# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 218 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.130 0.187 0.070 0.022 0.221 0.018 0.018 0.111 0.090 0.077 0.056 2 E 0.082 0.209 0.075 0.014 0.256 0.022 0.041 0.169 0.074 0.034 0.025 3 V 0.179 0.110 0.025 0.008 0.243 0.010 0.038 0.196 0.085 0.055 0.049 4 I 0.121 0.139 0.044 0.022 0.210 0.025 0.047 0.184 0.080 0.073 0.053 5 E 0.094 0.206 0.119 0.031 0.185 0.032 0.038 0.155 0.057 0.047 0.034 6 S 0.082 0.200 0.094 0.020 0.192 0.018 0.034 0.184 0.090 0.054 0.031 7 K 0.069 0.102 0.038 0.014 0.109 0.024 0.063 0.278 0.170 0.099 0.035 8 W 0.076 0.127 0.049 0.016 0.149 0.020 0.051 0.219 0.135 0.110 0.048 9 Y 0.109 0.154 0.060 0.017 0.185 0.023 0.048 0.189 0.088 0.080 0.046 10 K 0.067 0.144 0.073 0.020 0.104 0.024 0.069 0.215 0.116 0.116 0.053 11 K 0.064 0.124 0.128 0.058 0.097 0.041 0.059 0.125 0.110 0.135 0.059 12 D 0.021 0.292 0.198 0.088 0.065 0.056 0.064 0.074 0.076 0.049 0.015 13 G 0.053 0.066 0.056 0.036 0.054 0.021 0.041 0.081 0.070 0.420 0.101 14 A 0.045 0.281 0.123 0.028 0.127 0.023 0.039 0.060 0.061 0.175 0.039 15 S 0.040 0.540 0.254 0.005 0.123 0.002 0.001 0.010 0.004 0.008 0.013 16 S 0.004 0.010 0.003 0.001 0.007 0.007 0.015 0.445 0.481 0.024 0.004 17 A 0.002 0.008 0.007 0.002 0.004 0.005 0.037 0.796 0.118 0.020 0.002 18 S 0.008 0.024 0.006 0.001 0.005 0.001 0.004 0.559 0.055 0.316 0.020 19 I 0.004 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.900 0.068 0.013 0.002 20 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.051 0.001 0.001 21 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.022 0.003 0.001 22 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.016 0.001 0.001 23 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.032 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.939 0.055 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.065 0.862 0.046 0.018 0.004 26 L 0.002 0.847 0.068 0.002 0.013 0.002 0.021 0.033 0.008 0.003 0.001 27 N 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.006 0.028 0.025 0.596 0.331 28 T 0.009 0.594 0.206 0.006 0.091 0.002 0.009 0.027 0.027 0.023 0.005 29 T 0.080 0.273 0.113 0.012 0.164 0.030 0.049 0.060 0.039 0.094 0.086 30 L 0.029 0.505 0.313 0.012 0.065 0.003 0.004 0.028 0.016 0.014 0.011 31 P 0.016 0.220 0.073 0.003 0.083 0.002 0.004 0.448 0.141 0.006 0.004 32 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.771 0.216 0.002 0.001 33 Q 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.906 0.052 0.028 0.001 34 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.035 0.009 0.001 35 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.048 0.001 0.001 36 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.972 0.024 0.001 0.001 37 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.958 0.026 0.002 0.001 38 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.851 0.123 0.007 0.002 39 L 0.004 0.009 0.002 0.001 0.009 0.004 0.045 0.796 0.121 0.008 0.002 40 W 0.016 0.030 0.023 0.004 0.021 0.009 0.222 0.487 0.102 0.067 0.018 41 S 0.055 0.101 0.121 0.036 0.066 0.054 0.179 0.155 0.063 0.121 0.049 42 N 0.040 0.188 0.100 0.133 0.054 0.086 0.115 0.063 0.044 0.127 0.050 43 G 0.034 0.015 0.025 0.133 0.018 0.028 0.019 0.027 0.036 0.512 0.152 44 G 0.037 0.298 0.235 0.072 0.145 0.021 0.019 0.038 0.044 0.063 0.027 45 E 0.129 0.178 0.077 0.039 0.211 0.032 0.037 0.051 0.062 0.106 0.078 46 G 0.127 0.205 0.137 0.035 0.229 0.019 0.027 0.045 0.046 0.065 0.064 47 K 0.161 0.179 0.168 0.041 0.213 0.033 0.046 0.049 0.022 0.038 0.050 48 L 0.061 0.190 0.154 0.155 0.084 0.083 0.080 0.059 0.050 0.049 0.035 49 G 0.030 0.042 0.128 0.435 0.031 0.084 0.029 0.037 0.034 0.111 0.038 50 D 0.057 0.098 0.081 0.110 0.092 0.043 0.056 0.114 0.130 0.169 0.051 51 N 0.102 0.145 0.068 0.033 0.173 0.041 0.047 0.081 0.063 0.181 0.067 52 Y 0.208 0.156 0.026 0.009 0.329 0.010 0.026 0.060 0.047 0.050 0.079 53 I 0.187 0.182 0.029 0.003 0.520 0.008 0.012 0.020 0.015 0.008 0.016 54 Y 0.241 0.115 0.012 0.004 0.517 0.010 0.016 0.021 0.011 0.012 0.040 55 I 0.360 0.076 0.013 0.009 0.242 0.009 0.010 0.027 0.015 0.043 0.195 56 W 0.052 0.252 0.166 0.055 0.167 0.072 0.079 0.051 0.018 0.058 0.029 57 A 0.108 0.445 0.167 0.009 0.195 0.002 0.003 0.018 0.006 0.022 0.026 58 I 0.020 0.025 0.005 0.004 0.031 0.005 0.006 0.557 0.314 0.022 0.011 59 E 0.003 0.007 0.004 0.003 0.006 0.013 0.032 0.770 0.152 0.009 0.002 60 D 0.012 0.016 0.007 0.002 0.018 0.002 0.008 0.761 0.092 0.071 0.010 61 V 0.024 0.006 0.002 0.001 0.016 0.002 0.010 0.820 0.087 0.024 0.009 62 I 0.006 0.011 0.005 0.002 0.013 0.006 0.010 0.771 0.165 0.010 0.002 63 A 0.017 0.018 0.008 0.003 0.030 0.008 0.068 0.727 0.087 0.027 0.007 64 Y 0.028 0.087 0.043 0.013 0.052 0.017 0.115 0.462 0.093 0.073 0.016 65 N 0.086 0.071 0.042 0.016 0.129 0.015 0.020 0.324 0.116 0.126 0.055 66 H 0.010 0.022 0.008 0.003 0.018 0.011 0.049 0.610 0.220 0.040 0.010 67 D 0.045 0.048 0.028 0.013 0.060 0.017 0.070 0.394 0.114 0.170 0.041 68 Y 0.071 0.268 0.091 0.024 0.176 0.021 0.034 0.127 0.058 0.087 0.044 69 G 0.097 0.126 0.086 0.030 0.114 0.026 0.036 0.199 0.069 0.131 0.084 70 I 0.085 0.124 0.036 0.013 0.129 0.012 0.019 0.262 0.203 0.080 0.037 71 Q 0.038 0.076 0.032 0.015 0.084 0.039 0.054 0.332 0.262 0.053 0.016 72 K 0.036 0.038 0.017 0.007 0.064 0.012 0.058 0.389 0.241 0.118 0.021 73 Y 0.073 0.076 0.030 0.009 0.117 0.012 0.061 0.248 0.156 0.191 0.028 74 L 0.100 0.302 0.141 0.017 0.194 0.013 0.019 0.054 0.042 0.083 0.035 75 Q 0.067 0.264 0.210 0.017 0.197 0.017 0.022 0.095 0.071 0.024 0.016 76 K 0.010 0.036 0.014 0.008 0.018 0.028 0.191 0.363 0.292 0.035 0.006 77 E 0.051 0.063 0.022 0.011 0.067 0.013 0.066 0.130 0.083 0.420 0.074 78 Y 0.260 0.111 0.012 0.003 0.364 0.005 0.014 0.053 0.032 0.062 0.083 79 W 0.218 0.119 0.016 0.003 0.534 0.012 0.016 0.031 0.013 0.013 0.025 80 A 0.297 0.102 0.016 0.006 0.472 0.012 0.012 0.014 0.007 0.016 0.046 81 F 0.220 0.120 0.044 0.032 0.332 0.027 0.026 0.018 0.012 0.068 0.100 82 G 0.119 0.199 0.207 0.069 0.244 0.024 0.024 0.027 0.014 0.039 0.035 83 M 0.079 0.084 0.106 0.106 0.083 0.062 0.110 0.129 0.100 0.092 0.049 84 D 0.038 0.091 0.168 0.244 0.061 0.112 0.072 0.063 0.060 0.069 0.021 85 G 0.025 0.052 0.067 0.318 0.028 0.122 0.073 0.064 0.084 0.136 0.031 86 D 0.044 0.042 0.071 0.110 0.049 0.040 0.034 0.049 0.069 0.409 0.084 87 I 0.097 0.228 0.083 0.028 0.205 0.025 0.046 0.055 0.059 0.113 0.060 88 G 0.200 0.215 0.035 0.012 0.353 0.017 0.031 0.024 0.027 0.037 0.051 89 Y 0.199 0.113 0.012 0.004 0.613 0.007 0.012 0.009 0.006 0.007 0.016 90 I 0.387 0.051 0.005 0.002 0.502 0.003 0.004 0.006 0.003 0.005 0.033 91 L 0.179 0.213 0.043 0.010 0.444 0.014 0.009 0.009 0.006 0.017 0.057 92 H 0.196 0.190 0.056 0.008 0.475 0.004 0.006 0.007 0.003 0.014 0.040 93 L 0.137 0.135 0.078 0.035 0.143 0.022 0.042 0.115 0.130 0.085 0.078 94 S 0.033 0.082 0.102 0.118 0.053 0.133 0.185 0.138 0.085 0.053 0.017 95 D 0.053 0.165 0.096 0.168 0.071 0.074 0.093 0.068 0.071 0.111 0.031 96 N 0.047 0.066 0.096 0.110 0.052 0.043 0.020 0.038 0.055 0.359 0.113 97 S 0.063 0.315 0.141 0.018 0.224 0.016 0.048 0.037 0.033 0.069 0.035 98 I 0.327 0.165 0.023 0.007 0.314 0.009 0.020 0.014 0.017 0.023 0.082 99 Y 0.113 0.227 0.040 0.018 0.453 0.035 0.043 0.014 0.012 0.016 0.029 100 R 0.271 0.051 0.004 0.001 0.652 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.011 101 V 0.245 0.117 0.014 0.002 0.591 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.020 102 D 0.277 0.130 0.026 0.006 0.459 0.008 0.009 0.005 0.002 0.007 0.072 103 L 0.270 0.137 0.048 0.034 0.228 0.015 0.017 0.027 0.031 0.067 0.126 104 G 0.037 0.162 0.106 0.180 0.098 0.111 0.073 0.070 0.058 0.081 0.026 105 D 0.160 0.144 0.072 0.032 0.276 0.013 0.016 0.044 0.046 0.124 0.073 106 L 0.095 0.188 0.077 0.023 0.184 0.042 0.048 0.116 0.111 0.077 0.039 107 D 0.127 0.244 0.150 0.023 0.224 0.018 0.029 0.063 0.027 0.056 0.041 108 I 0.076 0.076 0.026 0.018 0.111 0.018 0.037 0.267 0.274 0.064 0.034 109 T 0.022 0.060 0.053 0.047 0.038 0.075 0.105 0.353 0.151 0.079 0.017 110 S 0.080 0.092 0.030 0.013 0.120 0.009 0.033 0.221 0.091 0.249 0.061 111 I 0.217 0.095 0.016 0.004 0.283 0.006 0.015 0.170 0.096 0.047 0.050 112 K 0.085 0.195 0.036 0.007 0.262 0.036 0.053 0.200 0.075 0.027 0.023 113 Y 0.254 0.111 0.018 0.004 0.390 0.006 0.024 0.098 0.030 0.029 0.036 114 I 0.108 0.114 0.040 0.027 0.168 0.038 0.060 0.129 0.071 0.167 0.078 115 A 0.117 0.269 0.140 0.009 0.346 0.006 0.005 0.046 0.021 0.019 0.021 116 P 0.009 0.039 0.013 0.006 0.015 0.033 0.130 0.454 0.235 0.058 0.006 117 S 0.038 0.195 0.077 0.009 0.070 0.005 0.027 0.333 0.065 0.157 0.025 118 F 0.013 0.011 0.002 0.001 0.017 0.001 0.002 0.646 0.253 0.045 0.011 119 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.846 0.141 0.004 0.001 120 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.919 0.066 0.009 0.001 121 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.927 0.044 0.014 0.001 122 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.861 0.122 0.009 0.001 123 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.889 0.092 0.003 0.001 124 K 0.003 0.007 0.005 0.001 0.005 0.002 0.044 0.810 0.084 0.036 0.003 125 A 0.046 0.028 0.009 0.002 0.051 0.004 0.033 0.626 0.104 0.070 0.027 126 I 0.032 0.057 0.015 0.004 0.059 0.009 0.027 0.560 0.157 0.054 0.025 127 Y 0.070 0.070 0.027 0.007 0.094 0.015 0.063 0.448 0.117 0.056 0.034 128 L 0.031 0.127 0.063 0.016 0.073 0.035 0.113 0.354 0.114 0.056 0.019 129 N 0.094 0.080 0.053 0.019 0.133 0.017 0.041 0.247 0.082 0.166 0.069 130 F 0.058 0.105 0.032 0.013 0.100 0.016 0.034 0.324 0.155 0.121 0.043 131 N 0.062 0.130 0.089 0.028 0.121 0.032 0.046 0.262 0.094 0.100 0.037 132 K 0.051 0.095 0.042 0.013 0.079 0.015 0.044 0.401 0.142 0.090 0.029 133 L 0.063 0.063 0.029 0.016 0.096 0.016 0.028 0.388 0.161 0.098 0.043 134 Q 0.030 0.114 0.054 0.019 0.073 0.030 0.054 0.421 0.132 0.057 0.017 135 N 0.074 0.076 0.038 0.014 0.107 0.012 0.040 0.271 0.096 0.208 0.064 136 V 0.096 0.133 0.059 0.016 0.160 0.019 0.029 0.262 0.120 0.071 0.035 137 A 0.028 0.069 0.052 0.033 0.039 0.063 0.137 0.376 0.116 0.064 0.022 138 N 0.057 0.069 0.072 0.053 0.083 0.034 0.061 0.180 0.101 0.236 0.054 139 N 0.042 0.240 0.127 0.069 0.099 0.044 0.046 0.109 0.081 0.110 0.033 140 N 0.078 0.089 0.060 0.039 0.109 0.026 0.041 0.105 0.072 0.264 0.117 141 L 0.114 0.258 0.072 0.012 0.278 0.011 0.024 0.073 0.055 0.063 0.040 142 T 0.145 0.218 0.078 0.018 0.302 0.022 0.027 0.066 0.033 0.041 0.050 143 T 0.162 0.229 0.081 0.021 0.284 0.021 0.025 0.064 0.036 0.033 0.043