# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 218 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.051 0.013 0.040 0.028 0.054 0.083 0.006 0.724 2 E 0.050 0.027 0.060 0.075 0.083 0.159 0.009 0.539 3 V 0.032 0.019 0.022 0.018 0.037 0.053 0.004 0.816 4 I 0.075 0.096 0.092 0.073 0.128 0.100 0.007 0.429 5 E 0.047 0.130 0.058 0.071 0.099 0.121 0.010 0.465 6 S 0.056 0.146 0.041 0.041 0.090 0.075 0.014 0.538 7 K 0.111 0.121 0.033 0.025 0.047 0.092 0.017 0.553 8 W 0.203 0.148 0.032 0.029 0.037 0.129 0.027 0.396 9 Y 0.189 0.195 0.050 0.039 0.056 0.103 0.031 0.337 10 K 0.150 0.188 0.064 0.026 0.055 0.076 0.029 0.411 11 K 0.161 0.138 0.067 0.021 0.039 0.102 0.023 0.449 12 D 0.125 0.065 0.037 0.012 0.017 0.076 0.021 0.646 13 G 0.065 0.013 0.012 0.005 0.005 0.028 0.016 0.856 14 A 0.265 0.015 0.134 0.012 0.018 0.179 0.014 0.363 15 S 0.039 0.009 0.019 0.005 0.011 0.542 0.004 0.370 16 S 0.017 0.016 0.006 0.001 0.013 0.028 0.001 0.917 17 A 0.008 0.018 0.003 0.001 0.003 0.297 0.001 0.669 18 S 0.010 0.011 0.001 0.001 0.001 0.908 0.001 0.070 19 I 0.033 0.920 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.042 20 D 0.002 0.939 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.049 21 D 0.004 0.921 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.066 22 V 0.019 0.938 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.037 23 E 0.004 0.978 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 24 K 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 25 L 0.008 0.971 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 26 L 0.014 0.960 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 0.012 27 N 0.226 0.469 0.023 0.008 0.006 0.011 0.110 0.147 28 T 0.283 0.268 0.168 0.023 0.015 0.024 0.053 0.167 29 T 0.048 0.090 0.039 0.016 0.016 0.068 0.020 0.703 30 L 0.068 0.054 0.028 0.023 0.026 0.134 0.007 0.660 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 32 K 0.003 0.011 0.004 0.003 0.011 0.127 0.001 0.839 33 Q 0.048 0.058 0.001 0.001 0.002 0.137 0.003 0.750 34 Y 0.050 0.586 0.001 0.002 0.004 0.025 0.002 0.331 35 K 0.007 0.918 0.002 0.001 0.003 0.006 0.001 0.063 36 S 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 37 F 0.005 0.973 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.016 38 L 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 39 L 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 40 W 0.030 0.930 0.004 0.003 0.002 0.001 0.016 0.014 41 S 0.108 0.760 0.018 0.009 0.007 0.004 0.053 0.041 42 N 0.116 0.326 0.067 0.025 0.018 0.033 0.101 0.313 43 G 0.169 0.087 0.093 0.022 0.022 0.079 0.116 0.412 44 G 0.347 0.034 0.091 0.027 0.027 0.146 0.035 0.294 45 E 0.020 0.009 0.045 0.021 0.024 0.075 0.004 0.801 46 G 0.017 0.011 0.068 0.072 0.107 0.072 0.004 0.649 47 K 0.050 0.011 0.074 0.110 0.160 0.152 0.007 0.437 48 L 0.036 0.014 0.037 0.098 0.139 0.074 0.005 0.597 49 G 0.031 0.021 0.049 0.078 0.164 0.094 0.009 0.554 50 D 0.060 0.010 0.028 0.038 0.051 0.124 0.014 0.675 51 N 0.097 0.016 0.048 0.055 0.055 0.182 0.019 0.528 52 Y 0.167 0.014 0.078 0.039 0.105 0.229 0.012 0.357 53 I 0.063 0.037 0.208 0.199 0.206 0.115 0.008 0.164 54 Y 0.035 0.035 0.140 0.136 0.215 0.083 0.008 0.348 55 I 0.027 0.043 0.172 0.123 0.241 0.046 0.006 0.342 56 W 0.031 0.049 0.165 0.157 0.231 0.102 0.007 0.258 57 A 0.036 0.041 0.029 0.050 0.098 0.153 0.010 0.582 58 I 0.077 0.071 0.062 0.024 0.136 0.079 0.009 0.542 59 E 0.025 0.075 0.012 0.009 0.019 0.216 0.007 0.637 60 D 0.105 0.147 0.005 0.005 0.008 0.226 0.018 0.486 61 V 0.119 0.637 0.010 0.006 0.010 0.020 0.009 0.190 62 I 0.013 0.835 0.012 0.007 0.012 0.018 0.004 0.099 63 A 0.021 0.804 0.013 0.010 0.012 0.020 0.010 0.110 64 Y 0.098 0.764 0.014 0.007 0.011 0.015 0.018 0.072 65 N 0.071 0.783 0.018 0.012 0.013 0.012 0.016 0.075 66 H 0.074 0.506 0.066 0.018 0.024 0.044 0.032 0.237 67 D 0.065 0.450 0.035 0.015 0.018 0.074 0.021 0.323 68 Y 0.223 0.350 0.049 0.025 0.031 0.055 0.035 0.232 69 G 0.148 0.268 0.039 0.030 0.032 0.118 0.027 0.338 70 I 0.082 0.159 0.090 0.029 0.063 0.069 0.012 0.496 71 Q 0.038 0.177 0.029 0.041 0.084 0.144 0.010 0.477 72 K 0.101 0.145 0.019 0.023 0.040 0.112 0.022 0.538 73 Y 0.219 0.251 0.027 0.029 0.035 0.073 0.022 0.344 74 L 0.213 0.209 0.062 0.051 0.085 0.084 0.031 0.266 75 Q 0.094 0.126 0.047 0.033 0.090 0.104 0.024 0.482 76 K 0.085 0.080 0.043 0.026 0.051 0.091 0.027 0.597 77 E 0.298 0.044 0.052 0.033 0.024 0.098 0.067 0.383 78 Y 0.336 0.014 0.147 0.025 0.036 0.097 0.048 0.297 79 W 0.018 0.005 0.663 0.118 0.092 0.027 0.007 0.070 80 A 0.004 0.004 0.280 0.152 0.204 0.040 0.002 0.314 81 F 0.006 0.003 0.402 0.120 0.240 0.041 0.003 0.184 82 G 0.010 0.005 0.397 0.164 0.159 0.074 0.004 0.188 83 M 0.015 0.004 0.181 0.117 0.156 0.164 0.006 0.357 84 D 0.018 0.003 0.068 0.056 0.116 0.174 0.008 0.558 85 G 0.036 0.003 0.033 0.032 0.046 0.178 0.032 0.640 86 D 0.110 0.002 0.019 0.026 0.021 0.439 0.048 0.335 87 I 0.131 0.002 0.050 0.060 0.062 0.303 0.032 0.361 88 G 0.061 0.002 0.057 0.194 0.327 0.196 0.005 0.158 89 Y 0.014 0.001 0.048 0.337 0.548 0.035 0.001 0.016 90 I 0.006 0.001 0.012 0.273 0.658 0.014 0.001 0.036 91 L 0.001 0.001 0.015 0.353 0.621 0.004 0.001 0.006 92 H 0.001 0.001 0.007 0.494 0.457 0.008 0.001 0.032 93 L 0.004 0.001 0.025 0.210 0.689 0.014 0.001 0.056 94 S 0.008 0.001 0.012 0.135 0.346 0.272 0.003 0.222 95 D 0.050 0.003 0.013 0.052 0.106 0.133 0.021 0.623 96 N 0.079 0.006 0.020 0.037 0.034 0.247 0.028 0.548 97 S 0.110 0.003 0.025 0.025 0.031 0.459 0.031 0.315 98 I 0.071 0.003 0.044 0.047 0.072 0.194 0.009 0.561 99 Y 0.027 0.003 0.123 0.248 0.329 0.118 0.004 0.150 100 R 0.009 0.001 0.107 0.141 0.252 0.049 0.002 0.439 101 V 0.004 0.001 0.213 0.248 0.393 0.015 0.001 0.125 102 D 0.003 0.001 0.201 0.250 0.370 0.026 0.001 0.147 103 L 0.005 0.002 0.173 0.159 0.387 0.025 0.001 0.247 104 G 0.010 0.002 0.231 0.138 0.298 0.108 0.003 0.210 105 D 0.039 0.003 0.070 0.069 0.130 0.176 0.008 0.504 106 L 0.080 0.005 0.103 0.045 0.099 0.112 0.008 0.547 107 D 0.024 0.003 0.010 0.013 0.031 0.577 0.006 0.337 108 I 0.109 0.009 0.020 0.016 0.037 0.127 0.011 0.672 109 T 0.043 0.036 0.017 0.023 0.031 0.341 0.010 0.500 110 S 0.126 0.026 0.021 0.019 0.031 0.226 0.021 0.529 111 I 0.198 0.085 0.064 0.053 0.091 0.121 0.010 0.378 112 K 0.059 0.104 0.094 0.119 0.168 0.088 0.010 0.358 113 Y 0.042 0.065 0.104 0.100 0.144 0.047 0.014 0.483 114 I 0.081 0.109 0.132 0.062 0.143 0.069 0.021 0.382 115 A 0.082 0.095 0.153 0.114 0.165 0.067 0.010 0.315 116 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 117 S 0.020 0.013 0.009 0.009 0.024 0.203 0.004 0.717 118 F 0.245 0.048 0.019 0.005 0.012 0.041 0.013 0.617 119 D 0.038 0.075 0.012 0.003 0.010 0.185 0.006 0.671 120 D 0.057 0.111 0.003 0.001 0.004 0.359 0.003 0.462 121 F 0.026 0.836 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.118 122 L 0.006 0.939 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.047 123 G 0.013 0.929 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.047 124 K 0.068 0.871 0.003 0.002 0.001 0.002 0.016 0.037 125 A 0.056 0.879 0.010 0.003 0.003 0.002 0.015 0.031 126 I 0.034 0.809 0.031 0.009 0.013 0.012 0.014 0.079 127 Y 0.036 0.712 0.053 0.015 0.017 0.021 0.013 0.133 128 L 0.083 0.555 0.074 0.013 0.016 0.037 0.022 0.200 129 N 0.093 0.442 0.050 0.012 0.011 0.057 0.032 0.305 130 F 0.147 0.265 0.081 0.012 0.016 0.047 0.028 0.404 131 N 0.104 0.225 0.044 0.019 0.023 0.198 0.021 0.366 132 K 0.119 0.157 0.025 0.012 0.027 0.187 0.019 0.455 133 L 0.110 0.316 0.023 0.012 0.033 0.128 0.010 0.368 134 Q 0.084 0.284 0.019 0.014 0.023 0.231 0.016 0.328 135 N 0.131 0.410 0.009 0.012 0.015 0.078 0.017 0.329 136 V 0.156 0.510 0.021 0.014 0.040 0.028 0.013 0.217 137 A 0.062 0.434 0.017 0.026 0.042 0.095 0.021 0.304 138 N 0.147 0.315 0.022 0.022 0.028 0.047 0.058 0.361 139 N 0.394 0.135 0.023 0.015 0.015 0.032 0.066 0.319 140 N 0.289 0.044 0.057 0.022 0.022 0.140 0.046 0.380 141 L 0.141 0.031 0.107 0.045 0.060 0.171 0.020 0.424 142 T 0.088 0.032 0.078 0.083 0.142 0.212 0.010 0.355 143 T 0.017 0.015 0.045 0.050 0.074 0.050 0.003 0.747