# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.047 0.035 0.031 0.034 0.067 0.060 0.006 0.721 2 E 0.026 0.040 0.039 0.064 0.098 0.189 0.005 0.540 3 V 0.048 0.075 0.031 0.045 0.057 0.149 0.008 0.587 4 I 0.057 0.285 0.062 0.051 0.149 0.053 0.006 0.338 5 E 0.035 0.328 0.052 0.044 0.091 0.097 0.008 0.344 6 S 0.041 0.327 0.028 0.019 0.046 0.066 0.018 0.455 7 K 0.091 0.397 0.023 0.014 0.036 0.055 0.021 0.363 8 W 0.115 0.340 0.023 0.017 0.023 0.156 0.023 0.303 9 Y 0.135 0.306 0.045 0.020 0.030 0.146 0.023 0.295 10 K 0.174 0.365 0.028 0.017 0.034 0.050 0.020 0.312 11 K 0.182 0.298 0.024 0.013 0.025 0.041 0.024 0.394 12 D 0.124 0.115 0.031 0.011 0.014 0.040 0.024 0.641 13 G 0.105 0.054 0.036 0.010 0.016 0.041 0.024 0.715 14 A 0.238 0.042 0.084 0.017 0.016 0.224 0.029 0.349 15 S 0.110 0.036 0.038 0.010 0.012 0.392 0.015 0.386 16 S 0.039 0.068 0.042 0.004 0.018 0.057 0.005 0.767 17 A 0.014 0.035 0.010 0.002 0.003 0.430 0.004 0.502 18 S 0.142 0.021 0.006 0.001 0.002 0.678 0.024 0.126 19 I 0.105 0.699 0.011 0.002 0.006 0.041 0.005 0.129 20 D 0.009 0.771 0.003 0.001 0.004 0.039 0.002 0.171 21 D 0.019 0.642 0.003 0.001 0.003 0.100 0.007 0.224 22 V 0.019 0.906 0.001 0.001 0.002 0.021 0.005 0.044 23 E 0.015 0.944 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.020 24 K 0.017 0.950 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.021 25 L 0.019 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 26 L 0.025 0.947 0.002 0.001 0.002 0.001 0.010 0.012 27 N 0.092 0.693 0.047 0.010 0.006 0.011 0.062 0.079 28 T 0.204 0.379 0.125 0.025 0.013 0.024 0.060 0.169 29 T 0.113 0.206 0.106 0.020 0.018 0.076 0.041 0.419 30 L 0.060 0.076 0.167 0.024 0.033 0.131 0.010 0.498 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 32 K 0.003 0.006 0.004 0.003 0.007 0.062 0.001 0.914 33 Q 0.180 0.097 0.010 0.004 0.008 0.106 0.006 0.590 34 Y 0.228 0.404 0.013 0.009 0.022 0.054 0.007 0.263 35 K 0.045 0.611 0.019 0.016 0.045 0.029 0.005 0.231 36 S 0.030 0.687 0.007 0.010 0.021 0.033 0.008 0.205 37 F 0.054 0.782 0.009 0.011 0.023 0.019 0.010 0.092 38 L 0.022 0.895 0.011 0.017 0.016 0.005 0.004 0.030 39 L 0.039 0.745 0.039 0.041 0.045 0.010 0.012 0.069 40 W 0.090 0.557 0.061 0.064 0.079 0.009 0.030 0.109 41 S 0.099 0.462 0.056 0.071 0.088 0.014 0.045 0.165 42 N 0.076 0.106 0.092 0.067 0.084 0.057 0.049 0.469 43 G 0.128 0.029 0.167 0.050 0.062 0.133 0.048 0.383 44 G 0.155 0.022 0.096 0.079 0.118 0.142 0.023 0.365 45 E 0.047 0.017 0.070 0.114 0.160 0.152 0.008 0.433 46 G 0.031 0.013 0.059 0.125 0.178 0.063 0.005 0.527 47 K 0.040 0.016 0.062 0.164 0.296 0.053 0.006 0.365 48 L 0.046 0.019 0.041 0.165 0.229 0.054 0.008 0.438 49 G 0.045 0.018 0.037 0.175 0.193 0.083 0.011 0.438 50 D 0.025 0.005 0.017 0.042 0.047 0.050 0.007 0.806 51 N 0.068 0.005 0.032 0.055 0.098 0.152 0.018 0.572 52 Y 0.156 0.003 0.085 0.074 0.094 0.204 0.014 0.371 53 I 0.017 0.003 0.170 0.255 0.252 0.081 0.003 0.220 54 Y 0.004 0.002 0.214 0.281 0.330 0.042 0.001 0.125 55 I 0.005 0.004 0.220 0.166 0.357 0.030 0.001 0.218 56 W 0.005 0.005 0.244 0.208 0.375 0.044 0.001 0.118 57 A 0.011 0.013 0.063 0.102 0.148 0.158 0.005 0.500 58 I 0.027 0.020 0.112 0.072 0.278 0.105 0.007 0.378 59 E 0.011 0.030 0.023 0.028 0.059 0.242 0.006 0.602 60 D 0.055 0.078 0.012 0.013 0.033 0.349 0.011 0.451 61 V 0.059 0.642 0.010 0.010 0.026 0.062 0.004 0.187 62 I 0.021 0.815 0.014 0.014 0.029 0.023 0.002 0.082 63 A 0.025 0.836 0.008 0.009 0.020 0.025 0.005 0.072 64 Y 0.067 0.788 0.016 0.011 0.021 0.010 0.015 0.073 65 N 0.059 0.823 0.009 0.009 0.018 0.007 0.016 0.061 66 H 0.085 0.350 0.069 0.016 0.017 0.042 0.033 0.388 67 D 0.064 0.203 0.045 0.012 0.016 0.148 0.040 0.472 68 Y 0.330 0.151 0.053 0.014 0.023 0.087 0.037 0.307 69 G 0.110 0.186 0.054 0.023 0.027 0.224 0.017 0.358 70 I 0.044 0.176 0.101 0.026 0.043 0.146 0.007 0.456 71 Q 0.031 0.341 0.026 0.030 0.078 0.044 0.005 0.445 72 K 0.048 0.426 0.010 0.019 0.033 0.076 0.009 0.378 73 Y 0.100 0.537 0.021 0.020 0.032 0.062 0.015 0.212 74 L 0.120 0.581 0.030 0.028 0.046 0.030 0.019 0.145 75 Q 0.099 0.277 0.028 0.025 0.028 0.035 0.032 0.475 76 K 0.147 0.107 0.052 0.024 0.030 0.054 0.069 0.517 77 E 0.360 0.055 0.145 0.026 0.027 0.071 0.050 0.266 78 Y 0.094 0.025 0.395 0.074 0.056 0.115 0.012 0.230 79 W 0.008 0.004 0.533 0.149 0.155 0.042 0.003 0.106 80 A 0.006 0.004 0.303 0.181 0.246 0.030 0.002 0.227 81 F 0.007 0.004 0.231 0.139 0.237 0.054 0.003 0.324 82 G 0.006 0.003 0.097 0.116 0.157 0.137 0.004 0.479 83 M 0.012 0.003 0.054 0.086 0.122 0.220 0.008 0.495 84 D 0.026 0.003 0.022 0.029 0.052 0.190 0.014 0.663 85 G 0.121 0.003 0.018 0.034 0.049 0.294 0.043 0.439 86 D 0.369 0.004 0.029 0.102 0.089 0.135 0.043 0.230 87 I 0.043 0.004 0.038 0.339 0.283 0.094 0.006 0.193 88 G 0.002 0.001 0.018 0.367 0.554 0.014 0.001 0.044 89 Y 0.001 0.001 0.018 0.382 0.578 0.004 0.001 0.016 90 I 0.001 0.001 0.017 0.358 0.602 0.002 0.001 0.020 91 L 0.001 0.001 0.015 0.428 0.543 0.001 0.001 0.011 92 H 0.001 0.002 0.010 0.397 0.553 0.003 0.001 0.033 93 L 0.004 0.003 0.010 0.333 0.565 0.012 0.002 0.071 94 S 0.008 0.003 0.007 0.177 0.261 0.087 0.006 0.451 95 D 0.026 0.003 0.008 0.030 0.102 0.129 0.012 0.690 96 N 0.187 0.004 0.014 0.028 0.077 0.175 0.033 0.483 97 S 0.205 0.002 0.038 0.040 0.047 0.333 0.015 0.320 98 I 0.021 0.002 0.100 0.111 0.156 0.115 0.004 0.492 99 Y 0.006 0.001 0.203 0.278 0.356 0.050 0.001 0.106 100 R 0.005 0.001 0.104 0.115 0.217 0.046 0.001 0.511 101 V 0.002 0.001 0.348 0.202 0.339 0.024 0.001 0.083 102 D 0.002 0.001 0.105 0.157 0.152 0.213 0.002 0.368 103 L 0.010 0.003 0.202 0.056 0.222 0.065 0.004 0.438 104 G 0.004 0.002 0.024 0.011 0.018 0.729 0.007 0.206 105 D 0.494 0.001 0.016 0.011 0.017 0.103 0.135 0.223 106 L 0.271 0.032 0.051 0.023 0.023 0.242 0.013 0.345 107 D 0.009 0.006 0.005 0.022 0.018 0.719 0.002 0.218 108 I 0.046 0.018 0.017 0.012 0.083 0.121 0.006 0.697 109 T 0.010 0.011 0.004 0.007 0.011 0.720 0.005 0.231 110 S 0.544 0.009 0.005 0.007 0.010 0.214 0.069 0.142 111 I 0.238 0.486 0.019 0.015 0.021 0.040 0.011 0.170 112 K 0.048 0.303 0.076 0.081 0.095 0.183 0.006 0.208 113 Y 0.062 0.267 0.040 0.055 0.078 0.072 0.014 0.411 114 I 0.120 0.370 0.067 0.043 0.159 0.021 0.018 0.201 115 A 0.097 0.231 0.067 0.077 0.130 0.037 0.013 0.348 116 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 117 S 0.020 0.023 0.019 0.004 0.011 0.213 0.006 0.704 118 F 0.353 0.098 0.024 0.003 0.016 0.056 0.013 0.437 119 D 0.018 0.169 0.009 0.002 0.004 0.185 0.003 0.611 120 D 0.054 0.222 0.003 0.002 0.003 0.300 0.006 0.410 121 F 0.075 0.810 0.001 0.001 0.001 0.028 0.002 0.082 122 L 0.019 0.952 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.019 123 G 0.018 0.938 0.003 0.001 0.002 0.005 0.005 0.028 124 K 0.076 0.829 0.005 0.002 0.003 0.004 0.035 0.046 125 A 0.154 0.722 0.018 0.004 0.004 0.006 0.036 0.055 126 I 0.066 0.414 0.296 0.030 0.012 0.046 0.024 0.111 127 Y 0.034 0.181 0.397 0.042 0.040 0.054 0.016 0.237 128 L 0.075 0.155 0.241 0.056 0.079 0.059 0.016 0.320 129 N 0.039 0.097 0.088 0.030 0.045 0.110 0.015 0.577 130 F 0.048 0.067 0.150 0.029 0.058 0.090 0.010 0.548 131 N 0.023 0.075 0.036 0.020 0.028 0.382 0.007 0.430 132 K 0.078 0.104 0.019 0.015 0.030 0.235 0.016 0.504 133 L 0.081 0.458 0.017 0.013 0.032 0.113 0.009 0.277 134 Q 0.103 0.405 0.019 0.017 0.025 0.171 0.016 0.243 135 N 0.092 0.544 0.013 0.015 0.023 0.053 0.018 0.243 136 V 0.081 0.676 0.018 0.014 0.033 0.020 0.011 0.147 137 A 0.074 0.407 0.047 0.033 0.043 0.084 0.028 0.285 138 N 0.169 0.228 0.083 0.036 0.045 0.095 0.064 0.280 139 N 0.179 0.182 0.077 0.030 0.033 0.044 0.031 0.423 140 N 0.073 0.072 0.095 0.034 0.040 0.180 0.027 0.479 141 L 0.156 0.033 0.149 0.027 0.043 0.093 0.028 0.470 142 T 0.058 0.028 0.094 0.052 0.063 0.310 0.016 0.379 143 T 0.060 0.015 0.047 0.031 0.044 0.184 0.015 0.605