# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 218 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.113 0.376 0.293 0.055 0.075 0.025 0.022 0.004 0.033 0.003 0.001 2 E 0.180 0.205 0.466 0.041 0.034 0.043 0.009 0.001 0.017 0.001 0.003 3 V 0.144 0.436 0.274 0.035 0.041 0.045 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 4 I 0.184 0.435 0.227 0.042 0.037 0.044 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 5 E 0.237 0.261 0.243 0.090 0.074 0.046 0.012 0.002 0.033 0.003 0.001 6 S 0.350 0.146 0.213 0.104 0.079 0.039 0.030 0.010 0.020 0.008 0.001 7 K 0.501 0.115 0.148 0.131 0.032 0.030 0.020 0.006 0.013 0.003 0.001 8 W 0.391 0.192 0.130 0.175 0.044 0.022 0.022 0.005 0.016 0.003 0.001 9 Y 0.252 0.209 0.194 0.144 0.048 0.064 0.048 0.008 0.029 0.004 0.001 10 K 0.312 0.175 0.299 0.099 0.023 0.040 0.021 0.004 0.022 0.004 0.001 11 K 0.333 0.150 0.249 0.116 0.039 0.046 0.028 0.006 0.027 0.006 0.001 12 D 0.156 0.053 0.269 0.317 0.018 0.038 0.107 0.006 0.028 0.003 0.004 13 G 0.058 0.010 0.045 0.030 0.056 0.013 0.134 0.467 0.006 0.181 0.001 14 A 0.155 0.116 0.431 0.230 0.024 0.029 0.003 0.001 0.008 0.002 0.001 15 S 0.064 0.185 0.527 0.022 0.094 0.039 0.004 0.001 0.039 0.025 0.001 16 S 0.974 0.001 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 17 A 0.970 0.003 0.007 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 S 0.918 0.011 0.012 0.049 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 I 0.991 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 D 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 D 0.972 0.001 0.001 0.023 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.987 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.942 0.002 0.002 0.049 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.325 0.003 0.010 0.623 0.001 0.002 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 27 N 0.029 0.003 0.004 0.126 0.007 0.002 0.752 0.073 0.001 0.003 0.001 28 T 0.118 0.334 0.399 0.095 0.013 0.013 0.014 0.002 0.011 0.001 0.001 29 T 0.180 0.116 0.439 0.082 0.009 0.148 0.004 0.001 0.015 0.001 0.005 30 L 0.022 0.120 0.596 0.003 0.020 0.021 0.001 0.001 0.215 0.001 0.001 31 P 0.177 0.001 0.768 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.040 32 K 0.959 0.001 0.032 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 33 Q 0.961 0.004 0.006 0.024 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 Y 0.927 0.010 0.012 0.039 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 35 K 0.994 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 S 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 F 0.963 0.002 0.002 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.921 0.013 0.021 0.033 0.002 0.003 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 39 L 0.905 0.013 0.032 0.030 0.001 0.012 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 40 W 0.709 0.035 0.052 0.178 0.002 0.015 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 41 S 0.429 0.058 0.055 0.422 0.010 0.004 0.013 0.002 0.005 0.001 0.001 42 N 0.023 0.007 0.025 0.299 0.009 0.009 0.603 0.015 0.008 0.003 0.001 43 G 0.006 0.001 0.008 0.011 0.013 0.001 0.090 0.677 0.001 0.192 0.001 44 G 0.129 0.052 0.288 0.078 0.144 0.014 0.018 0.058 0.007 0.212 0.001 45 E 0.123 0.234 0.367 0.120 0.082 0.037 0.010 0.002 0.013 0.007 0.003 46 G 0.115 0.140 0.314 0.044 0.158 0.029 0.044 0.048 0.020 0.088 0.001 47 K 0.138 0.462 0.246 0.049 0.063 0.021 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 48 L 0.098 0.201 0.472 0.104 0.029 0.046 0.013 0.001 0.030 0.002 0.004 49 G 0.056 0.017 0.049 0.020 0.108 0.010 0.064 0.371 0.005 0.299 0.001 50 D 0.210 0.113 0.209 0.263 0.068 0.036 0.057 0.014 0.020 0.009 0.002 51 N 0.128 0.175 0.128 0.252 0.059 0.049 0.154 0.026 0.020 0.008 0.002 52 Y 0.180 0.377 0.176 0.120 0.052 0.037 0.028 0.007 0.022 0.002 0.001 53 I 0.107 0.596 0.169 0.041 0.056 0.017 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 54 Y 0.081 0.487 0.210 0.040 0.056 0.081 0.012 0.001 0.030 0.001 0.001 55 I 0.079 0.470 0.300 0.043 0.021 0.047 0.004 0.001 0.035 0.001 0.001 56 W 0.109 0.466 0.202 0.067 0.086 0.035 0.006 0.001 0.028 0.001 0.001 57 A 0.111 0.192 0.397 0.029 0.139 0.065 0.013 0.004 0.037 0.012 0.001 58 I 0.868 0.017 0.078 0.017 0.005 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 59 E 0.918 0.013 0.021 0.029 0.007 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 60 D 0.866 0.022 0.026 0.047 0.010 0.013 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 61 V 0.926 0.026 0.022 0.011 0.003 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 62 I 0.935 0.020 0.016 0.013 0.002 0.010 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 63 A 0.841 0.020 0.017 0.085 0.006 0.022 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 64 Y 0.716 0.032 0.017 0.203 0.007 0.010 0.009 0.001 0.006 0.001 0.001 65 N 0.365 0.027 0.057 0.342 0.022 0.030 0.124 0.010 0.020 0.003 0.001 66 H 0.811 0.022 0.063 0.067 0.007 0.009 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 67 D 0.758 0.022 0.035 0.148 0.005 0.016 0.009 0.001 0.004 0.001 0.001 68 Y 0.524 0.040 0.083 0.286 0.016 0.012 0.028 0.002 0.010 0.001 0.001 69 G 0.452 0.015 0.078 0.062 0.072 0.021 0.123 0.121 0.005 0.051 0.001 70 I 0.610 0.127 0.158 0.054 0.015 0.022 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 71 Q 0.766 0.038 0.098 0.045 0.011 0.025 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 72 K 0.864 0.016 0.038 0.056 0.006 0.008 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 73 Y 0.553 0.043 0.067 0.199 0.018 0.029 0.060 0.014 0.015 0.002 0.001 74 L 0.187 0.142 0.442 0.098 0.010 0.035 0.007 0.001 0.077 0.001 0.001 75 Q 0.283 0.038 0.584 0.023 0.010 0.026 0.008 0.001 0.021 0.003 0.004 76 K 0.797 0.010 0.123 0.047 0.005 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 77 E 0.322 0.054 0.065 0.397 0.028 0.017 0.076 0.028 0.011 0.003 0.001 78 Y 0.082 0.362 0.283 0.157 0.043 0.017 0.030 0.003 0.021 0.001 0.001 79 W 0.032 0.552 0.342 0.012 0.021 0.016 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 80 A 0.025 0.558 0.347 0.008 0.021 0.023 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 81 F 0.035 0.644 0.179 0.022 0.064 0.036 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 82 G 0.076 0.190 0.288 0.019 0.233 0.038 0.017 0.027 0.034 0.079 0.001 83 M 0.247 0.303 0.228 0.073 0.077 0.031 0.012 0.003 0.018 0.008 0.001 84 D 0.075 0.126 0.204 0.290 0.047 0.059 0.139 0.013 0.037 0.009 0.002 85 G 0.034 0.007 0.020 0.031 0.050 0.003 0.080 0.546 0.002 0.226 0.001 86 D 0.045 0.098 0.133 0.340 0.088 0.029 0.176 0.049 0.018 0.023 0.001 87 I 0.052 0.317 0.279 0.197 0.037 0.026 0.052 0.004 0.030 0.002 0.003 88 G 0.060 0.383 0.272 0.047 0.148 0.019 0.026 0.023 0.014 0.007 0.001 89 Y 0.015 0.766 0.142 0.015 0.039 0.013 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 90 I 0.004 0.822 0.128 0.004 0.023 0.009 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 91 L 0.008 0.782 0.132 0.005 0.049 0.011 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 92 H 0.015 0.415 0.340 0.010 0.051 0.076 0.006 0.001 0.084 0.001 0.001 93 L 0.162 0.339 0.352 0.033 0.048 0.042 0.004 0.002 0.013 0.003 0.002 94 S 0.293 0.229 0.184 0.118 0.069 0.039 0.023 0.009 0.022 0.013 0.001 95 D 0.119 0.087 0.097 0.365 0.047 0.035 0.184 0.023 0.032 0.010 0.002 96 N 0.082 0.049 0.081 0.232 0.052 0.017 0.333 0.118 0.014 0.023 0.001 97 S 0.096 0.248 0.287 0.177 0.059 0.026 0.060 0.019 0.020 0.008 0.001 98 I 0.078 0.368 0.430 0.054 0.029 0.017 0.005 0.001 0.014 0.001 0.002 99 Y 0.034 0.560 0.226 0.031 0.084 0.026 0.018 0.003 0.018 0.002 0.001 100 R 0.015 0.617 0.251 0.018 0.042 0.030 0.005 0.001 0.022 0.001 0.001 101 V 0.004 0.884 0.074 0.002 0.025 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 102 D 0.019 0.377 0.375 0.009 0.025 0.129 0.003 0.001 0.061 0.001 0.001 103 L 0.065 0.566 0.191 0.047 0.086 0.025 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 104 G 0.088 0.067 0.112 0.028 0.239 0.026 0.037 0.115 0.012 0.277 0.001 105 D 0.120 0.170 0.258 0.141 0.095 0.073 0.079 0.007 0.044 0.011 0.003 106 L 0.302 0.147 0.252 0.163 0.032 0.031 0.034 0.009 0.018 0.007 0.003 107 D 0.185 0.181 0.283 0.123 0.067 0.066 0.037 0.009 0.040 0.008 0.001 108 I 0.658 0.045 0.139 0.103 0.011 0.024 0.006 0.002 0.006 0.002 0.004 109 T 0.589 0.077 0.058 0.197 0.032 0.011 0.023 0.004 0.005 0.004 0.001 110 S 0.315 0.112 0.086 0.227 0.064 0.050 0.114 0.016 0.013 0.003 0.001 111 I 0.225 0.369 0.283 0.048 0.017 0.024 0.012 0.001 0.020 0.001 0.001 112 K 0.409 0.282 0.185 0.025 0.027 0.038 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 113 Y 0.367 0.150 0.192 0.052 0.026 0.169 0.011 0.001 0.027 0.001 0.002 114 I 0.487 0.180 0.118 0.111 0.013 0.070 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 115 A 0.340 0.147 0.253 0.018 0.065 0.034 0.005 0.001 0.133 0.003 0.001 116 P 0.781 0.003 0.145 0.055 0.002 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 117 S 0.426 0.077 0.157 0.233 0.046 0.021 0.014 0.004 0.017 0.006 0.001 118 F 0.946 0.004 0.030 0.011 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 D 0.990 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 D 0.990 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 F 0.986 0.001 0.002 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 L 0.991 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 G 0.967 0.001 0.002 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 K 0.926 0.002 0.003 0.060 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 125 A 0.815 0.014 0.049 0.107 0.003 0.003 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 126 I 0.812 0.044 0.070 0.036 0.003 0.019 0.009 0.001 0.007 0.001 0.001 127 Y 0.551 0.144 0.113 0.108 0.013 0.048 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 128 L 0.615 0.072 0.074 0.183 0.017 0.024 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 129 N 0.298 0.060 0.069 0.299 0.039 0.065 0.127 0.016 0.024 0.003 0.001 130 F 0.538 0.080 0.082 0.178 0.028 0.021 0.047 0.008 0.014 0.005 0.001 131 N 0.463 0.073 0.131 0.209 0.031 0.039 0.029 0.005 0.016 0.003 0.001 132 K 0.543 0.092 0.125 0.150 0.027 0.036 0.013 0.003 0.008 0.003 0.001 133 L 0.720 0.059 0.087 0.086 0.014 0.016 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 134 Q 0.754 0.056 0.079 0.058 0.023 0.011 0.008 0.001 0.008 0.001 0.001 135 N 0.549 0.052 0.115 0.155 0.017 0.051 0.038 0.006 0.015 0.002 0.001 136 V 0.495 0.177 0.220 0.059 0.010 0.017 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 137 A 0.752 0.032 0.084 0.084 0.011 0.018 0.010 0.002 0.004 0.002 0.001 138 N 0.266 0.054 0.050 0.369 0.040 0.024 0.138 0.035 0.015 0.010 0.001 139 N 0.229 0.058 0.093 0.309 0.027 0.018 0.200 0.042 0.014 0.008 0.001 140 N 0.112 0.123 0.185 0.196 0.044 0.050 0.212 0.042 0.029 0.008 0.001 141 L 0.116 0.376 0.359 0.072 0.024 0.029 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 142 T 0.125 0.358 0.305 0.067 0.060 0.051 0.007 0.001 0.021 0.002 0.001 143 T 0.124 0.440 0.205 0.045 0.125 0.027 0.008 0.002 0.019 0.005 0.001