# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 218 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.106 0.242 0.003 0.025 0.029 0.041 0.083 0.014 0.001 0.051 0.407 2 E 0.037 0.135 0.004 0.058 0.052 0.084 0.084 0.004 0.001 0.131 0.410 3 V 0.044 0.114 0.005 0.041 0.048 0.079 0.098 0.004 0.001 0.128 0.438 4 I 0.091 0.122 0.006 0.034 0.054 0.047 0.099 0.012 0.002 0.047 0.484 5 E 0.173 0.146 0.008 0.026 0.029 0.038 0.071 0.017 0.004 0.041 0.447 6 S 0.151 0.135 0.003 0.014 0.015 0.031 0.074 0.011 0.001 0.035 0.529 7 K 0.112 0.086 0.006 0.018 0.025 0.043 0.094 0.010 0.002 0.054 0.551 8 W 0.077 0.033 0.007 0.031 0.037 0.047 0.109 0.007 0.002 0.059 0.591 9 Y 0.088 0.014 0.004 0.024 0.024 0.036 0.112 0.005 0.002 0.066 0.624 10 K 0.066 0.012 0.001 0.019 0.019 0.024 0.106 0.003 0.001 0.034 0.716 11 K 0.052 0.013 0.002 0.023 0.009 0.015 0.114 0.003 0.001 0.048 0.720 12 D 0.054 0.016 0.001 0.018 0.007 0.010 0.102 0.003 0.001 0.054 0.735 13 G 0.030 0.026 0.001 0.020 0.008 0.013 0.171 0.002 0.001 0.028 0.701 14 A 0.007 0.034 0.001 0.014 0.010 0.005 0.119 0.001 0.001 0.118 0.690 15 S 0.045 0.873 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.014 0.001 0.024 0.032 16 S 0.057 0.829 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.001 0.048 0.047 17 A 0.005 0.793 0.004 0.002 0.002 0.002 0.010 0.001 0.001 0.083 0.098 18 S 0.006 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.015 0.014 19 I 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 20 D 0.004 0.933 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.038 0.018 21 D 0.007 0.928 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.019 0.035 22 V 0.045 0.839 0.015 0.001 0.001 0.001 0.009 0.040 0.002 0.032 0.014 23 E 0.067 0.166 0.155 0.007 0.003 0.005 0.048 0.012 0.085 0.303 0.150 24 K 0.343 0.079 0.005 0.005 0.004 0.006 0.089 0.007 0.003 0.070 0.388 25 L 0.027 0.013 0.005 0.007 0.002 0.004 0.093 0.005 0.003 0.040 0.802 26 L 0.179 0.007 0.015 0.011 0.008 0.011 0.160 0.004 0.001 0.031 0.573 27 N 0.019 0.003 0.001 0.003 0.001 0.005 0.057 0.001 0.001 0.017 0.894 28 T 0.011 0.001 0.001 0.007 0.006 0.004 0.104 0.001 0.001 0.006 0.862 29 T 0.007 0.011 0.001 0.105 0.008 0.022 0.167 0.001 0.001 0.019 0.660 30 L 0.014 0.074 0.001 0.009 0.004 0.002 0.093 0.004 0.001 0.058 0.740 31 P 0.112 0.808 0.001 0.006 0.001 0.001 0.007 0.013 0.001 0.015 0.038 32 K 0.017 0.310 0.001 0.002 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.557 0.089 33 Q 0.002 0.853 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.068 0.064 34 Y 0.015 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.004 0.007 35 K 0.008 0.955 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.011 0.015 36 S 0.015 0.840 0.003 0.003 0.008 0.013 0.010 0.001 0.001 0.036 0.070 37 F 0.049 0.480 0.008 0.020 0.007 0.029 0.084 0.008 0.001 0.197 0.117 38 L 0.033 0.121 0.045 0.070 0.021 0.071 0.092 0.013 0.036 0.414 0.082 39 L 0.113 0.050 0.059 0.019 0.040 0.052 0.093 0.008 0.036 0.107 0.424 40 W 0.077 0.011 0.002 0.015 0.007 0.012 0.079 0.004 0.001 0.028 0.765 41 S 0.338 0.006 0.004 0.012 0.007 0.010 0.100 0.006 0.001 0.039 0.476 42 N 0.007 0.004 0.001 0.007 0.001 0.006 0.083 0.001 0.001 0.009 0.882 43 G 0.016 0.010 0.001 0.006 0.005 0.011 0.091 0.002 0.001 0.017 0.842 44 G 0.047 0.018 0.001 0.058 0.175 0.107 0.121 0.005 0.001 0.063 0.404 45 E 0.034 0.014 0.002 0.064 0.034 0.080 0.114 0.004 0.001 0.076 0.577 46 G 0.051 0.009 0.002 0.082 0.068 0.112 0.110 0.003 0.001 0.063 0.498 47 K 0.121 0.010 0.003 0.057 0.052 0.097 0.116 0.003 0.002 0.082 0.457 48 L 0.064 0.010 0.001 0.034 0.023 0.042 0.125 0.003 0.001 0.044 0.653 49 G 0.055 0.016 0.001 0.023 0.016 0.035 0.128 0.004 0.001 0.031 0.691 50 D 0.033 0.022 0.001 0.025 0.037 0.049 0.143 0.003 0.001 0.050 0.635 51 N 0.023 0.037 0.001 0.070 0.097 0.176 0.121 0.003 0.001 0.054 0.417 52 Y 0.025 0.034 0.001 0.078 0.117 0.251 0.079 0.004 0.001 0.041 0.370 53 I 0.016 0.031 0.006 0.101 0.192 0.207 0.062 0.003 0.002 0.046 0.332 54 Y 0.068 0.038 0.002 0.134 0.131 0.221 0.054 0.004 0.001 0.050 0.297 55 I 0.082 0.040 0.002 0.074 0.066 0.101 0.098 0.003 0.001 0.028 0.506 56 W 0.010 0.061 0.005 0.143 0.092 0.120 0.090 0.002 0.002 0.020 0.456 57 A 0.083 0.672 0.002 0.009 0.010 0.015 0.022 0.009 0.001 0.022 0.154 58 I 0.108 0.792 0.001 0.002 0.005 0.003 0.011 0.018 0.001 0.013 0.045 59 E 0.028 0.788 0.004 0.006 0.009 0.006 0.016 0.003 0.001 0.022 0.117 60 D 0.040 0.795 0.003 0.007 0.003 0.010 0.016 0.004 0.001 0.040 0.083 61 V 0.077 0.480 0.009 0.008 0.008 0.012 0.044 0.019 0.002 0.240 0.100 62 I 0.063 0.437 0.014 0.023 0.020 0.023 0.053 0.009 0.005 0.179 0.175 63 A 0.082 0.388 0.007 0.013 0.011 0.019 0.054 0.007 0.002 0.041 0.375 64 Y 0.051 0.353 0.011 0.022 0.010 0.020 0.085 0.015 0.002 0.037 0.393 65 N 0.166 0.214 0.028 0.016 0.013 0.018 0.101 0.021 0.009 0.101 0.312 66 H 0.151 0.175 0.004 0.013 0.010 0.018 0.090 0.008 0.001 0.038 0.492 67 D 0.062 0.169 0.003 0.018 0.010 0.021 0.085 0.005 0.001 0.029 0.598 68 Y 0.038 0.146 0.007 0.047 0.038 0.050 0.120 0.004 0.001 0.031 0.517 69 G 0.068 0.313 0.008 0.019 0.026 0.038 0.062 0.013 0.002 0.030 0.422 70 I 0.240 0.353 0.004 0.009 0.019 0.017 0.033 0.025 0.001 0.027 0.272 71 Q 0.213 0.261 0.005 0.016 0.021 0.022 0.046 0.015 0.001 0.054 0.348 72 K 0.084 0.151 0.005 0.018 0.015 0.028 0.075 0.006 0.002 0.062 0.555 73 Y 0.058 0.070 0.026 0.033 0.026 0.034 0.105 0.008 0.011 0.094 0.533 74 L 0.359 0.024 0.012 0.017 0.024 0.019 0.091 0.010 0.007 0.074 0.362 75 Q 0.286 0.015 0.002 0.023 0.007 0.012 0.081 0.008 0.001 0.039 0.524 76 K 0.028 0.007 0.002 0.059 0.006 0.017 0.119 0.002 0.001 0.038 0.723 77 E 0.016 0.008 0.002 0.120 0.024 0.056 0.125 0.003 0.001 0.092 0.555 78 Y 0.013 0.006 0.001 0.149 0.058 0.080 0.101 0.003 0.001 0.095 0.493 79 W 0.007 0.004 0.001 0.504 0.089 0.107 0.043 0.001 0.001 0.051 0.192 80 A 0.010 0.003 0.001 0.439 0.082 0.146 0.041 0.001 0.001 0.064 0.214 81 F 0.007 0.002 0.001 0.468 0.070 0.134 0.055 0.001 0.001 0.063 0.198 82 G 0.033 0.002 0.002 0.236 0.053 0.131 0.109 0.002 0.003 0.082 0.346 83 M 0.278 0.002 0.001 0.045 0.019 0.040 0.109 0.004 0.001 0.070 0.430 84 D 0.092 0.002 0.001 0.015 0.007 0.016 0.146 0.002 0.001 0.031 0.689 85 G 0.010 0.002 0.001 0.012 0.007 0.030 0.160 0.001 0.001 0.015 0.762 86 D 0.008 0.004 0.001 0.030 0.092 0.195 0.154 0.002 0.001 0.038 0.476 87 I 0.002 0.002 0.001 0.041 0.249 0.537 0.031 0.001 0.001 0.028 0.109 88 G 0.003 0.002 0.001 0.030 0.235 0.488 0.024 0.001 0.001 0.043 0.174 89 Y 0.001 0.001 0.001 0.036 0.398 0.500 0.007 0.001 0.001 0.016 0.040 90 I 0.002 0.001 0.001 0.047 0.348 0.456 0.014 0.001 0.001 0.033 0.099 91 L 0.001 0.001 0.001 0.044 0.411 0.443 0.012 0.001 0.001 0.019 0.069 92 H 0.031 0.002 0.001 0.037 0.246 0.323 0.039 0.002 0.002 0.081 0.235 93 L 0.175 0.002 0.001 0.023 0.091 0.102 0.074 0.005 0.002 0.094 0.433 94 S 0.074 0.001 0.001 0.006 0.012 0.017 0.078 0.002 0.001 0.027 0.782 95 D 0.028 0.001 0.001 0.004 0.006 0.012 0.110 0.001 0.001 0.015 0.823 96 N 0.017 0.002 0.001 0.012 0.020 0.026 0.156 0.001 0.001 0.032 0.733 97 S 0.010 0.003 0.001 0.050 0.126 0.216 0.120 0.001 0.001 0.052 0.421 98 I 0.005 0.002 0.001 0.075 0.095 0.219 0.084 0.001 0.001 0.079 0.441 99 Y 0.002 0.001 0.001 0.128 0.262 0.288 0.042 0.001 0.001 0.062 0.213 100 R 0.002 0.001 0.001 0.196 0.238 0.311 0.026 0.001 0.001 0.058 0.167 101 V 0.002 0.002 0.001 0.210 0.296 0.238 0.026 0.001 0.001 0.050 0.174 102 D 0.015 0.003 0.001 0.318 0.192 0.237 0.032 0.002 0.001 0.058 0.142 103 L 0.028 0.005 0.002 0.165 0.106 0.147 0.084 0.004 0.001 0.076 0.384 104 G 0.019 0.006 0.001 0.129 0.094 0.144 0.102 0.003 0.001 0.034 0.467 105 D 0.134 0.013 0.002 0.033 0.037 0.065 0.127 0.005 0.001 0.143 0.439 106 L 0.021 0.010 0.002 0.038 0.025 0.032 0.211 0.002 0.001 0.118 0.539 107 D 0.100 0.041 0.002 0.020 0.016 0.027 0.113 0.007 0.001 0.072 0.598 108 I 0.173 0.053 0.002 0.013 0.018 0.025 0.133 0.011 0.001 0.058 0.514 109 T 0.043 0.059 0.003 0.025 0.028 0.057 0.139 0.005 0.001 0.077 0.565 110 S 0.038 0.096 0.003 0.044 0.058 0.169 0.098 0.006 0.001 0.095 0.393 111 I 0.048 0.076 0.003 0.035 0.077 0.107 0.094 0.015 0.001 0.075 0.469 112 K 0.039 0.032 0.004 0.065 0.127 0.109 0.090 0.003 0.001 0.096 0.434 113 Y 0.013 0.020 0.003 0.048 0.073 0.114 0.132 0.001 0.001 0.151 0.444 114 I 0.019 0.085 0.004 0.047 0.035 0.045 0.104 0.005 0.001 0.092 0.564 115 A 0.250 0.317 0.003 0.016 0.016 0.018 0.067 0.020 0.001 0.085 0.206 116 P 0.020 0.284 0.003 0.022 0.016 0.018 0.099 0.003 0.001 0.034 0.501 117 S 0.009 0.852 0.002 0.002 0.003 0.002 0.013 0.003 0.001 0.024 0.090 118 F 0.027 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.010 0.006 119 D 0.021 0.781 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.148 0.030 120 D 0.010 0.893 0.005 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.035 0.045 121 F 0.061 0.801 0.018 0.002 0.002 0.001 0.011 0.016 0.001 0.033 0.053 122 L 0.091 0.655 0.021 0.004 0.003 0.005 0.031 0.026 0.005 0.081 0.078 123 G 0.055 0.481 0.004 0.005 0.004 0.007 0.045 0.006 0.002 0.036 0.356 124 K 0.078 0.369 0.011 0.026 0.010 0.029 0.090 0.007 0.001 0.068 0.312 125 A 0.049 0.141 0.021 0.033 0.021 0.047 0.144 0.015 0.005 0.208 0.315 126 I 0.062 0.118 0.012 0.046 0.029 0.044 0.127 0.008 0.005 0.065 0.484 127 Y 0.101 0.091 0.004 0.028 0.017 0.025 0.083 0.006 0.001 0.051 0.595 128 L 0.046 0.082 0.006 0.030 0.017 0.019 0.103 0.005 0.001 0.038 0.652 129 N 0.105 0.278 0.004 0.018 0.009 0.017 0.063 0.016 0.001 0.031 0.458 130 F 0.144 0.257 0.002 0.012 0.009 0.016 0.065 0.010 0.001 0.035 0.448 131 N 0.068 0.176 0.013 0.021 0.027 0.023 0.083 0.007 0.003 0.107 0.472 132 K 0.146 0.287 0.004 0.021 0.017 0.025 0.068 0.016 0.001 0.048 0.367 133 L 0.228 0.274 0.004 0.011 0.012 0.016 0.054 0.025 0.001 0.048 0.327 134 Q 0.047 0.107 0.007 0.030 0.029 0.047 0.088 0.006 0.002 0.133 0.506 135 N 0.052 0.055 0.005 0.020 0.017 0.038 0.105 0.005 0.002 0.197 0.503 136 V 0.106 0.028 0.008 0.017 0.031 0.024 0.128 0.011 0.003 0.154 0.490 137 A 0.190 0.031 0.003 0.018 0.014 0.018 0.099 0.011 0.002 0.046 0.570 138 N 0.096 0.014 0.001 0.008 0.005 0.014 0.097 0.005 0.001 0.056 0.704 139 N 0.025 0.009 0.001 0.015 0.018 0.031 0.135 0.002 0.001 0.045 0.719 140 N 0.027 0.008 0.001 0.020 0.030 0.050 0.123 0.002 0.001 0.054 0.684 141 L 0.016 0.006 0.001 0.027 0.050 0.045 0.136 0.002 0.001 0.040 0.677 142 T 0.036 0.013 0.002 0.041 0.044 0.063 0.123 0.003 0.001 0.054 0.621 143 T 0.044 0.015 0.002 0.030 0.045 0.059 0.121 0.003 0.001 0.060 0.620