# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.094 0.017 0.243 0.459 0.002 0.047 0.007 0.003 0.004 0.002 0.024 0.025 0.063 0.001 0.004 0.006 2 E 0.011 0.087 0.262 0.470 0.004 0.073 0.002 0.003 0.002 0.001 0.008 0.022 0.045 0.001 0.001 0.008 3 V 0.009 0.014 0.029 0.752 0.009 0.094 0.002 0.003 0.002 0.001 0.031 0.011 0.040 0.001 0.001 0.002 4 I 0.004 0.115 0.067 0.480 0.012 0.134 0.004 0.011 0.002 0.001 0.026 0.053 0.083 0.002 0.002 0.004 5 E 0.005 0.052 0.022 0.341 0.021 0.210 0.011 0.015 0.006 0.005 0.063 0.045 0.187 0.005 0.004 0.007 6 S 0.008 0.035 0.029 0.091 0.012 0.145 0.006 0.025 0.007 0.004 0.166 0.106 0.334 0.010 0.012 0.008 7 K 0.013 0.098 0.028 0.076 0.004 0.035 0.008 0.010 0.013 0.004 0.148 0.156 0.333 0.013 0.021 0.041 8 W 0.031 0.067 0.118 0.104 0.004 0.021 0.026 0.005 0.010 0.003 0.024 0.088 0.382 0.017 0.031 0.071 9 Y 0.023 0.025 0.290 0.086 0.008 0.034 0.094 0.004 0.002 0.002 0.011 0.010 0.314 0.023 0.018 0.056 10 K 0.034 0.092 0.161 0.130 0.035 0.081 0.067 0.024 0.006 0.004 0.033 0.014 0.214 0.017 0.026 0.063 11 K 0.010 0.026 0.049 0.053 0.299 0.023 0.201 0.015 0.006 0.007 0.030 0.020 0.021 0.221 0.007 0.011 12 D 0.025 0.018 0.042 0.054 0.005 0.097 0.012 0.346 0.009 0.004 0.036 0.027 0.032 0.005 0.278 0.010 13 G 0.018 0.079 0.040 0.042 0.002 0.011 0.004 0.004 0.225 0.035 0.039 0.014 0.020 0.002 0.005 0.462 14 A 0.704 0.029 0.076 0.085 0.001 0.011 0.002 0.002 0.003 0.001 0.005 0.061 0.011 0.001 0.002 0.008 15 S 0.002 0.011 0.060 0.006 0.001 0.892 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.017 0.001 0.001 0.002 16 S 0.001 0.016 0.004 0.007 0.001 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.876 0.008 0.020 0.001 0.001 0.001 17 A 0.001 0.024 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.937 0.008 0.001 0.001 0.001 18 S 0.002 0.016 0.036 0.029 0.001 0.045 0.007 0.001 0.003 0.001 0.012 0.100 0.698 0.001 0.001 0.050 19 I 0.002 0.001 0.017 0.002 0.001 0.032 0.004 0.001 0.001 0.001 0.044 0.006 0.889 0.001 0.001 0.001 20 D 0.001 0.035 0.009 0.006 0.001 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.060 0.133 0.745 0.001 0.002 0.002 21 D 0.001 0.002 0.001 0.012 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.932 0.001 0.001 0.012 22 V 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.964 0.003 0.001 0.001 23 E 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.979 0.001 0.002 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.002 0.001 0.026 25 L 0.003 0.001 0.003 0.002 0.015 0.002 0.079 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.137 0.739 0.003 0.009 26 L 0.001 0.005 0.014 0.002 0.001 0.002 0.003 0.030 0.001 0.001 0.002 0.002 0.066 0.002 0.869 0.002 27 N 0.003 0.012 0.009 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.008 0.001 0.001 0.019 0.002 0.002 0.904 28 T 0.916 0.001 0.046 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.003 29 T 0.002 0.038 0.885 0.048 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 30 L 0.005 0.021 0.041 0.609 0.003 0.282 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.006 0.017 0.001 0.001 0.001 31 P 0.001 0.003 0.001 0.005 0.001 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 32 K 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.024 0.008 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.945 0.041 0.001 0.001 0.001 34 Y 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.969 0.001 0.001 0.001 35 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.983 0.001 0.001 0.001 36 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 37 F 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.001 0.003 38 L 0.001 0.001 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.970 0.001 0.001 0.005 39 L 0.001 0.001 0.019 0.017 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.920 0.016 0.003 0.012 40 W 0.005 0.009 0.022 0.023 0.019 0.019 0.024 0.006 0.001 0.001 0.009 0.005 0.634 0.167 0.027 0.032 41 S 0.003 0.011 0.010 0.008 0.083 0.014 0.095 0.012 0.002 0.002 0.014 0.008 0.112 0.563 0.048 0.014 42 N 0.012 0.023 0.015 0.014 0.016 0.010 0.074 0.163 0.009 0.006 0.027 0.011 0.067 0.068 0.460 0.024 43 G 0.043 0.033 0.047 0.020 0.002 0.009 0.022 0.015 0.108 0.049 0.012 0.012 0.058 0.005 0.077 0.490 44 G 0.419 0.013 0.135 0.041 0.025 0.034 0.038 0.009 0.021 0.045 0.033 0.038 0.071 0.036 0.009 0.033 45 E 0.106 0.118 0.273 0.222 0.008 0.037 0.019 0.048 0.009 0.003 0.028 0.035 0.039 0.007 0.038 0.010 46 G 0.018 0.052 0.107 0.361 0.039 0.108 0.009 0.014 0.030 0.036 0.049 0.050 0.076 0.002 0.009 0.040 47 K 0.016 0.015 0.018 0.059 0.670 0.028 0.039 0.010 0.002 0.004 0.019 0.030 0.012 0.075 0.001 0.003 48 L 0.014 0.038 0.042 0.113 0.026 0.028 0.025 0.450 0.008 0.003 0.060 0.012 0.023 0.002 0.153 0.004 49 G 0.003 0.025 0.023 0.033 0.061 0.099 0.026 0.020 0.177 0.321 0.032 0.046 0.035 0.007 0.004 0.085 50 D 0.423 0.085 0.031 0.060 0.013 0.031 0.012 0.067 0.021 0.010 0.132 0.033 0.031 0.009 0.023 0.020 51 N 0.033 0.261 0.323 0.096 0.001 0.027 0.006 0.010 0.075 0.010 0.013 0.045 0.021 0.001 0.021 0.058 52 Y 0.126 0.072 0.520 0.189 0.001 0.016 0.003 0.001 0.007 0.002 0.003 0.006 0.013 0.001 0.002 0.040 53 I 0.031 0.013 0.646 0.288 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 54 Y 0.003 0.017 0.169 0.752 0.007 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 55 I 0.001 0.016 0.025 0.801 0.051 0.085 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 56 W 0.001 0.097 0.016 0.706 0.011 0.085 0.001 0.036 0.002 0.002 0.016 0.013 0.012 0.001 0.001 0.001 57 A 0.003 0.032 0.008 0.198 0.011 0.563 0.002 0.008 0.014 0.014 0.047 0.031 0.060 0.001 0.001 0.007 58 I 0.010 0.027 0.012 0.036 0.018 0.147 0.006 0.005 0.002 0.003 0.528 0.082 0.119 0.003 0.001 0.001 59 E 0.002 0.084 0.014 0.035 0.001 0.019 0.001 0.014 0.001 0.001 0.104 0.541 0.175 0.001 0.008 0.002 60 D 0.001 0.013 0.007 0.016 0.001 0.045 0.001 0.001 0.003 0.002 0.021 0.151 0.714 0.001 0.001 0.023 61 V 0.002 0.002 0.006 0.004 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 0.012 0.926 0.002 0.001 0.002 62 I 0.001 0.008 0.010 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.047 0.911 0.001 0.002 0.003 63 A 0.001 0.004 0.009 0.015 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.911 0.009 0.002 0.032 64 Y 0.007 0.017 0.102 0.030 0.001 0.005 0.014 0.003 0.001 0.001 0.006 0.007 0.674 0.023 0.030 0.080 65 N 0.005 0.005 0.050 0.011 0.004 0.175 0.062 0.001 0.002 0.001 0.006 0.007 0.598 0.020 0.019 0.034 66 H 0.019 0.051 0.025 0.006 0.003 0.021 0.011 0.007 0.001 0.001 0.446 0.010 0.325 0.014 0.014 0.047 67 D 0.012 0.113 0.023 0.015 0.011 0.018 0.049 0.008 0.007 0.002 0.021 0.290 0.049 0.328 0.031 0.022 68 Y 0.019 0.017 0.276 0.025 0.001 0.006 0.008 0.015 0.005 0.001 0.018 0.014 0.124 0.001 0.419 0.053 69 G 0.026 0.038 0.232 0.065 0.004 0.044 0.014 0.001 0.016 0.015 0.008 0.034 0.119 0.003 0.001 0.381 70 I 0.270 0.008 0.059 0.081 0.004 0.226 0.004 0.005 0.001 0.001 0.129 0.031 0.174 0.003 0.003 0.001 71 Q 0.001 0.608 0.073 0.104 0.001 0.023 0.001 0.004 0.005 0.001 0.027 0.058 0.085 0.001 0.002 0.009 72 K 0.017 0.022 0.021 0.657 0.001 0.028 0.006 0.001 0.003 0.001 0.012 0.033 0.177 0.001 0.001 0.019 73 Y 0.011 0.017 0.460 0.068 0.104 0.060 0.045 0.005 0.001 0.001 0.014 0.016 0.178 0.010 0.002 0.009 74 L 0.003 0.010 0.023 0.091 0.364 0.039 0.182 0.039 0.001 0.002 0.035 0.007 0.037 0.158 0.007 0.002 75 Q 0.002 0.036 0.008 0.029 0.005 0.041 0.003 0.539 0.014 0.006 0.010 0.018 0.022 0.006 0.256 0.005 76 K 0.012 0.055 0.008 0.035 0.001 0.003 0.001 0.002 0.317 0.027 0.006 0.003 0.013 0.001 0.005 0.513 77 E 0.713 0.013 0.188 0.058 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.012 78 Y 0.007 0.005 0.905 0.074 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 W 0.001 0.011 0.077 0.773 0.088 0.041 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 80 A 0.001 0.024 0.010 0.729 0.171 0.032 0.005 0.018 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 81 F 0.002 0.040 0.009 0.385 0.084 0.117 0.005 0.296 0.014 0.013 0.020 0.003 0.004 0.001 0.007 0.001 82 G 0.007 0.058 0.007 0.088 0.330 0.126 0.011 0.053 0.116 0.089 0.066 0.022 0.008 0.003 0.001 0.013 83 M 0.037 0.022 0.008 0.020 0.387 0.049 0.036 0.119 0.011 0.018 0.213 0.038 0.009 0.024 0.007 0.002 84 D 0.007 0.064 0.047 0.016 0.031 0.022 0.015 0.361 0.047 0.032 0.066 0.069 0.013 0.008 0.192 0.010 85 G 0.040 0.054 0.049 0.048 0.005 0.020 0.008 0.030 0.287 0.134 0.019 0.028 0.028 0.002 0.039 0.211 86 D 0.448 0.083 0.194 0.091 0.001 0.017 0.007 0.002 0.028 0.006 0.004 0.006 0.012 0.001 0.003 0.098 87 I 0.100 0.134 0.590 0.142 0.001 0.017 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 88 G 0.007 0.087 0.418 0.474 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 89 Y 0.001 0.005 0.088 0.902 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 I 0.001 0.002 0.037 0.955 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 L 0.001 0.005 0.009 0.966 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 H 0.001 0.023 0.003 0.406 0.067 0.484 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 L 0.001 0.152 0.003 0.101 0.144 0.346 0.002 0.056 0.007 0.003 0.181 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 94 S 0.004 0.203 0.004 0.056 0.112 0.137 0.016 0.061 0.017 0.022 0.190 0.166 0.001 0.007 0.002 0.001 95 D 0.012 0.348 0.035 0.046 0.007 0.036 0.004 0.209 0.052 0.009 0.032 0.060 0.004 0.002 0.136 0.008 96 N 0.052 0.093 0.147 0.115 0.001 0.013 0.003 0.005 0.238 0.019 0.014 0.024 0.010 0.001 0.013 0.252 97 S 0.484 0.052 0.344 0.087 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.016 98 I 0.015 0.015 0.682 0.245 0.003 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 Y 0.001 0.069 0.079 0.843 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 R 0.001 0.003 0.016 0.947 0.009 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 V 0.004 0.020 0.041 0.851 0.045 0.018 0.001 0.011 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 D 0.001 0.007 0.002 0.128 0.537 0.298 0.004 0.011 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 103 L 0.003 0.114 0.003 0.109 0.048 0.030 0.002 0.510 0.008 0.003 0.146 0.005 0.002 0.001 0.018 0.001 104 G 0.004 0.038 0.010 0.109 0.007 0.064 0.003 0.030 0.308 0.245 0.023 0.112 0.006 0.001 0.004 0.035 105 D 0.460 0.077 0.095 0.078 0.007 0.072 0.007 0.009 0.034 0.010 0.042 0.030 0.027 0.001 0.004 0.046 106 L 0.036 0.140 0.473 0.192 0.002 0.021 0.003 0.007 0.005 0.004 0.044 0.033 0.017 0.001 0.004 0.017 107 D 0.004 0.011 0.019 0.015 0.001 0.885 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.026 0.001 0.001 0.001 108 I 0.001 0.010 0.005 0.005 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.924 0.003 0.031 0.001 0.001 0.002 109 T 0.002 0.093 0.004 0.012 0.001 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 0.836 0.023 0.001 0.004 0.001 110 S 0.007 0.031 0.130 0.070 0.001 0.026 0.016 0.001 0.010 0.002 0.016 0.028 0.538 0.001 0.012 0.111 111 I 0.033 0.014 0.249 0.062 0.001 0.025 0.008 0.001 0.001 0.001 0.026 0.017 0.535 0.001 0.004 0.023 112 K 0.026 0.048 0.301 0.244 0.002 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 0.017 0.043 0.281 0.001 0.002 0.011 113 Y 0.004 0.013 0.106 0.399 0.007 0.134 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.295 0.005 0.001 0.006 114 I 0.002 0.092 0.111 0.502 0.002 0.018 0.003 0.006 0.001 0.001 0.011 0.008 0.223 0.001 0.003 0.018 115 A 0.002 0.003 0.010 0.055 0.002 0.676 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.226 0.001 0.001 0.005 116 P 0.004 0.125 0.069 0.024 0.002 0.010 0.001 0.006 0.001 0.001 0.544 0.012 0.186 0.001 0.002 0.011 117 S 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.566 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.360 0.057 0.001 0.001 0.001 118 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.849 0.003 0.143 0.001 0.001 0.001 119 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.852 0.141 0.001 0.001 0.001 120 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.002 121 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.003 0.001 0.004 122 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.981 0.001 0.006 0.001 123 G 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.908 0.040 0.003 0.016 124 K 0.012 0.003 0.004 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.878 0.006 0.034 0.043 125 A 0.006 0.011 0.090 0.006 0.001 0.006 0.030 0.001 0.002 0.001 0.004 0.014 0.606 0.040 0.012 0.172 126 I 0.068 0.016 0.162 0.021 0.001 0.014 0.021 0.003 0.001 0.001 0.016 0.009 0.588 0.008 0.039 0.031 127 Y 0.009 0.036 0.154 0.087 0.027 0.055 0.070 0.005 0.004 0.004 0.018 0.037 0.341 0.098 0.007 0.046 128 L 0.030 0.064 0.096 0.195 0.007 0.034 0.015 0.044 0.003 0.002 0.060 0.025 0.322 0.007 0.070 0.025 129 N 0.007 0.035 0.044 0.070 0.020 0.274 0.027 0.006 0.022 0.014 0.028 0.101 0.257 0.023 0.005 0.066 130 F 0.062 0.035 0.037 0.037 0.009 0.032 0.014 0.014 0.002 0.002 0.425 0.032 0.258 0.008 0.019 0.014 131 N 0.006 0.065 0.035 0.035 0.005 0.057 0.008 0.015 0.007 0.007 0.035 0.504 0.182 0.016 0.014 0.011 132 K 0.019 0.027 0.026 0.031 0.002 0.047 0.007 0.008 0.008 0.002 0.090 0.047 0.608 0.003 0.026 0.049 133 L 0.018 0.022 0.083 0.033 0.008 0.021 0.037 0.002 0.005 0.003 0.062 0.104 0.520 0.036 0.006 0.039 134 Q 0.025 0.052 0.121 0.061 0.001 0.022 0.010 0.023 0.002 0.001 0.017 0.051 0.533 0.006 0.060 0.013 135 N 0.005 0.024 0.079 0.073 0.004 0.085 0.019 0.003 0.018 0.007 0.017 0.018 0.478 0.008 0.007 0.154 136 V 0.084 0.043 0.112 0.079 0.021 0.048 0.075 0.006 0.002 0.002 0.088 0.021 0.335 0.038 0.013 0.032 137 A 0.015 0.127 0.199 0.121 0.017 0.047 0.050 0.041 0.006 0.004 0.034 0.067 0.162 0.026 0.058 0.026 138 N 0.020 0.037 0.087 0.105 0.038 0.132 0.068 0.024 0.023 0.017 0.045 0.033 0.216 0.060 0.036 0.058 139 N 0.067 0.102 0.150 0.125 0.009 0.022 0.020 0.059 0.015 0.009 0.100 0.038 0.138 0.019 0.064 0.062 140 N 0.047 0.051 0.097 0.106 0.008 0.223 0.023 0.014 0.043 0.016 0.029 0.098 0.150 0.014 0.029 0.052 141 L 0.067 0.097 0.220 0.091 0.015 0.039 0.027 0.010 0.007 0.004 0.182 0.020 0.128 0.010 0.014 0.069 142 T 0.031 0.128 0.148 0.127 0.042 0.122 0.062 0.024 0.009 0.008 0.028 0.136 0.076 0.027 0.016 0.016 143 T 0.021 0.057 0.124 0.086 0.031 0.177 0.068 0.049 0.012 0.007 0.114 0.029 0.145 0.014 0.040 0.025