# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.057 0.176 0.027 0.063 0.098 0.087 0.083 0.410 2 E 0.041 0.112 0.072 0.112 0.144 0.076 0.138 0.306 3 V 0.045 0.092 0.073 0.084 0.116 0.074 0.110 0.406 4 I 0.135 0.134 0.060 0.063 0.078 0.074 0.070 0.387 5 E 0.148 0.126 0.042 0.030 0.046 0.078 0.067 0.463 6 S 0.120 0.168 0.022 0.017 0.029 0.079 0.062 0.504 7 K 0.116 0.129 0.027 0.025 0.033 0.101 0.059 0.509 8 W 0.118 0.081 0.039 0.027 0.035 0.107 0.050 0.544 9 Y 0.194 0.061 0.023 0.016 0.025 0.081 0.067 0.533 10 K 0.078 0.040 0.012 0.011 0.018 0.107 0.041 0.693 11 K 0.034 0.020 0.010 0.005 0.009 0.127 0.028 0.768 12 D 0.200 0.069 0.011 0.009 0.010 0.076 0.107 0.517 13 G 0.102 0.072 0.007 0.006 0.007 0.104 0.062 0.640 14 A 0.017 0.042 0.012 0.004 0.006 0.129 0.077 0.712 15 S 0.094 0.508 0.007 0.002 0.004 0.043 0.090 0.252 16 S 0.195 0.528 0.005 0.001 0.001 0.028 0.090 0.151 17 A 0.016 0.704 0.009 0.003 0.004 0.033 0.056 0.176 18 S 0.003 0.955 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.028 19 I 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 20 D 0.007 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.012 21 D 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.010 22 V 0.046 0.841 0.012 0.002 0.003 0.006 0.062 0.028 23 E 0.082 0.141 0.075 0.006 0.006 0.039 0.504 0.146 24 K 0.425 0.036 0.027 0.009 0.009 0.058 0.095 0.342 25 L 0.122 0.005 0.024 0.003 0.005 0.067 0.091 0.682 26 L 0.023 0.003 0.015 0.005 0.007 0.226 0.013 0.707 27 N 0.012 0.003 0.008 0.002 0.009 0.074 0.011 0.881 28 T 0.007 0.004 0.022 0.021 0.017 0.132 0.015 0.781 29 T 0.023 0.057 0.079 0.025 0.037 0.134 0.082 0.564 30 L 0.047 0.366 0.014 0.006 0.009 0.069 0.048 0.440 31 P 0.140 0.616 0.011 0.002 0.002 0.022 0.102 0.105 32 K 0.038 0.469 0.012 0.003 0.004 0.030 0.330 0.115 33 Q 0.009 0.662 0.009 0.002 0.004 0.020 0.213 0.079 34 Y 0.011 0.930 0.004 0.002 0.002 0.005 0.020 0.026 35 K 0.014 0.925 0.003 0.005 0.006 0.005 0.012 0.030 36 S 0.021 0.772 0.008 0.012 0.024 0.013 0.068 0.082 37 F 0.029 0.504 0.025 0.030 0.060 0.025 0.231 0.095 38 L 0.042 0.084 0.107 0.036 0.030 0.044 0.555 0.102 39 L 0.075 0.032 0.127 0.080 0.078 0.077 0.193 0.338 40 W 0.165 0.008 0.042 0.025 0.037 0.075 0.049 0.600 41 S 0.393 0.007 0.026 0.021 0.019 0.110 0.047 0.377 42 N 0.018 0.003 0.010 0.007 0.034 0.114 0.021 0.793 43 G 0.033 0.004 0.011 0.020 0.040 0.113 0.021 0.758 44 G 0.015 0.004 0.041 0.267 0.239 0.084 0.030 0.321 45 E 0.014 0.003 0.054 0.083 0.137 0.082 0.060 0.567 46 G 0.016 0.001 0.054 0.171 0.305 0.074 0.028 0.351 47 K 0.065 0.001 0.058 0.096 0.149 0.089 0.061 0.481 48 L 0.103 0.002 0.021 0.033 0.045 0.112 0.053 0.630 49 G 0.090 0.007 0.020 0.016 0.026 0.146 0.067 0.628 50 D 0.028 0.005 0.024 0.020 0.055 0.165 0.036 0.666 51 N 0.003 0.005 0.062 0.193 0.281 0.090 0.045 0.320 52 Y 0.004 0.006 0.107 0.169 0.375 0.047 0.092 0.200 53 I 0.005 0.009 0.101 0.297 0.333 0.034 0.076 0.146 54 Y 0.007 0.010 0.191 0.296 0.325 0.020 0.058 0.093 55 I 0.016 0.012 0.164 0.197 0.205 0.051 0.087 0.267 56 W 0.013 0.017 0.185 0.200 0.268 0.068 0.051 0.199 57 A 0.049 0.220 0.059 0.046 0.072 0.093 0.100 0.362 58 I 0.140 0.442 0.018 0.021 0.030 0.052 0.088 0.210 59 E 0.031 0.629 0.014 0.023 0.026 0.042 0.039 0.196 60 D 0.059 0.552 0.020 0.020 0.054 0.051 0.074 0.170 61 V 0.089 0.115 0.053 0.034 0.054 0.054 0.437 0.163 62 I 0.132 0.108 0.050 0.067 0.082 0.092 0.159 0.310 63 A 0.041 0.068 0.041 0.034 0.057 0.105 0.069 0.586 64 Y 0.029 0.086 0.038 0.016 0.027 0.097 0.046 0.659 65 N 0.249 0.258 0.015 0.012 0.011 0.063 0.171 0.220 66 H 0.090 0.341 0.012 0.010 0.015 0.066 0.076 0.390 67 D 0.046 0.403 0.012 0.008 0.015 0.053 0.065 0.398 68 Y 0.031 0.628 0.018 0.014 0.020 0.047 0.051 0.192 69 G 0.034 0.603 0.032 0.017 0.030 0.038 0.081 0.164 70 I 0.103 0.555 0.017 0.020 0.027 0.028 0.079 0.170 71 Q 0.217 0.260 0.044 0.018 0.023 0.051 0.120 0.267 72 K 0.087 0.046 0.040 0.018 0.029 0.114 0.050 0.615 73 Y 0.161 0.011 0.016 0.008 0.014 0.093 0.033 0.665 74 L 0.241 0.009 0.010 0.004 0.006 0.104 0.096 0.529 75 Q 0.019 0.004 0.009 0.002 0.005 0.149 0.029 0.783 76 K 0.013 0.008 0.050 0.011 0.018 0.168 0.035 0.698 77 E 0.005 0.004 0.329 0.060 0.129 0.096 0.094 0.281 78 Y 0.007 0.003 0.435 0.054 0.110 0.060 0.085 0.246 79 W 0.008 0.002 0.408 0.138 0.260 0.030 0.035 0.119 80 A 0.008 0.001 0.469 0.084 0.101 0.045 0.075 0.217 81 F 0.009 0.001 0.355 0.101 0.178 0.079 0.044 0.234 82 G 0.038 0.001 0.139 0.057 0.077 0.148 0.048 0.493 83 M 0.323 0.003 0.028 0.024 0.019 0.137 0.093 0.372 84 D 0.104 0.011 0.010 0.006 0.015 0.186 0.063 0.606 85 G 0.032 0.010 0.013 0.026 0.071 0.244 0.030 0.575 86 D 0.002 0.006 0.019 0.162 0.577 0.062 0.037 0.135 87 I 0.001 0.004 0.022 0.210 0.608 0.019 0.077 0.058 88 G 0.001 0.002 0.017 0.285 0.652 0.004 0.021 0.018 89 Y 0.001 0.001 0.016 0.482 0.458 0.003 0.025 0.014 90 I 0.002 0.001 0.013 0.424 0.519 0.004 0.020 0.017 91 L 0.001 0.001 0.013 0.416 0.528 0.006 0.010 0.025 92 H 0.015 0.001 0.015 0.356 0.427 0.031 0.032 0.124 93 L 0.090 0.001 0.012 0.151 0.147 0.085 0.046 0.468 94 S 0.098 0.002 0.011 0.037 0.053 0.107 0.066 0.626 95 D 0.074 0.002 0.007 0.010 0.030 0.109 0.035 0.733 96 N 0.009 0.002 0.025 0.082 0.089 0.109 0.023 0.663 97 S 0.004 0.002 0.075 0.120 0.305 0.062 0.056 0.377 98 I 0.009 0.003 0.074 0.154 0.153 0.074 0.062 0.471 99 Y 0.003 0.002 0.224 0.365 0.283 0.018 0.018 0.087 100 R 0.005 0.003 0.196 0.146 0.229 0.046 0.060 0.315 101 V 0.012 0.003 0.241 0.269 0.200 0.051 0.025 0.199 102 D 0.136 0.020 0.174 0.066 0.096 0.095 0.100 0.313 103 L 0.084 0.009 0.061 0.047 0.091 0.126 0.053 0.530 104 G 0.040 0.007 0.047 0.065 0.074 0.124 0.039 0.605 105 D 0.040 0.007 0.028 0.036 0.058 0.156 0.085 0.590 106 L 0.005 0.004 0.020 0.024 0.033 0.170 0.029 0.715 107 D 0.269 0.100 0.012 0.020 0.020 0.077 0.190 0.312 108 I 0.242 0.057 0.010 0.011 0.017 0.100 0.079 0.484 109 T 0.052 0.061 0.029 0.039 0.055 0.111 0.063 0.591 110 S 0.044 0.068 0.029 0.028 0.101 0.127 0.091 0.513 111 I 0.026 0.038 0.098 0.088 0.123 0.110 0.116 0.400 112 K 0.031 0.032 0.123 0.140 0.165 0.085 0.096 0.327 113 Y 0.014 0.023 0.167 0.107 0.149 0.082 0.116 0.343 114 I 0.016 0.065 0.133 0.056 0.079 0.087 0.097 0.467 115 A 0.193 0.276 0.057 0.022 0.026 0.066 0.138 0.222 116 P 0.037 0.297 0.046 0.018 0.021 0.093 0.081 0.407 117 S 0.026 0.717 0.011 0.005 0.008 0.032 0.061 0.139 118 F 0.040 0.817 0.006 0.002 0.003 0.017 0.056 0.058 119 D 0.069 0.669 0.011 0.004 0.004 0.026 0.141 0.076 120 D 0.085 0.523 0.021 0.008 0.013 0.045 0.121 0.184 121 F 0.154 0.360 0.049 0.011 0.017 0.055 0.118 0.235 122 L 0.225 0.146 0.038 0.013 0.020 0.101 0.140 0.316 123 G 0.062 0.103 0.020 0.007 0.014 0.110 0.080 0.604 124 K 0.040 0.135 0.035 0.016 0.035 0.130 0.073 0.535 125 A 0.041 0.075 0.125 0.047 0.072 0.127 0.150 0.364 126 I 0.046 0.085 0.131 0.070 0.083 0.095 0.114 0.376 127 Y 0.046 0.066 0.117 0.037 0.069 0.087 0.115 0.463 128 L 0.030 0.075 0.138 0.038 0.050 0.118 0.099 0.451 129 N 0.141 0.437 0.036 0.016 0.021 0.051 0.089 0.210 130 F 0.117 0.363 0.025 0.012 0.018 0.060 0.071 0.333 131 N 0.065 0.209 0.043 0.021 0.025 0.103 0.149 0.386 132 K 0.093 0.442 0.021 0.010 0.022 0.063 0.062 0.287 133 L 0.145 0.379 0.017 0.013 0.020 0.056 0.058 0.313 134 Q 0.068 0.154 0.054 0.030 0.041 0.092 0.128 0.432 135 N 0.149 0.091 0.038 0.016 0.032 0.085 0.124 0.466 136 V 0.214 0.028 0.069 0.024 0.024 0.103 0.137 0.399 137 A 0.079 0.023 0.045 0.019 0.031 0.137 0.038 0.628 138 N 0.060 0.013 0.024 0.008 0.020 0.098 0.056 0.722 139 N 0.031 0.007 0.055 0.024 0.028 0.165 0.045 0.645 140 N 0.084 0.009 0.057 0.039 0.046 0.146 0.068 0.550 141 L 0.049 0.003 0.037 0.017 0.028 0.142 0.040 0.683 142 T 0.034 0.004 0.058 0.019 0.036 0.162 0.050 0.637 143 T 0.057 0.011 0.039 0.015 0.031 0.145 0.089 0.612