# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 218 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.014 0.645 0.008 0.004 0.016 0.001 0.001 0.030 0.050 0.006 0.189 0.029 2 E 0.014 0.013 0.533 0.013 0.007 0.033 0.004 0.001 0.050 0.035 0.011 0.050 0.235 3 V 0.035 0.029 0.234 0.015 0.034 0.132 0.010 0.006 0.107 0.033 0.022 0.189 0.155 4 I 0.042 0.018 0.202 0.052 0.047 0.192 0.015 0.007 0.092 0.026 0.031 0.052 0.224 5 E 0.025 0.014 0.219 0.025 0.069 0.189 0.006 0.003 0.053 0.041 0.068 0.188 0.099 6 S 0.014 0.012 0.182 0.023 0.080 0.232 0.003 0.002 0.028 0.062 0.118 0.042 0.201 7 K 0.017 0.014 0.207 0.020 0.119 0.226 0.002 0.001 0.011 0.091 0.145 0.077 0.071 8 W 0.013 0.017 0.228 0.009 0.108 0.211 0.002 0.001 0.014 0.084 0.162 0.047 0.102 9 Y 0.011 0.027 0.273 0.010 0.094 0.173 0.002 0.001 0.009 0.117 0.179 0.042 0.062 10 K 0.002 0.020 0.416 0.004 0.036 0.095 0.001 0.001 0.007 0.149 0.225 0.018 0.023 11 K 0.002 0.015 0.488 0.005 0.032 0.043 0.001 0.001 0.004 0.215 0.164 0.013 0.018 12 D 0.001 0.009 0.442 0.001 0.026 0.025 0.001 0.001 0.004 0.305 0.172 0.006 0.008 13 G 0.001 0.022 0.536 0.001 0.029 0.019 0.001 0.001 0.005 0.161 0.217 0.003 0.007 14 A 0.001 0.049 0.726 0.001 0.015 0.010 0.001 0.001 0.008 0.154 0.020 0.009 0.007 15 S 0.001 0.011 0.872 0.001 0.007 0.009 0.001 0.001 0.004 0.082 0.008 0.001 0.006 16 S 0.001 0.003 0.028 0.001 0.062 0.864 0.001 0.001 0.001 0.019 0.024 0.001 0.001 17 A 0.001 0.002 0.011 0.001 0.078 0.850 0.001 0.001 0.001 0.005 0.053 0.001 0.001 18 S 0.001 0.001 0.027 0.001 0.065 0.897 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 19 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.579 0.001 0.001 0.001 0.006 0.409 0.001 0.001 27 N 0.001 0.001 0.095 0.001 0.010 0.075 0.001 0.001 0.001 0.029 0.787 0.001 0.002 28 T 0.001 0.005 0.826 0.001 0.002 0.030 0.001 0.001 0.014 0.093 0.014 0.012 0.003 29 T 0.001 0.017 0.805 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.027 0.104 0.019 0.001 0.015 30 L 0.001 0.012 0.861 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.007 0.089 0.008 0.002 0.002 31 P 0.001 0.003 0.310 0.001 0.049 0.555 0.001 0.001 0.003 0.045 0.032 0.001 0.001 32 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.074 0.890 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.001 0.001 33 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.034 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 34 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 36 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 37 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 39 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 40 W 0.002 0.001 0.012 0.001 0.010 0.844 0.001 0.001 0.001 0.007 0.117 0.001 0.003 41 S 0.002 0.002 0.067 0.002 0.025 0.417 0.001 0.001 0.002 0.067 0.401 0.006 0.008 42 N 0.001 0.002 0.049 0.003 0.021 0.056 0.001 0.001 0.002 0.121 0.732 0.005 0.008 43 G 0.002 0.005 0.136 0.004 0.011 0.015 0.001 0.001 0.004 0.250 0.552 0.010 0.011 44 G 0.006 0.016 0.445 0.006 0.012 0.020 0.001 0.002 0.019 0.250 0.145 0.046 0.033 45 E 0.023 0.045 0.367 0.006 0.019 0.038 0.007 0.006 0.040 0.154 0.091 0.057 0.147 46 G 0.040 0.063 0.365 0.014 0.021 0.032 0.010 0.010 0.033 0.116 0.050 0.138 0.109 47 K 0.044 0.053 0.354 0.019 0.021 0.021 0.011 0.007 0.030 0.088 0.050 0.103 0.200 48 L 0.020 0.030 0.361 0.020 0.026 0.017 0.005 0.003 0.013 0.148 0.163 0.071 0.122 49 G 0.006 0.010 0.262 0.021 0.022 0.009 0.002 0.001 0.005 0.240 0.330 0.045 0.046 50 D 0.007 0.008 0.195 0.026 0.028 0.008 0.001 0.001 0.003 0.279 0.382 0.018 0.044 51 N 0.022 0.018 0.196 0.029 0.031 0.023 0.004 0.002 0.008 0.307 0.216 0.106 0.038 52 Y 0.077 0.029 0.222 0.015 0.030 0.042 0.023 0.013 0.036 0.088 0.083 0.036 0.305 53 I 0.171 0.015 0.127 0.049 0.022 0.031 0.056 0.033 0.051 0.036 0.018 0.262 0.129 54 Y 0.218 0.012 0.068 0.028 0.017 0.031 0.072 0.022 0.068 0.028 0.018 0.182 0.236 55 I 0.173 0.025 0.133 0.034 0.030 0.054 0.040 0.014 0.058 0.037 0.035 0.098 0.268 56 W 0.067 0.022 0.232 0.046 0.018 0.047 0.021 0.006 0.061 0.096 0.037 0.246 0.100 57 A 0.013 0.015 0.513 0.007 0.014 0.051 0.003 0.002 0.020 0.104 0.028 0.025 0.207 58 I 0.005 0.005 0.136 0.009 0.084 0.633 0.001 0.001 0.004 0.040 0.052 0.013 0.017 59 E 0.002 0.002 0.024 0.006 0.159 0.704 0.001 0.001 0.001 0.014 0.079 0.004 0.005 60 D 0.003 0.003 0.032 0.002 0.124 0.744 0.001 0.001 0.002 0.020 0.056 0.005 0.009 61 V 0.006 0.003 0.041 0.002 0.060 0.818 0.001 0.001 0.003 0.012 0.030 0.004 0.020 62 I 0.008 0.005 0.047 0.005 0.052 0.787 0.001 0.001 0.002 0.015 0.055 0.013 0.009 63 A 0.008 0.007 0.046 0.004 0.063 0.718 0.001 0.001 0.003 0.017 0.102 0.010 0.022 64 Y 0.004 0.005 0.062 0.003 0.033 0.721 0.001 0.001 0.003 0.036 0.102 0.006 0.024 65 N 0.003 0.004 0.203 0.008 0.030 0.476 0.001 0.001 0.004 0.085 0.155 0.015 0.016 66 H 0.003 0.005 0.155 0.005 0.051 0.439 0.001 0.001 0.005 0.083 0.215 0.021 0.017 67 D 0.003 0.007 0.132 0.004 0.062 0.481 0.001 0.001 0.005 0.064 0.211 0.007 0.022 68 Y 0.003 0.008 0.140 0.004 0.046 0.542 0.001 0.001 0.007 0.092 0.126 0.017 0.013 69 G 0.006 0.021 0.287 0.005 0.036 0.370 0.001 0.001 0.012 0.087 0.103 0.023 0.048 70 I 0.008 0.022 0.306 0.006 0.072 0.387 0.001 0.001 0.009 0.058 0.046 0.020 0.064 71 Q 0.004 0.009 0.204 0.012 0.196 0.388 0.001 0.001 0.007 0.056 0.079 0.021 0.024 72 K 0.002 0.005 0.063 0.003 0.328 0.349 0.001 0.001 0.003 0.038 0.184 0.007 0.018 73 Y 0.003 0.015 0.104 0.003 0.229 0.271 0.001 0.001 0.004 0.059 0.286 0.008 0.017 74 L 0.003 0.030 0.299 0.003 0.081 0.139 0.001 0.001 0.005 0.193 0.195 0.024 0.026 75 Q 0.002 0.017 0.525 0.007 0.092 0.070 0.001 0.001 0.005 0.116 0.132 0.009 0.026 76 K 0.001 0.004 0.088 0.043 0.346 0.053 0.001 0.001 0.004 0.091 0.357 0.006 0.006 77 E 0.003 0.005 0.068 0.031 0.163 0.023 0.002 0.002 0.020 0.109 0.552 0.009 0.013 78 Y 0.040 0.010 0.231 0.022 0.028 0.011 0.027 0.052 0.224 0.137 0.067 0.036 0.115 79 W 0.071 0.006 0.055 0.017 0.001 0.003 0.081 0.193 0.383 0.027 0.004 0.118 0.040 80 A 0.099 0.006 0.014 0.003 0.001 0.001 0.091 0.384 0.294 0.005 0.001 0.043 0.059 81 F 0.092 0.007 0.019 0.011 0.001 0.002 0.162 0.386 0.249 0.006 0.002 0.021 0.042 82 G 0.045 0.015 0.247 0.012 0.002 0.003 0.042 0.120 0.280 0.058 0.013 0.085 0.077 83 M 0.016 0.015 0.401 0.006 0.007 0.004 0.008 0.017 0.063 0.193 0.099 0.031 0.140 84 D 0.005 0.010 0.403 0.009 0.018 0.003 0.002 0.003 0.015 0.250 0.202 0.033 0.047 85 G 0.001 0.003 0.085 0.006 0.015 0.002 0.001 0.001 0.002 0.422 0.448 0.006 0.010 86 D 0.008 0.006 0.138 0.013 0.021 0.003 0.001 0.001 0.002 0.356 0.425 0.010 0.017 87 I 0.081 0.010 0.228 0.026 0.019 0.008 0.004 0.001 0.003 0.302 0.189 0.060 0.070 88 G 0.599 0.004 0.057 0.009 0.004 0.003 0.027 0.004 0.005 0.017 0.008 0.077 0.186 89 Y 0.787 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.037 0.003 0.002 0.001 0.001 0.110 0.049 90 I 0.867 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 0.062 91 L 0.861 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.023 0.001 0.002 0.001 0.001 0.071 0.034 92 H 0.563 0.003 0.033 0.005 0.001 0.001 0.017 0.001 0.006 0.004 0.002 0.101 0.263 93 L 0.164 0.008 0.202 0.010 0.010 0.002 0.007 0.001 0.007 0.043 0.056 0.133 0.355 94 S 0.016 0.004 0.195 0.013 0.019 0.002 0.001 0.001 0.002 0.176 0.421 0.099 0.052 95 D 0.002 0.002 0.064 0.005 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.256 0.617 0.011 0.019 96 N 0.001 0.003 0.083 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.355 0.519 0.015 0.006 97 S 0.019 0.034 0.454 0.017 0.016 0.002 0.002 0.001 0.005 0.213 0.115 0.044 0.078 98 I 0.078 0.036 0.354 0.029 0.005 0.002 0.019 0.003 0.034 0.061 0.019 0.114 0.245 99 Y 0.200 0.013 0.109 0.080 0.001 0.001 0.047 0.011 0.049 0.022 0.004 0.295 0.168 100 R 0.294 0.005 0.030 0.041 0.001 0.001 0.126 0.037 0.094 0.006 0.001 0.159 0.206 101 V 0.374 0.002 0.011 0.013 0.001 0.001 0.223 0.077 0.088 0.002 0.001 0.073 0.137 102 D 0.233 0.003 0.034 0.023 0.001 0.001 0.138 0.135 0.160 0.007 0.002 0.172 0.090 103 L 0.125 0.009 0.099 0.009 0.004 0.003 0.088 0.099 0.221 0.022 0.013 0.061 0.248 104 G 0.031 0.013 0.346 0.020 0.006 0.003 0.018 0.029 0.146 0.153 0.051 0.135 0.047 105 D 0.006 0.020 0.517 0.004 0.016 0.006 0.003 0.003 0.049 0.200 0.067 0.016 0.093 106 L 0.003 0.020 0.311 0.007 0.036 0.014 0.002 0.002 0.012 0.286 0.276 0.015 0.016 107 D 0.004 0.032 0.435 0.006 0.063 0.030 0.001 0.001 0.007 0.208 0.163 0.023 0.027 108 I 0.004 0.023 0.230 0.006 0.147 0.117 0.001 0.001 0.003 0.159 0.264 0.006 0.039 109 T 0.006 0.013 0.179 0.026 0.130 0.153 0.001 0.001 0.003 0.165 0.279 0.033 0.010 110 S 0.015 0.024 0.179 0.015 0.129 0.241 0.003 0.001 0.008 0.101 0.180 0.025 0.079 111 I 0.047 0.024 0.207 0.014 0.142 0.222 0.006 0.002 0.013 0.058 0.079 0.039 0.147 112 K 0.050 0.013 0.142 0.038 0.109 0.282 0.008 0.003 0.016 0.059 0.060 0.162 0.058 113 Y 0.051 0.023 0.106 0.007 0.089 0.188 0.012 0.005 0.032 0.049 0.119 0.067 0.251 114 I 0.030 0.038 0.181 0.019 0.140 0.181 0.010 0.004 0.022 0.098 0.153 0.032 0.091 115 A 0.004 0.013 0.452 0.005 0.053 0.131 0.001 0.001 0.012 0.186 0.084 0.035 0.024 116 P 0.001 0.014 0.165 0.002 0.075 0.254 0.001 0.001 0.003 0.158 0.305 0.007 0.017 117 S 0.001 0.018 0.240 0.001 0.087 0.396 0.001 0.001 0.001 0.143 0.106 0.003 0.005 118 F 0.001 0.001 0.026 0.001 0.086 0.869 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.001 0.001 119 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.869 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 120 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 121 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 122 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 123 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.934 0.001 0.001 0.001 0.002 0.047 0.001 0.001 124 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 0.877 0.001 0.001 0.001 0.005 0.093 0.001 0.001 125 A 0.001 0.001 0.029 0.001 0.020 0.821 0.001 0.001 0.001 0.018 0.101 0.001 0.006 126 I 0.007 0.003 0.081 0.003 0.026 0.684 0.001 0.001 0.008 0.038 0.116 0.024 0.009 127 Y 0.009 0.010 0.118 0.004 0.026 0.582 0.002 0.002 0.016 0.043 0.145 0.009 0.035 128 L 0.005 0.009 0.239 0.010 0.025 0.397 0.001 0.001 0.020 0.123 0.128 0.027 0.014 129 N 0.003 0.008 0.314 0.006 0.025 0.258 0.001 0.001 0.017 0.134 0.184 0.012 0.039 130 F 0.004 0.010 0.209 0.006 0.066 0.437 0.001 0.001 0.010 0.098 0.116 0.014 0.027 131 N 0.006 0.011 0.230 0.011 0.080 0.392 0.001 0.001 0.014 0.080 0.102 0.040 0.031 132 K 0.006 0.014 0.200 0.004 0.091 0.472 0.001 0.001 0.013 0.056 0.072 0.020 0.050 133 L 0.006 0.010 0.132 0.007 0.102 0.598 0.001 0.001 0.008 0.036 0.060 0.012 0.027 134 Q 0.009 0.010 0.106 0.007 0.129 0.529 0.001 0.001 0.005 0.038 0.114 0.028 0.023 135 N 0.009 0.018 0.162 0.004 0.118 0.428 0.001 0.001 0.005 0.049 0.128 0.016 0.062 136 V 0.006 0.017 0.241 0.005 0.094 0.379 0.001 0.001 0.005 0.070 0.128 0.023 0.031 137 A 0.003 0.013 0.205 0.005 0.086 0.210 0.001 0.001 0.003 0.073 0.360 0.016 0.025 138 N 0.001 0.008 0.146 0.005 0.089 0.098 0.001 0.001 0.002 0.112 0.515 0.008 0.014 139 N 0.001 0.004 0.131 0.008 0.060 0.053 0.001 0.001 0.002 0.229 0.497 0.008 0.007 140 N 0.003 0.010 0.287 0.006 0.049 0.033 0.001 0.001 0.005 0.199 0.367 0.014 0.025 141 L 0.010 0.030 0.547 0.005 0.025 0.020 0.003 0.002 0.023 0.138 0.092 0.044 0.061 142 T 0.014 0.058 0.566 0.005 0.008 0.013 0.006 0.003 0.053 0.092 0.033 0.068 0.081 143 T 0.008 0.041 0.687 0.005 0.004 0.008 0.003 0.002 0.040 0.066 0.010 0.056 0.070