# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 218 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.054 0.018 0.003 0.029 0.030 0.072 0.077 0.001 0.001 0.004 0.713 2 E 0.039 0.021 0.002 0.038 0.038 0.059 0.155 0.001 0.001 0.006 0.641 3 V 0.028 0.015 0.002 0.018 0.014 0.026 0.080 0.001 0.001 0.002 0.815 4 I 0.056 0.089 0.003 0.067 0.070 0.140 0.084 0.001 0.001 0.005 0.485 5 E 0.042 0.140 0.002 0.037 0.056 0.081 0.130 0.002 0.001 0.005 0.506 6 S 0.059 0.171 0.002 0.020 0.033 0.057 0.083 0.004 0.001 0.004 0.567 7 K 0.131 0.170 0.003 0.016 0.018 0.038 0.065 0.006 0.001 0.005 0.549 8 W 0.135 0.212 0.009 0.015 0.021 0.032 0.113 0.007 0.001 0.005 0.452 9 Y 0.178 0.266 0.012 0.020 0.032 0.042 0.075 0.011 0.001 0.007 0.356 10 K 0.124 0.315 0.012 0.020 0.030 0.041 0.056 0.017 0.001 0.004 0.382 11 K 0.159 0.198 0.012 0.019 0.020 0.035 0.092 0.023 0.001 0.006 0.436 12 D 0.129 0.052 0.006 0.011 0.007 0.011 0.058 0.021 0.001 0.004 0.701 13 G 0.241 0.039 0.020 0.030 0.011 0.019 0.074 0.015 0.001 0.009 0.542 14 A 0.161 0.045 0.092 0.055 0.015 0.016 0.231 0.004 0.001 0.008 0.372 15 S 0.030 0.037 0.006 0.032 0.011 0.025 0.474 0.001 0.001 0.007 0.376 16 S 0.024 0.035 0.002 0.048 0.003 0.011 0.045 0.001 0.001 0.012 0.819 17 A 0.006 0.036 0.002 0.005 0.002 0.002 0.498 0.001 0.001 0.004 0.444 18 S 0.053 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.860 0.001 0.001 0.004 0.048 19 I 0.051 0.905 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.034 20 D 0.001 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.029 21 D 0.005 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.058 22 V 0.010 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.013 23 E 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 24 K 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 25 L 0.033 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.006 26 L 0.074 0.861 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.001 0.001 0.010 27 N 0.368 0.327 0.024 0.003 0.001 0.002 0.002 0.171 0.001 0.003 0.099 28 T 0.099 0.178 0.577 0.007 0.002 0.001 0.014 0.030 0.001 0.001 0.091 29 T 0.063 0.040 0.035 0.029 0.006 0.006 0.035 0.011 0.001 0.007 0.768 30 L 0.022 0.014 0.059 0.018 0.006 0.009 0.235 0.002 0.001 0.001 0.635 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.982 32 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.001 0.001 0.001 0.932 33 Q 0.050 0.027 0.001 0.003 0.001 0.002 0.326 0.001 0.001 0.004 0.587 34 Y 0.233 0.363 0.002 0.006 0.002 0.007 0.047 0.001 0.001 0.003 0.335 35 K 0.013 0.893 0.001 0.003 0.004 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.072 36 S 0.005 0.919 0.001 0.001 0.003 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.061 37 F 0.017 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 38 L 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 39 L 0.006 0.970 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 40 W 0.026 0.904 0.002 0.003 0.012 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 0.021 41 S 0.156 0.666 0.007 0.008 0.010 0.011 0.004 0.089 0.001 0.001 0.048 42 N 0.206 0.224 0.024 0.019 0.018 0.026 0.025 0.125 0.001 0.006 0.326 43 G 0.183 0.022 0.270 0.031 0.007 0.010 0.099 0.028 0.001 0.011 0.338 44 G 0.132 0.009 0.114 0.052 0.015 0.014 0.233 0.006 0.001 0.007 0.418 45 E 0.039 0.006 0.012 0.074 0.034 0.050 0.125 0.002 0.001 0.005 0.652 46 G 0.031 0.007 0.008 0.114 0.088 0.166 0.094 0.001 0.001 0.003 0.488 47 K 0.033 0.009 0.001 0.115 0.129 0.173 0.140 0.001 0.001 0.004 0.395 48 L 0.028 0.010 0.001 0.046 0.110 0.166 0.080 0.001 0.001 0.003 0.554 49 G 0.031 0.010 0.001 0.057 0.076 0.158 0.119 0.002 0.001 0.006 0.540 50 D 0.089 0.005 0.002 0.035 0.044 0.070 0.121 0.001 0.001 0.007 0.627 51 N 0.050 0.005 0.002 0.040 0.059 0.077 0.204 0.001 0.001 0.010 0.552 52 Y 0.099 0.010 0.006 0.079 0.077 0.133 0.181 0.001 0.001 0.012 0.403 53 I 0.067 0.023 0.004 0.159 0.154 0.213 0.136 0.001 0.001 0.013 0.231 54 Y 0.031 0.020 0.002 0.131 0.190 0.241 0.096 0.001 0.001 0.005 0.282 55 I 0.030 0.035 0.003 0.214 0.127 0.247 0.039 0.001 0.001 0.003 0.301 56 W 0.024 0.039 0.003 0.159 0.176 0.264 0.080 0.001 0.001 0.006 0.249 57 A 0.013 0.025 0.002 0.048 0.040 0.075 0.173 0.002 0.001 0.004 0.618 58 I 0.032 0.065 0.004 0.093 0.033 0.135 0.074 0.001 0.001 0.004 0.558 59 E 0.013 0.068 0.001 0.021 0.015 0.027 0.262 0.001 0.001 0.009 0.582 60 D 0.091 0.123 0.003 0.008 0.007 0.012 0.274 0.002 0.001 0.009 0.473 61 V 0.124 0.646 0.005 0.010 0.006 0.015 0.016 0.004 0.001 0.002 0.173 62 I 0.032 0.757 0.007 0.011 0.017 0.017 0.021 0.002 0.001 0.001 0.133 63 A 0.039 0.765 0.005 0.006 0.021 0.012 0.013 0.007 0.001 0.001 0.131 64 Y 0.107 0.704 0.003 0.004 0.006 0.012 0.006 0.025 0.001 0.001 0.132 65 N 0.132 0.667 0.009 0.007 0.009 0.018 0.016 0.020 0.001 0.001 0.121 66 H 0.107 0.409 0.027 0.020 0.013 0.019 0.026 0.018 0.001 0.004 0.358 67 D 0.073 0.369 0.044 0.019 0.012 0.013 0.125 0.011 0.001 0.003 0.332 68 Y 0.229 0.298 0.013 0.016 0.009 0.012 0.115 0.009 0.001 0.008 0.290 69 G 0.131 0.376 0.023 0.013 0.008 0.019 0.090 0.015 0.001 0.003 0.321 70 I 0.070 0.324 0.037 0.023 0.017 0.037 0.066 0.007 0.001 0.002 0.417 71 Q 0.037 0.310 0.007 0.015 0.021 0.035 0.057 0.005 0.001 0.003 0.509 72 K 0.092 0.397 0.004 0.008 0.013 0.022 0.069 0.010 0.001 0.003 0.382 73 Y 0.228 0.473 0.007 0.008 0.010 0.015 0.033 0.018 0.001 0.002 0.206 74 L 0.208 0.452 0.025 0.015 0.020 0.032 0.043 0.017 0.001 0.003 0.185 75 Q 0.073 0.206 0.013 0.016 0.012 0.020 0.046 0.017 0.001 0.003 0.594 76 K 0.081 0.098 0.007 0.015 0.015 0.024 0.055 0.014 0.001 0.008 0.684 77 E 0.276 0.061 0.015 0.030 0.019 0.026 0.182 0.015 0.001 0.013 0.363 78 Y 0.372 0.070 0.052 0.077 0.028 0.041 0.109 0.009 0.001 0.010 0.232 79 W 0.091 0.051 0.029 0.345 0.164 0.167 0.045 0.003 0.001 0.008 0.096 80 A 0.012 0.022 0.008 0.291 0.160 0.164 0.036 0.004 0.001 0.003 0.300 81 F 0.015 0.011 0.003 0.351 0.143 0.306 0.019 0.003 0.001 0.002 0.149 82 G 0.025 0.007 0.001 0.149 0.219 0.416 0.036 0.001 0.001 0.002 0.144 83 M 0.010 0.006 0.002 0.107 0.091 0.129 0.113 0.002 0.001 0.003 0.538 84 D 0.018 0.003 0.001 0.052 0.086 0.180 0.121 0.001 0.001 0.006 0.532 85 G 0.030 0.001 0.001 0.025 0.016 0.023 0.181 0.001 0.001 0.029 0.692 86 D 0.061 0.001 0.003 0.009 0.009 0.009 0.377 0.001 0.001 0.010 0.521 87 I 0.213 0.001 0.001 0.028 0.067 0.102 0.148 0.001 0.001 0.010 0.429 88 G 0.055 0.003 0.006 0.070 0.191 0.235 0.111 0.001 0.001 0.012 0.316 89 Y 0.020 0.001 0.001 0.098 0.345 0.456 0.028 0.001 0.001 0.002 0.049 90 I 0.007 0.002 0.001 0.064 0.268 0.543 0.020 0.001 0.001 0.001 0.094 91 L 0.002 0.002 0.001 0.102 0.360 0.509 0.007 0.001 0.001 0.001 0.016 92 H 0.002 0.003 0.001 0.033 0.351 0.450 0.028 0.001 0.001 0.001 0.133 93 L 0.005 0.002 0.001 0.046 0.262 0.602 0.015 0.001 0.001 0.001 0.065 94 S 0.006 0.003 0.001 0.029 0.095 0.184 0.293 0.001 0.001 0.005 0.384 95 D 0.046 0.002 0.001 0.017 0.031 0.058 0.123 0.001 0.001 0.029 0.693 96 N 0.063 0.003 0.002 0.012 0.016 0.024 0.302 0.001 0.001 0.041 0.537 97 S 0.155 0.002 0.004 0.013 0.014 0.015 0.335 0.001 0.001 0.019 0.442 98 I 0.163 0.003 0.008 0.025 0.039 0.066 0.136 0.001 0.001 0.009 0.551 99 Y 0.043 0.003 0.003 0.119 0.246 0.308 0.076 0.001 0.001 0.005 0.197 100 R 0.014 0.002 0.001 0.084 0.103 0.223 0.065 0.001 0.001 0.001 0.506 101 V 0.014 0.002 0.001 0.176 0.268 0.425 0.015 0.001 0.001 0.002 0.097 102 D 0.004 0.002 0.001 0.131 0.188 0.220 0.082 0.001 0.001 0.002 0.370 103 L 0.010 0.003 0.001 0.141 0.209 0.482 0.022 0.001 0.001 0.003 0.130 104 G 0.013 0.007 0.001 0.140 0.093 0.152 0.179 0.001 0.001 0.008 0.405 105 D 0.116 0.006 0.002 0.065 0.071 0.116 0.170 0.001 0.001 0.013 0.439 106 L 0.064 0.008 0.002 0.044 0.034 0.070 0.153 0.001 0.001 0.013 0.610 107 D 0.019 0.003 0.002 0.014 0.011 0.018 0.574 0.001 0.001 0.009 0.348 108 I 0.128 0.009 0.002 0.018 0.010 0.022 0.154 0.001 0.001 0.021 0.636 109 T 0.056 0.034 0.004 0.013 0.017 0.027 0.433 0.001 0.001 0.016 0.398 110 S 0.168 0.026 0.005 0.015 0.011 0.021 0.382 0.002 0.001 0.022 0.348 111 I 0.183 0.144 0.018 0.045 0.035 0.085 0.097 0.003 0.001 0.006 0.384 112 K 0.057 0.183 0.007 0.065 0.081 0.116 0.134 0.002 0.001 0.009 0.347 113 Y 0.036 0.146 0.005 0.028 0.041 0.046 0.068 0.006 0.001 0.003 0.621 114 I 0.089 0.296 0.008 0.055 0.036 0.139 0.042 0.014 0.001 0.002 0.318 115 A 0.206 0.219 0.009 0.091 0.041 0.084 0.025 0.007 0.001 0.003 0.317 116 P 0.004 0.012 0.001 0.004 0.001 0.002 0.023 0.002 0.001 0.001 0.951 117 S 0.066 0.045 0.010 0.020 0.004 0.011 0.219 0.004 0.001 0.005 0.616 118 F 0.184 0.119 0.011 0.034 0.001 0.005 0.046 0.002 0.001 0.004 0.593 119 D 0.018 0.170 0.007 0.011 0.002 0.004 0.182 0.001 0.001 0.005 0.601 120 D 0.068 0.200 0.003 0.003 0.001 0.001 0.307 0.001 0.001 0.006 0.410 121 F 0.099 0.751 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.133 122 L 0.013 0.917 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.052 123 G 0.007 0.940 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.044 124 K 0.021 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.037 125 A 0.071 0.885 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.024 126 I 0.034 0.895 0.007 0.003 0.004 0.003 0.004 0.010 0.001 0.001 0.040 127 Y 0.039 0.780 0.014 0.008 0.009 0.009 0.010 0.019 0.001 0.001 0.112 128 L 0.087 0.669 0.011 0.013 0.011 0.013 0.021 0.024 0.001 0.001 0.151 129 N 0.116 0.420 0.016 0.019 0.011 0.017 0.044 0.031 0.001 0.002 0.324 130 F 0.157 0.214 0.076 0.023 0.011 0.021 0.064 0.014 0.001 0.004 0.417 131 N 0.105 0.197 0.051 0.029 0.021 0.028 0.197 0.006 0.001 0.009 0.357 132 K 0.072 0.186 0.012 0.022 0.013 0.023 0.120 0.007 0.001 0.009 0.535 133 L 0.101 0.361 0.013 0.021 0.014 0.036 0.099 0.006 0.001 0.004 0.345 134 Q 0.133 0.409 0.007 0.012 0.016 0.023 0.150 0.008 0.001 0.005 0.236 135 N 0.157 0.461 0.010 0.008 0.010 0.019 0.051 0.025 0.001 0.003 0.257 136 V 0.193 0.455 0.024 0.018 0.023 0.040 0.020 0.019 0.001 0.003 0.207 137 A 0.055 0.297 0.018 0.018 0.034 0.030 0.124 0.021 0.001 0.004 0.398 138 N 0.182 0.208 0.010 0.012 0.017 0.033 0.127 0.034 0.001 0.008 0.369 139 N 0.410 0.148 0.010 0.012 0.010 0.019 0.047 0.030 0.001 0.013 0.301 140 N 0.236 0.048 0.060 0.024 0.016 0.018 0.177 0.016 0.001 0.021 0.385 141 L 0.158 0.029 0.099 0.046 0.027 0.035 0.178 0.005 0.001 0.011 0.414 142 T 0.088 0.034 0.015 0.088 0.074 0.127 0.184 0.003 0.001 0.008 0.380 143 T 0.029 0.017 0.003 0.044 0.046 0.075 0.086 0.002 0.001 0.003 0.697