# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.225 0.125 0.019 0.005 0.371 0.009 0.017 0.110 0.045 0.033 0.041 2 E 0.139 0.172 0.031 0.011 0.340 0.020 0.029 0.158 0.039 0.027 0.034 3 V 0.213 0.112 0.015 0.004 0.300 0.006 0.019 0.204 0.047 0.043 0.038 4 I 0.143 0.096 0.021 0.007 0.213 0.014 0.048 0.283 0.069 0.062 0.045 5 E 0.099 0.110 0.042 0.026 0.137 0.038 0.057 0.278 0.090 0.076 0.047 6 S 0.076 0.120 0.050 0.024 0.116 0.026 0.054 0.266 0.134 0.096 0.039 7 K 0.047 0.079 0.039 0.015 0.078 0.016 0.057 0.277 0.222 0.131 0.039 8 W 0.083 0.122 0.037 0.008 0.148 0.012 0.057 0.202 0.141 0.144 0.046 9 Y 0.140 0.189 0.054 0.010 0.240 0.014 0.036 0.104 0.058 0.104 0.052 10 K 0.119 0.186 0.118 0.026 0.208 0.024 0.044 0.104 0.052 0.072 0.047 11 K 0.088 0.162 0.103 0.049 0.157 0.044 0.053 0.116 0.081 0.107 0.041 12 D 0.056 0.312 0.172 0.028 0.148 0.021 0.033 0.073 0.065 0.067 0.025 13 G 0.035 0.087 0.075 0.027 0.062 0.021 0.038 0.214 0.197 0.177 0.067 14 A 0.049 0.269 0.112 0.016 0.124 0.018 0.037 0.157 0.056 0.131 0.031 15 S 0.030 0.421 0.226 0.016 0.093 0.007 0.009 0.090 0.050 0.039 0.020 16 S 0.007 0.013 0.005 0.002 0.009 0.002 0.005 0.697 0.240 0.014 0.006 17 A 0.001 0.006 0.003 0.001 0.003 0.003 0.010 0.865 0.100 0.008 0.001 18 S 0.005 0.010 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.839 0.049 0.080 0.004 19 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.930 0.054 0.007 0.002 20 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.952 0.042 0.001 0.001 21 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.007 0.010 0.001 22 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.890 0.098 0.005 0.001 23 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.891 0.102 0.002 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.918 0.071 0.004 0.001 25 L 0.004 0.003 0.003 0.001 0.004 0.002 0.232 0.574 0.132 0.043 0.002 26 L 0.021 0.438 0.084 0.006 0.063 0.015 0.047 0.194 0.087 0.032 0.012 27 N 0.061 0.021 0.014 0.015 0.043 0.016 0.035 0.080 0.063 0.483 0.169 28 T 0.062 0.360 0.151 0.006 0.267 0.006 0.015 0.037 0.026 0.048 0.023 29 T 0.084 0.293 0.121 0.016 0.223 0.014 0.044 0.036 0.024 0.082 0.062 30 L 0.029 0.535 0.281 0.011 0.089 0.004 0.007 0.010 0.009 0.016 0.009 31 P 0.020 0.389 0.192 0.012 0.073 0.005 0.012 0.163 0.115 0.011 0.009 32 K 0.002 0.009 0.004 0.002 0.003 0.004 0.015 0.595 0.354 0.011 0.002 33 Q 0.009 0.022 0.005 0.001 0.015 0.002 0.013 0.676 0.114 0.135 0.008 34 Y 0.019 0.014 0.002 0.001 0.021 0.001 0.005 0.719 0.148 0.057 0.014 35 K 0.006 0.007 0.002 0.001 0.010 0.004 0.010 0.835 0.114 0.008 0.004 36 S 0.009 0.006 0.002 0.001 0.008 0.002 0.011 0.874 0.069 0.016 0.002 37 F 0.016 0.023 0.003 0.001 0.017 0.001 0.013 0.783 0.101 0.036 0.006 38 L 0.035 0.043 0.004 0.001 0.048 0.003 0.018 0.728 0.083 0.030 0.009 39 L 0.033 0.041 0.009 0.003 0.055 0.006 0.049 0.671 0.086 0.036 0.012 40 W 0.089 0.061 0.057 0.010 0.101 0.010 0.092 0.356 0.088 0.095 0.041 41 S 0.045 0.087 0.109 0.127 0.069 0.103 0.069 0.216 0.057 0.085 0.033 42 N 0.040 0.212 0.116 0.145 0.077 0.066 0.155 0.070 0.036 0.061 0.024 43 G 0.036 0.024 0.038 0.101 0.028 0.025 0.013 0.028 0.048 0.496 0.162 44 G 0.063 0.325 0.174 0.030 0.187 0.022 0.036 0.043 0.042 0.043 0.035 45 E 0.187 0.167 0.075 0.022 0.261 0.014 0.027 0.035 0.037 0.075 0.101 46 G 0.099 0.289 0.177 0.039 0.200 0.022 0.027 0.034 0.027 0.041 0.047 47 K 0.157 0.153 0.123 0.043 0.208 0.029 0.041 0.067 0.037 0.071 0.071 48 L 0.058 0.087 0.094 0.213 0.055 0.120 0.119 0.087 0.060 0.075 0.033 49 G 0.034 0.040 0.100 0.413 0.041 0.097 0.049 0.044 0.031 0.120 0.031 50 D 0.068 0.087 0.088 0.129 0.103 0.049 0.048 0.084 0.109 0.188 0.046 51 N 0.070 0.133 0.102 0.070 0.126 0.048 0.056 0.063 0.076 0.184 0.072 52 Y 0.167 0.217 0.053 0.015 0.348 0.014 0.022 0.031 0.028 0.049 0.056 53 I 0.230 0.108 0.012 0.003 0.603 0.004 0.006 0.010 0.005 0.006 0.012 54 Y 0.266 0.075 0.009 0.002 0.602 0.004 0.004 0.007 0.003 0.007 0.021 55 I 0.307 0.088 0.019 0.006 0.418 0.009 0.009 0.019 0.010 0.022 0.094 56 W 0.123 0.284 0.093 0.030 0.272 0.033 0.032 0.039 0.013 0.034 0.048 57 A 0.084 0.392 0.126 0.011 0.184 0.007 0.012 0.059 0.034 0.047 0.043 58 I 0.034 0.030 0.006 0.002 0.033 0.003 0.013 0.505 0.314 0.029 0.030 59 E 0.003 0.012 0.005 0.005 0.007 0.018 0.040 0.772 0.126 0.010 0.002 60 D 0.022 0.028 0.005 0.001 0.023 0.002 0.011 0.746 0.064 0.090 0.008 61 V 0.013 0.013 0.001 0.001 0.014 0.001 0.004 0.750 0.170 0.030 0.004 62 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.016 0.813 0.150 0.006 0.002 63 A 0.010 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.054 0.797 0.087 0.035 0.003 64 Y 0.022 0.205 0.053 0.005 0.067 0.010 0.047 0.395 0.058 0.124 0.014 65 N 0.132 0.082 0.055 0.013 0.156 0.011 0.015 0.291 0.092 0.094 0.059 66 H 0.010 0.016 0.007 0.002 0.015 0.005 0.021 0.581 0.309 0.027 0.007 67 D 0.021 0.022 0.011 0.005 0.027 0.007 0.106 0.541 0.132 0.111 0.017 68 Y 0.025 0.186 0.054 0.007 0.063 0.012 0.023 0.461 0.078 0.068 0.023 69 G 0.039 0.086 0.024 0.008 0.062 0.011 0.020 0.535 0.063 0.099 0.052 70 I 0.091 0.037 0.005 0.001 0.078 0.003 0.012 0.562 0.145 0.044 0.021 71 Q 0.011 0.019 0.005 0.003 0.025 0.009 0.031 0.687 0.187 0.019 0.005 72 K 0.011 0.011 0.003 0.001 0.017 0.002 0.028 0.723 0.182 0.018 0.003 73 Y 0.026 0.025 0.015 0.001 0.028 0.004 0.153 0.513 0.121 0.103 0.012 74 L 0.090 0.155 0.099 0.028 0.119 0.027 0.039 0.217 0.063 0.121 0.043 75 Q 0.033 0.309 0.113 0.091 0.081 0.068 0.122 0.099 0.039 0.029 0.017 76 K 0.043 0.028 0.044 0.088 0.035 0.037 0.025 0.063 0.066 0.438 0.134 77 E 0.151 0.241 0.047 0.005 0.311 0.006 0.032 0.045 0.054 0.056 0.050 78 Y 0.265 0.104 0.014 0.004 0.544 0.006 0.011 0.012 0.006 0.009 0.026 79 W 0.271 0.096 0.020 0.005 0.511 0.006 0.007 0.010 0.004 0.011 0.059 80 A 0.261 0.085 0.038 0.019 0.288 0.018 0.017 0.017 0.010 0.067 0.180 81 F 0.099 0.197 0.177 0.140 0.153 0.041 0.039 0.024 0.015 0.056 0.059 82 G 0.090 0.129 0.183 0.153 0.126 0.041 0.051 0.064 0.045 0.078 0.042 83 M 0.067 0.053 0.070 0.109 0.070 0.073 0.110 0.140 0.159 0.119 0.030 84 D 0.051 0.037 0.054 0.195 0.057 0.114 0.102 0.097 0.092 0.167 0.034 85 G 0.046 0.069 0.087 0.224 0.067 0.102 0.090 0.076 0.075 0.130 0.034 86 D 0.071 0.056 0.093 0.096 0.086 0.038 0.032 0.054 0.066 0.317 0.092 87 I 0.156 0.238 0.058 0.012 0.370 0.009 0.019 0.031 0.027 0.042 0.037 88 G 0.232 0.139 0.016 0.006 0.548 0.008 0.011 0.012 0.005 0.008 0.014 89 Y 0.224 0.103 0.008 0.001 0.642 0.002 0.003 0.005 0.002 0.002 0.009 90 I 0.370 0.032 0.002 0.001 0.572 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.014 91 L 0.216 0.161 0.020 0.003 0.525 0.006 0.006 0.010 0.004 0.007 0.042 92 H 0.313 0.102 0.022 0.007 0.359 0.009 0.013 0.014 0.009 0.034 0.118 93 L 0.147 0.176 0.121 0.059 0.173 0.044 0.039 0.048 0.040 0.076 0.076 94 S 0.040 0.094 0.112 0.222 0.057 0.136 0.113 0.072 0.056 0.072 0.027 95 D 0.098 0.168 0.132 0.122 0.137 0.043 0.049 0.040 0.051 0.119 0.043 96 N 0.050 0.129 0.104 0.106 0.078 0.067 0.044 0.052 0.072 0.221 0.076 97 S 0.110 0.266 0.093 0.023 0.298 0.015 0.024 0.021 0.022 0.066 0.062 98 I 0.369 0.086 0.014 0.004 0.442 0.006 0.010 0.007 0.009 0.017 0.037 99 Y 0.096 0.277 0.064 0.009 0.508 0.011 0.009 0.005 0.003 0.005 0.013 100 R 0.385 0.032 0.004 0.001 0.551 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 101 V 0.078 0.456 0.161 0.013 0.247 0.007 0.005 0.002 0.002 0.005 0.022 102 D 0.147 0.292 0.146 0.026 0.243 0.016 0.018 0.015 0.012 0.018 0.067 103 L 0.061 0.125 0.040 0.055 0.076 0.052 0.070 0.129 0.207 0.131 0.054 104 G 0.018 0.067 0.073 0.193 0.039 0.130 0.093 0.054 0.070 0.227 0.035 105 D 0.156 0.133 0.102 0.018 0.284 0.007 0.013 0.044 0.049 0.126 0.067 106 L 0.070 0.247 0.096 0.029 0.162 0.044 0.059 0.087 0.077 0.097 0.034 107 D 0.048 0.446 0.258 0.014 0.161 0.006 0.009 0.015 0.012 0.015 0.017 108 I 0.046 0.016 0.005 0.002 0.034 0.004 0.019 0.326 0.494 0.025 0.028 109 T 0.010 0.027 0.020 0.022 0.022 0.062 0.151 0.448 0.169 0.060 0.009 110 S 0.120 0.122 0.035 0.007 0.159 0.009 0.031 0.196 0.062 0.202 0.057 111 I 0.210 0.117 0.012 0.002 0.331 0.006 0.019 0.138 0.092 0.036 0.037 112 K 0.132 0.114 0.022 0.009 0.374 0.035 0.052 0.147 0.053 0.027 0.035 113 Y 0.229 0.113 0.018 0.003 0.412 0.006 0.023 0.088 0.024 0.039 0.045 114 I 0.151 0.215 0.064 0.012 0.288 0.022 0.043 0.036 0.021 0.075 0.071 115 A 0.062 0.372 0.276 0.025 0.159 0.007 0.007 0.034 0.014 0.015 0.029 116 P 0.012 0.090 0.030 0.016 0.029 0.027 0.080 0.502 0.170 0.032 0.011 117 S 0.027 0.192 0.105 0.014 0.069 0.008 0.019 0.294 0.086 0.158 0.028 118 F 0.012 0.015 0.002 0.001 0.014 0.001 0.006 0.580 0.327 0.033 0.010 119 D 0.002 0.003 0.001 0.002 0.003 0.004 0.018 0.736 0.221 0.010 0.002 120 D 0.004 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.017 0.802 0.141 0.020 0.001 121 F 0.006 0.015 0.003 0.001 0.008 0.001 0.027 0.769 0.086 0.081 0.003 122 L 0.033 0.049 0.017 0.010 0.039 0.013 0.041 0.576 0.120 0.081 0.021 123 G 0.019 0.022 0.020 0.042 0.021 0.043 0.079 0.491 0.175 0.068 0.020 124 K 0.042 0.052 0.049 0.014 0.058 0.011 0.052 0.370 0.138 0.180 0.033 125 A 0.115 0.134 0.029 0.004 0.182 0.007 0.042 0.238 0.115 0.092 0.041 126 I 0.144 0.169 0.025 0.006 0.295 0.015 0.034 0.171 0.050 0.048 0.042 127 Y 0.242 0.066 0.016 0.008 0.283 0.012 0.023 0.170 0.045 0.067 0.069 128 L 0.071 0.146 0.071 0.037 0.153 0.043 0.068 0.253 0.063 0.057 0.037 129 N 0.136 0.118 0.065 0.021 0.203 0.016 0.033 0.192 0.055 0.104 0.056 130 F 0.067 0.094 0.026 0.009 0.101 0.011 0.025 0.379 0.177 0.077 0.035 131 N 0.026 0.069 0.031 0.022 0.052 0.030 0.069 0.458 0.151 0.070 0.022 132 K 0.069 0.078 0.028 0.006 0.091 0.007 0.028 0.430 0.132 0.100 0.030 133 L 0.051 0.041 0.013 0.004 0.059 0.008 0.041 0.490 0.190 0.079 0.025 134 Q 0.032 0.115 0.036 0.016 0.069 0.024 0.060 0.436 0.134 0.060 0.017 135 N 0.092 0.054 0.022 0.008 0.100 0.009 0.049 0.319 0.139 0.159 0.049 136 V 0.072 0.096 0.050 0.010 0.106 0.011 0.051 0.334 0.138 0.097 0.036 137 A 0.059 0.090 0.051 0.046 0.087 0.058 0.132 0.244 0.084 0.110 0.038 138 N 0.125 0.151 0.094 0.037 0.176 0.020 0.031 0.115 0.055 0.143 0.051 139 N 0.039 0.084 0.059 0.055 0.072 0.043 0.047 0.209 0.181 0.167 0.044 140 N 0.124 0.132 0.079 0.016 0.224 0.012 0.031 0.132 0.091 0.111 0.049 141 L 0.116 0.076 0.032 0.010 0.145 0.014 0.048 0.223 0.156 0.120 0.059 142 T 0.077 0.189 0.095 0.046 0.157 0.052 0.079 0.126 0.059 0.085 0.038 143 T 0.122 0.157 0.112 0.040 0.191 0.024 0.023 0.092 0.053 0.126 0.060