204 NATAA T A 205 205 NATAA D A 206 206 NATAA A A 207 207 NATAA E A 208 208 NATAA R A 209 209 NATAA V A 210 210 NATAA A A 211 211 NATAA V A 212 212 NATAA N A 213 213 NATAA T A 214 214 NATAA A A 215 215 NATAA N A 216 216 NATAA A A 217 217 NATAA H A 218 218 NATRO P A 219 219 NATAA V A 220 220 NATAA K A 221 221 NATAA D A 222 222 NATAA Y A 223 223 NATAA Q A 224 224 NATAA V A 225 225 NATAA H A 226 226 NATAA R A 227 227 NATAA V A 228 228 NATAA V A 229 229 NATAA A A 230 230 NATAA G A 231 231 NATAA Y A 232 232 NATAA D A 233 233 NATAA A A 234 234 NATAA N A 235 235 NATAA D A 236 236 NATAA L A 237 237 NATAA Y A 238 238 NATAA V A 239 239 NATAA S A 240 240 NATAA V A 241 241 NATAA A A 242 242 NATAA G A 243 243 NATAA Q A 244 244 NATAA Y A 245 245 NATAA E A 246 246 NATAA A A 247 247 NATAA A A 248 248 NATAA K A 249 249 NATAA N A 250 250 NATAA N A 251 251 NATAA E A 252 252 NATAA V A 253 253 NATAA G A 254 254 NATAA S A 255 255 NATAA I A 256 256 NATAA K A 257 257 NATAA G A 258 258 NATAA K A 259 259 NATAA K A 260 260 NATAA H A 261 261 NATAA E A 262 262 NATAA Q A 263 263 NATAA T A 264 264 NATAA Q A 265 265 NATAA V A 266 266 NATAA A A 267 267 NATAA A A 268 268 NATAA T A 269 269 NATAA A A 270 270 NATAA A A 271 271 NATAA Y A 272 272 NATAA R A 273 273 NATAA F A 274 274 NATAA G A 275 275 NATAA N A 276 276 NATAA V A 277 277 NATAA T A 278 278 NATRO P A 279 279 NATAA R A 280 280 NATAA V A 281 281 NATAA S A 282 282 NATAA Y A 283 283 NATAA A A 284 284 NATAA H A 285 285 NATAA G A 286 286 NATAA F A 287 287 NATAA K A 288 288 NATAA A A 289 289 NATAA K A 290 290 NATAA V A 291 291 NATAA N A 292 292 NATAA G A 293 293 NATAA V A 294 294 NATAA K A 295 295 NATAA D A 296 296 NATAA A A 297 297 NATAA N A 298 298 NATAA Y A 299 299 NATAA Q A 300 300 NATAA Y A 301 301 NATAA D A 302 302 NATAA Q A 303 303 NATAA V A 304 304 NATAA I A 305 305 NATAA V A 306 306 NATAA G A 307 307 NATAA A A 308 308 NATAA D A 309 309 NATAA Y A 310 310 NATAA D A 311 311 NATAA F A 312 312 NATAA S A 313 313 NATAA K A 314 314 NATAA R A 315 315 NATAA T A 316 316 NATAA S A 317 317 NATAA A A 318 318 NATAA L A 319 319 NATAA V A 320 320 NATAA S A 321 321 NATAA A A 322 322 NATAA G A 323 323 NATAA W A 324 324 NATAA L A 325 325 NATAA K A 326 326 NATAA Q A 327 327 NATAA G A 328 328 NATAA K A 329 329 NATAA G A 330 330 NATAA A A 331 331 NATAA G A 332 332 NATAA K A 333 333 NATAA V A 334 334 NATAA E A 335 335 NATAA Q A 336 336 NATAA T A 337 337 NATAA A A 338 338 NATAA S A 339 339 NATAA M