# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.556 0.186 0.107 0.088 0.047 0.014 0.001 2 E 0.608 0.262 0.080 0.033 0.013 0.003 0.001 3 V 0.400 0.309 0.168 0.090 0.026 0.007 0.001 4 I 0.183 0.154 0.211 0.234 0.166 0.049 0.003 5 E 0.345 0.267 0.188 0.126 0.058 0.015 0.001 6 S 0.478 0.295 0.138 0.061 0.022 0.005 0.001 7 K 0.273 0.300 0.231 0.140 0.046 0.010 0.001 8 W 0.164 0.213 0.266 0.225 0.106 0.026 0.001 9 Y 0.164 0.171 0.255 0.251 0.126 0.032 0.001 10 K 0.392 0.289 0.182 0.096 0.033 0.007 0.001 11 K 0.574 0.279 0.097 0.039 0.010 0.002 0.001 12 D 0.558 0.335 0.074 0.025 0.007 0.001 0.001 13 G 0.236 0.301 0.262 0.149 0.044 0.008 0.001 14 A 0.116 0.118 0.268 0.320 0.155 0.024 0.001 15 S 0.495 0.362 0.105 0.029 0.009 0.001 0.001 16 S 0.564 0.321 0.080 0.028 0.006 0.001 0.001 17 A 0.635 0.304 0.045 0.013 0.003 0.001 0.001 18 S 0.178 0.358 0.278 0.149 0.033 0.005 0.001 19 I 0.056 0.068 0.190 0.317 0.300 0.066 0.002 20 D 0.354 0.453 0.139 0.042 0.012 0.001 0.001 21 D 0.312 0.429 0.165 0.074 0.017 0.003 0.001 22 V 0.038 0.071 0.161 0.312 0.306 0.108 0.004 23 E 0.078 0.144 0.261 0.290 0.186 0.040 0.001 24 K 0.303 0.433 0.180 0.060 0.020 0.004 0.001 25 L 0.222 0.261 0.267 0.185 0.054 0.010 0.001 26 L 0.201 0.191 0.232 0.239 0.113 0.023 0.001 27 N 0.536 0.320 0.098 0.031 0.012 0.003 0.001 28 T 0.275 0.225 0.274 0.171 0.048 0.007 0.001 29 T 0.458 0.440 0.080 0.018 0.004 0.001 0.001 30 L 0.062 0.101 0.214 0.357 0.211 0.053 0.002 31 P 0.093 0.163 0.252 0.286 0.172 0.033 0.001 32 K 0.620 0.334 0.035 0.008 0.003 0.001 0.001 33 Q 0.269 0.455 0.187 0.071 0.015 0.002 0.001 34 Y 0.015 0.040 0.085 0.208 0.406 0.227 0.020 35 K 0.017 0.101 0.311 0.389 0.139 0.042 0.002 36 S 0.081 0.224 0.311 0.259 0.091 0.032 0.003 37 F 0.010 0.024 0.066 0.179 0.343 0.332 0.046 38 L 0.011 0.014 0.020 0.067 0.207 0.460 0.222 39 L 0.024 0.093 0.190 0.250 0.212 0.162 0.069 40 W 0.026 0.073 0.123 0.208 0.267 0.213 0.091 41 S 0.031 0.063 0.097 0.155 0.209 0.296 0.149 42 N 0.037 0.071 0.131 0.198 0.214 0.228 0.122 43 G 0.078 0.093 0.111 0.180 0.173 0.207 0.158 44 G 0.054 0.041 0.034 0.062 0.163 0.364 0.283 45 E 0.082 0.121 0.102 0.151 0.154 0.223 0.167 46 G 0.056 0.081 0.081 0.112 0.217 0.299 0.153 47 K 0.085 0.182 0.207 0.249 0.141 0.096 0.038 48 L 0.064 0.091 0.133 0.181 0.264 0.206 0.061 49 G 0.163 0.221 0.213 0.191 0.122 0.067 0.022 50 D 0.177 0.295 0.264 0.144 0.070 0.038 0.012 51 N 0.060 0.141 0.177 0.271 0.204 0.119 0.028 52 Y 0.008 0.036 0.086 0.230 0.305 0.292 0.042 53 I 0.003 0.007 0.011 0.029 0.120 0.537 0.293 54 Y 0.003 0.011 0.034 0.086 0.175 0.404 0.286 55 I 0.002 0.007 0.016 0.045 0.133 0.386 0.411 56 W 0.003 0.014 0.051 0.109 0.256 0.372 0.195 57 A 0.007 0.037 0.084 0.166 0.282 0.302 0.123 58 I 0.004 0.025 0.068 0.159 0.297 0.360 0.086 59 E 0.047 0.174 0.243 0.250 0.181 0.095 0.010 60 D 0.032 0.132 0.255 0.297 0.179 0.093 0.012 61 V 0.009 0.014 0.029 0.082 0.248 0.490 0.127 62 I 0.018 0.038 0.073 0.170 0.278 0.347 0.076 63 A 0.091 0.232 0.285 0.214 0.110 0.058 0.010 64 Y 0.024 0.069 0.132 0.232 0.292 0.223 0.029 65 N 0.051 0.104 0.211 0.287 0.227 0.110 0.011 66 H 0.238 0.333 0.186 0.133 0.080 0.028 0.002 67 D 0.285 0.374 0.176 0.099 0.049 0.017 0.001 68 Y 0.067 0.090 0.190 0.302 0.255 0.089 0.006 69 G 0.179 0.369 0.250 0.129 0.054 0.017 0.001 70 I 0.076 0.103 0.164 0.269 0.258 0.121 0.009 71 Q 0.172 0.305 0.253 0.166 0.084 0.019 0.001 72 K 0.220 0.399 0.205 0.122 0.042 0.011 0.001 73 Y 0.040 0.071 0.162 0.291 0.329 0.100 0.008 74 L 0.060 0.142 0.215 0.283 0.213 0.081 0.006 75 Q 0.163 0.318 0.273 0.150 0.068 0.025 0.003 76 K 0.086 0.202 0.301 0.285 0.089 0.033 0.004 77 E 0.014 0.041 0.089 0.204 0.366 0.258 0.028 78 Y 0.007 0.014 0.028 0.084 0.203 0.480 0.184 79 W 0.006 0.009 0.018 0.046 0.118 0.371 0.433 80 A 0.003 0.007 0.010 0.022 0.071 0.289 0.598 81 F 0.006 0.014 0.027 0.054 0.144 0.301 0.453 82 G 0.017 0.061 0.105 0.192 0.182 0.256 0.188 83 M 0.016 0.040 0.089 0.172 0.316 0.286 0.082 84 D 0.054 0.125 0.170 0.220 0.210 0.173 0.049 85 G 0.062 0.114 0.148 0.181 0.221 0.205 0.068 86 D 0.044 0.092 0.145 0.198 0.220 0.205 0.096 87 I 0.009 0.022 0.053 0.111 0.256 0.366 0.183 88 G 0.003 0.005 0.010 0.025 0.108 0.404 0.446 89 Y 0.001 0.001 0.002 0.004 0.027 0.267 0.698 90 I 0.001 0.002 0.005 0.013 0.041 0.252 0.685 91 L 0.002 0.005 0.014 0.036 0.099 0.345 0.499 92 H 0.006 0.026 0.078 0.195 0.281 0.323 0.092 93 L 0.027 0.081 0.180 0.260 0.305 0.137 0.010 94 S 0.314 0.395 0.137 0.083 0.051 0.019 0.001 95 D 0.385 0.332 0.153 0.080 0.036 0.013 0.001 96 N 0.147 0.231 0.296 0.230 0.071 0.023 0.002 97 S 0.121 0.273 0.258 0.206 0.102 0.037 0.003 98 I 0.035 0.073 0.124 0.236 0.290 0.212 0.030 99 Y 0.025 0.061 0.093 0.178 0.305 0.295 0.044 100 R 0.031 0.102 0.171 0.276 0.212 0.168 0.040 101 V 0.017 0.025 0.044 0.094 0.216 0.402 0.202 102 D 0.034 0.116 0.188 0.248 0.222 0.148 0.043 103 L 0.034 0.063 0.107 0.194 0.258 0.260 0.084 104 G 0.085 0.171 0.194 0.219 0.191 0.121 0.021 105 D 0.147 0.245 0.240 0.185 0.110 0.063 0.010 106 L 0.084 0.084 0.136 0.242 0.262 0.161 0.031 107 D 0.259 0.330 0.190 0.113 0.071 0.033 0.004 108 I 0.166 0.170 0.210 0.243 0.143 0.060 0.007 109 T 0.419 0.341 0.136 0.063 0.031 0.009 0.001 110 S 0.201 0.277 0.205 0.184 0.089 0.039 0.006 111 I 0.040 0.078 0.155 0.244 0.311 0.156 0.016 112 K 0.082 0.247 0.289 0.235 0.107 0.039 0.002 113 Y 0.030 0.104 0.231 0.285 0.250 0.091 0.010 114 I 0.011 0.022 0.040 0.102 0.272 0.454 0.100 115 A 0.009 0.044 0.132 0.275 0.312 0.204 0.023 116 P 0.117 0.348 0.270 0.174 0.069 0.019 0.002 117 S 0.035 0.156 0.296 0.297 0.175 0.038 0.003 118 F 0.004 0.010 0.020 0.063 0.265 0.552 0.086 119 D 0.025 0.161 0.338 0.319 0.121 0.034 0.002 120 D 0.056 0.251 0.357 0.283 0.041 0.012 0.001 121 F 0.008 0.025 0.088 0.221 0.420 0.226 0.013 122 L 0.019 0.029 0.044 0.154 0.323 0.369 0.061 123 G 0.061 0.239 0.336 0.222 0.099 0.040 0.003 124 K 0.078 0.240 0.292 0.272 0.084 0.030 0.003 125 A 0.052 0.078 0.124 0.205 0.285 0.222 0.034 126 I 0.041 0.076 0.116 0.224 0.317 0.200 0.027 127 Y 0.112 0.213 0.237 0.198 0.149 0.081 0.011 128 L 0.120 0.171 0.212 0.243 0.178 0.068 0.007 129 N 0.278 0.355 0.176 0.110 0.060 0.019 0.001 130 F 0.118 0.146 0.216 0.260 0.192 0.064 0.004 131 N 0.398 0.286 0.164 0.097 0.044 0.010 0.001 132 K 0.533 0.304 0.101 0.044 0.014 0.004 0.001 133 L 0.297 0.206 0.219 0.187 0.073 0.017 0.001 134 Q 0.465 0.279 0.146 0.075 0.028 0.007 0.001 135 N 0.467 0.289 0.140 0.072 0.025 0.007 0.001 136 V 0.342 0.205 0.201 0.159 0.073 0.020 0.001 137 A 0.487 0.254 0.139 0.078 0.031 0.009 0.001 138 N 0.554 0.228 0.119 0.064 0.026 0.008 0.001 139 N 0.543 0.225 0.120 0.071 0.030 0.010 0.001 140 N 0.516 0.246 0.119 0.069 0.035 0.014 0.001 141 L 0.391 0.204 0.164 0.133 0.070 0.033 0.005 142 T 0.539 0.198 0.118 0.080 0.042 0.019 0.003 143 T 0.677 0.199 0.069 0.033 0.014 0.006 0.001