# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 218 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.085 0.027 0.137 0.318 0.004 0.112 0.006 0.004 0.010 0.007 0.081 0.051 0.137 0.002 0.002 0.016 2 E 0.029 0.129 0.167 0.337 0.004 0.063 0.006 0.004 0.002 0.001 0.035 0.094 0.119 0.002 0.003 0.006 3 V 0.008 0.033 0.073 0.513 0.010 0.116 0.007 0.005 0.003 0.002 0.034 0.034 0.141 0.005 0.003 0.013 4 I 0.007 0.078 0.173 0.322 0.016 0.093 0.015 0.007 0.002 0.002 0.041 0.031 0.193 0.003 0.005 0.011 5 E 0.010 0.098 0.083 0.366 0.012 0.115 0.012 0.018 0.004 0.005 0.029 0.046 0.170 0.008 0.008 0.017 6 S 0.009 0.014 0.033 0.087 0.008 0.394 0.006 0.020 0.004 0.007 0.116 0.034 0.245 0.004 0.011 0.008 7 K 0.008 0.092 0.025 0.041 0.005 0.037 0.008 0.011 0.005 0.003 0.400 0.079 0.249 0.014 0.005 0.018 8 W 0.018 0.045 0.036 0.073 0.004 0.035 0.020 0.010 0.009 0.002 0.031 0.348 0.303 0.023 0.029 0.016 9 Y 0.008 0.023 0.194 0.045 0.005 0.028 0.048 0.006 0.004 0.002 0.021 0.024 0.466 0.014 0.038 0.073 10 K 0.024 0.029 0.109 0.058 0.013 0.050 0.034 0.011 0.005 0.004 0.061 0.037 0.461 0.017 0.018 0.070 11 K 0.015 0.018 0.039 0.017 0.057 0.016 0.181 0.004 0.003 0.002 0.021 0.015 0.052 0.537 0.007 0.016 12 D 0.009 0.034 0.045 0.022 0.001 0.016 0.018 0.120 0.003 0.002 0.015 0.023 0.045 0.003 0.632 0.013 13 G 0.011 0.045 0.052 0.023 0.001 0.012 0.005 0.001 0.094 0.024 0.017 0.008 0.036 0.002 0.004 0.664 14 A 0.620 0.063 0.153 0.119 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.009 0.001 0.002 0.007 15 S 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 16 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 17 A 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.985 0.003 0.001 0.001 0.001 18 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.977 0.001 0.001 0.004 19 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 20 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.058 0.926 0.001 0.001 0.001 21 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 0.001 22 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 23 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.973 0.001 0.006 26 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 0.965 0.001 27 N 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.002 0.966 28 T 0.962 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.009 29 T 0.012 0.053 0.882 0.018 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.011 30 L 0.006 0.050 0.084 0.454 0.002 0.332 0.002 0.002 0.001 0.001 0.013 0.013 0.035 0.001 0.001 0.002 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 32 K 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.038 0.011 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.048 0.001 0.001 0.001 34 Y 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 35 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.979 0.001 0.001 0.001 36 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.986 0.001 0.001 0.001 37 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.004 38 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 39 L 0.001 0.002 0.005 0.006 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.004 0.002 0.007 40 W 0.002 0.004 0.015 0.016 0.016 0.005 0.057 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.551 0.262 0.011 0.053 41 S 0.003 0.010 0.047 0.011 0.063 0.008 0.215 0.014 0.001 0.001 0.007 0.004 0.191 0.263 0.141 0.021 42 N 0.006 0.024 0.027 0.013 0.042 0.023 0.128 0.127 0.010 0.016 0.024 0.009 0.153 0.085 0.216 0.096 43 G 0.094 0.114 0.050 0.061 0.003 0.005 0.006 0.070 0.149 0.043 0.022 0.021 0.063 0.006 0.071 0.223 44 G 0.368 0.011 0.073 0.039 0.039 0.067 0.106 0.003 0.043 0.055 0.021 0.044 0.049 0.038 0.004 0.039 45 E 0.077 0.202 0.311 0.118 0.005 0.016 0.010 0.089 0.004 0.001 0.035 0.030 0.032 0.002 0.062 0.007 46 G 0.011 0.020 0.088 0.491 0.013 0.061 0.003 0.010 0.104 0.053 0.029 0.047 0.033 0.002 0.003 0.033 47 K 0.071 0.015 0.061 0.089 0.561 0.026 0.094 0.002 0.002 0.002 0.015 0.013 0.018 0.028 0.001 0.003 48 L 0.005 0.038 0.054 0.165 0.035 0.031 0.006 0.539 0.003 0.002 0.016 0.014 0.016 0.003 0.067 0.004 49 G 0.005 0.033 0.028 0.084 0.061 0.099 0.018 0.029 0.214 0.294 0.025 0.017 0.024 0.008 0.007 0.055 50 D 0.418 0.075 0.026 0.082 0.005 0.068 0.006 0.070 0.019 0.014 0.110 0.045 0.035 0.001 0.019 0.008 51 N 0.041 0.218 0.155 0.083 0.001 0.075 0.003 0.009 0.060 0.020 0.053 0.202 0.031 0.001 0.006 0.043 52 Y 0.151 0.034 0.216 0.206 0.006 0.092 0.009 0.003 0.008 0.001 0.091 0.080 0.083 0.005 0.004 0.014 53 I 0.009 0.174 0.476 0.222 0.001 0.013 0.003 0.003 0.001 0.001 0.007 0.036 0.044 0.001 0.004 0.005 54 Y 0.007 0.018 0.097 0.697 0.004 0.056 0.002 0.004 0.003 0.002 0.014 0.007 0.071 0.001 0.002 0.015 55 I 0.024 0.027 0.197 0.277 0.071 0.202 0.029 0.003 0.001 0.001 0.040 0.009 0.102 0.008 0.002 0.008 56 W 0.004 0.238 0.074 0.567 0.002 0.011 0.001 0.038 0.001 0.001 0.012 0.017 0.025 0.001 0.007 0.004 57 A 0.001 0.003 0.002 0.025 0.002 0.883 0.001 0.001 0.003 0.013 0.003 0.015 0.044 0.001 0.001 0.003 58 I 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.868 0.005 0.062 0.001 0.001 0.001 59 E 0.001 0.035 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.904 0.029 0.001 0.001 0.001 60 D 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.933 0.001 0.001 0.006 61 V 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.033 0.004 0.936 0.001 0.001 0.003 62 I 0.001 0.005 0.002 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.078 0.898 0.001 0.002 0.001 63 A 0.002 0.002 0.007 0.010 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.881 0.040 0.003 0.038 64 Y 0.002 0.008 0.045 0.014 0.001 0.008 0.016 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.804 0.014 0.054 0.021 65 N 0.002 0.004 0.047 0.008 0.002 0.027 0.021 0.002 0.001 0.001 0.015 0.009 0.801 0.009 0.013 0.040 66 H 0.016 0.013 0.013 0.011 0.002 0.020 0.005 0.005 0.001 0.001 0.102 0.040 0.739 0.010 0.006 0.015 67 D 0.011 0.038 0.017 0.010 0.009 0.008 0.053 0.003 0.004 0.001 0.023 0.057 0.254 0.463 0.011 0.039 68 Y 0.005 0.012 0.136 0.022 0.001 0.005 0.013 0.021 0.001 0.001 0.009 0.015 0.297 0.002 0.447 0.015 69 G 0.009 0.014 0.111 0.044 0.003 0.060 0.013 0.003 0.018 0.030 0.018 0.021 0.392 0.005 0.003 0.255 70 I 0.216 0.031 0.036 0.086 0.004 0.068 0.007 0.007 0.001 0.001 0.097 0.053 0.376 0.005 0.005 0.006 71 Q 0.004 0.038 0.061 0.045 0.010 0.152 0.024 0.007 0.003 0.003 0.091 0.140 0.374 0.029 0.010 0.010 72 K 0.010 0.050 0.038 0.086 0.004 0.022 0.015 0.025 0.005 0.001 0.137 0.065 0.456 0.010 0.051 0.025 73 Y 0.023 0.088 0.139 0.127 0.004 0.018 0.020 0.004 0.032 0.004 0.011 0.065 0.228 0.013 0.016 0.209 74 L 0.069 0.019 0.383 0.084 0.014 0.038 0.079 0.005 0.001 0.003 0.011 0.013 0.222 0.011 0.015 0.035 75 Q 0.010 0.025 0.091 0.027 0.022 0.471 0.033 0.028 0.002 0.005 0.060 0.014 0.172 0.017 0.012 0.013 76 K 0.011 0.193 0.017 0.075 0.002 0.058 0.007 0.038 0.020 0.006 0.368 0.059 0.099 0.009 0.020 0.018 77 E 0.042 0.331 0.070 0.112 0.001 0.009 0.010 0.002 0.074 0.003 0.005 0.200 0.055 0.003 0.018 0.064 78 Y 0.042 0.008 0.764 0.110 0.001 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.027 0.001 0.003 0.032 79 W 0.012 0.004 0.770 0.187 0.002 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 80 A 0.006 0.014 0.052 0.777 0.076 0.044 0.008 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.004 0.001 0.002 81 F 0.002 0.033 0.014 0.855 0.027 0.028 0.002 0.020 0.003 0.001 0.005 0.003 0.004 0.001 0.002 0.002 82 G 0.004 0.042 0.021 0.354 0.103 0.337 0.011 0.015 0.027 0.035 0.016 0.011 0.014 0.001 0.001 0.009 83 M 0.026 0.074 0.024 0.111 0.371 0.062 0.046 0.048 0.008 0.011 0.170 0.020 0.008 0.015 0.002 0.003 84 D 0.008 0.091 0.028 0.046 0.054 0.102 0.015 0.372 0.017 0.011 0.063 0.080 0.010 0.011 0.086 0.006 85 G 0.017 0.107 0.076 0.059 0.012 0.018 0.009 0.084 0.175 0.092 0.098 0.026 0.022 0.006 0.069 0.130 86 D 0.371 0.042 0.061 0.053 0.018 0.116 0.049 0.010 0.063 0.037 0.032 0.062 0.020 0.013 0.014 0.040 87 I 0.143 0.333 0.295 0.056 0.001 0.017 0.005 0.024 0.014 0.002 0.020 0.019 0.011 0.001 0.034 0.026 88 G 0.062 0.060 0.345 0.400 0.001 0.010 0.001 0.001 0.051 0.003 0.004 0.010 0.004 0.001 0.001 0.046 89 Y 0.060 0.006 0.574 0.349 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 90 I 0.001 0.003 0.130 0.855 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 L 0.001 0.003 0.008 0.984 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 H 0.001 0.005 0.003 0.429 0.019 0.538 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 L 0.003 0.163 0.006 0.222 0.129 0.176 0.002 0.018 0.001 0.002 0.271 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 94 S 0.003 0.164 0.014 0.074 0.158 0.174 0.017 0.061 0.011 0.008 0.088 0.201 0.003 0.019 0.003 0.001 95 D 0.005 0.087 0.046 0.041 0.011 0.078 0.015 0.211 0.017 0.013 0.155 0.041 0.022 0.004 0.242 0.011 96 N 0.031 0.139 0.036 0.040 0.002 0.018 0.004 0.014 0.218 0.032 0.054 0.043 0.017 0.003 0.024 0.325 97 S 0.650 0.043 0.120 0.043 0.002 0.012 0.014 0.001 0.017 0.003 0.009 0.025 0.011 0.003 0.003 0.042 98 I 0.056 0.048 0.746 0.086 0.001 0.026 0.007 0.003 0.002 0.001 0.002 0.005 0.009 0.001 0.003 0.006 99 Y 0.012 0.087 0.269 0.584 0.001 0.017 0.002 0.002 0.005 0.002 0.005 0.002 0.005 0.001 0.001 0.008 100 R 0.008 0.006 0.087 0.888 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 V 0.003 0.003 0.117 0.861 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 D 0.001 0.005 0.013 0.624 0.292 0.054 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 103 L 0.001 0.048 0.006 0.546 0.102 0.129 0.002 0.131 0.002 0.001 0.022 0.002 0.003 0.001 0.004 0.001 104 G 0.003 0.132 0.012 0.360 0.023 0.048 0.005 0.074 0.121 0.140 0.041 0.023 0.004 0.001 0.003 0.011 105 D 0.126 0.122 0.029 0.149 0.014 0.362 0.007 0.018 0.044 0.020 0.029 0.048 0.013 0.001 0.006 0.012 106 L 0.028 0.193 0.354 0.212 0.003 0.011 0.003 0.016 0.005 0.005 0.124 0.019 0.009 0.001 0.003 0.012 107 D 0.009 0.011 0.021 0.025 0.004 0.816 0.001 0.003 0.002 0.005 0.005 0.082 0.012 0.001 0.002 0.001 108 I 0.002 0.012 0.007 0.005 0.001 0.042 0.002 0.002 0.001 0.001 0.882 0.005 0.035 0.001 0.001 0.002 109 T 0.002 0.135 0.004 0.016 0.001 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 0.010 0.803 0.016 0.001 0.004 0.001 110 S 0.019 0.018 0.159 0.052 0.001 0.026 0.010 0.001 0.011 0.002 0.013 0.038 0.509 0.005 0.010 0.127 111 I 0.023 0.013 0.452 0.057 0.001 0.027 0.010 0.001 0.001 0.001 0.034 0.016 0.346 0.002 0.003 0.014 112 K 0.010 0.041 0.156 0.245 0.003 0.037 0.011 0.002 0.001 0.001 0.028 0.055 0.395 0.003 0.003 0.009 113 Y 0.005 0.032 0.046 0.505 0.008 0.060 0.014 0.002 0.002 0.001 0.018 0.013 0.263 0.007 0.003 0.024 114 I 0.006 0.121 0.169 0.540 0.002 0.012 0.008 0.004 0.001 0.001 0.004 0.011 0.079 0.002 0.011 0.030 115 A 0.006 0.004 0.033 0.047 0.007 0.798 0.010 0.001 0.002 0.005 0.003 0.004 0.068 0.001 0.001 0.008 116 P 0.010 0.224 0.030 0.056 0.001 0.011 0.001 0.012 0.001 0.001 0.604 0.008 0.039 0.001 0.001 0.003 117 S 0.001 0.005 0.001 0.004 0.001 0.438 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.502 0.039 0.001 0.001 0.001 118 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.696 0.009 0.283 0.001 0.001 0.001 119 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.812 0.166 0.001 0.001 0.001 120 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 121 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.003 122 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 123 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.002 0.002 0.002 124 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.974 0.004 0.003 0.013 125 A 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.897 0.019 0.006 0.029 126 I 0.002 0.007 0.041 0.006 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.877 0.009 0.015 0.018 127 Y 0.004 0.009 0.036 0.012 0.006 0.031 0.060 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.677 0.076 0.011 0.060 128 L 0.013 0.046 0.069 0.030 0.003 0.016 0.027 0.027 0.001 0.001 0.088 0.018 0.504 0.023 0.104 0.030 129 N 0.011 0.033 0.049 0.019 0.004 0.103 0.024 0.011 0.012 0.012 0.039 0.100 0.450 0.023 0.029 0.081 130 F 0.049 0.035 0.058 0.021 0.003 0.022 0.019 0.011 0.004 0.003 0.214 0.056 0.433 0.017 0.027 0.028 131 N 0.015 0.032 0.064 0.025 0.002 0.068 0.011 0.011 0.004 0.004 0.042 0.276 0.390 0.007 0.028 0.022 132 K 0.011 0.012 0.031 0.017 0.002 0.057 0.007 0.007 0.003 0.003 0.109 0.051 0.645 0.008 0.011 0.028 133 L 0.011 0.018 0.030 0.020 0.005 0.033 0.022 0.006 0.003 0.002 0.107 0.147 0.541 0.032 0.010 0.014 134 Q 0.006 0.023 0.052 0.026 0.001 0.013 0.008 0.017 0.002 0.001 0.029 0.079 0.663 0.007 0.055 0.019 135 N 0.007 0.008 0.046 0.027 0.001 0.028 0.015 0.002 0.008 0.003 0.016 0.031 0.686 0.014 0.009 0.099 136 V 0.020 0.009 0.072 0.018 0.007 0.025 0.047 0.002 0.001 0.001 0.053 0.026 0.678 0.015 0.010 0.016 137 A 0.006 0.031 0.069 0.019 0.024 0.033 0.064 0.025 0.002 0.002 0.048 0.053 0.401 0.161 0.030 0.032 138 N 0.009 0.028 0.043 0.020 0.016 0.027 0.092 0.035 0.009 0.005 0.029 0.025 0.242 0.176 0.183 0.060 139 N 0.020 0.047 0.097 0.023 0.002 0.020 0.039 0.035 0.019 0.011 0.045 0.028 0.214 0.012 0.255 0.132 140 N 0.142 0.055 0.124 0.028 0.002 0.032 0.026 0.006 0.037 0.012 0.032 0.050 0.144 0.009 0.018 0.282 141 L 0.238 0.086 0.349 0.085 0.003 0.020 0.014 0.004 0.006 0.002 0.028 0.038 0.075 0.004 0.009 0.038 142 T 0.024 0.052 0.384 0.102 0.037 0.186 0.063 0.004 0.003 0.003 0.012 0.036 0.066 0.010 0.004 0.013 143 T 0.015 0.146 0.152 0.231 0.026 0.098 0.022 0.061 0.004 0.003 0.124 0.019 0.063 0.007 0.017 0.012