# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 218 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.078 0.215 0.020 0.036 0.049 0.084 0.063 0.455 2 E 0.043 0.164 0.036 0.069 0.093 0.080 0.144 0.373 3 V 0.042 0.181 0.031 0.040 0.056 0.090 0.115 0.445 4 I 0.124 0.228 0.043 0.051 0.055 0.077 0.089 0.334 5 E 0.141 0.193 0.026 0.031 0.038 0.070 0.063 0.438 6 S 0.104 0.194 0.014 0.013 0.022 0.067 0.049 0.537 7 K 0.065 0.123 0.039 0.028 0.036 0.102 0.064 0.543 8 W 0.077 0.086 0.030 0.032 0.039 0.107 0.065 0.564 9 Y 0.127 0.046 0.039 0.036 0.037 0.105 0.108 0.502 10 K 0.135 0.027 0.017 0.015 0.020 0.100 0.036 0.650 11 K 0.117 0.013 0.011 0.010 0.015 0.084 0.068 0.683 12 D 0.033 0.023 0.011 0.009 0.013 0.120 0.065 0.726 13 G 0.034 0.045 0.010 0.007 0.013 0.159 0.021 0.712 14 A 0.028 0.039 0.012 0.009 0.007 0.109 0.055 0.743 15 S 0.110 0.615 0.003 0.002 0.002 0.024 0.130 0.114 16 S 0.118 0.741 0.002 0.001 0.001 0.015 0.055 0.068 17 A 0.011 0.736 0.008 0.004 0.003 0.027 0.065 0.145 18 S 0.007 0.937 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.026 19 I 0.008 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.005 20 D 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.006 21 D 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 22 V 0.017 0.907 0.006 0.001 0.001 0.003 0.059 0.007 23 E 0.052 0.192 0.151 0.007 0.004 0.012 0.542 0.040 24 K 0.401 0.160 0.023 0.004 0.005 0.032 0.126 0.249 25 L 0.252 0.010 0.038 0.002 0.003 0.057 0.072 0.566 26 L 0.026 0.004 0.016 0.006 0.009 0.148 0.019 0.772 27 N 0.007 0.001 0.004 0.001 0.004 0.042 0.013 0.928 28 T 0.010 0.004 0.016 0.018 0.011 0.170 0.025 0.747 29 T 0.015 0.012 0.036 0.011 0.010 0.168 0.024 0.723 30 L 0.183 0.109 0.013 0.007 0.004 0.075 0.044 0.565 31 P 0.264 0.469 0.009 0.001 0.002 0.030 0.035 0.188 32 K 0.076 0.396 0.015 0.003 0.004 0.060 0.185 0.260 33 Q 0.012 0.738 0.012 0.003 0.005 0.026 0.110 0.095 34 Y 0.022 0.877 0.006 0.002 0.004 0.012 0.035 0.042 35 K 0.022 0.808 0.012 0.010 0.016 0.017 0.059 0.056 36 S 0.040 0.715 0.017 0.010 0.026 0.025 0.072 0.095 37 F 0.065 0.232 0.069 0.050 0.069 0.072 0.259 0.184 38 L 0.019 0.054 0.074 0.066 0.102 0.085 0.423 0.177 39 L 0.058 0.041 0.073 0.066 0.091 0.112 0.159 0.401 40 W 0.161 0.013 0.030 0.029 0.052 0.142 0.037 0.536 41 S 0.179 0.008 0.018 0.018 0.020 0.119 0.047 0.591 42 N 0.031 0.006 0.009 0.008 0.023 0.147 0.015 0.761 43 G 0.020 0.004 0.012 0.009 0.024 0.090 0.016 0.826 44 G 0.093 0.016 0.027 0.110 0.071 0.147 0.061 0.474 45 E 0.036 0.009 0.035 0.059 0.080 0.111 0.053 0.617 46 G 0.032 0.006 0.037 0.084 0.118 0.094 0.044 0.586 47 K 0.048 0.005 0.051 0.072 0.101 0.115 0.080 0.527 48 L 0.088 0.014 0.025 0.037 0.054 0.122 0.055 0.605 49 G 0.101 0.029 0.023 0.033 0.068 0.114 0.043 0.589 50 D 0.034 0.023 0.030 0.034 0.080 0.121 0.046 0.631 51 N 0.032 0.053 0.066 0.110 0.267 0.089 0.084 0.300 52 Y 0.027 0.028 0.061 0.117 0.229 0.067 0.068 0.403 53 I 0.010 0.016 0.099 0.317 0.263 0.046 0.034 0.215 54 Y 0.025 0.049 0.095 0.128 0.222 0.067 0.050 0.365 55 I 0.039 0.078 0.094 0.104 0.129 0.089 0.069 0.399 56 W 0.020 0.069 0.101 0.121 0.103 0.093 0.076 0.417 57 A 0.114 0.473 0.020 0.017 0.027 0.043 0.083 0.223 58 I 0.123 0.665 0.008 0.009 0.009 0.023 0.057 0.104 59 E 0.030 0.548 0.025 0.019 0.024 0.038 0.058 0.256 60 D 0.052 0.586 0.015 0.013 0.022 0.039 0.051 0.223 61 V 0.089 0.234 0.061 0.030 0.036 0.070 0.275 0.205 62 I 0.132 0.269 0.036 0.028 0.036 0.089 0.147 0.265 63 A 0.079 0.183 0.024 0.016 0.024 0.065 0.073 0.535 64 Y 0.031 0.142 0.022 0.014 0.024 0.103 0.046 0.617 65 N 0.127 0.238 0.038 0.028 0.036 0.079 0.142 0.313 66 H 0.139 0.265 0.014 0.020 0.022 0.086 0.043 0.410 67 D 0.075 0.224 0.031 0.018 0.029 0.076 0.059 0.488 68 Y 0.042 0.241 0.025 0.025 0.031 0.104 0.048 0.483 69 G 0.068 0.244 0.047 0.039 0.049 0.071 0.136 0.345 70 I 0.215 0.326 0.018 0.017 0.017 0.051 0.053 0.303 71 Q 0.209 0.173 0.027 0.023 0.022 0.048 0.168 0.330 72 K 0.048 0.085 0.020 0.018 0.020 0.085 0.071 0.654 73 Y 0.026 0.018 0.043 0.014 0.017 0.141 0.096 0.645 74 L 0.152 0.021 0.028 0.013 0.007 0.136 0.071 0.572 75 Q 0.444 0.023 0.009 0.003 0.004 0.075 0.066 0.376 76 K 0.015 0.005 0.012 0.002 0.004 0.148 0.029 0.785 77 E 0.006 0.005 0.324 0.011 0.040 0.171 0.104 0.339 78 Y 0.005 0.003 0.217 0.020 0.033 0.123 0.129 0.468 79 W 0.003 0.001 0.779 0.037 0.027 0.042 0.037 0.074 80 A 0.010 0.002 0.660 0.025 0.050 0.048 0.087 0.118 81 F 0.016 0.002 0.497 0.057 0.077 0.084 0.119 0.148 82 G 0.036 0.002 0.302 0.029 0.053 0.142 0.064 0.373 83 M 0.170 0.003 0.093 0.021 0.041 0.189 0.083 0.401 84 D 0.045 0.004 0.039 0.010 0.030 0.207 0.035 0.629 85 G 0.028 0.005 0.028 0.007 0.037 0.223 0.021 0.651 86 D 0.045 0.012 0.040 0.051 0.104 0.201 0.074 0.474 87 I 0.015 0.012 0.063 0.134 0.259 0.121 0.071 0.325 88 G 0.003 0.004 0.073 0.168 0.470 0.032 0.047 0.203 89 Y 0.003 0.002 0.073 0.421 0.436 0.013 0.015 0.037 90 I 0.002 0.001 0.085 0.327 0.466 0.014 0.022 0.083 91 L 0.002 0.001 0.061 0.411 0.450 0.012 0.020 0.044 92 H 0.033 0.002 0.058 0.247 0.395 0.043 0.076 0.147 93 L 0.146 0.002 0.027 0.076 0.106 0.106 0.067 0.469 94 S 0.133 0.002 0.008 0.021 0.033 0.070 0.029 0.704 95 D 0.034 0.001 0.008 0.008 0.027 0.106 0.026 0.790 96 N 0.012 0.001 0.025 0.022 0.067 0.139 0.030 0.704 97 S 0.020 0.002 0.056 0.125 0.174 0.103 0.056 0.464 98 I 0.004 0.001 0.077 0.104 0.124 0.081 0.045 0.563 99 Y 0.002 0.001 0.253 0.194 0.295 0.042 0.038 0.175 100 R 0.002 0.001 0.275 0.184 0.265 0.030 0.057 0.186 101 V 0.005 0.002 0.356 0.244 0.182 0.027 0.041 0.142 102 D 0.024 0.007 0.358 0.162 0.207 0.038 0.051 0.154 103 L 0.023 0.011 0.175 0.127 0.175 0.079 0.060 0.348 104 G 0.054 0.019 0.109 0.060 0.099 0.103 0.059 0.496 105 D 0.124 0.026 0.034 0.045 0.068 0.123 0.159 0.421 106 L 0.028 0.020 0.024 0.027 0.037 0.157 0.107 0.601 107 D 0.090 0.085 0.015 0.021 0.040 0.110 0.084 0.554 108 I 0.126 0.149 0.016 0.022 0.036 0.102 0.061 0.487 109 T 0.055 0.123 0.023 0.042 0.077 0.099 0.050 0.531 110 S 0.063 0.164 0.027 0.053 0.101 0.081 0.097 0.414 111 I 0.056 0.145 0.031 0.084 0.133 0.083 0.112 0.354 112 K 0.065 0.074 0.055 0.105 0.144 0.077 0.082 0.398 113 Y 0.013 0.050 0.045 0.127 0.140 0.095 0.103 0.428 114 I 0.033 0.192 0.040 0.028 0.052 0.100 0.083 0.472 115 A 0.114 0.498 0.018 0.025 0.027 0.047 0.100 0.172 116 P 0.027 0.414 0.011 0.012 0.011 0.054 0.108 0.363 117 S 0.014 0.903 0.003 0.001 0.001 0.007 0.042 0.028 118 F 0.013 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 119 D 0.020 0.886 0.004 0.001 0.001 0.004 0.064 0.019 120 D 0.009 0.916 0.003 0.001 0.001 0.006 0.036 0.028 121 F 0.050 0.839 0.011 0.001 0.002 0.011 0.056 0.031 122 L 0.071 0.761 0.009 0.002 0.002 0.016 0.079 0.059 123 G 0.039 0.626 0.009 0.002 0.004 0.021 0.078 0.221 124 K 0.031 0.621 0.011 0.003 0.006 0.036 0.056 0.237 125 A 0.045 0.272 0.082 0.022 0.024 0.086 0.273 0.196 126 I 0.087 0.253 0.049 0.027 0.028 0.088 0.145 0.323 127 Y 0.093 0.124 0.049 0.014 0.021 0.082 0.112 0.505 128 L 0.058 0.143 0.036 0.017 0.016 0.115 0.071 0.543 129 N 0.079 0.255 0.026 0.013 0.019 0.083 0.055 0.471 130 F 0.109 0.186 0.014 0.008 0.010 0.085 0.038 0.550 131 N 0.064 0.198 0.031 0.025 0.021 0.088 0.169 0.404 132 K 0.080 0.375 0.012 0.011 0.013 0.070 0.074 0.365 133 L 0.196 0.340 0.017 0.012 0.016 0.060 0.072 0.288 134 Q 0.061 0.100 0.028 0.035 0.034 0.095 0.116 0.532 135 N 0.081 0.075 0.019 0.016 0.026 0.097 0.177 0.508 136 V 0.156 0.054 0.023 0.020 0.021 0.120 0.113 0.494 137 A 0.193 0.029 0.010 0.010 0.017 0.094 0.040 0.607 138 N 0.086 0.008 0.005 0.005 0.011 0.070 0.072 0.742 139 N 0.024 0.006 0.015 0.019 0.037 0.156 0.125 0.619 140 N 0.022 0.006 0.026 0.039 0.082 0.129 0.076 0.621 141 L 0.021 0.003 0.021 0.056 0.074 0.113 0.026 0.686 142 T 0.026 0.005 0.038 0.060 0.097 0.091 0.050 0.633 143 T 0.036 0.008 0.032 0.058 0.090 0.099 0.051 0.627