# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.041 0.036 0.009 0.096 0.072 0.122 0.039 0.002 0.001 0.004 0.580 2 E 0.025 0.025 0.004 0.097 0.124 0.183 0.077 0.001 0.001 0.003 0.460 3 V 0.033 0.027 0.004 0.085 0.067 0.107 0.050 0.001 0.001 0.003 0.623 4 I 0.043 0.063 0.002 0.127 0.130 0.234 0.056 0.001 0.001 0.004 0.339 5 E 0.039 0.111 0.007 0.095 0.079 0.179 0.105 0.003 0.001 0.006 0.375 6 S 0.052 0.128 0.004 0.067 0.078 0.130 0.086 0.004 0.001 0.006 0.446 7 K 0.184 0.100 0.008 0.040 0.038 0.062 0.103 0.005 0.001 0.011 0.448 8 W 0.114 0.155 0.012 0.044 0.043 0.058 0.135 0.006 0.001 0.009 0.425 9 Y 0.133 0.146 0.011 0.057 0.056 0.109 0.108 0.010 0.001 0.007 0.362 10 K 0.145 0.170 0.009 0.043 0.027 0.060 0.068 0.011 0.001 0.004 0.463 11 K 0.104 0.121 0.010 0.034 0.020 0.041 0.068 0.012 0.001 0.005 0.585 12 D 0.122 0.063 0.006 0.018 0.016 0.021 0.064 0.012 0.001 0.007 0.671 13 G 0.086 0.047 0.018 0.020 0.006 0.013 0.046 0.003 0.001 0.005 0.756 14 A 0.057 0.027 0.015 0.021 0.009 0.017 0.481 0.003 0.001 0.005 0.365 15 S 0.158 0.031 0.006 0.012 0.007 0.018 0.290 0.004 0.001 0.013 0.461 16 S 0.053 0.077 0.004 0.010 0.005 0.009 0.031 0.001 0.001 0.002 0.808 17 A 0.011 0.078 0.001 0.004 0.003 0.003 0.342 0.001 0.001 0.002 0.556 18 S 0.097 0.061 0.002 0.005 0.001 0.002 0.579 0.003 0.001 0.004 0.246 19 I 0.125 0.707 0.001 0.003 0.002 0.005 0.033 0.002 0.001 0.001 0.120 20 D 0.017 0.785 0.001 0.001 0.002 0.002 0.026 0.001 0.001 0.001 0.164 21 D 0.007 0.747 0.002 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.213 22 V 0.026 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.045 23 E 0.009 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 24 K 0.006 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 25 L 0.033 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.013 26 L 0.038 0.928 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.014 27 N 0.159 0.467 0.029 0.006 0.007 0.008 0.006 0.148 0.001 0.001 0.169 28 T 0.193 0.093 0.559 0.020 0.009 0.012 0.008 0.022 0.001 0.001 0.083 29 T 0.034 0.029 0.044 0.031 0.012 0.010 0.046 0.020 0.001 0.002 0.772 30 L 0.061 0.018 0.083 0.052 0.037 0.060 0.116 0.002 0.001 0.007 0.562 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 32 K 0.003 0.002 0.001 0.010 0.006 0.018 0.063 0.001 0.001 0.001 0.897 33 Q 0.183 0.020 0.001 0.016 0.002 0.006 0.143 0.001 0.001 0.004 0.625 34 Y 0.296 0.130 0.002 0.012 0.007 0.018 0.098 0.001 0.001 0.002 0.432 35 K 0.190 0.287 0.004 0.018 0.018 0.030 0.097 0.002 0.001 0.004 0.350 36 S 0.048 0.416 0.003 0.009 0.017 0.016 0.060 0.002 0.001 0.002 0.426 37 F 0.076 0.568 0.004 0.013 0.019 0.024 0.038 0.004 0.001 0.002 0.251 38 L 0.056 0.761 0.004 0.016 0.026 0.033 0.018 0.004 0.001 0.002 0.081 39 L 0.034 0.739 0.005 0.014 0.035 0.042 0.020 0.007 0.001 0.001 0.102 40 W 0.097 0.552 0.008 0.028 0.050 0.078 0.021 0.014 0.001 0.002 0.150 41 S 0.091 0.571 0.007 0.020 0.051 0.055 0.025 0.024 0.001 0.005 0.152 42 N 0.074 0.262 0.018 0.026 0.049 0.067 0.043 0.022 0.001 0.008 0.430 43 G 0.129 0.054 0.053 0.029 0.035 0.049 0.102 0.014 0.001 0.025 0.510 44 G 0.319 0.018 0.149 0.032 0.027 0.027 0.158 0.004 0.001 0.025 0.241 45 E 0.037 0.017 0.015 0.037 0.066 0.086 0.179 0.003 0.001 0.012 0.548 46 G 0.023 0.009 0.004 0.048 0.196 0.294 0.036 0.001 0.001 0.004 0.386 47 K 0.024 0.013 0.001 0.047 0.219 0.272 0.085 0.001 0.001 0.004 0.335 48 L 0.029 0.026 0.003 0.075 0.202 0.298 0.076 0.001 0.001 0.005 0.284 49 G 0.019 0.020 0.001 0.053 0.144 0.236 0.156 0.004 0.001 0.010 0.357 50 D 0.118 0.007 0.010 0.027 0.030 0.043 0.061 0.001 0.001 0.034 0.670 51 N 0.097 0.006 0.007 0.026 0.026 0.028 0.199 0.001 0.001 0.032 0.578 52 Y 0.143 0.004 0.024 0.049 0.070 0.112 0.322 0.001 0.001 0.062 0.214 53 I 0.015 0.010 0.010 0.111 0.271 0.305 0.123 0.001 0.001 0.010 0.144 54 Y 0.004 0.004 0.001 0.082 0.268 0.534 0.029 0.001 0.001 0.002 0.076 55 I 0.014 0.008 0.001 0.104 0.176 0.440 0.037 0.001 0.001 0.001 0.218 56 W 0.010 0.012 0.001 0.137 0.239 0.349 0.038 0.001 0.001 0.002 0.212 57 A 0.011 0.020 0.002 0.057 0.075 0.179 0.189 0.002 0.001 0.005 0.460 58 I 0.029 0.035 0.002 0.080 0.049 0.203 0.124 0.002 0.001 0.004 0.472 59 E 0.025 0.056 0.001 0.021 0.036 0.087 0.176 0.002 0.001 0.006 0.592 60 D 0.049 0.097 0.003 0.009 0.010 0.020 0.211 0.002 0.001 0.006 0.592 61 V 0.115 0.446 0.004 0.011 0.020 0.031 0.059 0.002 0.001 0.003 0.311 62 I 0.023 0.771 0.003 0.013 0.022 0.030 0.019 0.002 0.001 0.002 0.116 63 A 0.029 0.781 0.004 0.007 0.016 0.016 0.030 0.003 0.001 0.001 0.112 64 Y 0.049 0.861 0.005 0.006 0.012 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.043 65 N 0.054 0.818 0.003 0.004 0.017 0.014 0.007 0.017 0.001 0.002 0.064 66 H 0.124 0.444 0.069 0.008 0.009 0.015 0.022 0.011 0.001 0.002 0.296 67 D 0.047 0.226 0.015 0.011 0.007 0.014 0.181 0.021 0.001 0.004 0.474 68 Y 0.387 0.098 0.026 0.012 0.014 0.020 0.074 0.020 0.001 0.020 0.329 69 G 0.117 0.167 0.041 0.017 0.014 0.019 0.171 0.008 0.001 0.005 0.440 70 I 0.032 0.106 0.055 0.028 0.034 0.047 0.065 0.002 0.001 0.003 0.629 71 Q 0.036 0.222 0.002 0.039 0.066 0.117 0.077 0.002 0.001 0.004 0.434 72 K 0.092 0.299 0.003 0.018 0.038 0.046 0.115 0.006 0.001 0.003 0.380 73 Y 0.140 0.560 0.002 0.015 0.033 0.049 0.026 0.007 0.001 0.003 0.165 74 L 0.166 0.472 0.005 0.017 0.035 0.058 0.045 0.029 0.001 0.004 0.169 75 Q 0.097 0.280 0.013 0.022 0.024 0.033 0.046 0.018 0.001 0.004 0.464 76 K 0.152 0.075 0.015 0.049 0.049 0.054 0.082 0.026 0.001 0.014 0.485 77 E 0.451 0.026 0.041 0.060 0.027 0.033 0.099 0.011 0.001 0.020 0.232 78 Y 0.036 0.025 0.034 0.405 0.114 0.132 0.084 0.002 0.001 0.007 0.161 79 W 0.005 0.007 0.007 0.416 0.168 0.209 0.043 0.001 0.001 0.005 0.139 80 A 0.006 0.006 0.001 0.457 0.113 0.223 0.034 0.001 0.001 0.002 0.157 81 F 0.005 0.002 0.001 0.253 0.167 0.286 0.037 0.001 0.001 0.001 0.247 82 G 0.003 0.001 0.001 0.126 0.131 0.186 0.082 0.001 0.001 0.005 0.465 83 M 0.007 0.002 0.001 0.096 0.149 0.132 0.231 0.001 0.001 0.013 0.368 84 D 0.023 0.001 0.001 0.043 0.030 0.042 0.194 0.001 0.001 0.032 0.632 85 G 0.110 0.001 0.003 0.024 0.031 0.029 0.212 0.001 0.001 0.118 0.470 86 D 0.361 0.001 0.010 0.014 0.027 0.023 0.205 0.001 0.001 0.127 0.233 87 I 0.062 0.002 0.024 0.046 0.141 0.184 0.306 0.001 0.001 0.036 0.199 88 G 0.001 0.001 0.001 0.020 0.385 0.545 0.022 0.001 0.001 0.003 0.023 89 Y 0.001 0.001 0.001 0.010 0.369 0.600 0.004 0.001 0.001 0.001 0.015 90 I 0.001 0.001 0.001 0.010 0.365 0.603 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 91 L 0.001 0.001 0.001 0.009 0.439 0.528 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 92 H 0.001 0.001 0.001 0.011 0.400 0.544 0.005 0.001 0.001 0.001 0.038 93 L 0.002 0.001 0.001 0.020 0.288 0.609 0.012 0.001 0.001 0.001 0.065 94 S 0.004 0.002 0.001 0.018 0.171 0.372 0.136 0.001 0.001 0.005 0.291 95 D 0.015 0.001 0.001 0.008 0.026 0.061 0.067 0.001 0.001 0.013 0.808 96 N 0.100 0.001 0.004 0.015 0.041 0.041 0.164 0.001 0.001 0.043 0.590 97 S 0.161 0.001 0.013 0.038 0.050 0.053 0.378 0.001 0.001 0.031 0.274 98 I 0.018 0.003 0.007 0.110 0.090 0.140 0.130 0.001 0.001 0.009 0.493 99 Y 0.003 0.001 0.001 0.223 0.316 0.352 0.033 0.001 0.001 0.003 0.067 100 R 0.008 0.002 0.001 0.117 0.093 0.203 0.033 0.001 0.001 0.001 0.543 101 V 0.007 0.001 0.001 0.332 0.204 0.354 0.022 0.001 0.001 0.001 0.079 102 D 0.005 0.002 0.001 0.144 0.213 0.217 0.091 0.001 0.001 0.005 0.321 103 L 0.012 0.004 0.005 0.230 0.074 0.215 0.062 0.001 0.001 0.007 0.391 104 G 0.009 0.001 0.001 0.094 0.033 0.052 0.555 0.001 0.001 0.006 0.248 105 D 0.331 0.001 0.003 0.028 0.010 0.020 0.214 0.001 0.001 0.073 0.318 106 L 0.178 0.016 0.012 0.120 0.024 0.032 0.154 0.001 0.001 0.011 0.452 107 D 0.032 0.006 0.003 0.022 0.038 0.051 0.484 0.003 0.001 0.014 0.347 108 I 0.051 0.023 0.022 0.075 0.020 0.051 0.086 0.001 0.001 0.012 0.660 109 T 0.004 0.014 0.001 0.007 0.017 0.016 0.699 0.001 0.001 0.002 0.240 110 S 0.153 0.008 0.002 0.010 0.004 0.008 0.618 0.002 0.001 0.028 0.167 111 I 0.335 0.271 0.003 0.051 0.022 0.034 0.057 0.002 0.001 0.004 0.221 112 K 0.070 0.203 0.024 0.133 0.153 0.105 0.077 0.003 0.001 0.009 0.221 113 Y 0.033 0.175 0.016 0.149 0.062 0.056 0.056 0.003 0.001 0.004 0.447 114 I 0.077 0.166 0.014 0.151 0.119 0.245 0.048 0.003 0.001 0.004 0.172 115 A 0.063 0.231 0.007 0.086 0.060 0.181 0.097 0.006 0.001 0.005 0.264 116 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 117 S 0.014 0.026 0.001 0.010 0.005 0.018 0.277 0.002 0.001 0.005 0.642 118 F 0.243 0.085 0.010 0.013 0.003 0.009 0.111 0.003 0.001 0.005 0.517 119 D 0.041 0.250 0.002 0.006 0.008 0.013 0.214 0.001 0.001 0.001 0.464 120 D 0.039 0.424 0.002 0.003 0.004 0.004 0.209 0.001 0.001 0.002 0.311 121 F 0.049 0.887 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.044 122 L 0.027 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 123 G 0.035 0.908 0.003 0.002 0.002 0.003 0.004 0.009 0.001 0.001 0.033 124 K 0.118 0.688 0.046 0.005 0.004 0.007 0.007 0.029 0.001 0.002 0.095 125 A 0.240 0.494 0.030 0.012 0.008 0.008 0.017 0.049 0.001 0.003 0.139 126 I 0.112 0.247 0.138 0.056 0.035 0.031 0.049 0.025 0.001 0.005 0.303 127 Y 0.045 0.166 0.065 0.095 0.043 0.077 0.045 0.007 0.001 0.004 0.453 128 L 0.051 0.124 0.035 0.197 0.081 0.126 0.057 0.003 0.001 0.004 0.324 129 N 0.029 0.101 0.003 0.069 0.043 0.065 0.146 0.005 0.001 0.005 0.534 130 F 0.065 0.085 0.008 0.055 0.026 0.051 0.064 0.002 0.001 0.003 0.640 131 N 0.025 0.192 0.002 0.033 0.036 0.054 0.242 0.004 0.001 0.006 0.406 132 K 0.209 0.130 0.007 0.028 0.021 0.037 0.199 0.007 0.001 0.013 0.350 133 L 0.155 0.475 0.005 0.019 0.019 0.031 0.064 0.005 0.001 0.004 0.222 134 Q 0.185 0.347 0.022 0.025 0.048 0.067 0.083 0.011 0.001 0.008 0.205 135 N 0.103 0.359 0.008 0.016 0.030 0.034 0.033 0.011 0.001 0.004 0.402 136 V 0.131 0.274 0.018 0.029 0.044 0.076 0.035 0.010 0.001 0.004 0.379 137 A 0.095 0.171 0.011 0.031 0.028 0.045 0.155 0.029 0.001 0.006 0.431 138 N 0.220 0.125 0.015 0.026 0.035 0.059 0.081 0.020 0.001 0.011 0.407 139 N 0.176 0.094 0.038 0.044 0.026 0.040 0.061 0.009 0.001 0.010 0.503 140 N 0.083 0.032 0.014 0.030 0.039 0.032 0.299 0.007 0.001 0.016 0.449 141 L 0.195 0.037 0.058 0.058 0.023 0.037 0.188 0.003 0.001 0.024 0.377 142 T 0.048 0.033 0.007 0.053 0.037 0.064 0.477 0.004 0.001 0.009 0.269 143 T 0.104 0.022 0.007 0.034 0.045 0.057 0.254 0.003 0.001 0.032 0.442