# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 218 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.122 0.087 0.114 0.145 0.151 0.133 0.096 0.065 0.039 0.029 0.013 0.004 0.002 0.001 2 E 0.401 0.195 0.128 0.103 0.077 0.043 0.025 0.014 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 3 V 0.167 0.121 0.153 0.171 0.163 0.088 0.061 0.038 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 4 I 0.092 0.050 0.065 0.118 0.169 0.185 0.126 0.097 0.051 0.030 0.009 0.004 0.002 0.001 5 E 0.266 0.179 0.158 0.159 0.116 0.052 0.032 0.019 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 6 S 0.415 0.157 0.127 0.114 0.078 0.048 0.028 0.014 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 7 K 0.366 0.185 0.151 0.115 0.093 0.046 0.021 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 8 W 0.254 0.127 0.136 0.155 0.132 0.083 0.050 0.036 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 9 Y 0.241 0.130 0.126 0.149 0.152 0.096 0.048 0.029 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 10 K 0.334 0.154 0.120 0.140 0.109 0.063 0.034 0.022 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 11 K 0.407 0.199 0.153 0.099 0.067 0.035 0.020 0.010 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 12 D 0.352 0.172 0.147 0.126 0.097 0.057 0.024 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 13 G 0.398 0.172 0.148 0.103 0.088 0.046 0.024 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.140 0.082 0.092 0.174 0.188 0.141 0.085 0.054 0.025 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 15 S 0.273 0.225 0.150 0.148 0.092 0.058 0.030 0.012 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 16 S 0.307 0.208 0.191 0.125 0.084 0.045 0.019 0.009 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 17 A 0.693 0.185 0.074 0.027 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 S 0.228 0.249 0.176 0.174 0.104 0.046 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 I 0.022 0.023 0.033 0.132 0.226 0.247 0.135 0.075 0.087 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 20 D 0.461 0.352 0.118 0.051 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 D 0.626 0.280 0.086 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 V 0.019 0.021 0.049 0.121 0.334 0.265 0.107 0.053 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 23 E 0.089 0.162 0.166 0.275 0.189 0.055 0.038 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.822 0.157 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.177 0.195 0.228 0.162 0.143 0.055 0.026 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.044 0.034 0.107 0.150 0.226 0.206 0.139 0.064 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 27 N 0.547 0.212 0.128 0.046 0.037 0.019 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 T 0.324 0.110 0.083 0.172 0.138 0.071 0.046 0.024 0.014 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 29 T 0.475 0.263 0.125 0.071 0.034 0.017 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.192 0.129 0.171 0.151 0.149 0.118 0.047 0.021 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 31 P 0.194 0.107 0.126 0.165 0.167 0.117 0.068 0.027 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 32 K 0.549 0.247 0.107 0.052 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.341 0.296 0.179 0.087 0.054 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 Y 0.033 0.025 0.053 0.098 0.186 0.222 0.186 0.124 0.047 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 35 K 0.088 0.102 0.147 0.197 0.212 0.119 0.071 0.033 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 36 S 0.412 0.212 0.131 0.093 0.064 0.037 0.019 0.015 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 37 F 0.036 0.041 0.058 0.150 0.187 0.164 0.139 0.130 0.052 0.027 0.009 0.004 0.002 0.001 38 L 0.019 0.022 0.048 0.094 0.143 0.181 0.188 0.146 0.089 0.045 0.015 0.008 0.002 0.001 39 L 0.162 0.152 0.134 0.158 0.137 0.098 0.060 0.045 0.030 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 40 W 0.141 0.115 0.127 0.152 0.131 0.123 0.086 0.045 0.036 0.021 0.016 0.005 0.002 0.001 41 S 0.087 0.071 0.099 0.121 0.164 0.160 0.109 0.067 0.061 0.033 0.017 0.007 0.002 0.001 42 N 0.183 0.130 0.135 0.130 0.135 0.101 0.067 0.055 0.029 0.015 0.010 0.005 0.002 0.001 43 G 0.192 0.112 0.113 0.121 0.140 0.104 0.072 0.053 0.041 0.025 0.012 0.008 0.004 0.002 44 G 0.140 0.079 0.078 0.125 0.139 0.127 0.095 0.069 0.058 0.046 0.026 0.012 0.006 0.002 45 E 0.161 0.137 0.134 0.153 0.130 0.101 0.074 0.040 0.033 0.016 0.012 0.005 0.002 0.001 46 G 0.154 0.083 0.091 0.121 0.120 0.143 0.110 0.058 0.049 0.032 0.024 0.010 0.004 0.002 47 K 0.182 0.158 0.150 0.146 0.120 0.091 0.066 0.037 0.025 0.010 0.009 0.003 0.002 0.001 48 L 0.121 0.095 0.113 0.131 0.137 0.131 0.097 0.073 0.044 0.030 0.017 0.007 0.003 0.001 49 G 0.196 0.144 0.147 0.129 0.123 0.093 0.062 0.044 0.029 0.016 0.010 0.005 0.002 0.001 50 D 0.153 0.128 0.124 0.145 0.130 0.087 0.070 0.062 0.043 0.030 0.016 0.007 0.003 0.001 51 N 0.073 0.080 0.093 0.118 0.120 0.124 0.117 0.104 0.073 0.047 0.031 0.012 0.005 0.003 52 Y 0.021 0.030 0.040 0.066 0.110 0.135 0.138 0.149 0.110 0.084 0.064 0.029 0.014 0.008 53 I 0.014 0.013 0.019 0.035 0.049 0.090 0.136 0.141 0.146 0.126 0.112 0.068 0.033 0.019 54 Y 0.010 0.014 0.026 0.049 0.084 0.100 0.121 0.151 0.140 0.111 0.093 0.053 0.025 0.022 55 I 0.007 0.005 0.007 0.011 0.021 0.040 0.059 0.119 0.156 0.160 0.169 0.132 0.082 0.031 56 W 0.020 0.022 0.034 0.072 0.083 0.102 0.124 0.162 0.125 0.107 0.068 0.044 0.025 0.012 57 A 0.025 0.033 0.038 0.080 0.111 0.125 0.122 0.110 0.139 0.089 0.071 0.037 0.011 0.009 58 I 0.014 0.018 0.029 0.065 0.105 0.182 0.166 0.137 0.137 0.077 0.044 0.015 0.007 0.003 59 E 0.188 0.244 0.189 0.147 0.101 0.051 0.039 0.022 0.011 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 60 D 0.162 0.209 0.231 0.146 0.111 0.067 0.037 0.018 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 61 V 0.051 0.045 0.067 0.116 0.196 0.198 0.145 0.103 0.053 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 62 I 0.112 0.130 0.144 0.200 0.181 0.101 0.069 0.035 0.016 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 63 A 0.561 0.216 0.121 0.048 0.028 0.013 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 Y 0.171 0.126 0.139 0.170 0.170 0.107 0.059 0.028 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 65 N 0.182 0.140 0.167 0.152 0.145 0.091 0.061 0.031 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 66 H 0.407 0.171 0.122 0.108 0.087 0.052 0.026 0.014 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 67 D 0.378 0.187 0.161 0.113 0.083 0.038 0.021 0.009 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 68 Y 0.127 0.060 0.090 0.149 0.185 0.167 0.099 0.064 0.029 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 69 G 0.281 0.186 0.138 0.148 0.115 0.058 0.036 0.021 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 70 I 0.212 0.114 0.117 0.168 0.134 0.108 0.062 0.037 0.024 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 71 Q 0.552 0.221 0.114 0.056 0.031 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.366 0.207 0.183 0.118 0.078 0.027 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Y 0.137 0.100 0.119 0.185 0.197 0.123 0.071 0.042 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 74 L 0.099 0.124 0.163 0.206 0.172 0.113 0.063 0.035 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.210 0.174 0.162 0.154 0.121 0.079 0.048 0.027 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 76 K 0.091 0.135 0.139 0.172 0.169 0.121 0.072 0.039 0.026 0.017 0.013 0.003 0.002 0.001 77 E 0.022 0.041 0.063 0.114 0.151 0.150 0.139 0.090 0.096 0.052 0.049 0.018 0.007 0.006 78 Y 0.002 0.003 0.005 0.014 0.032 0.063 0.104 0.187 0.190 0.141 0.129 0.066 0.044 0.020 79 W 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.019 0.043 0.109 0.132 0.161 0.193 0.160 0.113 0.055 80 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.019 0.061 0.092 0.173 0.209 0.204 0.142 0.083 81 F 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.013 0.024 0.053 0.102 0.164 0.183 0.238 0.126 0.082 82 G 0.003 0.005 0.008 0.027 0.036 0.061 0.107 0.141 0.180 0.154 0.132 0.080 0.035 0.030 83 M 0.005 0.014 0.020 0.053 0.082 0.142 0.140 0.155 0.177 0.086 0.077 0.027 0.013 0.009 84 D 0.023 0.079 0.096 0.149 0.155 0.130 0.114 0.099 0.077 0.038 0.025 0.008 0.004 0.002 85 G 0.082 0.197 0.201 0.120 0.104 0.100 0.078 0.052 0.033 0.015 0.012 0.002 0.001 0.001 86 D 0.036 0.085 0.130 0.123 0.193 0.157 0.102 0.070 0.050 0.026 0.020 0.004 0.003 0.002 87 I 0.011 0.025 0.044 0.090 0.145 0.142 0.169 0.106 0.100 0.073 0.055 0.020 0.010 0.010 88 G 0.004 0.006 0.010 0.019 0.039 0.063 0.114 0.167 0.184 0.144 0.124 0.071 0.034 0.021 89 Y 0.002 0.001 0.003 0.005 0.009 0.020 0.038 0.141 0.131 0.166 0.214 0.127 0.103 0.040 90 I 0.002 0.001 0.002 0.004 0.009 0.016 0.029 0.076 0.105 0.161 0.180 0.224 0.123 0.068 91 L 0.003 0.002 0.004 0.008 0.014 0.026 0.045 0.107 0.140 0.211 0.177 0.161 0.073 0.029 92 H 0.011 0.022 0.033 0.075 0.099 0.109 0.132 0.158 0.157 0.084 0.070 0.030 0.010 0.009 93 L 0.018 0.036 0.048 0.119 0.137 0.178 0.128 0.097 0.115 0.066 0.041 0.011 0.003 0.002 94 S 0.181 0.258 0.191 0.148 0.102 0.051 0.026 0.016 0.018 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 95 D 0.350 0.323 0.172 0.083 0.038 0.016 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 N 0.365 0.308 0.181 0.069 0.037 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 S 0.278 0.242 0.203 0.101 0.092 0.041 0.021 0.011 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 98 I 0.062 0.078 0.090 0.127 0.198 0.142 0.124 0.091 0.043 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 99 Y 0.018 0.017 0.027 0.056 0.096 0.124 0.157 0.191 0.113 0.101 0.055 0.028 0.012 0.005 100 R 0.011 0.019 0.029 0.057 0.090 0.102 0.108 0.150 0.121 0.120 0.089 0.059 0.024 0.020 101 V 0.005 0.002 0.004 0.005 0.010 0.021 0.034 0.051 0.106 0.157 0.162 0.290 0.105 0.049 102 D 0.005 0.005 0.011 0.027 0.038 0.054 0.095 0.175 0.165 0.155 0.128 0.075 0.041 0.027 103 L 0.003 0.003 0.005 0.009 0.017 0.039 0.053 0.083 0.128 0.149 0.212 0.170 0.083 0.046 104 G 0.014 0.015 0.022 0.048 0.068 0.099 0.128 0.155 0.133 0.127 0.093 0.052 0.030 0.015 105 D 0.049 0.079 0.083 0.124 0.142 0.108 0.118 0.084 0.097 0.047 0.041 0.017 0.005 0.005 106 L 0.033 0.039 0.067 0.109 0.125 0.197 0.153 0.109 0.077 0.048 0.029 0.009 0.004 0.001 107 D 0.197 0.219 0.166 0.134 0.115 0.065 0.043 0.028 0.020 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 108 I 0.117 0.109 0.139 0.157 0.171 0.118 0.075 0.052 0.032 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 109 T 0.384 0.201 0.143 0.099 0.075 0.045 0.025 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 110 S 0.223 0.159 0.160 0.141 0.137 0.076 0.043 0.028 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 111 I 0.047 0.034 0.045 0.100 0.156 0.171 0.155 0.146 0.074 0.046 0.016 0.007 0.003 0.001 112 K 0.168 0.160 0.140 0.146 0.118 0.094 0.073 0.048 0.027 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 113 Y 0.128 0.102 0.118 0.131 0.136 0.130 0.091 0.073 0.044 0.024 0.014 0.006 0.002 0.001 114 I 0.024 0.022 0.037 0.080 0.139 0.177 0.183 0.151 0.099 0.047 0.023 0.011 0.004 0.002 115 A 0.020 0.033 0.066 0.104 0.156 0.208 0.173 0.111 0.070 0.035 0.015 0.005 0.002 0.001 116 P 0.262 0.217 0.166 0.132 0.105 0.055 0.029 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 117 S 0.058 0.101 0.131 0.210 0.178 0.146 0.098 0.047 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 118 F 0.008 0.010 0.022 0.064 0.131 0.215 0.226 0.154 0.131 0.030 0.006 0.001 0.001 0.001 119 D 0.129 0.234 0.258 0.181 0.107 0.048 0.026 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 D 0.452 0.320 0.156 0.040 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 F 0.016 0.021 0.047 0.134 0.220 0.209 0.186 0.133 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 122 L 0.014 0.022 0.051 0.111 0.199 0.193 0.216 0.110 0.060 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 123 G 0.370 0.278 0.149 0.095 0.054 0.028 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 K 0.228 0.234 0.208 0.143 0.092 0.050 0.027 0.009 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 125 A 0.037 0.029 0.063 0.130 0.213 0.201 0.157 0.094 0.048 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 126 I 0.070 0.080 0.124 0.156 0.195 0.163 0.115 0.054 0.026 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 127 Y 0.304 0.138 0.123 0.134 0.121 0.075 0.043 0.029 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 128 L 0.260 0.160 0.139 0.162 0.124 0.074 0.037 0.017 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 129 N 0.307 0.160 0.136 0.135 0.124 0.065 0.032 0.017 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 130 F 0.208 0.114 0.127 0.163 0.150 0.098 0.062 0.037 0.022 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 131 N 0.401 0.167 0.138 0.112 0.074 0.051 0.027 0.014 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 132 K 0.337 0.157 0.140 0.124 0.114 0.058 0.032 0.019 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 133 L 0.161 0.110 0.116 0.178 0.178 0.100 0.064 0.047 0.025 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 134 Q 0.403 0.194 0.135 0.108 0.070 0.044 0.022 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 135 N 0.410 0.183 0.142 0.111 0.079 0.036 0.018 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 136 V 0.184 0.097 0.109 0.177 0.176 0.121 0.065 0.035 0.021 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 137 A 0.500 0.205 0.118 0.084 0.047 0.024 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 N 0.567 0.176 0.120 0.064 0.039 0.018 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 N 0.469 0.159 0.118 0.097 0.075 0.043 0.020 0.009 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 140 N 0.455 0.181 0.133 0.089 0.070 0.035 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 141 L 0.205 0.094 0.094 0.136 0.156 0.123 0.083 0.054 0.026 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 142 T 0.231 0.135 0.127 0.133 0.125 0.099 0.066 0.038 0.021 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 143 T 0.195 0.103 0.115 0.126 0.128 0.111 0.080 0.058 0.035 0.027 0.014 0.007 0.002 0.001