# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.100 0.010 0.256 0.017 0.013 0.056 0.023 0.007 0.068 0.044 0.023 0.088 0.296 2 E 0.137 0.011 0.136 0.050 0.014 0.076 0.025 0.008 0.042 0.035 0.013 0.336 0.117 3 V 0.100 0.006 0.084 0.006 0.035 0.171 0.022 0.009 0.052 0.014 0.028 0.107 0.365 4 I 0.097 0.011 0.141 0.023 0.030 0.228 0.026 0.012 0.059 0.024 0.056 0.097 0.197 5 E 0.063 0.008 0.164 0.028 0.040 0.368 0.008 0.005 0.030 0.047 0.053 0.106 0.080 6 S 0.021 0.007 0.159 0.009 0.078 0.412 0.005 0.002 0.026 0.053 0.108 0.024 0.097 7 K 0.009 0.009 0.133 0.008 0.076 0.451 0.003 0.002 0.014 0.062 0.156 0.047 0.032 8 W 0.007 0.010 0.170 0.005 0.075 0.461 0.002 0.001 0.014 0.054 0.136 0.021 0.045 9 Y 0.008 0.018 0.197 0.006 0.114 0.311 0.002 0.002 0.017 0.071 0.174 0.035 0.045 10 K 0.005 0.016 0.197 0.003 0.100 0.241 0.002 0.001 0.013 0.084 0.288 0.017 0.032 11 K 0.002 0.016 0.355 0.003 0.046 0.159 0.001 0.001 0.007 0.191 0.195 0.009 0.015 12 D 0.001 0.010 0.503 0.002 0.034 0.073 0.001 0.001 0.007 0.204 0.158 0.005 0.004 13 G 0.001 0.010 0.227 0.001 0.077 0.132 0.001 0.001 0.003 0.109 0.435 0.001 0.004 14 A 0.001 0.023 0.242 0.001 0.069 0.173 0.001 0.001 0.003 0.180 0.302 0.003 0.002 15 S 0.001 0.014 0.492 0.001 0.050 0.164 0.001 0.001 0.005 0.167 0.103 0.001 0.002 16 S 0.001 0.003 0.057 0.001 0.073 0.768 0.001 0.001 0.001 0.052 0.045 0.001 0.001 17 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.047 0.893 0.001 0.001 0.001 0.015 0.032 0.001 0.001 18 S 0.001 0.004 0.028 0.001 0.080 0.823 0.001 0.001 0.001 0.018 0.044 0.001 0.001 19 I 0.001 0.001 0.007 0.001 0.008 0.975 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 20 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 21 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 22 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 23 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.017 0.943 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.002 26 L 0.002 0.002 0.060 0.002 0.024 0.591 0.001 0.001 0.008 0.029 0.274 0.008 0.002 27 N 0.001 0.003 0.142 0.004 0.005 0.049 0.001 0.001 0.010 0.114 0.652 0.003 0.015 28 T 0.002 0.012 0.737 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 0.023 0.097 0.031 0.057 0.014 29 T 0.003 0.116 0.483 0.003 0.010 0.020 0.003 0.003 0.063 0.114 0.046 0.015 0.121 30 L 0.001 0.016 0.700 0.004 0.011 0.017 0.001 0.002 0.027 0.127 0.015 0.066 0.013 31 P 0.001 0.008 0.313 0.003 0.223 0.198 0.001 0.001 0.020 0.074 0.120 0.002 0.036 32 K 0.001 0.005 0.081 0.014 0.226 0.422 0.001 0.001 0.007 0.105 0.126 0.009 0.003 33 Q 0.002 0.013 0.048 0.002 0.284 0.451 0.001 0.001 0.002 0.060 0.103 0.012 0.022 34 Y 0.004 0.005 0.126 0.002 0.108 0.611 0.001 0.001 0.006 0.036 0.057 0.009 0.034 35 K 0.003 0.003 0.035 0.007 0.043 0.821 0.001 0.001 0.003 0.025 0.031 0.018 0.008 36 S 0.027 0.002 0.023 0.004 0.050 0.776 0.002 0.001 0.004 0.013 0.032 0.012 0.054 37 F 0.057 0.002 0.016 0.006 0.024 0.766 0.005 0.003 0.005 0.008 0.024 0.051 0.033 38 L 0.107 0.003 0.022 0.013 0.027 0.654 0.005 0.005 0.013 0.007 0.046 0.035 0.063 39 L 0.136 0.008 0.037 0.010 0.034 0.483 0.011 0.006 0.014 0.011 0.112 0.069 0.068 40 W 0.076 0.011 0.098 0.011 0.038 0.334 0.009 0.005 0.019 0.031 0.231 0.024 0.111 41 S 0.034 0.011 0.202 0.020 0.029 0.127 0.003 0.002 0.014 0.180 0.254 0.071 0.052 42 N 0.006 0.006 0.205 0.015 0.017 0.034 0.001 0.001 0.006 0.233 0.430 0.021 0.024 43 G 0.007 0.008 0.252 0.013 0.022 0.020 0.002 0.001 0.006 0.226 0.393 0.016 0.035 44 G 0.024 0.024 0.373 0.016 0.031 0.019 0.006 0.001 0.015 0.184 0.118 0.127 0.062 45 E 0.070 0.054 0.203 0.014 0.038 0.017 0.010 0.004 0.027 0.081 0.040 0.057 0.386 46 G 0.063 0.069 0.249 0.029 0.020 0.014 0.011 0.006 0.027 0.082 0.030 0.273 0.127 47 K 0.044 0.031 0.355 0.010 0.032 0.015 0.008 0.002 0.022 0.063 0.056 0.056 0.305 48 L 0.023 0.021 0.326 0.020 0.043 0.013 0.004 0.001 0.011 0.130 0.236 0.075 0.096 49 G 0.006 0.006 0.288 0.018 0.017 0.005 0.001 0.001 0.005 0.156 0.452 0.021 0.024 50 D 0.004 0.005 0.228 0.014 0.018 0.008 0.001 0.001 0.005 0.314 0.365 0.013 0.025 51 N 0.017 0.016 0.262 0.025 0.020 0.010 0.004 0.001 0.012 0.291 0.213 0.081 0.046 52 Y 0.118 0.028 0.210 0.019 0.015 0.009 0.022 0.007 0.043 0.076 0.031 0.126 0.296 53 I 0.288 0.022 0.106 0.029 0.006 0.009 0.075 0.034 0.062 0.021 0.007 0.141 0.199 54 Y 0.358 0.010 0.042 0.043 0.005 0.010 0.112 0.054 0.059 0.007 0.004 0.180 0.116 55 I 0.290 0.007 0.059 0.018 0.010 0.038 0.088 0.045 0.083 0.008 0.014 0.073 0.267 56 W 0.175 0.016 0.162 0.053 0.013 0.092 0.034 0.023 0.068 0.056 0.051 0.142 0.116 57 A 0.035 0.010 0.385 0.011 0.021 0.157 0.006 0.002 0.022 0.131 0.071 0.062 0.087 58 I 0.007 0.004 0.175 0.004 0.055 0.556 0.001 0.001 0.006 0.070 0.064 0.010 0.047 59 E 0.003 0.003 0.034 0.007 0.051 0.813 0.001 0.001 0.002 0.032 0.038 0.009 0.009 60 D 0.004 0.002 0.014 0.002 0.061 0.861 0.001 0.001 0.002 0.012 0.018 0.008 0.016 61 V 0.001 0.001 0.007 0.001 0.037 0.930 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.003 0.005 62 I 0.003 0.001 0.008 0.002 0.032 0.891 0.001 0.001 0.006 0.003 0.044 0.003 0.005 63 A 0.011 0.002 0.016 0.001 0.028 0.829 0.002 0.001 0.005 0.007 0.076 0.011 0.011 64 Y 0.010 0.006 0.043 0.001 0.017 0.730 0.001 0.001 0.004 0.033 0.123 0.009 0.021 65 N 0.002 0.006 0.447 0.004 0.009 0.314 0.001 0.001 0.004 0.091 0.104 0.010 0.008 66 H 0.001 0.001 0.072 0.001 0.049 0.675 0.001 0.001 0.001 0.039 0.157 0.001 0.004 67 D 0.001 0.002 0.076 0.001 0.086 0.589 0.001 0.001 0.002 0.037 0.203 0.001 0.002 68 Y 0.001 0.005 0.102 0.002 0.081 0.611 0.001 0.001 0.006 0.080 0.098 0.006 0.007 69 G 0.008 0.011 0.139 0.009 0.029 0.615 0.003 0.002 0.013 0.046 0.083 0.017 0.025 70 I 0.011 0.006 0.050 0.002 0.054 0.768 0.002 0.003 0.006 0.013 0.018 0.010 0.057 71 Q 0.014 0.003 0.037 0.019 0.083 0.742 0.001 0.002 0.007 0.011 0.028 0.035 0.018 72 K 0.016 0.002 0.027 0.002 0.102 0.700 0.001 0.001 0.007 0.006 0.079 0.015 0.043 73 Y 0.031 0.010 0.103 0.006 0.100 0.503 0.004 0.004 0.011 0.027 0.128 0.015 0.057 74 L 0.018 0.010 0.378 0.015 0.074 0.218 0.002 0.003 0.017 0.114 0.061 0.066 0.023 75 Q 0.005 0.003 0.244 0.013 0.071 0.085 0.001 0.001 0.012 0.154 0.380 0.006 0.026 76 K 0.002 0.001 0.143 0.013 0.013 0.013 0.001 0.002 0.012 0.220 0.569 0.007 0.004 77 E 0.014 0.005 0.442 0.010 0.013 0.007 0.016 0.045 0.164 0.173 0.049 0.023 0.037 78 Y 0.047 0.009 0.054 0.010 0.003 0.002 0.092 0.335 0.332 0.021 0.004 0.041 0.049 79 W 0.061 0.007 0.015 0.014 0.001 0.001 0.148 0.483 0.215 0.003 0.002 0.024 0.027 80 A 0.066 0.008 0.043 0.028 0.002 0.001 0.098 0.381 0.280 0.008 0.004 0.034 0.048 81 F 0.016 0.009 0.234 0.016 0.005 0.003 0.022 0.101 0.450 0.045 0.015 0.031 0.053 82 G 0.008 0.017 0.348 0.013 0.016 0.005 0.005 0.010 0.136 0.259 0.090 0.033 0.060 83 M 0.003 0.017 0.224 0.012 0.015 0.004 0.002 0.001 0.019 0.428 0.215 0.032 0.027 84 D 0.003 0.016 0.155 0.017 0.015 0.003 0.001 0.001 0.006 0.362 0.345 0.034 0.040 85 G 0.008 0.015 0.180 0.047 0.016 0.003 0.002 0.001 0.007 0.278 0.353 0.038 0.051 86 D 0.062 0.018 0.240 0.064 0.016 0.004 0.010 0.002 0.018 0.207 0.117 0.088 0.155 87 I 0.403 0.011 0.094 0.040 0.006 0.001 0.036 0.005 0.025 0.040 0.008 0.095 0.237 88 G 0.744 0.002 0.007 0.021 0.001 0.001 0.055 0.007 0.008 0.003 0.001 0.074 0.077 89 Y 0.868 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.050 0.003 0.001 0.001 0.001 0.039 0.032 90 I 0.919 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.039 91 L 0.852 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.042 92 H 0.525 0.002 0.019 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 0.004 0.004 0.052 0.373 93 L 0.111 0.013 0.230 0.019 0.010 0.003 0.004 0.001 0.011 0.157 0.062 0.215 0.164 94 S 0.010 0.008 0.315 0.015 0.016 0.003 0.001 0.001 0.005 0.288 0.248 0.039 0.050 95 D 0.002 0.004 0.168 0.007 0.022 0.003 0.001 0.001 0.002 0.239 0.532 0.009 0.012 96 N 0.003 0.009 0.183 0.017 0.027 0.004 0.001 0.001 0.004 0.347 0.366 0.018 0.020 97 S 0.012 0.017 0.468 0.011 0.020 0.003 0.003 0.001 0.023 0.213 0.058 0.088 0.083 98 I 0.053 0.027 0.299 0.029 0.013 0.003 0.020 0.010 0.089 0.067 0.014 0.066 0.309 99 Y 0.094 0.010 0.097 0.030 0.004 0.002 0.060 0.025 0.112 0.028 0.004 0.442 0.093 100 R 0.187 0.010 0.045 0.013 0.003 0.002 0.118 0.068 0.130 0.007 0.003 0.038 0.377 101 V 0.075 0.018 0.096 0.031 0.002 0.003 0.068 0.083 0.128 0.016 0.002 0.429 0.050 102 D 0.034 0.012 0.330 0.012 0.012 0.007 0.035 0.013 0.169 0.025 0.020 0.023 0.306 103 L 0.009 0.014 0.337 0.033 0.116 0.042 0.007 0.012 0.046 0.116 0.182 0.053 0.034 104 G 0.003 0.009 0.224 0.014 0.120 0.023 0.002 0.001 0.020 0.169 0.387 0.010 0.018 105 D 0.003 0.018 0.349 0.002 0.073 0.023 0.001 0.001 0.009 0.290 0.191 0.022 0.019 106 L 0.002 0.063 0.395 0.002 0.032 0.041 0.001 0.001 0.004 0.338 0.083 0.016 0.023 107 D 0.001 0.012 0.754 0.002 0.015 0.027 0.001 0.001 0.002 0.139 0.025 0.013 0.009 108 I 0.001 0.006 0.129 0.002 0.233 0.455 0.001 0.001 0.002 0.053 0.103 0.002 0.014 109 T 0.001 0.003 0.061 0.006 0.169 0.552 0.001 0.001 0.002 0.052 0.142 0.007 0.004 110 S 0.003 0.008 0.086 0.003 0.175 0.591 0.001 0.001 0.012 0.040 0.052 0.009 0.019 111 I 0.003 0.004 0.087 0.003 0.058 0.732 0.002 0.006 0.034 0.018 0.027 0.006 0.021 112 K 0.014 0.011 0.046 0.013 0.071 0.656 0.006 0.010 0.040 0.021 0.048 0.046 0.018 113 Y 0.011 0.007 0.060 0.002 0.064 0.624 0.011 0.014 0.048 0.012 0.102 0.011 0.033 114 I 0.009 0.015 0.136 0.007 0.026 0.491 0.007 0.021 0.042 0.042 0.181 0.009 0.014 115 A 0.001 0.006 0.389 0.002 0.025 0.344 0.001 0.002 0.009 0.113 0.094 0.009 0.004 116 P 0.001 0.003 0.076 0.001 0.050 0.562 0.001 0.001 0.001 0.084 0.220 0.001 0.002 117 S 0.001 0.005 0.156 0.001 0.036 0.477 0.001 0.001 0.001 0.108 0.214 0.001 0.001 118 F 0.001 0.001 0.035 0.001 0.049 0.880 0.001 0.001 0.001 0.024 0.010 0.001 0.001 119 D 0.001 0.001 0.005 0.001 0.063 0.921 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 120 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 121 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 122 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.021 0.920 0.001 0.001 0.002 0.004 0.039 0.001 0.001 123 G 0.001 0.001 0.014 0.001 0.029 0.819 0.001 0.001 0.001 0.012 0.121 0.001 0.002 124 K 0.001 0.001 0.022 0.001 0.020 0.628 0.001 0.001 0.001 0.031 0.291 0.002 0.002 125 A 0.001 0.003 0.121 0.002 0.028 0.517 0.001 0.001 0.006 0.054 0.256 0.005 0.005 126 I 0.006 0.012 0.241 0.005 0.036 0.397 0.003 0.004 0.022 0.073 0.159 0.018 0.025 127 Y 0.017 0.027 0.247 0.008 0.053 0.307 0.008 0.007 0.041 0.084 0.124 0.024 0.055 128 L 0.013 0.024 0.256 0.013 0.051 0.317 0.007 0.008 0.031 0.102 0.092 0.035 0.052 129 N 0.007 0.013 0.374 0.011 0.047 0.280 0.003 0.002 0.028 0.078 0.083 0.031 0.043 130 F 0.004 0.007 0.203 0.004 0.099 0.455 0.001 0.001 0.010 0.059 0.106 0.008 0.042 131 N 0.003 0.007 0.153 0.009 0.095 0.518 0.001 0.001 0.007 0.071 0.099 0.023 0.014 132 K 0.003 0.008 0.139 0.002 0.107 0.547 0.001 0.001 0.008 0.043 0.092 0.011 0.039 133 L 0.003 0.007 0.113 0.003 0.071 0.675 0.001 0.001 0.007 0.029 0.056 0.011 0.024 134 Q 0.003 0.007 0.094 0.003 0.073 0.672 0.001 0.001 0.007 0.036 0.070 0.017 0.017 135 N 0.002 0.005 0.110 0.002 0.065 0.616 0.001 0.001 0.008 0.041 0.122 0.007 0.021 136 V 0.003 0.008 0.137 0.003 0.051 0.577 0.001 0.001 0.007 0.047 0.133 0.018 0.015 137 A 0.005 0.016 0.222 0.004 0.061 0.328 0.002 0.001 0.013 0.070 0.242 0.009 0.029 138 N 0.003 0.014 0.332 0.005 0.074 0.204 0.001 0.001 0.009 0.128 0.192 0.018 0.019 139 N 0.001 0.007 0.266 0.004 0.100 0.196 0.001 0.001 0.006 0.135 0.263 0.009 0.011 140 N 0.001 0.012 0.280 0.004 0.074 0.097 0.001 0.001 0.011 0.177 0.323 0.007 0.013 141 L 0.003 0.023 0.380 0.002 0.070 0.093 0.002 0.002 0.013 0.187 0.175 0.031 0.020 142 T 0.003 0.063 0.457 0.003 0.032 0.037 0.002 0.001 0.012 0.198 0.147 0.012 0.033 143 T 0.001 0.009 0.806 0.001 0.007 0.009 0.001 0.001 0.005 0.123 0.030 0.006 0.004