# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 218 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.160 0.063 0.023 0.076 0.093 0.131 0.173 0.128 0.082 0.043 0.028 2 E 0.587 0.206 0.072 0.083 0.030 0.009 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 3 V 0.073 0.076 0.051 0.175 0.145 0.136 0.157 0.084 0.055 0.031 0.018 4 I 0.033 0.041 0.030 0.061 0.073 0.078 0.156 0.145 0.158 0.126 0.098 5 E 0.050 0.134 0.115 0.234 0.175 0.127 0.094 0.036 0.020 0.011 0.004 6 S 0.204 0.121 0.195 0.172 0.100 0.070 0.066 0.033 0.021 0.013 0.005 7 K 0.178 0.101 0.066 0.190 0.158 0.114 0.105 0.039 0.028 0.015 0.006 8 W 0.098 0.065 0.050 0.113 0.102 0.112 0.168 0.102 0.095 0.057 0.037 9 Y 0.047 0.072 0.081 0.123 0.123 0.108 0.153 0.100 0.084 0.072 0.036 10 K 0.051 0.125 0.111 0.174 0.127 0.118 0.136 0.070 0.045 0.028 0.015 11 K 0.203 0.217 0.081 0.193 0.123 0.072 0.059 0.026 0.015 0.007 0.003 12 D 0.594 0.158 0.046 0.071 0.048 0.031 0.027 0.011 0.007 0.005 0.002 13 G 0.292 0.153 0.048 0.200 0.150 0.065 0.053 0.020 0.011 0.006 0.003 14 A 0.007 0.011 0.011 0.021 0.023 0.040 0.108 0.146 0.214 0.231 0.190 15 S 0.027 0.490 0.111 0.160 0.109 0.039 0.040 0.012 0.007 0.004 0.001 16 S 0.203 0.198 0.091 0.190 0.131 0.090 0.061 0.024 0.008 0.003 0.002 17 A 0.912 0.029 0.029 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 S 0.013 0.091 0.034 0.230 0.221 0.165 0.163 0.049 0.023 0.009 0.003 19 I 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.016 0.073 0.116 0.255 0.258 0.269 20 D 0.030 0.025 0.392 0.287 0.162 0.070 0.026 0.005 0.002 0.001 0.001 21 D 0.011 0.040 0.646 0.182 0.074 0.030 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 22 V 0.001 0.002 0.006 0.006 0.009 0.030 0.154 0.161 0.230 0.218 0.183 23 E 0.002 0.004 0.032 0.028 0.043 0.127 0.281 0.191 0.148 0.095 0.049 24 K 0.009 0.012 0.821 0.096 0.037 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 25 L 0.008 0.026 0.195 0.137 0.141 0.201 0.203 0.048 0.024 0.013 0.004 26 L 0.007 0.007 0.012 0.012 0.016 0.039 0.152 0.233 0.214 0.185 0.123 27 N 0.165 0.219 0.213 0.177 0.109 0.055 0.035 0.012 0.008 0.005 0.001 28 T 0.071 0.050 0.244 0.124 0.121 0.120 0.122 0.052 0.045 0.033 0.018 29 T 0.393 0.225 0.116 0.145 0.076 0.020 0.014 0.005 0.003 0.002 0.001 30 L 0.007 0.020 0.012 0.018 0.018 0.048 0.140 0.171 0.226 0.194 0.145 31 P 0.021 0.138 0.088 0.177 0.200 0.145 0.126 0.058 0.024 0.015 0.006 32 K 0.756 0.085 0.111 0.031 0.007 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.159 0.099 0.122 0.299 0.150 0.117 0.039 0.009 0.004 0.002 0.001 34 Y 0.002 0.002 0.004 0.007 0.009 0.021 0.091 0.126 0.262 0.243 0.233 35 K 0.002 0.009 0.049 0.112 0.228 0.254 0.202 0.071 0.041 0.024 0.008 36 S 0.004 0.020 0.659 0.151 0.099 0.030 0.020 0.009 0.005 0.003 0.001 37 F 0.001 0.004 0.033 0.025 0.035 0.087 0.265 0.190 0.184 0.105 0.071 38 L 0.002 0.003 0.013 0.010 0.010 0.020 0.100 0.109 0.257 0.229 0.248 39 L 0.003 0.009 0.105 0.126 0.174 0.147 0.190 0.106 0.077 0.042 0.022 40 W 0.009 0.020 0.142 0.127 0.142 0.157 0.202 0.095 0.064 0.029 0.014 41 S 0.030 0.024 0.040 0.055 0.060 0.083 0.207 0.149 0.162 0.128 0.061 42 N 0.111 0.091 0.037 0.077 0.070 0.102 0.168 0.124 0.106 0.070 0.044 43 G 0.252 0.134 0.051 0.117 0.088 0.082 0.089 0.065 0.055 0.038 0.029 44 G 0.090 0.056 0.029 0.062 0.071 0.074 0.135 0.134 0.142 0.119 0.087 45 E 0.157 0.190 0.040 0.158 0.143 0.078 0.087 0.059 0.043 0.026 0.020 46 G 0.052 0.023 0.013 0.036 0.039 0.064 0.117 0.124 0.185 0.168 0.179 47 K 0.131 0.156 0.064 0.210 0.163 0.096 0.073 0.039 0.031 0.022 0.014 48 L 0.056 0.056 0.029 0.091 0.081 0.100 0.149 0.136 0.124 0.094 0.084 49 G 0.216 0.129 0.042 0.150 0.128 0.096 0.088 0.052 0.043 0.032 0.024 50 D 0.210 0.159 0.053 0.144 0.124 0.088 0.085 0.050 0.040 0.029 0.019 51 N 0.154 0.117 0.047 0.175 0.145 0.122 0.107 0.054 0.041 0.024 0.014 52 Y 0.032 0.025 0.023 0.076 0.083 0.102 0.153 0.142 0.153 0.120 0.091 53 I 0.006 0.014 0.015 0.037 0.050 0.085 0.158 0.189 0.188 0.154 0.104 54 Y 0.009 0.029 0.037 0.096 0.103 0.122 0.176 0.141 0.124 0.104 0.058 55 I 0.003 0.004 0.009 0.012 0.013 0.021 0.061 0.118 0.210 0.270 0.279 56 W 0.012 0.018 0.031 0.057 0.068 0.086 0.162 0.169 0.158 0.146 0.093 57 A 0.011 0.048 0.053 0.083 0.068 0.097 0.157 0.124 0.133 0.143 0.084 58 I 0.006 0.008 0.010 0.035 0.055 0.114 0.188 0.211 0.156 0.122 0.095 59 E 0.456 0.153 0.133 0.137 0.056 0.023 0.016 0.010 0.007 0.007 0.002 60 D 0.072 0.102 0.065 0.232 0.198 0.137 0.108 0.044 0.023 0.014 0.006 61 V 0.008 0.013 0.015 0.020 0.020 0.032 0.088 0.106 0.218 0.244 0.236 62 I 0.013 0.022 0.043 0.095 0.127 0.220 0.253 0.106 0.066 0.038 0.017 63 A 0.130 0.110 0.526 0.146 0.040 0.021 0.012 0.006 0.004 0.004 0.001 64 Y 0.009 0.013 0.027 0.055 0.074 0.145 0.264 0.182 0.114 0.072 0.045 65 N 0.024 0.037 0.044 0.055 0.055 0.069 0.148 0.146 0.158 0.164 0.099 66 H 0.061 0.064 0.203 0.196 0.153 0.141 0.103 0.039 0.021 0.015 0.005 67 D 0.131 0.098 0.322 0.220 0.108 0.060 0.036 0.012 0.008 0.004 0.002 68 Y 0.027 0.017 0.023 0.037 0.050 0.095 0.213 0.166 0.164 0.127 0.081 69 G 0.122 0.198 0.111 0.165 0.118 0.081 0.094 0.043 0.033 0.025 0.012 70 I 0.010 0.029 0.054 0.063 0.065 0.106 0.177 0.159 0.145 0.109 0.084 71 Q 0.179 0.150 0.149 0.209 0.130 0.074 0.058 0.025 0.014 0.008 0.003 72 K 0.449 0.145 0.095 0.143 0.069 0.043 0.032 0.011 0.007 0.004 0.002 73 Y 0.053 0.054 0.036 0.110 0.114 0.143 0.172 0.108 0.091 0.061 0.056 74 L 0.012 0.018 0.020 0.045 0.046 0.073 0.165 0.144 0.169 0.144 0.165 75 Q 0.046 0.134 0.155 0.222 0.197 0.092 0.078 0.034 0.021 0.012 0.009 76 K 0.208 0.191 0.142 0.199 0.126 0.059 0.041 0.016 0.010 0.005 0.003 77 E 0.095 0.061 0.029 0.141 0.155 0.197 0.168 0.067 0.051 0.023 0.012 78 Y 0.003 0.004 0.004 0.011 0.018 0.032 0.091 0.191 0.227 0.216 0.203 79 W 0.001 0.005 0.007 0.015 0.025 0.038 0.115 0.232 0.212 0.210 0.141 80 A 0.001 0.003 0.008 0.008 0.010 0.014 0.059 0.138 0.224 0.284 0.251 81 F 0.002 0.002 0.004 0.007 0.008 0.015 0.068 0.095 0.206 0.268 0.324 82 G 0.006 0.004 0.006 0.021 0.022 0.047 0.129 0.134 0.211 0.172 0.248 83 M 0.015 0.017 0.011 0.054 0.077 0.142 0.186 0.165 0.152 0.082 0.098 84 D 0.112 0.150 0.040 0.145 0.159 0.112 0.111 0.072 0.042 0.033 0.024 85 G 0.184 0.060 0.020 0.111 0.116 0.121 0.132 0.105 0.067 0.050 0.034 86 D 0.142 0.177 0.044 0.170 0.164 0.103 0.070 0.041 0.041 0.032 0.017 87 I 0.028 0.038 0.020 0.080 0.111 0.134 0.170 0.138 0.124 0.087 0.069 88 G 0.020 0.032 0.020 0.078 0.119 0.185 0.190 0.127 0.108 0.076 0.045 89 Y 0.001 0.004 0.007 0.021 0.031 0.041 0.098 0.235 0.221 0.203 0.138 90 I 0.001 0.002 0.005 0.009 0.009 0.014 0.064 0.182 0.228 0.259 0.227 91 L 0.001 0.002 0.007 0.010 0.009 0.023 0.077 0.115 0.246 0.282 0.227 92 H 0.006 0.017 0.034 0.094 0.100 0.147 0.209 0.136 0.123 0.079 0.054 93 L 0.005 0.007 0.009 0.033 0.048 0.098 0.213 0.208 0.175 0.123 0.082 94 S 0.108 0.215 0.052 0.176 0.144 0.085 0.084 0.052 0.038 0.031 0.014 95 D 0.364 0.310 0.034 0.119 0.085 0.030 0.028 0.015 0.007 0.005 0.003 96 N 0.627 0.169 0.023 0.064 0.046 0.023 0.018 0.012 0.008 0.006 0.004 97 S 0.268 0.227 0.043 0.175 0.115 0.068 0.051 0.021 0.017 0.010 0.006 98 I 0.075 0.069 0.031 0.118 0.115 0.128 0.161 0.110 0.090 0.056 0.046 99 Y 0.016 0.024 0.018 0.058 0.084 0.149 0.203 0.180 0.131 0.085 0.053 100 R 0.030 0.075 0.071 0.217 0.175 0.138 0.118 0.070 0.051 0.036 0.020 101 V 0.002 0.002 0.004 0.006 0.007 0.014 0.046 0.140 0.219 0.290 0.269 102 D 0.043 0.065 0.049 0.161 0.141 0.126 0.141 0.091 0.078 0.068 0.037 103 L 0.009 0.014 0.016 0.032 0.027 0.040 0.084 0.116 0.204 0.248 0.209 104 G 0.059 0.053 0.029 0.093 0.106 0.129 0.173 0.110 0.110 0.081 0.057 105 D 0.127 0.140 0.054 0.174 0.146 0.084 0.097 0.062 0.054 0.040 0.023 106 L 0.040 0.032 0.015 0.052 0.062 0.101 0.141 0.155 0.158 0.133 0.109 107 D 0.170 0.340 0.077 0.191 0.114 0.041 0.030 0.014 0.010 0.008 0.004 108 I 0.083 0.064 0.026 0.098 0.102 0.131 0.159 0.139 0.091 0.060 0.049 109 T 0.502 0.190 0.070 0.111 0.056 0.026 0.018 0.010 0.007 0.006 0.003 110 S 0.115 0.148 0.060 0.224 0.152 0.109 0.094 0.045 0.029 0.017 0.008 111 I 0.018 0.014 0.016 0.036 0.044 0.073 0.135 0.144 0.201 0.176 0.143 112 K 0.067 0.079 0.098 0.263 0.202 0.136 0.090 0.028 0.020 0.012 0.005 113 Y 0.025 0.063 0.121 0.146 0.136 0.128 0.145 0.097 0.074 0.047 0.021 114 I 0.008 0.021 0.023 0.036 0.039 0.060 0.155 0.165 0.185 0.192 0.118 115 A 0.006 0.011 0.018 0.045 0.057 0.122 0.215 0.210 0.147 0.104 0.065 116 P 0.393 0.139 0.256 0.123 0.039 0.018 0.012 0.007 0.005 0.005 0.002 117 S 0.036 0.086 0.051 0.196 0.183 0.179 0.163 0.049 0.030 0.018 0.008 118 F 0.004 0.004 0.004 0.008 0.012 0.021 0.070 0.133 0.249 0.227 0.268 119 D 0.073 0.116 0.133 0.259 0.209 0.116 0.062 0.017 0.009 0.006 0.002 120 D 0.061 0.099 0.367 0.243 0.115 0.057 0.033 0.013 0.007 0.004 0.001 121 F 0.002 0.005 0.010 0.019 0.028 0.060 0.173 0.194 0.213 0.174 0.123 122 L 0.001 0.002 0.009 0.011 0.014 0.031 0.114 0.161 0.231 0.233 0.194 123 G 0.007 0.021 0.281 0.194 0.177 0.132 0.095 0.040 0.025 0.020 0.006 124 K 0.008 0.024 0.166 0.238 0.241 0.149 0.117 0.030 0.017 0.008 0.003 125 A 0.002 0.002 0.007 0.007 0.007 0.015 0.073 0.136 0.248 0.263 0.240 126 I 0.009 0.016 0.034 0.052 0.055 0.101 0.221 0.165 0.163 0.115 0.068 127 Y 0.017 0.049 0.279 0.176 0.118 0.096 0.098 0.062 0.049 0.038 0.019 128 L 0.030 0.036 0.081 0.117 0.154 0.157 0.216 0.100 0.060 0.034 0.015 129 N 0.188 0.168 0.107 0.136 0.091 0.070 0.096 0.053 0.044 0.036 0.013 130 F 0.053 0.042 0.034 0.081 0.086 0.143 0.204 0.137 0.104 0.071 0.045 131 N 0.285 0.163 0.164 0.136 0.079 0.054 0.049 0.029 0.020 0.015 0.007 132 K 0.110 0.151 0.110 0.202 0.150 0.098 0.096 0.041 0.023 0.014 0.005 133 L 0.032 0.037 0.034 0.058 0.062 0.098 0.183 0.160 0.157 0.104 0.075 134 Q 0.087 0.084 0.119 0.170 0.158 0.141 0.127 0.056 0.031 0.019 0.008 135 N 0.161 0.145 0.269 0.204 0.093 0.054 0.040 0.016 0.010 0.007 0.003 136 V 0.011 0.014 0.022 0.038 0.054 0.104 0.190 0.200 0.158 0.119 0.089 137 A 0.202 0.231 0.162 0.177 0.091 0.047 0.042 0.021 0.013 0.010 0.004 138 N 0.195 0.138 0.158 0.187 0.133 0.078 0.058 0.027 0.014 0.009 0.004 139 N 0.288 0.140 0.109 0.127 0.108 0.082 0.070 0.034 0.022 0.014 0.007 140 N 0.347 0.182 0.073 0.140 0.094 0.060 0.056 0.022 0.015 0.008 0.003 141 L 0.068 0.052 0.054 0.074 0.066 0.092 0.147 0.134 0.138 0.103 0.074 142 T 0.141 0.149 0.093 0.163 0.137 0.104 0.098 0.048 0.034 0.021 0.011 143 T 0.245 0.158 0.102 0.137 0.096 0.082 0.075 0.041 0.032 0.021 0.011