# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.050 0.342 0.002 0.025 0.045 0.064 0.058 0.007 0.001 0.042 0.364 2 E 0.043 0.138 0.006 0.044 0.091 0.124 0.062 0.005 0.001 0.223 0.263 3 V 0.029 0.097 0.012 0.062 0.068 0.099 0.081 0.006 0.003 0.152 0.391 4 I 0.176 0.223 0.009 0.036 0.050 0.044 0.063 0.018 0.003 0.080 0.299 5 E 0.272 0.261 0.008 0.011 0.019 0.025 0.043 0.029 0.004 0.033 0.296 6 S 0.129 0.193 0.006 0.008 0.010 0.022 0.061 0.009 0.002 0.042 0.516 7 K 0.095 0.108 0.009 0.016 0.016 0.031 0.077 0.010 0.003 0.039 0.596 8 W 0.099 0.044 0.008 0.032 0.036 0.051 0.127 0.009 0.003 0.090 0.500 9 Y 0.094 0.016 0.004 0.024 0.022 0.029 0.109 0.005 0.003 0.056 0.639 10 K 0.053 0.022 0.002 0.026 0.018 0.023 0.112 0.004 0.001 0.032 0.708 11 K 0.072 0.022 0.002 0.012 0.005 0.008 0.096 0.005 0.001 0.061 0.715 12 D 0.125 0.032 0.002 0.022 0.011 0.013 0.138 0.006 0.001 0.072 0.577 13 G 0.046 0.035 0.002 0.016 0.003 0.006 0.110 0.004 0.001 0.039 0.739 14 A 0.028 0.045 0.004 0.021 0.006 0.007 0.125 0.006 0.001 0.112 0.644 15 S 0.122 0.556 0.001 0.005 0.001 0.002 0.034 0.013 0.001 0.034 0.230 16 S 0.094 0.624 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 0.005 0.001 0.081 0.169 17 A 0.005 0.667 0.002 0.003 0.001 0.002 0.038 0.003 0.001 0.104 0.175 18 S 0.005 0.878 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.080 0.026 19 I 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.005 20 D 0.003 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.039 0.008 21 D 0.007 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.008 22 V 0.029 0.891 0.013 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.003 0.030 0.019 23 E 0.088 0.163 0.218 0.002 0.007 0.011 0.023 0.014 0.023 0.341 0.109 24 K 0.350 0.046 0.014 0.003 0.004 0.006 0.067 0.004 0.010 0.134 0.362 25 L 0.088 0.013 0.013 0.005 0.004 0.003 0.088 0.005 0.005 0.049 0.728 26 L 0.030 0.013 0.005 0.013 0.006 0.009 0.105 0.004 0.001 0.021 0.792 27 N 0.029 0.004 0.001 0.005 0.002 0.003 0.078 0.001 0.001 0.021 0.858 28 T 0.001 0.002 0.001 0.008 0.009 0.010 0.141 0.001 0.001 0.006 0.822 29 T 0.004 0.029 0.001 0.045 0.006 0.011 0.100 0.001 0.001 0.047 0.757 30 L 0.027 0.344 0.001 0.017 0.002 0.002 0.066 0.007 0.001 0.091 0.441 31 P 0.086 0.825 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.031 0.043 32 K 0.045 0.643 0.001 0.008 0.001 0.002 0.013 0.003 0.001 0.202 0.082 33 Q 0.004 0.720 0.002 0.007 0.001 0.003 0.017 0.002 0.001 0.178 0.066 34 Y 0.009 0.953 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.016 0.012 35 K 0.020 0.866 0.003 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.001 0.080 0.019 36 S 0.014 0.744 0.004 0.001 0.002 0.011 0.017 0.002 0.002 0.117 0.084 37 F 0.070 0.367 0.022 0.004 0.009 0.020 0.051 0.012 0.006 0.309 0.129 38 L 0.191 0.125 0.063 0.032 0.024 0.027 0.066 0.024 0.017 0.279 0.152 39 L 0.080 0.034 0.017 0.017 0.025 0.042 0.114 0.004 0.006 0.159 0.502 40 W 0.062 0.022 0.009 0.023 0.009 0.020 0.100 0.003 0.001 0.060 0.691 41 S 0.136 0.027 0.006 0.033 0.019 0.030 0.163 0.008 0.002 0.080 0.497 42 N 0.055 0.017 0.003 0.043 0.015 0.028 0.165 0.004 0.001 0.060 0.607 43 G 0.013 0.007 0.001 0.034 0.033 0.048 0.134 0.001 0.001 0.034 0.694 44 G 0.023 0.011 0.001 0.112 0.146 0.176 0.095 0.002 0.001 0.049 0.385 45 E 0.023 0.006 0.003 0.086 0.080 0.153 0.093 0.003 0.001 0.084 0.468 46 G 0.042 0.003 0.002 0.075 0.135 0.157 0.096 0.002 0.001 0.064 0.423 47 K 0.160 0.003 0.004 0.059 0.069 0.106 0.064 0.002 0.001 0.080 0.452 48 L 0.089 0.002 0.001 0.022 0.031 0.039 0.128 0.002 0.001 0.050 0.637 49 G 0.112 0.006 0.002 0.016 0.025 0.028 0.109 0.003 0.001 0.033 0.666 50 D 0.021 0.006 0.001 0.017 0.044 0.059 0.133 0.002 0.001 0.039 0.679 51 N 0.006 0.010 0.001 0.042 0.132 0.203 0.103 0.001 0.001 0.055 0.448 52 Y 0.004 0.012 0.001 0.086 0.231 0.384 0.049 0.001 0.001 0.048 0.186 53 I 0.003 0.016 0.001 0.111 0.269 0.350 0.027 0.001 0.001 0.045 0.178 54 Y 0.011 0.039 0.001 0.101 0.298 0.369 0.021 0.002 0.001 0.027 0.133 55 I 0.021 0.033 0.001 0.147 0.212 0.261 0.037 0.002 0.001 0.093 0.192 56 W 0.007 0.045 0.003 0.174 0.196 0.218 0.063 0.002 0.001 0.067 0.223 57 A 0.049 0.453 0.003 0.050 0.066 0.092 0.041 0.010 0.001 0.053 0.183 58 I 0.091 0.761 0.002 0.005 0.011 0.013 0.015 0.009 0.001 0.017 0.076 59 E 0.023 0.693 0.003 0.003 0.014 0.034 0.028 0.004 0.001 0.045 0.153 60 D 0.049 0.622 0.009 0.015 0.013 0.064 0.026 0.016 0.003 0.064 0.119 61 V 0.203 0.228 0.022 0.021 0.031 0.053 0.046 0.035 0.011 0.192 0.158 62 I 0.142 0.141 0.013 0.032 0.086 0.064 0.056 0.010 0.003 0.096 0.355 63 A 0.045 0.115 0.008 0.016 0.036 0.069 0.063 0.003 0.002 0.087 0.555 64 Y 0.039 0.117 0.013 0.035 0.019 0.025 0.113 0.009 0.003 0.073 0.554 65 N 0.283 0.196 0.018 0.015 0.013 0.014 0.062 0.033 0.008 0.080 0.277 66 H 0.262 0.247 0.003 0.011 0.010 0.011 0.057 0.019 0.001 0.022 0.357 67 D 0.041 0.267 0.003 0.008 0.007 0.013 0.060 0.006 0.001 0.040 0.554 68 Y 0.022 0.313 0.004 0.022 0.019 0.037 0.090 0.004 0.001 0.070 0.418 69 G 0.028 0.693 0.003 0.018 0.010 0.019 0.027 0.005 0.001 0.031 0.164 70 I 0.095 0.639 0.004 0.007 0.009 0.012 0.027 0.020 0.002 0.024 0.161 71 Q 0.285 0.248 0.013 0.010 0.019 0.029 0.042 0.013 0.007 0.126 0.209 72 K 0.095 0.088 0.026 0.034 0.021 0.049 0.088 0.005 0.006 0.158 0.429 73 Y 0.081 0.042 0.023 0.026 0.018 0.037 0.121 0.008 0.004 0.142 0.498 74 L 0.376 0.039 0.008 0.028 0.013 0.025 0.118 0.014 0.003 0.061 0.314 75 Q 0.026 0.020 0.003 0.023 0.010 0.033 0.142 0.003 0.001 0.052 0.686 76 K 0.009 0.016 0.002 0.121 0.020 0.061 0.132 0.002 0.001 0.061 0.576 77 E 0.014 0.012 0.002 0.383 0.078 0.139 0.085 0.002 0.001 0.101 0.181 78 Y 0.005 0.006 0.001 0.447 0.083 0.092 0.059 0.001 0.001 0.066 0.239 79 W 0.008 0.005 0.001 0.634 0.067 0.080 0.028 0.001 0.001 0.051 0.123 80 A 0.035 0.005 0.002 0.525 0.051 0.076 0.051 0.002 0.001 0.069 0.185 81 F 0.024 0.003 0.004 0.379 0.045 0.066 0.108 0.002 0.001 0.067 0.301 82 G 0.086 0.005 0.007 0.116 0.036 0.066 0.162 0.003 0.001 0.082 0.437 83 M 0.340 0.008 0.003 0.032 0.018 0.035 0.152 0.005 0.001 0.069 0.337 84 D 0.085 0.010 0.002 0.023 0.012 0.032 0.242 0.003 0.001 0.075 0.516 85 G 0.012 0.011 0.002 0.051 0.025 0.089 0.234 0.002 0.001 0.086 0.488 86 D 0.004 0.012 0.001 0.129 0.107 0.309 0.117 0.001 0.001 0.094 0.225 87 I 0.002 0.009 0.001 0.167 0.211 0.394 0.040 0.001 0.001 0.058 0.118 88 G 0.001 0.005 0.001 0.161 0.308 0.407 0.013 0.001 0.001 0.044 0.060 89 Y 0.004 0.007 0.001 0.199 0.312 0.375 0.013 0.001 0.001 0.028 0.062 90 I 0.005 0.002 0.001 0.102 0.344 0.405 0.019 0.001 0.001 0.050 0.071 91 L 0.003 0.001 0.001 0.093 0.327 0.384 0.032 0.001 0.001 0.036 0.121 92 H 0.059 0.002 0.004 0.042 0.167 0.263 0.083 0.002 0.001 0.069 0.309 93 L 0.200 0.001 0.002 0.016 0.052 0.068 0.122 0.003 0.001 0.063 0.472 94 S 0.086 0.001 0.001 0.009 0.014 0.023 0.112 0.001 0.001 0.026 0.726 95 D 0.011 0.001 0.001 0.009 0.012 0.021 0.090 0.001 0.001 0.017 0.837 96 N 0.008 0.001 0.001 0.021 0.066 0.067 0.117 0.001 0.001 0.033 0.685 97 S 0.004 0.002 0.001 0.125 0.202 0.273 0.076 0.001 0.001 0.044 0.273 98 I 0.003 0.001 0.001 0.122 0.138 0.204 0.058 0.001 0.001 0.046 0.426 99 Y 0.002 0.001 0.001 0.228 0.312 0.315 0.025 0.001 0.001 0.012 0.105 100 R 0.007 0.003 0.001 0.256 0.148 0.222 0.033 0.001 0.001 0.034 0.295 101 V 0.003 0.001 0.001 0.200 0.318 0.229 0.055 0.001 0.001 0.024 0.168 102 D 0.217 0.014 0.002 0.208 0.068 0.102 0.063 0.007 0.001 0.048 0.270 103 L 0.134 0.006 0.001 0.085 0.047 0.055 0.137 0.004 0.001 0.068 0.460 104 G 0.024 0.015 0.001 0.035 0.012 0.030 0.133 0.003 0.001 0.016 0.731 105 D 0.070 0.007 0.002 0.034 0.023 0.049 0.149 0.002 0.001 0.091 0.572 106 L 0.009 0.007 0.004 0.050 0.035 0.043 0.188 0.002 0.001 0.060 0.601 107 D 0.278 0.099 0.004 0.019 0.022 0.032 0.081 0.016 0.001 0.044 0.404 108 I 0.480 0.054 0.004 0.006 0.011 0.015 0.062 0.012 0.001 0.044 0.311 109 T 0.072 0.102 0.004 0.016 0.013 0.031 0.119 0.003 0.001 0.050 0.589 110 S 0.033 0.094 0.005 0.048 0.027 0.105 0.102 0.003 0.001 0.056 0.527 111 I 0.031 0.039 0.001 0.066 0.059 0.135 0.159 0.004 0.001 0.052 0.454 112 K 0.029 0.019 0.001 0.105 0.132 0.174 0.085 0.001 0.001 0.072 0.380 113 Y 0.004 0.012 0.001 0.190 0.096 0.137 0.081 0.001 0.001 0.086 0.392 114 I 0.026 0.088 0.001 0.126 0.062 0.059 0.094 0.006 0.001 0.077 0.460 115 A 0.182 0.218 0.003 0.044 0.043 0.022 0.050 0.012 0.001 0.217 0.210 116 P 0.012 0.376 0.002 0.013 0.012 0.017 0.079 0.004 0.001 0.091 0.393 117 S 0.014 0.859 0.001 0.003 0.001 0.004 0.012 0.005 0.001 0.028 0.074 118 F 0.021 0.920 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.001 0.011 0.024 119 D 0.060 0.735 0.011 0.001 0.002 0.004 0.012 0.009 0.003 0.100 0.063 120 D 0.089 0.681 0.018 0.005 0.003 0.006 0.016 0.010 0.005 0.072 0.096 121 F 0.106 0.491 0.032 0.004 0.003 0.006 0.038 0.024 0.012 0.124 0.161 122 L 0.232 0.430 0.033 0.007 0.005 0.008 0.041 0.023 0.008 0.056 0.157 123 G 0.074 0.255 0.006 0.005 0.005 0.013 0.061 0.005 0.003 0.056 0.517 124 K 0.032 0.201 0.005 0.020 0.012 0.028 0.100 0.007 0.001 0.049 0.545 125 A 0.041 0.109 0.012 0.041 0.027 0.045 0.118 0.009 0.004 0.231 0.362 126 I 0.065 0.166 0.003 0.077 0.061 0.057 0.093 0.010 0.001 0.056 0.412 127 Y 0.045 0.129 0.004 0.097 0.025 0.038 0.069 0.006 0.001 0.162 0.424 128 L 0.019 0.152 0.007 0.093 0.036 0.040 0.098 0.007 0.002 0.076 0.470 129 N 0.124 0.554 0.003 0.034 0.010 0.019 0.031 0.013 0.001 0.049 0.162 130 F 0.119 0.374 0.006 0.017 0.007 0.009 0.053 0.025 0.003 0.062 0.326 131 N 0.078 0.272 0.022 0.017 0.018 0.026 0.080 0.012 0.005 0.193 0.277 132 K 0.143 0.379 0.008 0.017 0.007 0.019 0.052 0.020 0.004 0.069 0.281 133 L 0.214 0.295 0.007 0.009 0.006 0.010 0.071 0.025 0.005 0.060 0.300 134 Q 0.083 0.096 0.021 0.016 0.015 0.038 0.107 0.018 0.009 0.115 0.482 135 N 0.118 0.055 0.012 0.030 0.011 0.028 0.104 0.010 0.006 0.135 0.491 136 V 0.134 0.037 0.010 0.047 0.022 0.022 0.130 0.011 0.004 0.113 0.471 137 A 0.074 0.033 0.005 0.034 0.022 0.029 0.159 0.008 0.002 0.061 0.573 138 N 0.090 0.022 0.005 0.033 0.011 0.025 0.143 0.006 0.002 0.093 0.570 139 N 0.042 0.019 0.003 0.089 0.017 0.023 0.165 0.005 0.001 0.068 0.569 140 N 0.125 0.023 0.005 0.074 0.025 0.044 0.151 0.008 0.002 0.091 0.452 141 L 0.023 0.007 0.001 0.038 0.031 0.050 0.187 0.002 0.001 0.041 0.620 142 T 0.041 0.019 0.002 0.071 0.023 0.045 0.129 0.003 0.001 0.050 0.616 143 T 0.088 0.027 0.002 0.040 0.026 0.045 0.149 0.005 0.001 0.058 0.558