# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 218 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.542 0.204 0.123 0.085 0.038 0.008 0.001 2 E 0.688 0.243 0.051 0.014 0.004 0.001 0.001 3 V 0.378 0.283 0.207 0.105 0.022 0.005 0.001 4 I 0.218 0.158 0.235 0.229 0.133 0.026 0.001 5 E 0.517 0.285 0.124 0.053 0.017 0.003 0.001 6 S 0.583 0.259 0.100 0.042 0.013 0.003 0.001 7 K 0.428 0.301 0.155 0.082 0.027 0.006 0.001 8 W 0.243 0.240 0.257 0.173 0.071 0.016 0.001 9 Y 0.255 0.236 0.263 0.168 0.063 0.015 0.001 10 K 0.383 0.274 0.182 0.107 0.043 0.010 0.001 11 K 0.516 0.272 0.127 0.062 0.020 0.004 0.001 12 D 0.598 0.294 0.073 0.025 0.008 0.001 0.001 13 G 0.282 0.386 0.231 0.080 0.018 0.003 0.001 14 A 0.073 0.086 0.217 0.358 0.223 0.043 0.001 15 S 0.252 0.368 0.222 0.106 0.043 0.008 0.001 16 S 0.373 0.364 0.160 0.079 0.022 0.003 0.001 17 A 0.626 0.331 0.033 0.008 0.002 0.001 0.001 18 S 0.121 0.311 0.302 0.208 0.050 0.008 0.001 19 I 0.036 0.053 0.173 0.295 0.356 0.085 0.003 20 D 0.249 0.487 0.188 0.058 0.015 0.002 0.001 21 D 0.319 0.467 0.143 0.055 0.014 0.002 0.001 22 V 0.021 0.047 0.119 0.293 0.357 0.156 0.006 23 E 0.057 0.131 0.275 0.321 0.180 0.035 0.001 24 K 0.358 0.468 0.127 0.034 0.011 0.002 0.001 25 L 0.180 0.265 0.308 0.194 0.046 0.007 0.001 26 L 0.096 0.115 0.224 0.308 0.208 0.047 0.002 27 N 0.486 0.373 0.099 0.028 0.011 0.003 0.001 28 T 0.184 0.205 0.309 0.221 0.071 0.011 0.001 29 T 0.398 0.473 0.100 0.024 0.006 0.001 0.001 30 L 0.052 0.087 0.198 0.354 0.238 0.069 0.003 31 P 0.100 0.179 0.268 0.277 0.148 0.027 0.001 32 K 0.588 0.357 0.042 0.010 0.003 0.001 0.001 33 Q 0.189 0.425 0.247 0.108 0.028 0.003 0.001 34 Y 0.009 0.029 0.065 0.181 0.446 0.247 0.022 35 K 0.012 0.095 0.297 0.379 0.159 0.054 0.003 36 S 0.043 0.155 0.298 0.312 0.130 0.056 0.006 37 F 0.005 0.015 0.051 0.149 0.333 0.378 0.069 38 L 0.003 0.004 0.007 0.021 0.107 0.457 0.400 39 L 0.015 0.059 0.135 0.201 0.189 0.215 0.186 40 W 0.020 0.056 0.096 0.181 0.240 0.244 0.162 41 S 0.015 0.030 0.045 0.085 0.175 0.400 0.250 42 N 0.027 0.059 0.100 0.162 0.216 0.280 0.157 43 G 0.079 0.124 0.118 0.165 0.160 0.202 0.153 44 G 0.072 0.069 0.077 0.123 0.207 0.282 0.169 45 E 0.121 0.162 0.169 0.199 0.130 0.132 0.087 46 G 0.086 0.075 0.074 0.121 0.218 0.279 0.148 47 K 0.141 0.219 0.187 0.181 0.130 0.098 0.043 48 L 0.098 0.131 0.159 0.190 0.190 0.170 0.063 49 G 0.142 0.196 0.185 0.193 0.136 0.104 0.044 50 D 0.116 0.161 0.207 0.204 0.158 0.111 0.042 51 N 0.077 0.148 0.166 0.211 0.196 0.145 0.057 52 Y 0.022 0.053 0.084 0.174 0.265 0.311 0.092 53 I 0.013 0.028 0.045 0.099 0.212 0.411 0.192 54 Y 0.011 0.034 0.067 0.125 0.210 0.358 0.195 55 I 0.009 0.015 0.028 0.070 0.162 0.386 0.331 56 W 0.009 0.029 0.069 0.136 0.229 0.338 0.191 57 A 0.015 0.047 0.088 0.153 0.229 0.301 0.167 58 I 0.014 0.041 0.085 0.189 0.267 0.307 0.097 59 E 0.144 0.299 0.227 0.169 0.108 0.046 0.006 60 D 0.077 0.224 0.263 0.241 0.131 0.056 0.009 61 V 0.027 0.040 0.066 0.174 0.348 0.300 0.045 62 I 0.049 0.125 0.211 0.306 0.208 0.093 0.008 63 A 0.236 0.348 0.226 0.117 0.049 0.021 0.002 64 Y 0.066 0.115 0.186 0.284 0.228 0.109 0.012 65 N 0.132 0.163 0.216 0.237 0.171 0.072 0.009 66 H 0.272 0.300 0.206 0.133 0.061 0.024 0.003 67 D 0.253 0.306 0.197 0.139 0.075 0.028 0.003 68 Y 0.084 0.095 0.160 0.263 0.264 0.122 0.013 69 G 0.163 0.288 0.242 0.170 0.096 0.038 0.004 70 I 0.099 0.146 0.189 0.248 0.201 0.103 0.013 71 Q 0.163 0.266 0.249 0.195 0.092 0.031 0.003 72 K 0.203 0.359 0.233 0.135 0.052 0.016 0.001 73 Y 0.036 0.106 0.217 0.315 0.246 0.075 0.006 74 L 0.023 0.062 0.116 0.245 0.370 0.171 0.013 75 Q 0.034 0.147 0.247 0.320 0.177 0.071 0.005 76 K 0.115 0.320 0.270 0.164 0.093 0.035 0.003 77 E 0.021 0.102 0.209 0.336 0.228 0.091 0.012 78 Y 0.001 0.003 0.013 0.060 0.278 0.538 0.109 79 W 0.001 0.001 0.003 0.012 0.065 0.442 0.476 80 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.181 0.801 81 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.127 0.848 82 G 0.001 0.001 0.003 0.008 0.036 0.238 0.713 83 M 0.002 0.010 0.026 0.073 0.208 0.375 0.306 84 D 0.007 0.035 0.067 0.140 0.259 0.351 0.141 85 G 0.023 0.075 0.118 0.169 0.265 0.259 0.091 86 D 0.030 0.077 0.128 0.159 0.248 0.245 0.114 87 I 0.007 0.027 0.076 0.151 0.273 0.327 0.139 88 G 0.004 0.011 0.027 0.064 0.196 0.432 0.265 89 Y 0.001 0.001 0.003 0.008 0.051 0.380 0.556 90 I 0.001 0.003 0.008 0.021 0.072 0.344 0.550 91 L 0.001 0.005 0.011 0.027 0.101 0.415 0.439 92 H 0.009 0.052 0.157 0.263 0.261 0.208 0.049 93 L 0.015 0.055 0.161 0.285 0.308 0.166 0.011 94 S 0.302 0.363 0.162 0.096 0.060 0.016 0.001 95 D 0.536 0.309 0.092 0.043 0.016 0.004 0.001 96 N 0.407 0.343 0.156 0.068 0.022 0.004 0.001 97 S 0.272 0.397 0.189 0.103 0.031 0.007 0.001 98 I 0.028 0.116 0.221 0.302 0.237 0.089 0.007 99 Y 0.014 0.045 0.089 0.203 0.364 0.258 0.026 100 R 0.010 0.054 0.157 0.295 0.241 0.205 0.038 101 V 0.003 0.005 0.009 0.024 0.103 0.441 0.416 102 D 0.004 0.017 0.043 0.096 0.198 0.351 0.292 103 L 0.005 0.013 0.025 0.062 0.150 0.354 0.391 104 G 0.007 0.028 0.058 0.116 0.220 0.383 0.187 105 D 0.025 0.085 0.151 0.216 0.253 0.210 0.060 106 L 0.027 0.054 0.099 0.200 0.300 0.256 0.064 107 D 0.170 0.309 0.210 0.148 0.101 0.054 0.008 108 I 0.141 0.175 0.238 0.250 0.126 0.062 0.009 109 T 0.399 0.327 0.157 0.078 0.029 0.009 0.001 110 S 0.190 0.285 0.217 0.173 0.090 0.038 0.007 111 I 0.031 0.052 0.094 0.212 0.372 0.213 0.027 112 K 0.060 0.235 0.277 0.248 0.122 0.055 0.003 113 Y 0.035 0.125 0.228 0.273 0.231 0.096 0.013 114 I 0.008 0.023 0.048 0.116 0.271 0.427 0.107 115 A 0.007 0.034 0.106 0.224 0.341 0.251 0.037 116 P 0.084 0.320 0.297 0.192 0.079 0.026 0.003 117 S 0.015 0.075 0.190 0.290 0.317 0.100 0.013 118 F 0.002 0.008 0.016 0.054 0.243 0.561 0.116 119 D 0.021 0.161 0.316 0.310 0.145 0.045 0.002 120 D 0.044 0.240 0.348 0.293 0.059 0.015 0.001 121 F 0.002 0.010 0.039 0.125 0.399 0.389 0.037 122 L 0.005 0.016 0.034 0.123 0.304 0.433 0.085 123 G 0.044 0.236 0.354 0.237 0.092 0.033 0.003 124 K 0.051 0.220 0.319 0.297 0.089 0.022 0.002 125 A 0.013 0.028 0.057 0.148 0.355 0.364 0.036 126 I 0.028 0.080 0.153 0.287 0.300 0.141 0.011 127 Y 0.126 0.261 0.278 0.191 0.098 0.042 0.004 128 L 0.190 0.248 0.232 0.202 0.100 0.026 0.002 129 N 0.369 0.303 0.149 0.099 0.059 0.019 0.002 130 F 0.173 0.179 0.224 0.227 0.147 0.047 0.004 131 N 0.417 0.280 0.167 0.087 0.038 0.010 0.001 132 K 0.352 0.290 0.184 0.114 0.044 0.014 0.001 133 L 0.280 0.210 0.202 0.179 0.099 0.028 0.002 134 Q 0.435 0.280 0.160 0.085 0.032 0.008 0.001 135 N 0.454 0.304 0.151 0.066 0.019 0.005 0.001 136 V 0.236 0.145 0.245 0.237 0.111 0.025 0.001 137 A 0.667 0.238 0.064 0.023 0.007 0.001 0.001 138 N 0.741 0.187 0.049 0.017 0.005 0.001 0.001 139 N 0.657 0.201 0.082 0.043 0.013 0.003 0.001 140 N 0.692 0.241 0.047 0.014 0.005 0.001 0.001 141 L 0.346 0.207 0.196 0.163 0.065 0.021 0.002 142 T 0.516 0.229 0.138 0.072 0.033 0.012 0.001 143 T 0.558 0.217 0.118 0.067 0.026 0.012 0.002