# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.195 0.473 0.190 0.037 0.058 0.022 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 2 E 0.246 0.380 0.218 0.029 0.067 0.036 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 3 V 0.266 0.450 0.152 0.030 0.053 0.025 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 4 I 0.302 0.389 0.164 0.034 0.052 0.030 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 5 E 0.431 0.215 0.178 0.060 0.049 0.033 0.008 0.001 0.024 0.001 0.001 6 S 0.561 0.113 0.112 0.111 0.043 0.019 0.021 0.002 0.015 0.002 0.001 7 K 0.575 0.083 0.123 0.106 0.042 0.018 0.030 0.005 0.013 0.004 0.001 8 W 0.598 0.104 0.099 0.130 0.024 0.014 0.015 0.002 0.012 0.001 0.001 9 Y 0.437 0.148 0.144 0.168 0.035 0.025 0.017 0.002 0.022 0.002 0.001 10 K 0.357 0.212 0.237 0.097 0.027 0.029 0.018 0.001 0.020 0.001 0.001 11 K 0.292 0.222 0.255 0.105 0.033 0.046 0.014 0.001 0.028 0.002 0.002 12 D 0.240 0.094 0.295 0.227 0.028 0.044 0.043 0.002 0.024 0.003 0.001 13 G 0.222 0.037 0.130 0.094 0.064 0.037 0.141 0.177 0.013 0.083 0.001 14 A 0.374 0.077 0.273 0.181 0.029 0.035 0.011 0.004 0.009 0.005 0.001 15 S 0.191 0.113 0.399 0.070 0.033 0.111 0.013 0.002 0.058 0.009 0.001 16 S 0.959 0.002 0.025 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 A 0.980 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 S 0.938 0.005 0.004 0.048 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 I 0.994 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 D 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 V 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.963 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.267 0.003 0.009 0.693 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 27 N 0.057 0.005 0.015 0.040 0.008 0.004 0.735 0.124 0.001 0.010 0.001 28 T 0.100 0.326 0.347 0.130 0.018 0.049 0.016 0.001 0.011 0.001 0.001 29 T 0.090 0.213 0.493 0.057 0.008 0.113 0.011 0.001 0.010 0.001 0.002 30 L 0.012 0.241 0.493 0.005 0.039 0.037 0.003 0.001 0.165 0.004 0.001 31 P 0.402 0.002 0.513 0.007 0.004 0.021 0.001 0.001 0.005 0.005 0.040 32 K 0.933 0.003 0.034 0.021 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.856 0.007 0.022 0.097 0.003 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 34 Y 0.771 0.043 0.030 0.128 0.004 0.011 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 35 K 0.953 0.012 0.019 0.007 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 36 S 0.979 0.004 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 F 0.937 0.014 0.005 0.033 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 38 L 0.901 0.051 0.019 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 39 L 0.863 0.049 0.026 0.031 0.010 0.010 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 40 W 0.659 0.080 0.059 0.160 0.012 0.010 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 41 S 0.428 0.084 0.096 0.291 0.024 0.019 0.025 0.002 0.028 0.003 0.001 42 N 0.113 0.034 0.120 0.295 0.022 0.026 0.343 0.015 0.019 0.013 0.001 43 G 0.030 0.015 0.045 0.081 0.057 0.007 0.161 0.399 0.003 0.202 0.001 44 G 0.073 0.083 0.219 0.075 0.136 0.045 0.058 0.158 0.009 0.143 0.001 45 E 0.156 0.393 0.274 0.104 0.031 0.018 0.005 0.001 0.015 0.002 0.001 46 G 0.112 0.147 0.157 0.050 0.304 0.032 0.028 0.028 0.025 0.117 0.001 47 K 0.126 0.394 0.262 0.067 0.067 0.040 0.006 0.001 0.032 0.002 0.003 48 L 0.097 0.260 0.449 0.094 0.035 0.024 0.015 0.001 0.020 0.002 0.002 49 G 0.024 0.017 0.040 0.016 0.064 0.009 0.048 0.352 0.005 0.425 0.001 50 D 0.150 0.101 0.292 0.207 0.090 0.026 0.085 0.014 0.014 0.019 0.002 51 N 0.095 0.122 0.148 0.285 0.095 0.025 0.128 0.055 0.014 0.031 0.001 52 Y 0.053 0.408 0.292 0.047 0.107 0.025 0.032 0.005 0.025 0.004 0.001 53 I 0.021 0.633 0.265 0.010 0.028 0.030 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 54 Y 0.017 0.748 0.161 0.006 0.026 0.031 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 55 I 0.041 0.701 0.145 0.011 0.044 0.035 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 56 W 0.075 0.513 0.141 0.033 0.168 0.023 0.005 0.001 0.038 0.001 0.001 57 A 0.061 0.216 0.325 0.039 0.154 0.102 0.029 0.002 0.064 0.008 0.001 58 I 0.623 0.087 0.190 0.039 0.019 0.022 0.004 0.001 0.012 0.001 0.003 59 E 0.900 0.015 0.041 0.029 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 60 D 0.734 0.030 0.041 0.122 0.022 0.017 0.024 0.004 0.006 0.001 0.001 61 V 0.759 0.110 0.046 0.052 0.014 0.005 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 62 I 0.790 0.108 0.048 0.026 0.010 0.009 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 63 A 0.636 0.141 0.062 0.091 0.031 0.018 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 64 Y 0.433 0.163 0.100 0.217 0.028 0.022 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 65 N 0.172 0.084 0.291 0.106 0.043 0.118 0.090 0.004 0.081 0.009 0.001 66 H 0.874 0.009 0.034 0.063 0.005 0.005 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 67 D 0.803 0.011 0.024 0.126 0.006 0.014 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 68 Y 0.595 0.043 0.044 0.268 0.011 0.008 0.020 0.003 0.006 0.001 0.001 69 G 0.631 0.035 0.084 0.048 0.043 0.021 0.080 0.032 0.009 0.018 0.001 70 I 0.798 0.076 0.073 0.030 0.007 0.011 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 71 Q 0.938 0.020 0.020 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 72 K 0.936 0.010 0.016 0.025 0.006 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 73 Y 0.716 0.032 0.035 0.185 0.011 0.005 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 74 L 0.601 0.095 0.150 0.076 0.012 0.015 0.017 0.001 0.030 0.001 0.001 75 Q 0.530 0.028 0.130 0.229 0.006 0.010 0.059 0.001 0.005 0.002 0.002 76 K 0.171 0.028 0.072 0.222 0.045 0.020 0.249 0.161 0.008 0.024 0.001 77 E 0.086 0.289 0.437 0.079 0.039 0.023 0.019 0.002 0.024 0.001 0.001 78 Y 0.037 0.615 0.249 0.019 0.022 0.034 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 79 W 0.019 0.645 0.226 0.012 0.034 0.047 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 80 A 0.032 0.695 0.142 0.024 0.046 0.024 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 81 F 0.037 0.315 0.184 0.066 0.237 0.053 0.031 0.007 0.052 0.016 0.001 82 G 0.081 0.170 0.208 0.126 0.167 0.067 0.059 0.027 0.041 0.053 0.001 83 M 0.194 0.203 0.153 0.283 0.057 0.030 0.033 0.005 0.028 0.012 0.002 84 D 0.080 0.068 0.113 0.294 0.067 0.027 0.192 0.070 0.022 0.065 0.001 85 G 0.034 0.032 0.049 0.063 0.080 0.007 0.082 0.451 0.006 0.196 0.001 86 D 0.076 0.168 0.323 0.143 0.112 0.041 0.060 0.029 0.020 0.025 0.002 87 I 0.042 0.485 0.264 0.080 0.075 0.015 0.011 0.002 0.021 0.002 0.002 88 G 0.019 0.549 0.134 0.018 0.239 0.016 0.007 0.004 0.010 0.004 0.001 89 Y 0.006 0.835 0.096 0.004 0.035 0.019 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 90 I 0.008 0.791 0.132 0.003 0.017 0.041 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 91 L 0.014 0.713 0.132 0.006 0.058 0.040 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 92 H 0.024 0.410 0.341 0.018 0.048 0.112 0.009 0.001 0.037 0.001 0.001 93 L 0.167 0.352 0.255 0.075 0.058 0.031 0.017 0.003 0.035 0.005 0.002 94 S 0.231 0.149 0.141 0.131 0.118 0.040 0.099 0.021 0.026 0.040 0.002 95 D 0.140 0.075 0.100 0.462 0.046 0.025 0.109 0.013 0.020 0.009 0.002 96 N 0.105 0.176 0.195 0.163 0.081 0.020 0.137 0.072 0.020 0.030 0.001 97 S 0.070 0.294 0.401 0.074 0.062 0.036 0.030 0.004 0.022 0.003 0.003 98 I 0.032 0.612 0.235 0.037 0.041 0.019 0.004 0.001 0.015 0.001 0.002 99 Y 0.014 0.730 0.156 0.010 0.055 0.016 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 100 R 0.008 0.648 0.222 0.009 0.037 0.063 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 101 V 0.009 0.828 0.086 0.005 0.038 0.015 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 102 D 0.015 0.174 0.487 0.010 0.026 0.239 0.009 0.001 0.037 0.001 0.002 103 L 0.284 0.181 0.227 0.158 0.058 0.015 0.026 0.004 0.036 0.006 0.007 104 G 0.116 0.033 0.052 0.080 0.114 0.016 0.110 0.326 0.008 0.144 0.001 105 D 0.099 0.142 0.267 0.285 0.070 0.050 0.046 0.007 0.027 0.005 0.002 106 L 0.156 0.327 0.318 0.101 0.025 0.030 0.012 0.004 0.019 0.006 0.002 107 D 0.056 0.125 0.485 0.033 0.053 0.115 0.026 0.001 0.089 0.015 0.002 108 I 0.861 0.006 0.066 0.044 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 109 T 0.789 0.012 0.031 0.133 0.008 0.009 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 110 S 0.515 0.085 0.059 0.253 0.022 0.018 0.025 0.004 0.018 0.001 0.001 111 I 0.492 0.215 0.199 0.038 0.013 0.015 0.016 0.001 0.011 0.001 0.001 112 K 0.483 0.322 0.111 0.034 0.019 0.016 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 113 Y 0.426 0.240 0.178 0.041 0.059 0.030 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 114 I 0.376 0.341 0.129 0.090 0.025 0.017 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 115 A 0.181 0.135 0.253 0.013 0.160 0.025 0.014 0.001 0.203 0.015 0.001 116 P 0.823 0.003 0.130 0.028 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 117 S 0.555 0.034 0.079 0.247 0.024 0.029 0.018 0.007 0.007 0.002 0.001 118 F 0.658 0.062 0.125 0.081 0.018 0.030 0.008 0.001 0.016 0.001 0.001 119 D 0.933 0.010 0.025 0.020 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 120 D 0.960 0.004 0.006 0.023 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 121 F 0.920 0.011 0.008 0.048 0.005 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 122 L 0.765 0.022 0.042 0.145 0.005 0.003 0.010 0.001 0.007 0.001 0.001 123 G 0.633 0.007 0.026 0.048 0.018 0.006 0.118 0.093 0.002 0.049 0.001 124 K 0.516 0.037 0.056 0.350 0.012 0.006 0.016 0.002 0.004 0.001 0.001 125 A 0.309 0.117 0.222 0.148 0.054 0.024 0.077 0.007 0.037 0.004 0.001 126 I 0.268 0.347 0.222 0.067 0.026 0.040 0.013 0.001 0.015 0.001 0.001 127 Y 0.195 0.346 0.231 0.071 0.048 0.075 0.008 0.001 0.024 0.001 0.001 128 L 0.260 0.349 0.169 0.106 0.055 0.028 0.005 0.001 0.025 0.001 0.001 129 N 0.205 0.155 0.218 0.113 0.107 0.087 0.055 0.006 0.045 0.010 0.001 130 F 0.626 0.086 0.113 0.103 0.022 0.021 0.011 0.002 0.012 0.002 0.001 131 N 0.656 0.053 0.081 0.128 0.022 0.018 0.024 0.004 0.009 0.004 0.001 132 K 0.527 0.066 0.093 0.208 0.028 0.024 0.031 0.005 0.015 0.003 0.001 133 L 0.604 0.090 0.133 0.098 0.014 0.017 0.026 0.003 0.013 0.002 0.001 134 Q 0.669 0.081 0.119 0.081 0.013 0.011 0.014 0.001 0.009 0.001 0.001 135 N 0.447 0.090 0.162 0.158 0.040 0.042 0.031 0.004 0.021 0.004 0.001 136 V 0.490 0.183 0.162 0.094 0.020 0.015 0.007 0.001 0.026 0.001 0.001 137 A 0.589 0.109 0.123 0.112 0.017 0.018 0.015 0.001 0.014 0.001 0.001 138 N 0.203 0.090 0.126 0.360 0.048 0.039 0.076 0.015 0.033 0.009 0.001 139 N 0.241 0.142 0.223 0.222 0.041 0.026 0.058 0.012 0.025 0.009 0.001 140 N 0.118 0.111 0.200 0.212 0.061 0.097 0.125 0.016 0.041 0.018 0.001 141 L 0.321 0.156 0.148 0.274 0.034 0.024 0.014 0.006 0.016 0.004 0.003 142 T 0.264 0.178 0.152 0.243 0.051 0.044 0.027 0.010 0.023 0.008 0.001 143 T 0.147 0.193 0.223 0.176 0.071 0.073 0.048 0.006 0.053 0.007 0.002