# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.148 0.069 0.089 0.123 0.171 0.142 0.102 0.070 0.042 0.023 0.011 0.006 0.003 0.001 2 E 0.347 0.162 0.127 0.120 0.095 0.062 0.041 0.021 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 3 V 0.230 0.112 0.120 0.144 0.133 0.103 0.061 0.043 0.028 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 4 I 0.105 0.068 0.096 0.141 0.174 0.158 0.116 0.069 0.037 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 5 E 0.226 0.158 0.153 0.161 0.113 0.082 0.053 0.026 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 6 S 0.432 0.204 0.121 0.087 0.061 0.038 0.029 0.013 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 7 K 0.242 0.161 0.141 0.144 0.131 0.080 0.046 0.027 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 8 W 0.140 0.104 0.142 0.172 0.163 0.121 0.072 0.043 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 9 Y 0.147 0.100 0.135 0.164 0.168 0.125 0.077 0.044 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 10 K 0.277 0.158 0.134 0.131 0.114 0.078 0.054 0.027 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 11 K 0.391 0.222 0.135 0.094 0.070 0.038 0.026 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 12 D 0.414 0.263 0.121 0.083 0.059 0.028 0.016 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 G 0.253 0.157 0.153 0.152 0.128 0.078 0.044 0.019 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.219 0.134 0.163 0.169 0.151 0.082 0.051 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 15 S 0.417 0.211 0.122 0.101 0.072 0.038 0.023 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 16 S 0.352 0.281 0.158 0.097 0.060 0.026 0.016 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 A 0.604 0.231 0.090 0.040 0.018 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 S 0.218 0.214 0.187 0.155 0.122 0.053 0.034 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 I 0.026 0.022 0.057 0.130 0.284 0.207 0.130 0.090 0.037 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 20 D 0.529 0.247 0.112 0.068 0.024 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 D 0.408 0.353 0.148 0.052 0.018 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 V 0.026 0.017 0.036 0.097 0.252 0.226 0.145 0.122 0.055 0.016 0.004 0.003 0.001 0.001 23 E 0.077 0.117 0.185 0.263 0.189 0.105 0.033 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.766 0.137 0.048 0.024 0.010 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.150 0.114 0.160 0.202 0.169 0.109 0.047 0.027 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 26 L 0.125 0.059 0.085 0.138 0.201 0.171 0.114 0.058 0.029 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 27 N 0.378 0.235 0.140 0.097 0.061 0.039 0.031 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 T 0.278 0.089 0.115 0.154 0.163 0.094 0.050 0.028 0.018 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 29 T 0.528 0.187 0.103 0.079 0.053 0.022 0.018 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.123 0.071 0.119 0.208 0.189 0.152 0.067 0.037 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 31 P 0.135 0.103 0.131 0.148 0.172 0.145 0.102 0.038 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 32 K 0.510 0.262 0.119 0.062 0.025 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.389 0.304 0.146 0.077 0.043 0.021 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 Y 0.024 0.018 0.036 0.094 0.206 0.239 0.175 0.129 0.052 0.020 0.004 0.002 0.001 0.001 35 K 0.066 0.111 0.165 0.243 0.181 0.134 0.053 0.029 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 36 S 0.504 0.299 0.110 0.046 0.017 0.010 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 F 0.044 0.033 0.077 0.150 0.245 0.201 0.100 0.077 0.044 0.013 0.007 0.006 0.002 0.001 38 L 0.047 0.029 0.047 0.088 0.147 0.190 0.199 0.146 0.065 0.027 0.009 0.003 0.001 0.001 39 L 0.168 0.182 0.170 0.161 0.124 0.081 0.050 0.033 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 40 W 0.217 0.141 0.153 0.161 0.125 0.088 0.048 0.031 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 41 S 0.090 0.079 0.107 0.157 0.169 0.152 0.118 0.060 0.035 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 42 N 0.153 0.104 0.109 0.124 0.149 0.118 0.088 0.064 0.045 0.023 0.011 0.006 0.003 0.001 43 G 0.228 0.154 0.115 0.124 0.103 0.093 0.068 0.048 0.031 0.017 0.010 0.005 0.003 0.001 44 G 0.083 0.049 0.072 0.091 0.130 0.138 0.133 0.114 0.070 0.050 0.033 0.023 0.010 0.004 45 E 0.128 0.102 0.104 0.143 0.147 0.116 0.087 0.070 0.052 0.026 0.016 0.006 0.003 0.002 46 G 0.154 0.071 0.082 0.097 0.116 0.114 0.096 0.089 0.076 0.046 0.032 0.015 0.007 0.003 47 K 0.159 0.126 0.123 0.162 0.131 0.105 0.078 0.046 0.035 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 48 L 0.047 0.045 0.087 0.115 0.154 0.165 0.136 0.098 0.061 0.042 0.024 0.015 0.006 0.002 49 G 0.165 0.174 0.152 0.141 0.115 0.092 0.072 0.038 0.026 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 50 D 0.207 0.213 0.147 0.123 0.094 0.069 0.058 0.037 0.028 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 51 N 0.050 0.058 0.079 0.125 0.150 0.147 0.127 0.102 0.084 0.037 0.021 0.011 0.006 0.003 52 Y 0.025 0.024 0.044 0.076 0.130 0.148 0.167 0.138 0.095 0.067 0.042 0.023 0.013 0.006 53 I 0.011 0.011 0.015 0.022 0.042 0.066 0.094 0.131 0.166 0.171 0.136 0.075 0.043 0.017 54 Y 0.015 0.016 0.022 0.039 0.060 0.077 0.098 0.141 0.159 0.149 0.110 0.066 0.030 0.017 55 I 0.011 0.010 0.013 0.019 0.034 0.045 0.060 0.086 0.142 0.178 0.183 0.126 0.058 0.034 56 W 0.031 0.029 0.034 0.044 0.071 0.095 0.119 0.131 0.142 0.111 0.089 0.055 0.032 0.015 57 A 0.025 0.045 0.073 0.123 0.136 0.138 0.142 0.117 0.087 0.052 0.031 0.017 0.008 0.004 58 I 0.010 0.015 0.023 0.050 0.102 0.136 0.169 0.174 0.150 0.097 0.046 0.017 0.007 0.004 59 E 0.130 0.220 0.187 0.162 0.110 0.081 0.047 0.026 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 60 D 0.145 0.187 0.207 0.158 0.123 0.077 0.045 0.026 0.020 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 61 V 0.025 0.023 0.055 0.089 0.164 0.195 0.184 0.146 0.074 0.027 0.011 0.005 0.002 0.001 62 I 0.085 0.078 0.083 0.118 0.179 0.148 0.142 0.088 0.047 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 63 A 0.524 0.218 0.120 0.057 0.033 0.017 0.020 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 Y 0.103 0.069 0.114 0.198 0.223 0.133 0.073 0.047 0.022 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 65 N 0.126 0.107 0.143 0.178 0.175 0.121 0.083 0.037 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 66 H 0.407 0.180 0.127 0.109 0.080 0.048 0.024 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 67 D 0.498 0.246 0.100 0.065 0.042 0.022 0.015 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 Y 0.216 0.078 0.108 0.140 0.179 0.124 0.075 0.040 0.023 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 69 G 0.314 0.187 0.169 0.154 0.086 0.043 0.028 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 I 0.118 0.059 0.099 0.155 0.204 0.151 0.097 0.060 0.033 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 71 Q 0.444 0.230 0.133 0.098 0.045 0.026 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.515 0.270 0.115 0.047 0.026 0.013 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Y 0.071 0.076 0.132 0.205 0.216 0.158 0.076 0.040 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 74 L 0.094 0.090 0.140 0.201 0.206 0.133 0.074 0.035 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.499 0.212 0.103 0.081 0.040 0.026 0.022 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 K 0.257 0.234 0.167 0.126 0.072 0.049 0.048 0.020 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 77 E 0.035 0.034 0.063 0.112 0.180 0.170 0.159 0.111 0.072 0.027 0.017 0.012 0.006 0.002 78 Y 0.019 0.016 0.026 0.033 0.065 0.092 0.140 0.148 0.128 0.129 0.092 0.064 0.037 0.012 79 W 0.032 0.023 0.031 0.050 0.068 0.080 0.094 0.147 0.138 0.134 0.099 0.057 0.032 0.015 80 A 0.017 0.014 0.019 0.030 0.044 0.056 0.066 0.114 0.146 0.161 0.148 0.108 0.049 0.029 81 F 0.024 0.028 0.035 0.045 0.069 0.088 0.101 0.111 0.122 0.131 0.116 0.069 0.039 0.022 82 G 0.072 0.087 0.096 0.121 0.111 0.116 0.111 0.091 0.078 0.050 0.034 0.018 0.009 0.006 83 M 0.046 0.058 0.085 0.115 0.153 0.142 0.121 0.096 0.073 0.051 0.031 0.017 0.008 0.005 84 D 0.114 0.157 0.142 0.161 0.129 0.097 0.075 0.047 0.038 0.020 0.012 0.005 0.002 0.002 85 G 0.070 0.101 0.134 0.163 0.150 0.124 0.097 0.064 0.051 0.024 0.012 0.005 0.003 0.002 86 D 0.043 0.070 0.102 0.143 0.143 0.144 0.135 0.088 0.076 0.029 0.016 0.005 0.003 0.002 87 I 0.009 0.009 0.019 0.036 0.067 0.114 0.166 0.164 0.159 0.105 0.076 0.044 0.022 0.012 88 G 0.003 0.004 0.006 0.011 0.025 0.045 0.076 0.105 0.157 0.181 0.176 0.120 0.056 0.035 89 Y 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.021 0.044 0.088 0.204 0.227 0.233 0.108 0.057 90 I 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.009 0.018 0.040 0.093 0.201 0.231 0.201 0.132 0.062 91 L 0.003 0.005 0.006 0.009 0.017 0.024 0.039 0.075 0.157 0.197 0.186 0.132 0.102 0.047 92 H 0.008 0.014 0.026 0.064 0.101 0.124 0.150 0.149 0.130 0.102 0.066 0.036 0.016 0.014 93 L 0.011 0.026 0.053 0.093 0.120 0.145 0.192 0.123 0.095 0.072 0.038 0.018 0.008 0.006 94 S 0.201 0.232 0.175 0.132 0.092 0.059 0.049 0.022 0.022 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 95 D 0.298 0.274 0.161 0.104 0.066 0.037 0.028 0.011 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 96 N 0.110 0.114 0.153 0.200 0.155 0.116 0.075 0.038 0.026 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 97 S 0.171 0.141 0.152 0.141 0.134 0.099 0.077 0.038 0.028 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 98 I 0.038 0.031 0.053 0.090 0.131 0.168 0.149 0.135 0.088 0.053 0.036 0.017 0.009 0.003 99 Y 0.016 0.020 0.030 0.046 0.076 0.103 0.120 0.143 0.135 0.125 0.094 0.053 0.025 0.012 100 R 0.021 0.022 0.029 0.052 0.089 0.096 0.105 0.140 0.130 0.113 0.093 0.061 0.031 0.017 101 V 0.008 0.006 0.007 0.009 0.017 0.030 0.047 0.077 0.147 0.184 0.199 0.155 0.082 0.032 102 D 0.024 0.023 0.035 0.067 0.097 0.101 0.132 0.147 0.124 0.094 0.072 0.047 0.024 0.013 103 L 0.009 0.009 0.014 0.022 0.040 0.055 0.074 0.103 0.157 0.192 0.157 0.095 0.047 0.025 104 G 0.046 0.061 0.078 0.104 0.123 0.137 0.139 0.115 0.077 0.052 0.036 0.020 0.008 0.004 105 D 0.096 0.127 0.127 0.136 0.130 0.100 0.092 0.068 0.059 0.032 0.018 0.007 0.005 0.002 106 L 0.051 0.048 0.077 0.127 0.189 0.159 0.123 0.104 0.067 0.028 0.016 0.008 0.003 0.001 107 D 0.210 0.194 0.174 0.149 0.112 0.067 0.054 0.019 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 108 I 0.117 0.080 0.125 0.160 0.169 0.137 0.092 0.059 0.036 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 109 T 0.515 0.221 0.110 0.072 0.036 0.020 0.015 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 S 0.268 0.199 0.171 0.134 0.093 0.060 0.036 0.018 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 111 I 0.066 0.048 0.074 0.125 0.186 0.187 0.140 0.089 0.048 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 112 K 0.156 0.131 0.133 0.137 0.149 0.109 0.079 0.049 0.027 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 113 Y 0.196 0.108 0.109 0.125 0.128 0.111 0.071 0.065 0.045 0.021 0.012 0.005 0.004 0.001 114 I 0.044 0.029 0.036 0.060 0.105 0.141 0.154 0.148 0.120 0.080 0.045 0.025 0.009 0.003 115 A 0.038 0.042 0.069 0.124 0.181 0.173 0.146 0.106 0.062 0.033 0.016 0.006 0.002 0.001 116 P 0.386 0.191 0.131 0.092 0.069 0.048 0.036 0.020 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 117 S 0.115 0.167 0.175 0.203 0.160 0.086 0.051 0.023 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 118 F 0.021 0.015 0.026 0.060 0.135 0.210 0.206 0.175 0.097 0.042 0.009 0.003 0.001 0.001 119 D 0.110 0.205 0.238 0.207 0.127 0.073 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 120 D 0.549 0.320 0.090 0.025 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 F 0.040 0.037 0.083 0.167 0.269 0.209 0.105 0.056 0.023 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 122 L 0.054 0.041 0.064 0.116 0.194 0.191 0.169 0.105 0.043 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 123 G 0.369 0.282 0.149 0.096 0.048 0.026 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 K 0.337 0.188 0.163 0.127 0.080 0.049 0.027 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 125 A 0.083 0.051 0.082 0.131 0.187 0.172 0.141 0.077 0.041 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 126 I 0.101 0.064 0.091 0.136 0.194 0.151 0.099 0.082 0.043 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 127 Y 0.195 0.121 0.116 0.140 0.133 0.107 0.081 0.056 0.026 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 128 L 0.159 0.087 0.105 0.143 0.159 0.122 0.083 0.060 0.040 0.021 0.012 0.006 0.002 0.001 129 N 0.351 0.201 0.136 0.116 0.079 0.048 0.040 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 130 F 0.149 0.100 0.141 0.173 0.153 0.123 0.073 0.044 0.025 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 131 N 0.399 0.170 0.137 0.134 0.076 0.044 0.023 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 132 K 0.578 0.201 0.094 0.056 0.033 0.016 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 L 0.178 0.123 0.175 0.191 0.144 0.100 0.048 0.023 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 134 Q 0.495 0.216 0.118 0.076 0.048 0.022 0.014 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 N 0.351 0.196 0.146 0.114 0.083 0.054 0.030 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 136 V 0.211 0.116 0.133 0.147 0.145 0.107 0.074 0.034 0.019 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 137 A 0.315 0.197 0.148 0.119 0.090 0.053 0.039 0.019 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 138 N 0.305 0.160 0.121 0.115 0.105 0.073 0.050 0.030 0.023 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 139 N 0.169 0.108 0.113 0.131 0.141 0.117 0.087 0.059 0.038 0.018 0.010 0.005 0.003 0.001 140 N 0.179 0.112 0.119 0.129 0.137 0.105 0.080 0.056 0.039 0.021 0.012 0.006 0.003 0.001 141 L 0.099 0.062 0.084 0.118 0.151 0.143 0.106 0.095 0.062 0.037 0.023 0.011 0.005 0.002 142 T 0.097 0.069 0.081 0.102 0.145 0.137 0.117 0.097 0.062 0.042 0.028 0.015 0.007 0.003 143 T 0.257 0.158 0.125 0.117 0.107 0.077 0.062 0.040 0.027 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001