# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.268 0.086 0.046 0.091 0.094 0.084 0.127 0.087 0.059 0.038 0.020 2 E 0.276 0.134 0.105 0.164 0.102 0.070 0.072 0.038 0.022 0.012 0.006 3 V 0.085 0.084 0.079 0.150 0.139 0.126 0.150 0.084 0.056 0.031 0.017 4 I 0.034 0.047 0.039 0.072 0.087 0.083 0.147 0.148 0.144 0.115 0.085 5 E 0.060 0.107 0.098 0.193 0.162 0.113 0.118 0.071 0.042 0.026 0.010 6 S 0.153 0.138 0.171 0.215 0.119 0.076 0.062 0.033 0.018 0.010 0.004 7 K 0.172 0.103 0.108 0.183 0.132 0.101 0.103 0.052 0.026 0.014 0.006 8 W 0.085 0.060 0.058 0.106 0.101 0.117 0.165 0.114 0.093 0.068 0.034 9 Y 0.025 0.052 0.053 0.079 0.091 0.119 0.161 0.125 0.129 0.109 0.057 10 K 0.050 0.130 0.146 0.189 0.147 0.108 0.111 0.059 0.032 0.020 0.008 11 K 0.282 0.169 0.134 0.173 0.092 0.060 0.048 0.023 0.010 0.005 0.002 12 D 0.432 0.205 0.075 0.134 0.067 0.035 0.030 0.014 0.005 0.002 0.001 13 G 0.189 0.065 0.033 0.080 0.086 0.077 0.129 0.116 0.104 0.071 0.051 14 A 0.053 0.060 0.028 0.064 0.088 0.121 0.185 0.129 0.112 0.104 0.059 15 S 0.033 0.463 0.192 0.175 0.078 0.030 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 16 S 0.542 0.113 0.048 0.106 0.081 0.048 0.036 0.017 0.005 0.002 0.001 17 A 0.876 0.046 0.020 0.029 0.011 0.006 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 18 S 0.035 0.189 0.073 0.299 0.186 0.097 0.077 0.030 0.010 0.004 0.002 19 I 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.016 0.050 0.082 0.202 0.264 0.373 20 D 0.083 0.091 0.386 0.239 0.137 0.038 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 21 D 0.031 0.062 0.554 0.229 0.078 0.025 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 22 V 0.006 0.006 0.018 0.032 0.056 0.073 0.169 0.190 0.192 0.154 0.104 23 E 0.005 0.006 0.013 0.028 0.050 0.110 0.277 0.204 0.157 0.118 0.033 24 K 0.005 0.038 0.727 0.163 0.047 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 25 L 0.023 0.030 0.176 0.120 0.157 0.154 0.199 0.092 0.025 0.017 0.007 26 L 0.014 0.018 0.018 0.020 0.027 0.082 0.195 0.171 0.218 0.177 0.061 27 N 0.248 0.301 0.115 0.179 0.077 0.031 0.027 0.013 0.006 0.003 0.001 28 T 0.257 0.047 0.097 0.098 0.097 0.090 0.137 0.082 0.047 0.033 0.016 29 T 0.394 0.327 0.093 0.115 0.042 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 30 L 0.006 0.020 0.008 0.015 0.032 0.040 0.113 0.174 0.188 0.174 0.230 31 P 0.074 0.200 0.076 0.183 0.197 0.097 0.084 0.048 0.021 0.012 0.007 32 K 0.831 0.079 0.048 0.031 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.333 0.136 0.085 0.218 0.115 0.050 0.041 0.014 0.005 0.002 0.001 34 Y 0.006 0.022 0.016 0.031 0.038 0.046 0.118 0.151 0.231 0.214 0.127 35 K 0.007 0.018 0.043 0.104 0.174 0.251 0.216 0.105 0.048 0.026 0.009 36 S 0.028 0.080 0.689 0.146 0.033 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 37 F 0.002 0.002 0.010 0.019 0.045 0.107 0.264 0.239 0.153 0.110 0.049 38 L 0.003 0.004 0.011 0.015 0.017 0.028 0.066 0.115 0.244 0.305 0.192 39 L 0.006 0.015 0.099 0.113 0.149 0.159 0.190 0.113 0.079 0.053 0.023 40 W 0.009 0.017 0.120 0.090 0.117 0.130 0.188 0.146 0.089 0.063 0.030 41 S 0.021 0.031 0.049 0.073 0.075 0.113 0.197 0.148 0.136 0.103 0.055 42 N 0.059 0.041 0.038 0.075 0.084 0.112 0.197 0.153 0.119 0.074 0.048 43 G 0.126 0.086 0.066 0.150 0.130 0.101 0.120 0.082 0.064 0.043 0.032 44 G 0.019 0.014 0.015 0.021 0.028 0.040 0.086 0.103 0.198 0.214 0.262 45 E 0.094 0.135 0.051 0.190 0.182 0.106 0.100 0.062 0.040 0.024 0.017 46 G 0.064 0.033 0.026 0.058 0.066 0.084 0.132 0.134 0.158 0.137 0.108 47 K 0.146 0.141 0.056 0.192 0.147 0.105 0.091 0.052 0.035 0.020 0.015 48 L 0.023 0.026 0.013 0.040 0.045 0.060 0.113 0.128 0.185 0.181 0.186 49 G 0.134 0.123 0.036 0.134 0.134 0.097 0.114 0.079 0.063 0.047 0.038 50 D 0.365 0.170 0.051 0.144 0.087 0.056 0.052 0.030 0.022 0.014 0.008 51 N 0.162 0.084 0.034 0.120 0.104 0.104 0.131 0.091 0.079 0.057 0.034 52 Y 0.030 0.049 0.022 0.106 0.109 0.127 0.170 0.125 0.121 0.088 0.054 53 I 0.007 0.010 0.010 0.026 0.035 0.068 0.099 0.123 0.214 0.225 0.183 54 Y 0.018 0.030 0.028 0.086 0.124 0.157 0.191 0.129 0.114 0.075 0.048 55 I 0.009 0.010 0.018 0.035 0.049 0.052 0.100 0.124 0.190 0.219 0.194 56 W 0.011 0.010 0.012 0.038 0.068 0.106 0.161 0.143 0.177 0.161 0.112 57 A 0.059 0.176 0.069 0.189 0.143 0.094 0.110 0.064 0.050 0.031 0.015 58 I 0.008 0.014 0.013 0.046 0.078 0.120 0.197 0.160 0.159 0.115 0.090 59 E 0.353 0.114 0.096 0.156 0.099 0.063 0.063 0.029 0.015 0.007 0.004 60 D 0.077 0.105 0.097 0.267 0.164 0.107 0.111 0.042 0.018 0.008 0.004 61 V 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.011 0.026 0.041 0.192 0.292 0.426 62 I 0.004 0.006 0.011 0.040 0.099 0.168 0.281 0.142 0.121 0.089 0.039 63 A 0.011 0.046 0.585 0.191 0.080 0.042 0.021 0.011 0.007 0.005 0.002 64 Y 0.005 0.007 0.020 0.041 0.068 0.242 0.337 0.139 0.080 0.048 0.014 65 N 0.011 0.025 0.017 0.036 0.033 0.064 0.147 0.160 0.209 0.205 0.094 66 H 0.067 0.112 0.140 0.200 0.168 0.109 0.112 0.055 0.022 0.010 0.005 67 D 0.274 0.184 0.249 0.162 0.068 0.029 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 68 Y 0.057 0.023 0.027 0.037 0.057 0.120 0.213 0.142 0.142 0.107 0.075 69 G 0.191 0.280 0.073 0.187 0.117 0.053 0.048 0.028 0.013 0.007 0.003 70 I 0.006 0.008 0.015 0.024 0.037 0.083 0.160 0.143 0.211 0.201 0.112 71 Q 0.075 0.109 0.190 0.230 0.166 0.099 0.075 0.031 0.014 0.007 0.003 72 K 0.066 0.098 0.257 0.265 0.131 0.080 0.057 0.028 0.011 0.006 0.002 73 Y 0.008 0.010 0.014 0.023 0.036 0.120 0.177 0.139 0.186 0.191 0.096 74 L 0.012 0.031 0.017 0.051 0.062 0.102 0.208 0.156 0.160 0.137 0.063 75 Q 0.105 0.155 0.222 0.249 0.132 0.058 0.038 0.021 0.011 0.006 0.003 76 K 0.250 0.117 0.109 0.167 0.117 0.075 0.081 0.046 0.020 0.011 0.006 77 E 0.032 0.039 0.022 0.087 0.092 0.124 0.188 0.156 0.125 0.088 0.046 78 Y 0.006 0.009 0.008 0.023 0.038 0.081 0.123 0.137 0.198 0.204 0.174 79 W 0.007 0.012 0.023 0.049 0.072 0.125 0.159 0.130 0.165 0.154 0.103 80 A 0.004 0.006 0.011 0.018 0.026 0.050 0.093 0.094 0.221 0.256 0.222 81 F 0.007 0.007 0.007 0.027 0.050 0.074 0.136 0.145 0.214 0.175 0.158 82 G 0.081 0.092 0.053 0.149 0.128 0.111 0.138 0.088 0.077 0.052 0.033 83 M 0.036 0.042 0.022 0.083 0.096 0.132 0.176 0.131 0.118 0.087 0.077 84 D 0.297 0.223 0.037 0.130 0.088 0.062 0.067 0.041 0.025 0.018 0.012 85 G 0.156 0.086 0.027 0.114 0.103 0.105 0.135 0.094 0.079 0.060 0.041 86 D 0.103 0.097 0.041 0.130 0.120 0.118 0.136 0.089 0.074 0.057 0.034 87 I 0.006 0.017 0.014 0.055 0.073 0.127 0.184 0.142 0.173 0.136 0.073 88 G 0.003 0.007 0.008 0.020 0.032 0.064 0.107 0.117 0.218 0.222 0.202 89 Y 0.002 0.004 0.007 0.020 0.035 0.054 0.113 0.146 0.210 0.234 0.175 90 I 0.001 0.002 0.004 0.009 0.017 0.032 0.058 0.086 0.214 0.297 0.280 91 L 0.002 0.002 0.004 0.010 0.027 0.036 0.078 0.125 0.217 0.248 0.249 92 H 0.009 0.016 0.028 0.073 0.103 0.125 0.192 0.144 0.149 0.108 0.053 93 L 0.011 0.028 0.026 0.057 0.075 0.139 0.231 0.131 0.142 0.099 0.061 94 S 0.186 0.270 0.073 0.168 0.099 0.065 0.067 0.033 0.020 0.011 0.007 95 D 0.518 0.225 0.040 0.092 0.043 0.027 0.026 0.014 0.008 0.005 0.003 96 N 0.426 0.158 0.040 0.107 0.074 0.058 0.054 0.034 0.022 0.016 0.010 97 S 0.179 0.238 0.066 0.174 0.113 0.084 0.071 0.039 0.019 0.011 0.006 98 I 0.029 0.036 0.033 0.076 0.094 0.150 0.146 0.125 0.125 0.115 0.070 99 Y 0.034 0.037 0.041 0.073 0.080 0.150 0.202 0.142 0.121 0.086 0.034 100 R 0.031 0.093 0.099 0.275 0.170 0.113 0.099 0.057 0.035 0.019 0.009 101 V 0.005 0.003 0.005 0.008 0.015 0.029 0.067 0.112 0.204 0.254 0.299 102 D 0.081 0.166 0.085 0.253 0.174 0.084 0.073 0.042 0.024 0.013 0.007 103 L 0.014 0.013 0.017 0.039 0.062 0.081 0.135 0.164 0.180 0.155 0.140 104 G 0.221 0.099 0.050 0.127 0.127 0.089 0.113 0.078 0.048 0.029 0.020 105 D 0.122 0.159 0.070 0.194 0.126 0.089 0.111 0.057 0.038 0.022 0.011 106 L 0.029 0.015 0.011 0.028 0.045 0.074 0.127 0.129 0.190 0.182 0.171 107 D 0.197 0.381 0.084 0.171 0.078 0.034 0.028 0.013 0.008 0.004 0.002 108 I 0.061 0.043 0.038 0.096 0.113 0.137 0.180 0.117 0.100 0.067 0.047 109 T 0.491 0.213 0.064 0.110 0.053 0.026 0.021 0.011 0.006 0.003 0.002 110 S 0.090 0.131 0.057 0.216 0.143 0.098 0.108 0.075 0.046 0.025 0.011 111 I 0.026 0.024 0.020 0.042 0.058 0.099 0.163 0.150 0.161 0.160 0.095 112 K 0.064 0.106 0.169 0.274 0.171 0.098 0.061 0.031 0.016 0.008 0.004 113 Y 0.035 0.038 0.076 0.112 0.125 0.191 0.188 0.114 0.062 0.043 0.017 114 I 0.004 0.011 0.010 0.018 0.025 0.049 0.108 0.121 0.234 0.240 0.179 115 A 0.017 0.021 0.019 0.057 0.097 0.130 0.234 0.154 0.134 0.091 0.047 116 P 0.352 0.127 0.271 0.161 0.056 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 117 S 0.092 0.133 0.067 0.194 0.166 0.125 0.129 0.055 0.022 0.011 0.006 118 F 0.003 0.006 0.004 0.010 0.016 0.024 0.064 0.118 0.223 0.254 0.278 119 D 0.127 0.079 0.085 0.177 0.198 0.135 0.119 0.049 0.018 0.009 0.004 120 D 0.055 0.077 0.497 0.237 0.079 0.030 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 121 F 0.006 0.009 0.013 0.024 0.041 0.131 0.231 0.135 0.179 0.147 0.084 122 L 0.004 0.006 0.006 0.019 0.029 0.041 0.114 0.150 0.239 0.220 0.172 123 G 0.044 0.080 0.284 0.204 0.144 0.096 0.073 0.038 0.021 0.012 0.005 124 K 0.049 0.083 0.249 0.270 0.163 0.080 0.061 0.027 0.011 0.005 0.003 125 A 0.049 0.031 0.027 0.047 0.058 0.086 0.161 0.164 0.148 0.139 0.090 126 I 0.025 0.027 0.018 0.054 0.077 0.131 0.201 0.158 0.150 0.104 0.055 127 Y 0.075 0.112 0.147 0.184 0.132 0.098 0.104 0.061 0.043 0.029 0.014 128 L 0.043 0.027 0.048 0.070 0.092 0.146 0.217 0.123 0.113 0.077 0.043 129 N 0.233 0.267 0.117 0.171 0.085 0.045 0.044 0.020 0.011 0.005 0.002 130 F 0.027 0.030 0.026 0.065 0.083 0.118 0.200 0.156 0.137 0.100 0.058 131 N 0.207 0.135 0.092 0.151 0.124 0.093 0.095 0.050 0.028 0.017 0.008 132 K 0.189 0.217 0.190 0.221 0.088 0.039 0.031 0.014 0.006 0.003 0.001 133 L 0.034 0.031 0.039 0.067 0.081 0.151 0.207 0.136 0.118 0.096 0.041 134 Q 0.132 0.154 0.121 0.187 0.122 0.091 0.094 0.051 0.027 0.015 0.005 135 N 0.087 0.120 0.222 0.227 0.127 0.085 0.066 0.036 0.016 0.009 0.004 136 V 0.049 0.045 0.072 0.076 0.082 0.130 0.181 0.125 0.106 0.090 0.045 137 A 0.141 0.182 0.107 0.188 0.117 0.081 0.083 0.052 0.028 0.015 0.006 138 N 0.190 0.147 0.112 0.159 0.108 0.078 0.084 0.059 0.032 0.020 0.011 139 N 0.230 0.107 0.078 0.128 0.106 0.085 0.101 0.073 0.046 0.030 0.018 140 N 0.230 0.156 0.075 0.152 0.107 0.083 0.085 0.054 0.031 0.017 0.009 141 L 0.067 0.056 0.039 0.086 0.101 0.114 0.164 0.137 0.110 0.071 0.054 142 T 0.120 0.099 0.052 0.099 0.103 0.088 0.139 0.109 0.090 0.060 0.043 143 T 0.250 0.171 0.083 0.166 0.116 0.065 0.065 0.038 0.025 0.013 0.008